| DB | DB提供機関 | ノード管理機関 | レコード数 | 収録時期 | 収録更新日 | カテゴリ | URL | ノート |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3D Electron Microscopy (3D-EM) Data Navigator | 大阪大学 蛋白質研究所 | NBDC | 54079 | 2024-04-05 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://pdbj.org/emnavi/ | 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイトです。EMDB と PDB のデータを利用しています。 | |
| 3D MR Microscopic Images of Kyoto Collection of Human Embryos | 筑波大学 | NBDC | 12 | 2023-03-27 | > 発生 | http://www.bk.tsukuba.ac.jp/~mrlab/human_embryos/index.html | 筑波大学磁気共鳴画像研究所で開発された超並列型MR 顕微鏡による1,204のヒト胚の3D MR顕微鏡画像を公開しています。 | |
| 3DPL | 慶應義塾大学 理工学部 | NBDC | 250 | 2023-05-06 | > タンパク質 > 機能・局在 | http://chordate.bpni.bio.keio.ac.jp/3dpl/top.html | カタユウレイボヤ初期胚におけるタンパク質の局在情報の3次元イメージ（免疫局在、GFP融合タンパクの発現）、および関連情報（細胞局在、染色法、発生ステージ、実験条件など）を搭載したデータベースです。CIPRO（カタユウレイボヤのタンパク質データベース）の一環として開発されました。 | |
| 3DPSD: ３次元医薬品構造データベース | 東京薬科大学 薬学部 | NBDC | 1200 | 2020-07-06 | > 医療・薬 > 薬学 | http://3dpsd.toyaku.ac.jp/3dpsd/ | ３次元医薬品構造データベース(3DPSD)は医療用医薬品の３次元構造を格納したデータベースで、全ての構造データを公開しています。3DPSDは医薬品の一般名（英名）をアルファベット順に収納し、名称により検索できる階層型データベースと、平面構造式を用いて医薬品を検索できる構造検索システムから成ります。階層型データベースが収納する３次元構造データは、分子モデリングの手法によって計算された分子の最安定構造や分子の運動性を表すアニメーション、電子密度面に貼り付けた静電ポテンシャルマップなどを提供しています。 | |
| 3DinSight | 九州工業大学 | NBDC | 60486 | 2010-03-17 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html | 生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、PIR、SWISSPROT、アミノ酸の物理化学的性質などのデータをリレーショナルデータベース上に統合しました。構造、機能、物性を組み合わせたさなざまな検索を行い、これらの間の関係について調べることができます。構造と機能及び物性の間の関係性については可視化を行っている (例：自動的に機能部位をマッピングした構造データのリアルタイム3D表示など）。 | |
| A web-based comparative genome browser between human and other vertebrate genomes (G-compass) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 108049 | 2010-03 | 2010-04-23 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://h-invitational.jp/g-compass/ | ヒトとその他12種の脊椎動物を対象に、ゲノム保存領域を表示する比較ゲノムブラウザで、H-InvDB のサテライトデータベースとして開発されました。ヒトと各生物種間に１対１で保存されたorthologous なゲノム領域をグラフィカルに閲覧できます。同時に遺伝子座、リピート領域、コピー数多型領域(CNV)、哺乳類の系統で同定された超保存領域(UCE)、cis-element等の詳細なゲノム構造を見ることができ、各遺伝子座からH-InvDB のヒト遺伝子アノテーション情報を参照できます。 |
| AAindex(Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 685 | 2010-03-17 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://www.genome.jp/aaindex/ | アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデータベースから構成されています。 | |
| AIIC(中央アジア産ハナバチ類標本データベース(BeeCAsia)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 27427 | 2016-02-04 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC(九州大学昆虫学教室所蔵寄生蜂類標本データベース(ProctELKU)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 7689 | 2016-02-04 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC(佐々治寛之博士寄贈甲虫類標本データベース(COLSasaji)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 27637 | 2016-02-04 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC(外国産ハナバチ類多田内標本データベース(BeeFTadauchi)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 19548 | 2016-02-04 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC(大塚勳氏寄贈熊本県産甲虫類標本データベース(COLOtsuka)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 52644 | 2016-02-04 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC（中條道夫博士寄贈甲虫類タイプ標本データベース(M.ChujoType)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 257 | 2016-01-14 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC（九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベース(BeeELKU)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 59186 | 2015-11-10 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC（愛媛大学所蔵甲虫類標本データベース(COLEUMJ)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 66710 | 2016-02-04 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC（福田弘巳博士寄贈ハナバチ類標本データベース(BeeFukuda)） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 49670 | 2016-02-04 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AIIC（立川哲三郎博士寄贈寄生蜂類タイプ標本データベース TachikawaType） | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 463 | 2016-01-14 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://aiic.jp/j-top | 日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。 | |
| AJCSD: ASEAN-Japan Chemical Safety Database | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 | NBDC | 63 | 2018-07-24 | > 用語解説 | http://www.ajcsd.org/ | 日ASEAN化学物質管理データベース（ASEAN-Japan Chemical Safety Database : AJCSD）は、日ASEAN経済産業協力委員会（AMEICC)化学ワーキンググループ（WG-CI）の合意に基づき、日本とASEAN各国が共同で構築したデータベースです。ASEAN各国の化学物質の規制情報や有害性情報、GHS分類結果、サンプルSDS等を収載しています。 | |
| AMED 研究成果情報 | 国立研究開発法人日本医療研究開発機構 | NBDC | 3848 | 2024-01-06 | > 文献 | https://www.amed.go.jp/seika/ | 国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）の助成により実施された研究開発課題の研究成果情報を公開したサイトです。 | |
| ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索） | 独立行政法人理化学研究所 | 6750 | 2023-04-27 | > 細胞・組織 | http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/search.php | ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統名、遺伝子名、RBRC NOを指定することが可能です。系統の種類や研究目的から探すこともできます。またオンラインで提供依頼書の作成ができます。オンラインカタログで検索したリソースをカートに入れることで必要な書類を自動的に作成します。 | ||
| AOE[アーカイブデータ] | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 123753 | 2019-08-20 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/aoe/desc.html | 公共データベースに登録された遺伝子発現データについて、各種統計情報から検索・閲覧・比較することができる目次サイトです。遺伝子発現データベースの中身をひと目で：ヒストグラムからデータを選択、項目を選択してリスト表示することができます。登録データランキングでより探しやすく：生物種ごと、手法ごとのデータ数のランキングを一覧できます。動的なグラフ描画：クリック操作で見たい生物種、手法に絞り込んだヒストグラムが動的に表示されます。 | |
| APASD(Asian-Pacific Alien Species Database) | 国立研究開発法人農業環境技術研究所 | NBDC | 315 | 2004-2012 | 2016-01-29 | > 農学・環境 > 農業・食料 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://www.niaes.affrc.go.jp/techdoc/apasd/ | 近年、世界的な物や人の移動が著しく拡大するとともに、世界各国で昆虫を含む動物、植物、微生物などの侵略的外来生物が増加し、これらは農作物に直接被害を与えるだけでなく、固有の生物多様性や生態系に対する深刻なかく乱要因にもなっています。アジア・太平洋諸国においても、外来生物がもたらす被害は大きく、この地域における外来生物の動態を把握し、蔓延防止および経済的生態的被害軽減策に関する情報を蓄積する必要があります。そのために、アジア・太平洋諸国の農業生態系に生息する外来生物に関わる最新情報をデータベース化し、インターネットによる情報の共有化を推進しています。 |
| ARCHAIC(Archaebacterial Information Collection) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 1628 | 2012 | 2012-03-28 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://riodb.ibase.aist.go.jp/archaic/ARCHAIC.html | 古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行うことを目的に構築しています。対象菌株は、Pyrococcus sp. OT3、Thermoplasma volcanium GSS1、Archaeoglobus fulgidus。 古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記３種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。 |
| ASTRA(Alternative Splicing and Transcription Archives) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 13002 | 2009-10 | 2010-04-23 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://alterna.cbrc.jp | ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネについて、選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを収集したデータベースです。独自のアルゴリズムを用いて、ゲノム塩基配列とcDNA配列のマッピング結果から得られるエキソン-イントロン構造から、カセット型、5'end型等の種々の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを検出し、分類しています。 |
| ASTRA[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 | NBDC | 258126 | 2015-12-17 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/astra/desc.html | 6真核生物種のゲノム中の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンデータベース。ゲノム配列への完全長cDNAのマッピング結果より選択的スプライシングと選択的転写開始によって構造変化を起こしている遺伝子を検索、そのパターンを表示し、アミノ酸配列を出力する。 | |
| AT Atlas[アーカイブデータ] | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 322 | 2013-12-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/atatlas/desc.html | AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを組み合わせて、分かりやすく表現することを目指した枠組みです。AT Atlasによって、あるタンパクの構造や機能を解明した実験方法を理解することができます。さらに、AT Atlasから実験プロトコルデータベースPREIMSへのリンクを辿って、実験を実際に始めるに十分な精密な実践的情報を入手することができます。Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。)タンパク質合成実験の諸問題（難溶性、膜たんぱく質合成、タンパク質複合体の合成など）に取り組んだ各種プロトコルの情報、構造解析技術、タンパク質の機能解析に用いる化合物ライブラリー作成に関する技術についての技術開発が紹介されています。概要図と概要の説明によって各技術がわかりやすくまとめられ、詳細な実験方法の情報も実験プロトコルデータベースPREIMSへのリンクから得ることができる実践的なデータベースとなっています。 | |
| ATTED-II (Gene expression database of Arabidopsis coexpression) | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | NBDC | 1346748 | 2012 | 2012-03-28 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://atted.jp | AtGenExpressに蓄積されているシロイヌナズナのマイクロアレイデータから計算した遺伝子共発現情報を公開しています。遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供しています。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）で表わされます。\nATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ（58実験、1388スライド）です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
| AcEST[アーカイブデータ] | 首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室 | NBDC | 616609 | 2013-02-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/acest/desc.html | 首都大学東京で決定したホウライシダのESTシーケンスと、それらのシーケンスとUniProtKB/Swiss-Prot、TrEMBLデータベースと の間で行ったblastx検索の結果をデータベース化したものである。これまで、様々な植物ゲノム解析が進められているが、陸上植物(種子、シダ、コケ植物)の中でシダ植物のゲノムに関する研究は発展していない。そこで光形態形成に関する研究に用いられてきたホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)をシダのモデル植物として位置づけるために、 EST配列の解析を行った。AcESTはホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)のEST配列データ約3万件に二次情報を追加したデータベースである。シダ植物の新規遺伝子を探索するために活用することが可能であり、遺伝子の進化の解明やシダ植物特異的な遺伝子情報の収集をすることが出来る。 | |
| Advanced Technologies Atlas | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 15 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://www.tanpaku.org/atatlas/ | 文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの技術開発研究課題「生産」、「解析」及び「制御」の各成果についてCell Illustratorなどを使用した概要図とともに、技術の概要や活用事例をまとめたデータベースです。これにより、各タンパクの構造・機能解明のための実験手法を調べることができます。さらに実験プロトコールデータベース（PREIMS）へのリンクを辿ることで実践的な情報を容易に入手することができます。ネットワーク図のダウンロードも可能です。 | |
| Algae Resource Database | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 4044 | 2020-02-18 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/algae/ | 藻類に関する株情報の検索、寄託情報、遺伝子情報、藻類の画像、文献情報を検索することができます。その他、株の分譲に関する情報も得ることができます。 | |
| Allie | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 1247104 | 2024-02-25 | > 統合DBプロジェクト > 用語解説 |
http://allie.dbcls.jp/ | 文献中に多く出現する略語は多義語であることが多く、特に専門外の読者には理解するのに困難を伴うことがあります。Allieはこの問題に対する一つの解となるよう開発されており、米国国立保健図書館(National Library of Medicine, NLM)の生物医学分野における書誌情報データベースであるMEDLINERに含まれる全ての題目と要旨を対象として、略語とその展開形を検索します。 MEDLINEは2千万件を超す書誌情報を収めており、実際の文献中に出現する領域固有の略語とその展開形を抽出するのに相応しいものとなっています。またAllie Portal (http://data.allie.dbcls.jp/) からSPARQLエンドポイント及びRDFデータのダウンロードサイトへのリンクもご利用いただけます。 | |
| AlloMAPS: Allosteric Mutation Analysis and Polymorphism of Signaling database | Bioinformatics Institute (BII), A*STAR | NBDC | 6989 | 2023-02-24 | > タンパク質 > 相互作用 | https://allomaps.bii.a-star.edu.sg/ | アロステリックタンパク質やそのシグナル伝達のデータベースです。タンパク質のPDB ID、遺伝子名、残基数などの情報を収録しており、各タンパク質の３次元構造と、結合／変異サイトの位置やアミノ酸位置、アロステリックシグナル伝達のエネルギーなどとがインタラクティブに可視化されています。結合／変異サイトや残基、SNPによる表示の切り替えが可能です。アロステリックタンパク質の一覧や、CATHアノテイトされたPDBselect chainからの検索が可能であり、疾患に関わるタンパク質リストからの選択も可能です。 | |
| AlphaFold DB: AlphaFold Protein Structure Database | EMBL-EBI | NBDC | 20504 | 2024-02-20 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://alphafold.ebi.ac.uk/ | AlphaFoldによって予測されたタンパク質の3次元構造を収録したデータベースです。各タンパク質について、UniProtから取得した基本情報とアミノ酸配列、残基ごとの信頼性メトリック（pLDDT）で色分けされたインタラクティブな3次元座標ビューワー（側鎖を含む）、タンパク質のドメイン会合や大規模トポロジーの信頼性を評価するための予測整列エラー（Predicted aligned error）を収録しています。タンパク質名、遺伝子名、UniProt ID、生物種による検索が可能です。 | |
| Ancient Genome Encyclopedia | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 131 | 2012-05-17 | > 文献 | http://www.ddbj.nig.ac.jp/aDNA | 古代 DNA に関する論文の内容を表示・分類しています。 | |
| Arabidopsis thaliana EST index[アーカイブデータ] | かずさDNA 研究所 植物ゲノム研究部 | NBDC | 53232 | 2014-01-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kazusa-arabi-est-index/desc.html | かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索の結果 | |
| Arch GeNet(Archaeal Gene Network) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 162 | 2012 | 2012-03-28 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://riodb.ibase.aist.go.jp/db067/ | 好熱性古細菌 (Thermoplasma volcanium GSS1)において、環境適応性に関わる発現プロファイルの同定結果を収録したデータベースです。3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで測定した結果と、好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した結果を掲載しています。 |
| Ascidians Chemical Biological Database | 慶應義塾大学 理工学部 | 1361 | 2014-11-11 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://chordate.bpni.bio.keio.ac.jp/acbd/top.html | ホヤ研究においてこれまでに使われたことのある小分子化合物、あるいは単離された小分子化合物のデータベースです。過去の論文800報（1970-2009年）を調査してアノテーションされたものです。 | ||
| AtGenExpress | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | 15 | 2023-09-02 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ | http://atpbsmd.yokohama-cu.ac.jp/ | 理化学研究所植物科学研究センターがMaxPlank研究所などと協力して、植物において初めて大規模なトランスクリプトームデータ（Affymetrixチップ1000枚以上）を収集して公開した「AtGenExpress」国際プロジェクト（2004年）の成果です。材料にはモデル植物シロイヌナズナを用い、生育段階、器官特異性、ストレス応答、ホルモン応答、栄養、光など、植物の成長と環境応答に関する基本データを網羅しています。 | ||
| AtMetExpress LC-MS | 特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター | NBDC | 2630 | 2020-05-19 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://prime.psc.riken.jp/lcms/AtMetExpress/ | シロイヌナズナ二次代謝産物の液体クロマトグラフィー/質量分析（LC-MS）によるプロファイルデータベースです。シロイヌナズナ野生型（Col-0）の部位別、発生段階別代謝物プロファイルデータベースAtMetExpress Development LC-MS と 、20種のシロイヌナズエコタイプにおける代謝物プロファイルデータセットAtMetExpress 20 Ecotypes LC-MS の2種類のデータを提供しています。 | |
| Atlas (ISH Data Base)[アーカイブデータ] | 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 | NBDC | 158 | 2011-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dicty-atlas/desc.html | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの。シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができる。 また、部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができる。 | |
| Autophagy Database | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | 52021 | 2024-04-09 | > タンパク質 > 機能・局在 | http://www.tanpaku.org/autophagy/ | オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースです。 まず出芽酵母、ヒト及びマウスにおいて実験的にオートファジー関連と示されたタンパク質を網羅的に収集した後、真核生物種におけるオーソログ、ホモログを同定し、機能、配列、立体構造、分子間相互作用などの情報や独自の実験解析結果を加えて公開しています。関連論文リストは日々更新しています。 | ||
| Autophagy Database[アーカイブデータ] | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 27377 | 2016-10-18 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/autophagy/desc.html | オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースである。まず出芽酵母・ヒト・マウスにおいて実験的にオートファジー関連と示されたタンパク質を網羅的に収集した後、真核生物種におけるオーソログ、ホモログを同定し、機能、配列、立体構造、分子間相互作用などの情報や独自の実験解析結果を加えて公開している。関連論文リストは日々更新している。オートファジー関連のタンパク質とそのホモログをキーワードで検索し、機能や立体構造などの情報を見ることができる。またオートファジーの進行過程において必須なリン脂質であるホスファチジル・イノシトール3リン酸 (PI3P) に結合する可能性のあるタンパク質のリストも提供しており、それらのタンパク質の機能などの情報を見ることができる。 | |
| BARLEY DB | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 5257 | 2024-02-24 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/index_ja.html | 岡山大学資源植物科学研究所で収集しているオオムギのバイオリソースや、オオムギゲノム解析（cDNA/EST）の情報を提供しています。Germplasmデータベースでは、オオムギ各品種のリソース情報と、種子や穂の写真が収録されています。Full-length cDNA and ESTデータベースでは、プロジェクト概要やクローン情報、ブラスト検索システムを提供しています。その他、ゲノムマップやオオムギ研究のプロトコル（日本語のみ）、バイオリソース価格表（日本語のみ）を閲覧できます。 | |
| BGDB | 公益財団法人 かずさDNA研究所 | NBDC | 8000 | 2024-01-15 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://buckwheat.kazusa.or.jp | ソバのゲノムデータベースです。NGSによって得られたショートリード配列を用いてドラフトゲノムを決定し、遺伝子予測解析により決定されたCDSについて、NCBI NRまたはTAIR 10データベースによるBLAST解析によって機能予測を行なっています。InterProに対するドメイン検索の結果も収録しています。BLAST検索、キーワード検索が可能です。 | |
| BGED: Brain Gene Expression Database | 地方国立研究開発法人大阪府立病院機構 大阪府立成人病センター研究所 | NBDC | 0 | 2012-05-17 | > 遺伝子発現・転写制御 > SAGE, CAGE, ATAC-PCR, iAFLP等 | http://genome.mc.pref.osaka.jp/BGED/ | マウスの脳に発現する遺伝子のデータベースです。 | |
| BGPlants | 研究用植物データベース作成グループ | NBDC | 39713 | 2024-01-16 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://bean.bio.chiba-u.jp/bgplants/ | 施設に保存されている研究用植物のデータベース。日本全国の植物園などの施設に系統保存されている植物データの登録・公開を行っています。 | |
| BIOPHYS：生物物理 | 日本生物物理学会 | NBDC | 520 | 1961/07-2012/07 | 2023-11-24 | > 文献 | http://www.jstage.jst.go.jp/browse/biophys/-char/ja/ | 「生物物理」は1960年代から続く伝統ある日本の生物物理学会誌です。幅広い生物物理学をわかりやすく解説した記事を中心に日本と世界の生物物理学に関係する記事を掲載しています。投稿論文も受けつけています。 |
| BMRB(Biological Magnetic Resonance Data Bank) | University of Wisconsin System Board of Regents | NBDC | 15713 | 2024-04-16 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.bmrb.wisc.edu/ | ペプチド、タンパク質、核酸のNMRデータベース | |
| BRC マウス リソース | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 6213 | 2024-04-19 | > 細胞・組織 | http://biolod.org/class/cria315s1i/BRC_Mouse_Strain | 本DBは、生物遺伝材料としてのマウス系統を収録しています。系統の持つ遺伝子の変異、生物学的な特性が、公共データやオントロジーにリンクされています。リンクの仕方は上位オントロジーに従っており、他のデータベースと連携しています。ここに登録されているマウス系統は、理研バイオリソースセンターより提供されているものです。 | |
| BRC 細胞 リソース | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | 11871 | 2023-06-16 | > 細胞・組織 | http://biolod.org/class/cria322s1i/BRC_Cell_Resourse | 本DBは、生物遺伝材料としての培養細胞株を収録しています。ヒトやマウス等の哺乳類をはじめ様々な生物種にわたる、多種の細胞株を公開しています。ここに登録されている細胞株は、理研バイオリソースセンターより提供されているものです。 | ||
| BSORF(Bacillus subtilis Genome Database) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 4231 | 2014-03-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://bacillus.genome.jp/ | JAFAN（枯草菌の日本機能解析ネットワーク）による枯草菌ORFデータベースです。枯草菌ゲノム上のORFと詳細なアノテーション、変異株リスト、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されています。 | |
| BioModels | BioModels.net Team, EMBL-EBI | NBDC | 2947 | 2024-01-13 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | https://www.ebi.ac.uk/biomodels/ | 生物学や医薬に関連するプロセスやシステムの数理モデルを収集したレポジトリです。シグナリング、タンパク質ー薬剤相互作用、代謝経路など多様な数理モデルの情報を提供しています。提供されるモデルは主にレビューされた科学論文内に記述されたものですが、パスウェイ情報から自動生成されたものもあります。論文情報、フォーマット、概要を、統一した書式で記載しています。すべてのモデルはダウンロードでき、CC0で利用が可能です。また、一部のモデルについては外部データベースへのリンクが手動でキュレートされています。 | |
| BioStar | BioStar | NBDC | 95484 | 2021-10-19 | > 文献 | http://biostar.stackexchange.com/ | バイオインフォマティクス、ゲノミクス、システムバイオロジーに関するＱＡ集 | |
| BioTechniques | BioTechniques | NBDC | 262 | 2013-04-25 | > 文献 | http://www.biotechniques.com/ | Immediate impact on scientists’ research efforts-that is what BioTechniques has been providing the scientific community with for over 27 years. From our very first issue, BioTechniques has given its readers the latest methodological information and product descriptions they need to better perform their experiments right away-not years down the road. But with today’s rapidly growing life-science landscape the challenge of distilling and delivering this valuable content to our readers has never been greater. In 2010, our goal is to provide unmatched peer-reviewed editorial content, a series of research-targeted special issues, and a collection of online-only content all designed to enable bench scientists to rapidly drive their research efforts forward. How will we accomplish this? In print, we are expanding our BioSpotlight and Citations features to provide more succinct, informative overviews of the latest in methods research appearing both in BioTechniques and other journals, keeping our readers in touch with what is happening inside and outside of their disciplines. We are also broadening the acclaimed Troubleshooting Forum feature to give readers access to new ideas for overcoming those challenging obstacles and fixing the problems every scientist encounters at the bench. To assist authors in better communicating their peer-reviewed results, we are merging the “Short Technical Report” and “Research Report” categories into a single ”Report” article type starting in January 2010. These new Reports will focus on novel tecnological or methodological developments or significant improvements upon existing methods, all presented in a more concise format. Alongside their sister “Benchmarks,” they will give our audience two unique avenues to read about or publish groundbreaking results. Immediate impact also comes through providing readers with digital content to enhance traditional print coverage. During 2010, we are launching a series of advertiser-supported webinars and webcasts on topics ranging from microscopy to next-generation sequencing methods, all focused on delivering information in a convenient, easy-to-digest video format. We are adding new navigation tools and more protocols to the online protocol section of our web site, allowing peer-reviewed protocols to categorically connect with manufacturer protocols creating a vast pool of resources. BioTechniques’ electronic newsletters and monthly advance-of-publication alerts put all of the necessary new product information from our advertisers and editorial content from the BioTechniques journal, along with breaking news, into the hands of our readers daily to enable them to make educated decisions about their research. In the end, these changes in our print and digital content will provide multiple outlets to rapidly disseminate critical product, technology, and methods information directly to the scientists needing it the most-those working at the bench using the instrumentation and kits on a daily basis. At BioTechniques, our impact goes far beyond any simple numeric metric by providing crucial techniques and methods in a print and interactive format, all without charge. We reach 80,000 researchers globally who use this information the moment they receive it. We are extremely proud of the impact we have on the scientific community-it was the goal of BioTechniques over the past quarter century, and will continue to be our goal for 2010 and in the decades to come. | |
| Biological Information System for Marine Life | 独立行政法人海洋研究開発機構 | NBDC | 32194 | 2021-05-22 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.godac.jp/bismal/j/index.html | 日本周辺の海洋生物の多様性情報、特に生物地理情報を扱うデータシステムです。海洋生物の採取・観察位置、画像、動画、分類学的情報、生態・生理学特性の概要、採取記録・文献情報を収集、蓄積、公開しています。現在のところ、JAMSTECの調査・研究を基礎とした深海生物を中心に情報が提供されていますが、日本の排他的経済水域内に産するすべての海洋生物を網羅することを目指しています。 | |
| Biomolecules Gallery | 九州工業大学 | NBDC | 1203 | 2015-09-19 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.abren.net/image/ | 生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。 | |
| BodyMap-Xs: anatomical and taxonomical breakdown of animal EST | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 10038 | 2012-07-03 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST > 遺伝子発現・転写制御 > SAGE, CAGE, ATAC-PCR, iAFLP等 |
http://bodymap.jp | 臓器と遺伝子のオーソログ関係を前提に生物間で遺伝子発現パタンの比較ができます。 最新のdbEST(DDBJのESTdivision)の材料記載を解剖名称自動分類機 （自前） を用いて臓器別に分類合算してUniGene情報を元に遺伝子別-臓器別に分類 (BodyMap) 最後にインパラノイドのオーソログ関係で生物間の遺伝子対応をとっています。2014年6月現在サービスは終了しています。関連する後継サービスとしてRefEx (http://refex.dbcls.jp/) があります。 | |
| BodyParts3D | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 1524 | 2014-01-23 | > 統合DBプロジェクト > 医療・薬 > 解剖 |
http://lifesciencedb.jp/bp3d/ | 解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベースです。人体３次元モデルが無償利用できるのが最大の特徴です。臓器の３次元的位置や形状を確認する電子アトラスとしてだけでなく、人体シミュレーションやデータマッピングなどの入力データとして再利用可能です。BodyParts3Dの臓器を任意の視点やズーム、色、透過度で表示した解剖図譜を手軽に作成できるツール、アナトモグラフィーも公開しています。 | |
| BodyParts3D[アーカイブデータ] | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 56036 | 2013-07-01 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/bodyparts3d/desc.html | 解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベース。人体３次元モデルが無償利用できるのが最大の特徴。臓器の３次元的位置や形状を確認する電子アトラスとしてだけでなく、人体シミュレーションや データマッピングなどの入力データとして再利用可能である。 BodyParts3Dの臓器を任意の視点やズーム、色、透過度で表示した解剖図譜を手軽に作成できるツール、 アナトモグラフィー(http://lifesciencedb.jp/ag) も公開している。 | |
| Bombyx Trap DataBase | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 1506 | 2024-01-13 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://sgp.dna.affrc.go.jp/ETDB/ | エンハンサートラップ法によりカイコの新規突然変異系統を作出し、これらの系統におけるGFPレポーター発現部位情報や画像、ゲノム挿入位置情報などをまとめた新規突然変異系統データベースを構築しました。カイコゲノムデータベース（KAIKObase）との統合を行い、トランスポゾンベクターの挿入位置が染色体地図にマップされるようになりました。 | |
| Brain/MINDS Data Portal: Brain Mapping by Integrated Neurotechnologies for Disease Studies Data Portal | 理化学研究所 脳神経科学研究センター | NBDC | 24 | 2024-01-13 | > 細胞・組織 | https://www.brainminds.riken.jp/ | Brain/MINDS プロジェクトで得られたデータを公開するサイトです。組織画像とMRI画像を組み合わせたコモンマーモセット（Callithrix jacchus）のデジタル3次元標準脳アトラスを公開しています。ビューアーを用いて閲覧する他、データのダウンロードも可能です。また、ヒト脳MRI画像データ（患者群と健常コントロール群154名分の3T MRI T1強調画像データ）のダウンロードも可能です。公開データはキーワードによる検索が可能です。革新的技術として、脳の透明化についても紹介しています。 | |
| Breast Tumor Image Database | 国立病院機構九州がんセンター | NBDC | 371 | 2014-02-06 | > 医療・薬 > 医学 | http://breast-tumor.midb.jp/lib/chlang.php?lang=ja | マンモグラフィ検診の導入や診断機器の進歩により、早期乳癌の発見率は増加してきました。一方で、境界病変や非触知病変、腫瘤非形成型病変など診断に苦慮する機会も増えています。そこで、医療関係者の方々を対象として乳腺疾患の医用画像データベースを構築しています。匿名化された乳腺腫瘍の症例について、マンモグラフィ検査や超音波（エコー）検査、MRI検査の診断画像、細胞診や病理組織の顕微鏡像および病理所見等をアーカイブ化しており、組織学的分類や年齢から検索できる症例検索、検査方法や検査画像の所見から検索できる画像検索が可能です。 | |
| Budding yeast cDNA sequencing project[アーカイブデータ] | 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 | NBDC | 82262 | 2014-02-04 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/yeast-cdna/desc.html | Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値Vector-capping methodによってcDNAの5'端の完全性が確認可能であるから、ゲノムにマッピングすることによって、正確な転写開始点を知ることができる。 | |
| CAGE | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 3191 | 2014-03-06 | > 遺伝子発現・転写制御 > SAGE, CAGE, ATAC-PCR, iAFLP等 | http://fantom31p.gsc.riken.jp/cage/mm5/ | CAGE法によって集められたRNAライブラリやCAGEライブラリなどのデータを検索・閲覧するシステム。CAGE(Cap Analysis Gene Expression)法は、遺伝子プロモーター領域を効率よく同定できる手法である。 CAGEを用いることによって、遺伝子の転写開始点を見つけるために必要な短い配列（タグ）を短時間で大量に収集できる。 | |
| CDT-DB | 独立行政法人理化学研究所 和光研究所 | NBDC | 26911 | 2024-02-04 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.cdtdb.brain.riken.jp/CDT/Top.jsp | マウス小脳の生後発達ステージにおける時空間的遺伝子発現プロファイル（トランスクリプトーム）をまとめた総合的な神経科学データベースです。データは、ディファレンシャル・ディスプレイ、RT-PCR、GeneChip、cDNAマイクロアレイ、in situハイブリダイゼーション等のゲノムワイドな解析により収集し、これらをオントロジーや文献情報などに基づいたアノテーションをつけて体系化しています。この体系的な発現データのマイニングで、これまでに知られていなかったり、解析されていなかった脳発達関連遺伝子が多く同定されました。独創的な手法で同定されたこれら新規遺伝子の機能と発現の詳細な解析は、脳発達の分子メカニズムの解明に大きく貢献するものと期待されます。 | |
| CELLPEDIA (Repository database for current knowledge about human cells) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 3984 | 2013-11-07 | > 細胞・組織 | http://cellpedia.cbrc.jp/cgi-bin/index.cgi?page=1 | ヒト正常細胞に関する情報を統合的に整備したデータベースです。ヒト成人細胞、幹細胞と成熟前の先駆細胞約2300種類について、独自に開発したノイズ画像に強い細胞形態測定ツールを用いて測定した染色画像データ等による形態情報、物理的位置や機能、遺伝子発現、細胞オントロジー等、細胞に関する情報を網羅的に集めて、細胞情報の系統的検索や可視化が可能な辞書を作成しました。将来的には、細胞分化や再生医療等の細胞医療をサポートする情報を提供することを目的としています。 | |
| CGED(Cancer Gene Expression Database) | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 6546 | 2014-03-06 | > 医療・薬 > 医学 | http://lifesciencedb.jp/cged/ | 癌の遺伝子発現データ及び臨床情報の統合データベースです。乳がん、結腸直腸がん、肝細胞がん、食道がん、甲状腺がん、胃がんの遺伝子発現プロファイル解析を行ったデータと詳細な臨床情報が格納されています。遺伝子発現データと臨床情報の関係は、モザイクプロットによりグラフィカルに表示されます。一般の分子生物学者にも利用しやすいように、一般的な遺伝子名による検索の他、 Gene Ontology TermやSwissProt functional annotationによる機能グループの検索が可能です。 | |
| CIBEX(Center for Information Biology gene Expression database) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター | 203 | 2012-12-20 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ | http://cibex.nig.ac.jp/data/index.html | CIBEXは、EBIのArrayExpress、NCBIのGene Expression Omnibus(GEO)とともに、遺伝子発現データの国際的レポジトリとして機能しているデータベースです。MGEDが提唱したMIAME互換標準フォーマットで記述されたデータを登録しています。 | ||
| CITRES | 筑波大学 下田臨海実験センター | NBDC | 125 | 2024-01-20 | > 細胞・組織 | http://marinebio.nbrp.jp/ciona/ | カタユウレイボヤの系統、GFP導入ベクターによる蛍光発現画像や関連文献が掲載されています。各系統種やベクターの分与申し込みも可能になっています。 | |
| CIVIC: Clinical Interpretation of Variants in Cancer | The McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine | NBDC | 2243 | 2024-03-02 | > 医療・薬 > 医学 | https://civicdb.org/ | CIViCは癌におけるバリアントの臨床的解釈のための知識ベースです。遺伝性および体細胞性の全てのタイプの癌におけるバリアント情報と、その治療、予後、診断、素因への関連性を、専門家によるクラウドソーシングの形式で収集しています。バリアント、遺伝子、疾患、薬、evidence情報が整理されています。 | |
| COXPRESdb | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | NBDC | 209981 | 2023-09-25 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ > パスウェイ・相互作用・生体反応 |
http://coxpresdb.jp/ | 1000 以上の公共のマイクロアレイデータから計算したヒト・マウス・ラット、他4 種の共発現遺伝子データベースです。各生物種について約20000 遺伝子の共発現情報を参照でき、任意の遺伝子群に対して遺伝子ネットワークを描画することができます。自前のマイクロアレイデータ等の大規模データの解析に利用することも可能です。 | |
| CREATE portal(Collaboration of Regional Entities for the Advancement of Technological Excellence) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 58 | 2010-03-17 | > タンパク質 > 機能・局在 | https://webcreate.kazusa.or.jp/create/ | かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されている。ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されている。 （以上、InGaPデータベースについて） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されている。 相互作用は検索／表示／ダウンロードできるが、表示には専用のソフトが必要。 （以上、InCePデータベースについて） | |
| CREATE portal[アーカイブデータ] | 公益財団法人 かずさDNA研究所 | NBDC | 324 | 2016-04-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/create-portal/desc.html | かずさDNA研究所では、約2000種類のヒト遺伝子（KIAA遺伝子）のマウスホモログをクローニングし、約2000種類のマウスKIAAタンパク質に対するウサギポリクローナル抗体を作製しました。CREATE portalのInGaPデータベースでは、274種類のマウスKIAA遺伝子のmRNAとタンパク質レベルでの発現を解析した実験結果が閲覧できます。InCePデータベースでは、50種類のマウスKIAAタンパク質に対する特異的抗体を用いた細胞抽出液免疫沈降と質量分析によるタンパク質相互作用の解析を行った実験結果が閲覧できます。マウスKIAAタンパク質の組織での発現結果を見ることができます。プロジェクトで作製した抗体の一部は、株式会社プロテイン・エクスプレスから入手が可能ですので、抗体の感度や特異性についてInGaPのデータが役立ちます。InCePでは、マウスKIAAタンパク質の機能を予測するときに必要なタンパク質相互作用の解析データを見ることができます。 | |
| CaMPDB | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | 4143 | 2023-05-23 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://www.calpain.org/ | カルシウム依存型プロテアーゼであるカルパインに関連するデータベースです。カルパイン、関連する基質、阻害タンパク質であるカルパスタチンの情報を集めています。カルパインの各基質に対するタンパク質分解部位の情報を文献から収録し、ペプチドを用いた独自の分解実験により各部位における分解されやすさをスコアで示しています。 | ||
| Cancer Image Reference Database | 独立行政法人国立がん研究センター | NBDC | 92 | 2022-11-13 | > 医療・薬 > 医学 | http://cir.ncc.go.jp/ | がんの診療に有用な放射線、CT、MR、内視鏡、超音波、病理画像等の各種臨床画像・診断情報を提供する医師向けデータベースです。国立がん研究センター中央病院、東病院の症例を中心に、国立がん研究センター情報委員会が作成しています。 | |
| CancerProView | 慶應義塾大学 | NBDC | 338 | 2024-01-13 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://www.cancerproview.info/php/cpv.html | 癌関連タンパク質の相互作用を含めたパスウエイの画像データベースシステムです。癌を引き起こす遺伝子名、タンパク質名やそれぞれの配列情報、ドメイン情報、および関連するパスウェイデータが収録されています。キーワード、遺伝子やタンパク質、がんのタイプからの検索が可能です。また、病名の一覧も利用できます。 | |
| Carnation DB | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 56137 | 2024-02-27 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://carnation.kazusa.or.jp/ | カーネーション (Dianthus caryophyllus、ダイアンサス カリオフィラス)のゲノム情報のデータベースです。遺伝子ごとに配列データに加えてGOなどによるアノーテーション情報やUniProtなどの既存データベースに対するBlastpによる解析結果がまとめられています。BLAST検索や収録データの一括ダウンロードも可能です。 | |
| Cell Biology Laboratory Manual | Gustavus Adolphus College | 137 | 2010-12-27 | > 文献 | http://homepages.gac.edu/~cellab/contents.html | Gustavus Adolphus College の Cell Biology Laboratory マニュアル | ||
| ChIP-Atlas | 九州大学 大学院医学研究院, 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 36169 | 2016-02-04 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://chip-atlas.org/ | 論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしています。ChIP-Atlasは以下の4つのサービスで構成されています。1） Peak Browser ChIP-seq データをゲノムブラウザー上に表示し、何がどこに結合しているかを一目で分かるようにしています。2） Target Genes 転写因子からターゲット遺伝子を予測します。3) Colocalization 転写因子から共局在する相手のタンパク質を予測します。4） in silico ChIP 既存データを使ってユーザデータの解析を行います。似たようなChIP-seq データの探索、指定したモチーフに結合するタンパク質の探索、指定した遺伝子に結合するタンパク質の探索などができます。 | |
| ChIP-Atlas[アーカイブデータ] | 九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野 | NBDC | 206126 | 2016-07-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/chip-atlas/desc.html | ChIP-Atlas は Sequence Read Archive で公開されている既報のChIP-Seqデータを再解析することによって様々な解析結果を提供し、またユーザデータの解析を可能にするデータベースおよびそのウェブインターフェースである。データ登録者によって記述されたメタデータを再整理することによって、データを組み合わせた様々な結果を提供している。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki を参照のこと。ChIP-Atlas を利用することにより、既報の ChIP-Seq データのピーク情報をゲノムブラウザで閲覧したり、転写因子が制御している遺伝子を調べたり、共局在因子を調べたり、ユーザデータを入力としたエンリッチメント解析を行うことができる。 | |
| ChemProteoBase: Proteomic profiling for classification of compounds | 特定国立研究開発法人理化学研究所 | NBDC | 314 | 2024-03-02 | > タンパク質 > 相互作用 | http://www.cbrg.riken.jp/csrs/xtra/ProteomePage/ | 化合物に応答したプロテオーム解析の結果をまとめたデータベースです。がんの代謝阻害剤を含む化合物を暴露した細胞の2D-DIGEを用いたプロテオーム解析により、プロテオームの変動を分析しています。得られたスポットの位置、タンパク質名、遺伝子名、Uniprot ID、Mascot Score (PMF)、化合物への応答、化合物情報を収録しています。スポットリストやゲルマップからの検索が可能です。 | |
| ChemTHEATRE | 愛媛大学 | NBDC | 11522 | 2024-02-25 | > 農学・環境 > 環境 | http://chem-theatre.com | 環境内、特に生物中の化学物質濃度情報を収集したデータベースです。論文や公的機関によるレポートによる情報を統一された書式で登録しています。各データセットには実験方法に関する情報（器具、抽出方法、浄化方法など）、生物試料に関する情報（採集日、採集地、Taxonomy ID、組織名など）、および計測データが含まれています。 | |
| ChemTHEATRE[アーカイブデータ] | 愛媛大学 沿岸環境科学研究センター | NBDC | 116402 | 2020-09-16 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/chemtheatre/desc.html | 既存の化学物質の環境中濃度に関する情報は，学術論文あるいは公的機関の報告書として電子化されてはいますが，そのほとんどはテキストファイルやエクセルファイルとして保存されており，モデリングやリスク解析を行う上では決して使いやすい形式とはいえません。気候変動研究に比べて地球規模の化学汚染の予測が大きく遅れているのは，予測モデルの入力データや検証材料になり得るモニタリングデータが整備されていないことが一因だと考えられます。このように多額の研究費を投じて得られた貴重な研究成果が十二分に活用されていないのは大きな損失です。これらの貴重な情報を将来にわたって有効活用するためには，汎用性の高いデータベースの構築が必須の課題だと考えます。そのため我々は，環境中化学物質の濃度情報に関するデータベースを構築し，あらゆる化学物質のモニタリング情報を収録・閲覧できるプラットフォーム（ChemTHEATRE）を創出したいと考えています。このプラットフォームを活用することで，化学物質のトレーサビリティが確保され，環境中での挙動・運命予測が容易になる上，化学物質排出量や毒性情報等に関する外部のデータベースとの連携により高精度かつ透明性の高い化学物質の生態リスク評価が可能となります。また，情報の高度な可視化技術との連係によりモニタリング研究の社会への還元，とくに環境教育への寄与やオープンサイエンス化が期待できます。 | |
| Chlamydomonas reinhardtii EST index[アーカイブデータ] | かずさDNA 研究所 植物ゲノム研究部 | NBDC | 51011 | 2014-01-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kazusa-chlamy-est-index/desc.html | かずさDNA研究所が決定したクラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果 | |
| CiAID | 千葉大学 大学院融合科学研究科 ナノサイエンス専攻 | NBDC | 45395 | 2014-06-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://bioinfo.s.chiba-u.jp/ciaid/ | カタユウレイボヤ幼若体/成体の遺伝子発現プロファイルデータベースです。WISHデータ（約1,700）を各種関連データ(組織別ESTグラフ、ステージ別ESTグラフ、ステージ別マイクロアレイグラフ、ghost KH-ID、ghost clone-ID、ghost gene collection-ID、ghost CLSTR-ID、CIPRO-ID)と統合しています。また、CiAID (約1,700)およびCiona Ghost データベース(約28,386)に対する ２通りの検索（基本検索、組み合わせ検索）が可能であり、さらに幼若体の形態、発生関連の各種情報（360度回転観察データ、3D-CGモデル、連続切片、連続切片からの立体構築モデル）を備えています。 | |
| CiRA 研究活動 | 京都大学 iPS細胞研究所 | NBDC | 7 | 2024-01-20 | > 文献 | https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/research/ | 京都大学iPS細胞研究所 (CiRA） の研究活動を紹介するサイトです。「研究材料の提供」ページでは、提供可能なヒトやマウスのiPS細胞や疾患特異的iPS細胞、マウスのES細胞やDNA試料等がリスト化されており、リストから直接提供寄託先へ申し込みができます。他に研究成果の解説、iPS細胞関係のプロトコル集、再生医療用iPS細胞ストックプロジェクトの情報などが収録されています。また、CiRAの「もっと知るiPS細胞」 のページからは、iPS細胞に関する用語説明、一般向けの教材やシンポジウムの動画などが閲覧できます。 | |
| ClEST[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 生物共生進化機構研究グループ | NBDC | 10550 | 2014-02-04 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/clest/desc.html | トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列（EST)のデータベース。トコジラミはヒトなどの温血動物を吸血する害虫である。この昆虫は体内に栄養相利共生細菌Wolbachiaを保持していたり、外傷的交尾と呼ばれる奇抜な交尾行動をとる。トコジラミ属では菌細胞塊を共生維持のために、Spermalegeを外傷的交尾行動のためにそれぞれ進化させてきた。本データベースはこれらのユニークな器官のESTを扱い、基礎的な遺伝学的情報が進化生物学のみならず、医学・衛生学分野において応用されることが期待できる。 | |
| ClinicalTrials.gov | アメリカ国立医学図書館 | 177054 | 2015-02-27 | > 用語解説 | https://clinicaltrials.gov/ | ClinicalTrials.govは，米国国立公衆衛生研究所 (NIH) と米国医薬食品局 (FDA) が共同で、米国国立医学図書館 (NLM) を通じて、現在行われている治験及び臨床研究に関する情報を提供しているデータベースです。これらの情報を集積するレジストリとしての役割も果たしています。 | ||
| CoP | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 2043 | 2023-09-16 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://webs2.kazusa.or.jp/kagiana/cop/ | 植物遺伝子の発現相関データベースです。 | |
| Codon Usage Database | かずさディー・エヌ・エー研究所 | 35799 | 2023-01-23 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.kazusa.or.jp/codon/ | 各生物種のコドン使用頻度を収集しているデータベースです。生物種ごとに、各タンパク質をコードする遺伝子から算出されるコドン使用回数を集計し、千分率で表示しています。GC含量も掲載されています。 | ||
| Comparative Genomic Hybridization Database | 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 | NBDC | 1060 | 2014-10-20 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 |
http://www.cghtmd.jp/CGHDatabase/index_j.jsp | 種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。 | |
| ConfC(Database of conformation changes in protein structures) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 3581 | 2012 | 2015-09-19 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://mbs.cbrc.jp/ConfC/ | タンパク質立体構造と機能の関係を動的に扱った研究は、実験的には数多く存在しますが、一般的なドラッグデザインではいまだにタンパク質を静的に扱っています。 タンパク質の動的情報を得るには、実験もしくは分子動力学計算を行う必要がありますが、どちらも全てのタンパク質を網羅するには非常に膨大な時間と労力を必要とします。本データベースは、現在得られているタンパク質立体構造からこの動的情報を抽出しデータベース化したもので、1）進化的構造変化、 2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの3種類をそれぞれ個別に分類したものです。 |
| ConfC[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 臨海副都心センター | NBDC | 182654 | 2016-09-29 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/confc/desc.html | PDB (Protein Data Bank)内のタンパク質立体構造から動的情報を抽出したデータベースです。タンパク質立体構造の動的情報は、1）進化的構造変化、2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの３種類を、それぞれ個別に抽出し、分類した。残基置換や挿入･欠損によるタンパク質の構造安定性や機能発現の変化、立体構造を考慮した遺伝子疾患のメカニズムの研究などにおける重要な基盤となり、タンパク質の動きを考慮したタンパク質機能予測、ドラッグデザイン、ドメイン予測、特定構造をとらない領域予測、遺伝子疾患の診断法や治療法などの応用研究に活用する。 | |
| Cucurbit Genomics Database: CuGenDB | Boyce Thompson Institute (BTI), Cornell University | NBDC | 441415 | 2024-01-26 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://cucurbitgenomics.org/ | メロン、キュウリ、スイカ、カボチャ、ヒョウタンなどのウリ科植物のゲノムデータベースです。全ゲノム情報、RNA-seqコレクション、ESTのデータを収録しています。各生物種ごとに遺伝子名やキーワードによる検索や、バッチクエリー、BLAST、ゲノムブラウザーの利用が可能です。パスウェイ情報へのリンクもあります。 | |
| CyanoBase(Genome database for Cyanobacteria) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 138226 | 2016-02-01 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/ | 財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したシアノバクテリアを含む、37種類のシアノバクテリア、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果を収録しています。 ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。 | |
| D-HaploDB[アーカイブデータ] | 九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 | NBDC | 1963147 | 2015-03-26 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dhaplodb/desc.html | 全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造に関する公開データベース。全胞状奇胎のゲノムは単一精子に由来するため、D-HaploDBでは直接決定されたハプロタイプの情報が得られる。これに対して、例えばハップマップが提供するアジア人ハプロタイプは推定ハプロタイプであり、ある程度の誤りを含むと考えられる。オリジナルサイトではゲノムブラウザ機能を利用でき、また2011年６月に新規アレイデータ（D4）が追加されている。 | |
| DB-SPIRE (Database for Structure-based Protein Interaction Research) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 60004 | 2015-09-19 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://mbs.cbrc.jp/DB-SPIRE/ | 実験的または配列解析（ホモロジー検索とマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を収録しています。アミノ酸配列モチーフデータベースとしてPROSITEとBLOCKSの2種類を用い、タンパク質立体構造データベースとしてProtein Data Bank (PDB)を用いています。 | |
| DB-SPIRE[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 臨海副都心センター | NBDC | 2542074 | 2017-02-23 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dbspire/desc.html | 本データベースは、実験的または配列解析（ホモロジーサーチとマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。PDBのエントリーによっては、配列情報が一致するとは限らないので、どちらか一方だとモチーフ情報を見落とす可能性があるためです。本データベースは,バイオインフォマティクスや生化学・構造生物学の実験研究者が,タンパク質立体構造における機能構造を迅速に把握することを可能にすることを目的にしています。また,タンパク質構造変化部位データベース（ConfC）などと連携し,タンパク質構造機能相関を動的な問題として捉えて,機能部位予測をするための基礎データとすることも可能です。 | |
| DBCLS SRA | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 355290 | 2023-06-13 | > 統合DBプロジェクト | https://sra.dbcls.jp/ | SRA, ENA, DRAに登録された次世代シークエンサからの出力データを対象とした目次を提供しています。具体的にはデータ生産の目的、プラットフォームの種類、生物種別に登録情報を閲覧、検索することができます。 | |
| DBGET Search - ENZYME | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 8077 | 2024-01-06 | > タンパク質 > 機能・局在 | http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?enzyme | KEGG ENZYMEは、IUBMB/IUPAC生化学命名委員会によって定義された酵素命名法(EC番号)を識別子とし、酵素分類、反応式、基質、生成物、補因子、生物種、関連遺伝子、パスウエイ情報が収集されています。トリニティー大学（ダブリン）のExplorEnzデータベースを基にしています。 | |
| DBSCR | 国立研究開発法人理化学研究所 | NBDC | 603 | 2024-01-20 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://dbscr.hgc.jp/ | 抗生物質生産菌である放線菌Streptomyces coelicolor A3(2)とその近縁種の転写制御に関するデータベースです。転写因子、被制御遺伝子、転写開始点のシーケンスや機能、遺伝子位置などのアノテーション情報を、公開された文献から手動で抽出し、掲載しています。「Transcription factors」、「Regulated genes」、「Revised translation start sites (TLSs) 」のリストからデータをブラウズできます。また、キーワード、シーケンス、weight matrixを使用した探索も可能です。 | |
| DBTBS(A database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis containing upstream intergenic conservation information) | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | NBDC | 2033 | 2010-03-17 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://dbtbs.hgc.jp/ | 枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。 947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。 | |
| DBTGR(Database of Tunicate Gene Regulation) | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | NBDC | 1115 | 2022-09-24 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://dbtgr.hgc.jp/ | ホヤ等の被嚢類の転写制御の情報を、文献より抽出したデータベースです。実験情報、遺伝子発現の局在、結合配列、プロモータ領域、文献情報などが収録されています。 | |
| DBTSS(Database of Transcriptional Start Sites) | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | NBDC | 105681 | 2024-01-20 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://dbtss.hgc.jp/ | ヒト、マウス、その他の真核生物の正確な転写開始点を収録したデータベースです。mRNA 5'端に存在するキャップ構造を特異的に選別するオリゴキャッピング法を用いて取得した最新の完全長cDNA配列と、その配列から明らかになった転写開始点およびプロモーター領域の情報を公開しています。 | |
| DDBJ BioSample | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター | NBDC | 70653 | 2023-12-06 | > 細胞・組織 | https://www.ddbj.nig.ac.jp/biosample/index.html | BioSample は実験データを得るために使われた生物試料 (サンプル) についての情報を管理するデータベースです。データは DDBJ，EBI と NCBIのBioSample データベース間で共有されます。生物種情報、試料に関する情報（器官、組織、セルタイプ、採取環境、表現型など）がプロジェクトと関連づけられて提供されます。登録においては、DDBJのBioprojectやDDBJ Sequence Read Archive (DRA)の登録システムと一元化されています。 | |
| DDIDA | 京都大学 | 38060 | 2020-02-20 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 > 医療・薬 > 薬学 |
http://cgs.pharm.kyoto-u.ac.jp/ddida/ | DDIDAは薬、低分子化合物とその身体的応答（疾患／症状）の関係性についてのメカニズムに基づいた情報を提供するために開発されたデータベースです。医薬品、低分子化合物、表現型応答、薬の副作用、薬とターゲットの関係性、低分子化合物と疾患の関係性情報を統合しています。データは、DailyMed、 DrugBank、 KEGG、 GenBank、 OMIM、 MeSH、 AERS、 国際疾患分類 （ICD） といった複数のリソースから取得しており、最終的には専門家によりチェックされ、継続的に更新されています。 | ||
| DDPC | King Abdullah University of Science and Technology | NBDC | 740 | 2023-09-08 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.cbrc.kaust.edu.sa/ddpc/ | DDPCは実験的に検証された前立腺がん関連遺伝子の知識統合データベースです。前立腺がん遺伝子に関して、遺伝子情報、実験的エビデンス、関連タンパク質、オントロジー、関連パスウェイ、関連疾患、オルソログ情報、転写調節因子情報、テキストマイニングの結果が閲覧できます。また、DrugBankからの前立腺がんに関連する医薬品の情報も収録しています。 | |
| DGBY[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 食品総合研究所 | NBDC | 14146 | 2014-02-04 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dgby/desc.html | パン酵母の製造や製パン過程は、パン酵母にとって過酷なストレス（製パン関連ストレス）を伴います。製パン関連ストレスは、ドライイースト製造における乾燥（乾燥ストレス）、菓子パン生地に添加される高濃度のショ糖による高浸透圧（高ショ糖ストレス）、冷凍生地製パン法における凍結・融解（冷凍ストレス）等、広範かつ複合的なものであり、パン酵母の発酵力を著しく低下させます。私共は、これら3つの製パン関連ストレスに着目したパン酵母のポストゲノム研究を行ってきました。 この研究では、1) DNAマイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析（トランスクリプトミクス）、2) 酵母遺伝子破 壊株セットを用いた網羅的表現型解析（フェノミクス）、という二つのアプローチによって、ストレス耐性に関連する遺伝子の情報を取得しました。これらの情報を皆様にご活用頂けるようにデータベース化し、DGBY （Database for Gene function and expression of Baker’s Yeast）として公開致しました。DGBY(Database for Gene expression and function of Baker's yeast (パン酵母遺伝子データベース)) | |
| DGSP Database[アーカイブデータ] | 首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室 | NBDC | 27956 | 2014-02-06 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dgsp/desc.html | ショウジョウバエのGSベクター挿入系統のマップ情報、挿入サイトのゲノム配列、近傍の遺伝子、強制発現される遺伝子、特定のGAL4を使って強制発現を 誘導した時に生じる表現型情報が登録されている。系統については京都工芸繊維大学ショウジョウバエ遺伝資源センターにおいて維持、配布されている。 | |
| DGiDB: Drug Gene Interaction database | McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine | NBDC | 78142 | 2024-03-04 | > 医療・薬 > 薬学 | https://www.dgidb.org/ | DGIdbは薬物と遺伝子の相互作用および創薬可能なゲノム資源に関するデータベースです。 DrugBank、PharmGKB、Chembl、Drug Target Commons、TTDなど、様々な論文、データベース、その他のWebリソースから、薬物と遺伝子の相互作用および遺伝子の創薬への適用可能性情報を専門家によるキュレーションとテキストマイニングにより整理・統合して提供しています。 薬に関するレコード、遺伝子に関するレコード、相互作用に関するレコードに分かれて整理されており、相互に参照できます。すべてのデータは、無料でダウンロードするか（＊ダウンロードページに条件が記載されている場合を除く）、APIを介してアクセスできます。 | |
| DIAM - バイオセイフティ関連の法規制[アーカイブデータ] | （財） バイオインダストリー協会 | NBDC | 50 | 2011-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/diam-regulation-document/desc.html | ＤＩＡＭから提供されている遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、「国内のカルタヘナ法（＊）関連文書」、「海外の法規制の概説」、「カ ルタヘナ法Q&A」についてまとめたデータベース。 （＊カルタヘナ法：遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律）。国内のカルタヘナ法に関する最新情報を幅広く閲覧することができ、遺伝子組換え生物に関わる欧米諸国の規制の解説や関連情報を閲覧できる。 | |
| DIAM - バイオテクノロジーの基礎知識[アーカイブデータ] | （財） バイオインダストリー協会 | NBDC | 173 | 2013-02-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/diam-beginnerinfo/desc.html | ＤＩＡＭから提供されている遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、バイオセイフティに関する基礎知識をまとめたデータベース。 一般市民の方々を対象とするバイオテクノロジーに関する解説（入門編）、代表的な質疑応答集(Q&A)、用語説明を含む。遺伝子組換え体とその技術をめぐる議論の流れ、歴史、考え方について、一般市民が系統的に理解できる入門編（解説）、Q&A、用語集を閲覧できる。 | |
| DIAM - 安全性に関する文献[アーカイブデータ] | （財） バイオインダストリー協会 | NBDC | 88 | 2011-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/diam-safety-literature/desc.html | 微生物やバイオセーフティ関連情報のデータベース「DIAM」で提供される、安全性に関する文献をまとめたデータベース。。1970年代からの遺伝子組換え体とその技術に関わるバイオセイフティの議論の流れ、科学的知見、リスク評価・管理手法に関する文献を閲覧できる。 | |
| DIAM - 微生物情報[アーカイブデータ] | （財）バイオインダストリー協会 | NBDC | 1486682 | 2011-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/diam-microbe/desc.html | 微生物やバイオセーフティ関連情報のデータベース「DIAM」の中で、微生物の「同定・分類関連情報」「安全関連情報」「利用関連情報」に関する情報を提供するデータベース。組換え微生物を産業利用する事業者が、微生物を適切に管理し、関連技術の安全性を確保するための取り組みの一助となるように、同定・分類、安全、利用の３つの観点から微生物の情報を幅広く提供している。 | |
| DMPD[アーカイブデータ] | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 231 | 2011-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dmpd/desc.html | マクロファージに対する LPS 及び PMA 刺激に関連する文献キュレーションを行い、動的なシミュレーションができる CSML 形式の転写制御・シグナル伝達パスウェイモデルを集積したデータベース。【特徴】 マクロファージの分化、活性化に関しての200あまりの重要な文献から、同制御にかかわるパスウェイをXML形式の１つCSMLフォーマットで抽出した、 世界最大のパスウェイシミュレーションモデルデータベースです。 【有用性・活用方法】CSML形式は、システムバイオロジーのソフトウェアの１つ、セルイラストレータで編集、シミュレーションが可能です。マクロファージ関連の研究をおこ なっている研究者は、関連するモデルを検索してさらにそのパスウェイをカスタマイズして利用することが可能です。また、１つのパスウェイの一部を取り出し て利用したり、複数のパスウェイを編集・統合してより大きなパスウェイモデルとして利用することもできます。 また、各モデルはPNGなどの画像でも公開しているため一般的なブラウザでもパスウェイの概要を把握することができます。 | |
| DNAproDB | University of Southern California | NBDC | 4623 | 2023-03-24 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://dnaprodb.usc.edu/ | DNA-タンパク質複合体の構造解析のためのデータベースです。 構造データ、構造処理パイプライン、Web ベースの視覚化ツールで構成されています。 データベースには、Protein Data Bank に含まれる DNA-タンパク質複合体から抽出した３次元構造、残基の結合マップ、タンパク質鎖情報、DNA-タンパク質界面情報などの構造的および生化学的特徴を収録しています。タンパク質、DNA、DNA-タンパク質界面、ヌクレオチド-残基相互作用、もしくはこれらの任意の組み合わせによる検索が可能です。 | |
| DPV | 慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター | NBDC | 11206 | 2024-02-04 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://dpv.cmg.med.keio.ac.jp/dpv-pub/top | 日本人の生殖細胞系列の病的変異（バリアント）の情報を提供するデータベースです。主に難病希少疾患領域における病的変異の情報を、論文からのキュレーションや既存のデータベースから収録しています。変異、疾患、遺伝子のリストから個々のデータを検索・閲覧可能です。登録された全ての変異データは1つのVCFファイルとしてダウンロードでき、NGS等の解析に用いることができます。 | |
| DTA DATABASE | 東京大学 分子細胞生物学研究所 | NBDC | 1870 | 2022-11-12 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/DTA/ | DTA法によってタンパク質を解析した結果を集めたデータベースです。DTA (二面角の推移分析)により定性された高解像度、包括的、非冗長タンパク質のモーションや主なチェーン二面角の大規模な変化に関する情報を収録しています。データは様々な方向からの並べ替えや検索が可能です。またタンパク質のペアリストも利用できます。 | |
| Database for Genetic Engineering of Microalgae (微細藻類遺伝子工学データベース) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 64 | 2010-03-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://riodb.ibase.aist.go.jp/db027/ | 微細藻類の遺伝子組み替えの実用化へ向けて役立つ技術を集めたもので，相互に利用を図ることを目指している．現在は手持ちのラン藻のホストーベクター系を中心に、ベクターの構造，塩基配列，文献などの情報が収められている。 | |
| Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 8 | 2009-10 | 2010-04-23 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://riodb.ibase.aist.go.jp/ffdb/ | 糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)について、塩基配列および発現制御などの研究に役立つ情報を集めたサイトです。 |
| Deinococci Genome Database | 独立行政法人日本原子力研究開発機構 | NBDC | 3067 | 2016-03-26 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://yayoi.kansai.jaea.go.jp/php/DeinoBase/index.php | 放射線耐性菌(Deinococcus) について、DNA修復関連タンパク質のアミノ酸配列、ゲノム上の位置、相互作用の情報が公開されています。ORFのアノテーションに注力しています。サイトでは、データベースに対してprotein/ORF searchやFasta searchを行うことが可能です。 | |
| Dicty_cDB(Dictyostelium cDNA Database) | 筑波大学 | NBDC | 97464 | 2014-07-30 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/cDNA/database.html | 社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報に、さまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースです。 本データベースは、細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析（Dictyostelium cDNA Project in Japan）の成果です。 | |
| Dicty_cDB[アーカイブデータ] | 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 | NBDC | 92301 | 2014-02-06 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dicty-cdb/desc.html | Dicty_cDBは、社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報にさまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースである。 このデータベースは、 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析（Dictyostelium cDNA Project in Japan）の成果である。D. discoideumの全ESTとアセンブリによって得られたUniGeneついて塩基配列とBLAST検察結果等を表示してある。 クローンそのものはNBRPから配布されている（http://nenkin.lab.nig.ac.jp/）。 | |
| Digital Atlas of Actinomycetes | 日本放線菌学会 | NBDC | 123 | 2014-10-02 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.nih.go.jp/saj/DigitalAtlas/ | 日本放線菌学会は、1997年に朝倉書店より 『放線菌図鑑、Atlas of Actinomycetes』を刊行しました。 本書は、10ヶ国120人の研究者から提供された約400枚の放線菌の顕微鏡写真を日本語と英語の説明付きで収載しており、放線菌の形態上の多様性を網羅した唯一のモノグラフとして国際的に高く評価されています。 今回はこれらの写真の中から著者の了解が得られた約120枚を選び、デジタル放線菌図鑑として編集しました。 | |
| Dr.Supplement | Dr-supplement.com | NBDC | 17 | 2024-03-06 | > 医療・薬 > 薬学 > 食品・栄養 |
http://www.dr-supplement.com//index.html | 消費者のために正しいサプリメントの知識や選び方を医師の立場から判りやすく説明しているサイトです。サプリメント総論のコーナーでは、サプリメントを正しく理解するために是非知っておいて頂きたいことについて掲載しています。データベースではサプリメントなどに含まれている各種成分の説明を調べることができます。 | |
| ED-Genes | 福井大学医学部 | NBDC | 923 | 2017-04-04 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.med.u-fukui.ac.jp/SEIKA2/ED-Genes.html | 内分泌かく乱物質が女性生殖器系に及ぼす影響を遺伝子発現の変化としてとらえ、解析したデータベースです。ラットとヒトの生殖器細胞株について、ダイオキシン (TCDD) およびジエチルスティルベステロール（DES）により影響を受けた遺伝子をrepresentational difference analysis (RDA) 法とDNAマイクロアレイを用いた網羅的解析により同定しています。各組織における内分泌かく乱物質による遺伝子発現がコントロールとの比較により示されています。完全長cDNA クローンのAccession No.やUniＧene IDなどの情報を合わせて掲載しています。 | |
| EGTC(Database for the Exchangeable Gene Trap Clones) | 熊本大学 生命資源研究・支援センター | NBDC | 967 | 2020-11-30 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://egtc.jp/action/main/index | 熊本大学発生医学研究センター臓器形成分野で作製した可変型遺伝子トラップクローンのデータベースです。トラップした遺伝子に関する情報や5'-RACE法による同定情報、トラップクローンから樹立したマウス系統情報を掲載しています。各エントリーには、マウスゲノム上の位置、染色体番号、遺伝子名、トラップベクターおよび細胞株、5'-RACE法による塩基配列、ホモロジー検索結果、樹立マウスの情報、各種外部公共データベースへのリンクが含まれています。 | |
| EGTC[アーカイブデータ] | 熊本大学 生命資源研究・支援センター | NBDC | 814 | 2014-02-06 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/egtc/desc.html | 遺伝子を破壊した後で様々な修飾を行うことが出来る可変型遺伝子トラップ法により作製したマウスES細胞のデータベース。登録しているES細胞の一部はキメラマウスを作製し、マウス系統を樹立している。 マウス胚・精子または成体マウスはCARD R-BASEから供給可能である。 また、部位特異的組換えシステムを用いて、レポーター遺伝子を任意の遺伝子に置換することが可能である。 | |
| ELKUType | 九州大学 大学院農学研究院 | NBDC | 1711 | 2024-01-27 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://elkutype.aiic.jp/j-top | ELKUTypeは、九州大学農学研究院昆虫学教室所蔵のタイプ標本情報のデータベースです。タイプ(模式標本)は、新種等のタクソン(分類単位)が設立され、記載命名された時に用いられた標本で、その中の1個体をホロタイプ(完模式標本、holotype)、同時に用いられたこれ以外の標本で指定されたものはパラタイプ(副模式標本、paratype)と呼んでいます。 ELKUTypeは主としてホロタイプに関するデータベースで、各レコードには、学名、和名、目名、科名、原著者、命名年、原記載の出典、タイプの種類と雌雄、タイプ産地、国、保存形式、パラタイプの有無、画像等19項目を収録しています。 | |
| EMDataResource | EMDataResource | NBDC | 32525 | 2024-01-28 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://www.emdataresource.org/ | 生体高分子の3次元電子顕微鏡の電子密度マップのデータやモデル、関連メタデータなどを登録、検索が可能な統合データベースです。各高分子ごとに最初の掲載文献、実験方法、分子数、電子密度マップなどを収録しています。生物種、再構築方法、観察手段などによる絞り込みやキーワードによる検索が可能です。データの評価方法、標準ファイルフォーマットへの変換や可視化のソフトウェアなども提供しています。 | |
| EPFDB (Entomopathogenic Fungi Database) | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構果樹研究所 | 107 | 2024-04-06 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | https://www.naro.affrc.go.jp/org/fruit/epfdb/ | 昆虫病原糸状菌は健全な昆虫にとりつき、昆虫体内に侵入後その昆虫を死に至らしめる糸状菌類を指します。昆虫病原糸状菌データベースの目的は、画像を用いて昆虫病原糸状菌種それぞれの特徴を明らかにすることにあります。 | ||
| ESTs of Lentinus edodes (shiitake mushroom) | 島根大学 | NBDC | 25 | 2014-03-06 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://yoshiki.life.shimane-u.ac.jp/Ledodes.EST/est%20homepage/LeEST.html | シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定しました。EST番号、配列、NCBI BLASTによるホモロジー検索結果（ホモログと相同性）を表形式で掲載しています。 | |
| EU Clinical Trials Register | European Medicines Agency | 28670 | > 医療・薬 > 医学 | https://www.clinicaltrialsregister.eu | he EU Clinical Trials Register contains information on interventional clinical trials on medicines conducted in the European Union (EU), or the European Economic Area (EEA) which started after 1 May 2004. | |||
| Escherichia coli O157:H7 Sakai | 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 | 5447 | 2010-03-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://genome.bio.titech.ac.jp/bacteria/o157/index.html | 腸管出血性大腸菌 O157:H7 Sakai株のゲノム情報データベースです。染色体やプラスミドの種々の情報検索や、関連論文の検索が利用できます。 | ||
| Evola(Evolutionary annotation database) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 42 | 2010-03 | 2010-04-23 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.h-invitational.jp/evola/ | H-InvDBで定義されたヒト遺伝子の分子進化データベースとして、ヒト代表配列（1配列/遺伝子座）と14種の脊椎動物とのオーソログ情報を提供しています。ヒトと各生物種間でスプライシングバリアントを比較することもできます。 |
| Experimental Animal Database Search | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 2041 | 2024-02-03 | > 細胞・組織 | http://shigen.lab.nig.ac.jp/animal/animal1.html | 実験動物の情報データベースです。日本実験動物協会が収集及び提供する動物実験関連情報を検索することができます。 | |
| Extremo Base(Genome Sequences Analyzed by JAMSTEC) | 独立行政法人海洋研究開発機構 | NBDC | 0 | 2021-05-22 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.jamstec.go.jp/gbrowser/cgi-bin/top.cgi | 海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションを公開しています。染色体マップ、タンパクコード遺伝子の基本情報、RNAのコドン使用頻度、tRNA、rRNA、挿入配列などが閲覧できます。他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報も掲載されています。 | |
| EzCatDB(A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 871 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 機能・局在 | http://ezcatdb.cbrc.jp/EzCatDB | Protein Data Bank (PDB)に登録されている酵素の立体構造を情報源として、文献情報などに基づき、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各エントリーには、酵素番号(EC number)、PDB番号、触媒部位、リガンド情報、文献情報、触媒機構に関する情報、Swiss-prot, CATH, KEGG等の公共データベースのリンクが含まれています。 | |
| FABA(Four-dimensional Ascidian Body Atlas) | 慶應義塾大学 | NBDC | 5 | 2024-01-20 | > 細胞・組織 | http://chordate.bpni.bio.keio.ac.jp/faba/1.4/top.html | 多細胞生物の発生の時間的経過に伴う実際の３次元構造画像のデータベース。カタユウレイボヤの受精卵から孵化後幼生までの26段階の発生ステージについて、形態の3次元画像および断面画像を取得し、データベース化しています。これらの画像は、Alexa蛍光ファロイジンで染色したホヤのF-アクチンを共焦点レーザー走査顕微鏡（CLSM）で可視化し、3000枚以上の画像を再構築することで得られたものです。 | |
| FAIRsharing.org(databases) | FAIRsharing | NBDC | 1887 | 2024-01-20 | > 用語解説 | https://fairsharing.org | 生命科学、環境科学、バイオメディカル分野を中心としたデータ共有のためのレジストリサイトです。2017年7月に前身であるbiosharing.orgからFAIRsharing.orgへ変更され、カバー範囲をサイエンス一般に拡大しました。Standards, Databases, Policies, Collectionsの４種の情報をカタログ型に整理し、提供しています。Standardsはオントロジーなどを、Databasesはデータベースに関する情報を、Policiesはデータ共有やメタデータに関するポリシーを、Collectionsは関連する組織等の情報をまとめています。 | |
| FAIRsharing.org(policies) | FAIRsharing | NBDC | 161 | 2024-01-20 | > 用語解説 | https://fairsharing.org | 生命科学、環境科学、バイオメディカル分野を中心としたデータ共有のためのレジストリサイトです。2017年7月に前身であるbiosharing.orgからFAIRsharing.orgへ変更され、カバー範囲をサイエンス一般に拡大しました。Standards, Databases, Policies, Collectionsの４種の情報をカタログ型に整理し、提供しています。Standardsはオントロジーなどを、Databasesはデータベースに関する情報を、Policiesはデータ共有やメタデータに関するポリシーを、Collectionsは関連する組織等の情報をまとめています。 | |
| FAIRsharing.org(standards) | FAIRsharing | NBDC | 1538 | 2024-01-20 | > 用語解説 | https://fairsharing.org | 生命科学、環境科学、バイオメディカル分野を中心としたデータ共有のためのレジストリサイトです。2017年7月に前身であるbiosharing.orgからFAIRsharing.orgへ変更され、カバー範囲をサイエンス一般に拡大しました。Standards, Databases, Policies, Collectionsの４種の情報をカタログ型に整理し、提供しています。Standardsはオントロジーなどを、Databasesはデータベースに関する情報を、Policiesはデータ共有やメタデータに関するポリシーを、Collectionsは関連する組織等の情報をまとめています。 | |
| FANTOM3(Functional Annotation of Mouse 3) | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 18465 | 2010-03-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://fantom3.gsc.riken.jp | マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。 （転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）法の開発を行い、ゲノムワイドな転写開始点の同定を行いました。 | |
| FANTOM4(Functional Annotation of the Mammalian Genome) | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 21402 | 2014-03-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://fantom.gsc.riken.jp/4/index.php?lang=jp | FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果とともに、最新のFANTOMプロジェクトであるFANTOM4で得られた結果を提供しています。 | |
| FANTOM5 | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 15703 | 2014-06-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://fantom.gsc.riken.jp/5/ | FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。 | |
| FANTOM5[アーカイブデータ] | 理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門 | NBDC | 9881 | 2019-09-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/fantom5/desc.html | FANTOMは、理化学研究所のマウスゲノム百科事典プロジェクトで収集された完全長cDNAのアノテーション（機能注釈）を行うことを目的に、林崎良英博士が中心となり2000年に結成された国際研究コンソーシアムである。その役割はトランスクリプトーム解析の分野を軸に発展・拡大してきた。また、プロジェクトの研究対象は、ゲノムの転写産物という「要素」の理解から、転写制御ネットワークという「システム」つまり「生命体のシステム」の理解へ、より高次の階層に向けて着実に進められている。FANTOM5では、FANTOM3ならびにFANTOM4の研究成果を発展させ、様々な種類の細胞について、ヒトゲノムにコードされているプロモーターと転写因子制御ネットワークを明らかにすることを目指している。現在、ヒトの主要な組織、200種以上の癌細胞、30種類の細胞分化やマウス発生の経時解析用サンプル、200種以上の初代培養細胞、などから抽出したRNAについて、Heliscope1分子シーケンサーによるdeepCAGE解析を進めている。FANTOM5での研究により、人体を構成する正常な細胞の性質を制御する遺伝子制御部位について、その活性を細胞の種類ごとに測定した包括的データが得られた。これは、ゲノムから読み解かれる情報を用いた網羅的かつ体系的な「正常細胞の定義」の基礎となるものである。臨床において病理診断で用いられる組織像などによる細胞の分類には限界があり、細胞の種類を定義づける決定的な方法が存在しなかったが、本研究で得られた細胞の定義を今後さらに充実させることで、ヒトゲノムが生成し得る細胞の全体像が明らかになると期待できる。従って今回の成果は、細胞の多様性がどのように制御されているかという問題の解決だけでなく、病的な状態を定義するために必要な「何が正常なのか」という「正常細胞の定義」の基本になるといえる。がんなどの細胞を「正常細胞の定義」で比較することで、どのような異常が発生しているのかを詳細に解析することが可能になり、有効な抗がん剤などの評価に貢献すると期待できる。 | |
| FLJ Human cDNA Database | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 240326 | 2023-11-16 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://flj.lifesciencedb.jp/top/ | 転写開始点の多様性やスプラシシングバリアントに焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースです。ヒト遺伝子数は2万?2万5000と推定されましたが、ヒトmRNAのバリエーションは10万程度と予測されています。この多様性は転写開始点とスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。このデータベースは、経済産業省「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において得られたFLJ完全長cDNA配列、FLJ完全長cDNA配列の5'-EST、公開ヒトcDNA配列、ヒトゲノム配列などを用いて構築されました。 | ||
| FiMSeA | 公益財団法人長尾自然環境財団 | NBDC | 50589 | 2023-06-30 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | https://ffish.asia | 東南アジアの淡水魚を中心とする標本データベースです。ラオス、タイ、カンボジア、ベトナム、マレーシア、ミャンマー、および日本に生息する淡水魚、水生昆虫、貝類の生態写真や標本写真、遺伝子情報、タキソノミー、英語名、和名、タイ語名、生息地などの情報を収録しています。地図からの検索や種名による検索、タキソノミーツリーによるブラウズと検索が可能です。 | |
| FioreDB | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 | NBDC | 127 | 2024-02-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.cres-t.org/fiore/public_db/index.shtml | 「花きCRES-Tプロジェクト」において、シロイヌナズナの様々な転写因子を標的にしてキメラリプレッサー遺伝子サイレンシング法 (CRES-T法)により作成した形質転換体の表現型を収録したデータベースです。形質転換体の表現型から転写因子をサーチする他、形質転換体を作成した遺伝子コンストラクトのリストからもサーチできます。各転写因子について、アノテーション、遺伝子情報、マイクロアレイデータ、CRES-T法による形質転換体の形質などが整理されています。シロイヌナズナ以外の植物での形質転換体の形質に関する情報もあります。 | |
| Fluorome[アーカイブデータ] | 早稲田大学 教育学部理学科 | NBDC | 587374 | 2013-01-31 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/fluorome/desc.html | 原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。各遺伝子破壊株のクロロフィル蛍光挙動をグラフィックに見ることができると共に、その蛍光挙動が２つの遺伝子破壊株の間でどの程度異なるかを定量化し、 自分が注目する遺伝子破壊株とよく似た蛍光挙動を示す遺伝子破壊株をリストアップすることができます。遺伝子の機能を明らかにするためには、遺伝子変異株の表現型の解析が行なわれます。 しかし、遺伝子の機能によって異なる解析手法を使う必要があり、ゲノム単位で大規模な解析を行なうことも困難です。 さらに言えば、そもそも、何の表現型を解析すればよいのか、ということがわからなければ、解析の進めようさえありません。 この状況を打破するために、本プロジェクトではゲノム特定研究の支援を受け、光合成生物のクロロフィル蛍光をプローブとして用い、蛍光という単一の表現型 を使いながら、 ゲノム上の全遺伝子の半分程度について、遺伝子破壊株の表現型を得るシステムを構築しました。マイクロアレイなどを用いた共発現解析などと同様に、自分が興味を持っている遺伝子と何らかの関連がある可能性がある遺伝子を特定の前提条件なしにリストアップすることができます。 | |
| FlyBase: A Database of Drosophila Genes & Genomes | Genetics Society of America | NBDC | 1470 | 2024-02-03 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://flybase.org/ | ショウジョウバエの遺伝情報のデーターベースです。BLASTやGenomeBrowser、分類情報検索やショウジョウバエの成長過程を記録、描画した画像データも含まれています。 | |
| FlyFactorSurvey | University of Massachusetts Medical School | NBDC | 326 | 2024-01-28 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://mccb.umassmed.edu/ffs/ | FlyFactorSurveyはショウジョウバエの転写因子のDNA結合特異性に関するデータベースです。転写因子のDNA結合配列特異性に関するフラットファイルのダウンロードが可能です。Webサイト上では転写因子の一覧表示からデータを選択する他、遺伝子名やタンパク質名からの検索、及び、DNA結合ドメインから検索できます。個々の転写因子のページでは、タンパク質の基本情報に加えて、発現、タンパク質ータンパク質相互作用、３次元構造など多様な情報がリンクされています。 | |
| Flybrain NDB | 東京大学 | 846 | 2024-02-08 | > 細胞・組織 | http://flybrain-ndb.iam.u-tokyo.ac.jp/ | ショウジョウバエの脳について、文献に発表されたすべての神経細胞に関する情報を統一したフォーマットで提供するデータベースです。既知神経の情報を各神経や経路の名称から検索・閲覧できる「ニューロンデータベース」、さまざまな抗体や発現誘導系の発現パターンを提供する「系統／抗体データベース」、脳の神経網システムを体系的に表示する「脳領域データ」、このデータベースに保存されたデータをウエブ上で自由に動かしながら見ることができる「ブレインエクスプローラー」で構成されています。 | ||
| Food Composition Database (食品成分データベース) | 独立行政法人科学技術振興機構 | 15128 | 2024-04-07 | > 食品・栄養 | http://fooddb.mext.go.jp/ | 食品成分データベースは、「五訂増補 日本食品標準成分表」（平成17年1月24日 文部科学省 科学技術・学術審議会 資源調査分科会 報告）、「五訂増補 日本食品標準成分表 脂肪酸成分表編」（平成17年1月24日 文部科学省 科学技術・学術審議会 資源調査分科会 報告）をデータソースとして、食品成分に関するデータをインターネットを通じて提供しています。 | ||
| Full-Anopheles | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | NBDC | 44251 | 2024-01-09 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://fullmal.hgc.jp/index_ag_ajax.html | ハマダラカ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページが機能していません。 | |
| Full-Babesia | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | NBDC | 39543 | 2014-05-08 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://fullmal.hgc.jp/index_bb_ajax.html | バベシア完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。 | |
| Full-Cryptosporidium | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | 69731 | 2023-01-25 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://fullmal.hgc.jp/index_cp_ajax.html | クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページでは配列情報がFASTA形式で取得できます。 | ||
| Full-Echinococcosis | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | 8348 | 2024-02-22 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://fullmal.hgc.jp/index_em_ajax.html | エキノコックス完全長cDNAデータベースには、クローンシーケンス情報がBLASTN(nt),BLASTX(nr),BLASTN(Em EST)と比較した結果と共に掲載されています。また、BLASTSearchも使用することができ、本DBの配列と比較することが可能になっています。 | ||
| Full-Toxoplasma | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 146888 | 2024-03-27 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://fullmal.hgc.jp/index_tg_ajax.html | トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベースです。各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされています。 | |
| Full-Tsetse | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | 38965 | 2024-03-19 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://fullmal.hgc.jp/index_arth.html | ツェツェバエ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。ダウンロードページが機能していません。 | ||
| GAIN | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 2026 | 2017-06-06 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/gain/ | 日本国内のヒト上科 （チンパンジー、ゴリラ、オランウータン、テナガザル）に関連する情報ネットワークです。 日本列島における分布図、家系図、個体簿など種々の情報をデータベース化して管理し、学術研究の発展を図ると同時に、類人猿の福祉と保全活動を行っています。そのために日本にすむ類人猿に関する情報 (写真や資料など)の提供を求めています。国立遺伝学研究所と京都大学（霊長類研究所と野生動物研究センター）が連携しており、事業の中核となる霊長類研究所は平成２２年度より共同利用・共同研究拠点としてＧＡＩＮ事業を実施します。 | |
| GALAXY (Glycoanalysis by the three axes of MS and chromatography) | 名古屋市立大学 大学院薬学研究科 | JCGGDB | 470 | -- | 2010-03-17 | > 糖・脂質 | http://www.glycoanalysis.info/galaxy2/ | アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載しています。これまでに解析蓄積した500種類に及ぶPA糖鎖の構造式、 ODSカラム及びアミドカラムにおける溶出位置、マススペクトロメトリーで得られるPA糖鎖の分子量、コード番号、 試料糖鎖の起源、 参考文献が含まれています。 |
| GDBS[アーカイブデータ] | （独）産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター | NBDC | 5336031 | 2015-03-26 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/gdbs/desc.html | NEDO遺伝子多様性モデル解析事業(http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/lsdb_project/show/19)において実施された、自己免疫疾患（関節リウマチ、尋常性乾癬）及び摂食障害に関連するSNPsを同定するためのタイピングデータ。実験の進行順に以下の３種類のタイピングデータが公開されている。1.pooled DNAタイピング 2.個別タイピング 3.SNPタイピング | |
| GENIUS II[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 臨海副都心センター | NBDC | 2045063 | 2018-01-23 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/genius/desc.html | 多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて234生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。 | |
| GENIUS Ⅱ | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 7808 | 2010-03-17 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://genius.cbrc.jp | 多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて、全ゲノム配列が決定されている生物種の全ORFコードタンパク質を構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。 | |
| GETDB[アーカイブデータ] | 京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源研究センター | NBDC | 4250 | 2014-02-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/getdb/desc.html | ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、 それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定した。 また挿入位置をゲノム配列上にマップして遺伝子との対応関係を２１５７カ所の独立したサイトについて明らかにした。 本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されている。系統については国立遺伝学研究所と京都工芸繊維大学ショウジョウバエ遺伝資源センターにおいて維持、配布されている。 | |
| GGDB(GlycoGene Database) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | JCGGDB | 189 | -- | 2010-03-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 > 糖・脂質 |
http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb/ | 糖鎖合成に関連する遺伝子や、糖転移酵素の基質特異性に関する情報を収集しています。 |
| GIB(Genome Information Broker) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 1050 | 2011-02-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://gib.genes.nig.ac.jp | 既に公開されている微生物ゲノムに対して、付加されている生物学的情報や配列を検索、取得できるデータベースシステムです。古細菌、真正細菌、数種類の真核生物のデータが登録されています。 | |
| GLIDA(GPCR-Ligand Database) | 京都大学 大学院薬学研究科 | NBDC | 23429 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 相互作用 > パスウェイ・相互作用・生体反応 |
http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/ | Gタンパク質共役受容体(GPCR)は、細胞外の化学的情報を細胞内に伝達する機能を有する膜タンパク質であり、創薬標的として最も注目されている遺伝子ファミリーの１つです。200以上のヒト由来GPCRが結合するリガンドが不明な「オーファン」として残されています。これらのリガンドを明らかにし、その生理機能と作用機構を解明すれば、全く新しい作用を持った薬の開発につながる可能性があると考えられます。GLIDAは、GPCRに関連した創薬探索やGPCR及びリガンド情報を求めている人たちのために開発されたデータベースです。GLIDAは以下の特徴をもちます; 1. GPCRに関する生物学的知見及びリガンドに関する化学的情報をカバーした高度検索システム、2. GPCR及びリガンドそれぞれの検索機能、3. GPCRとリガンド間の相互検索。 | |
| GMDB(Glycan Mass Spectral DataBase) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 6 | 2009-10 | 2010-04-23 | > 糖・脂質 | http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb/Ms_ResultSearch | GMDBは、N-結合型糖鎖、O-結合型糖鎖、糖脂質糖鎖およびこれらの糖鎖の部分構造のMS2、MS3、およびMS4スペクトルのデータベースです。 |
| GPIアンカー型タンパク質候補遺伝子データベース | 株式会社情報数理バイオ・明治大学 | NBDC | 3 | 2024-01-12 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://www.imsbio.co.jp/GPIAPsPred/ | ヒト、ウシ、マウスのゲノムから新規GPIアンカー型タンパク質の遺伝子を予測した結果のデータベースです。N末端、C末端からの30残基以内の平均疎水性値、C末端から30残基以内で最も平均疎水性値が高くなる残基位置、PSSMに基づく識別スコアの一覧がダウンロードできます。 | |
| GRIPDB[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 臨海副都心センター | NBDC | 38329 | 2017-07-27 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/gripdb/desc.html | Gタンパク質共役型受容体同士の相互作用ペアについての情報を提供するデータベースです。実験または予測により確認された相互作用領域の情報が格納されています。ペアを構成するモノマーの立体構造上での相互作用インターフェイスの位置情報も、実験もしくは予測により提供されています。相互作用のためのインターフェイスへの変異導入は、相互作用ペアの機能解析のための指針となります。インターフェイスを模倣したペプチドもしくは低分子の設計は、機能制御に利用できます。 | |
| GTOP(Genomes To Protein structures and functions) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 788834 | 2010-03-17 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/ | ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースです。配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析(PROSITE)、ファミリー分類(Pfam)、膜貫通へリックス予測(SOSUI)、コイルドコイル予測(Multicoil)、繰り返し配列解析(RepAlign)の結果が収録されています。 | |
| GWAS(Genome Wide Association Study Database) | 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC | 11 | 2020-07-25 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 > 医療・薬 > 医学 |
https://gwas.biosciencedbc.jp/cgi-bin/gwasdb/gwas_top.cgi | ゲノムワイド関連解析（非血縁の患者群と健常対照群を対象として、疾患遺伝子と多型マーカーの連鎖不平衡をゲノム全域にわたって検出する手法）によって得られたデータの管理と共有を目的として構築されたリポジトリー型のデータベースです。 | |
| Gastrointestinal Medical Image Database (消化管医用画像データベース) | 国立病院機構九州がんセンター | 2030 | 2024-04-13 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.midb.jp/db/jp/ | 匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化しています。独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター によって運営されています。 | ||
| Gclust Server[アーカイブデータ] | 東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系 | NBDC | 204748 | 2011-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/gclust/desc.html | 比較する全生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づいて，類似度の閾値を自動的に設定しながら， 相同タンパク質の分類を行うのがGclustの特徴である。また，機能未知タンパク質についても相同クラスタができるため， 注目する生物群に特有の相同クラスタを見つけることにより， それら生物群に固有の生理機能にかかわるタンパク質を発見する手がかりを与えることができる（系統プロファイリング）。 Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースである。相同タンパク質を多数の生物について比較することは，比較ゲノム研究のもっとも基本となるところであるが，従来の方法では， ゲノムを１対１で比較したデータを集めるのが普通であった。 タンパク質の種類によって，類似度には大きな差が有り，非常に保存性の高いタンパク質グループもあれば，かなり保存性が低いオルソログも存在する。 こうした点を考慮しながら，ゲノム特定の公募研究として，自動的にオルソログクラスタを作る手法を開発し，光合成生物特有のタンパク質群の機能解析に応用 した。 | |
| GenEpid-J: Database of Pathogen Genomics and Epidemiology | 厚生労働省 国立感染症研究所 | NBDC | 4 | 2024-02-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | https://gph.niid.go.jp/genepid-j/ | 薬剤耐性菌のゲノムデータベースです。国内外で分離された患者・家畜・環境など様々な由来の菌株について、プラスミドゲノムと染色体ゲノムを分離したうえで解読・解析し、付随する疫学情報と共にデータベースとして蓄積しており、特定の耐性遺伝子についてその分布状況を迅速に把握することができます。AMED研究班員のみ内部データベースが利用できます。外部研究者が閲覧できるのは、薬剤耐性菌（AMR）およびコレラ菌についての解読・登録数の外観のマップ表示のみですが、関連の各種ツールが利用できます。 | |
| GenLibi[アーカイブデータ] | 独立行政法人 科学技術振興機構 | NBDC | 216 | 2014-04-03 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/genlibi/desc.html | 遺伝子文献情報連携システム「GenLibi」は、JST文献情報JDream IIから得られた遺伝子機能や関連する疾患／表現型を提供するシステムです。遺伝子関連疾患名や表現型から関連する文献情報を得ることができます。オリジナルサイトでは、EntrezGene, RefSeq, HGNC, KEGG PATHWAY, Reactome, KEGG SSDB, JDream IIより情報を得て、ヒト、ラット、マウスの遺伝子について、遺伝子、蛋白質、多型、パスウェイ(代謝経路や生命現象の回路図)、疾患／表現型、オーソログ／アミノ酸配列を合わせて提供していました。 | |
| Gene Wiki | ウィキメディア財団 | NBDC | 7561 | 2022-11-21 | > 用語解説 | http://en.wikipedia.org/wiki/Portal:Gene_Wiki | Wikipediaの仕組みを用いてヒトの遺伝子やタンパク質に共同でアノテーションを付与することを目的としています。 | |
| Gene(Entrez Gene Human) | National Center for Biotechnology Information | NBDC | 47742 | 2024-03-01 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene | 生物種別の遺伝子単位でエントリーを構成しており、NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載しています。染色体上の位置、配列、発現、構造、機能、ホモロジーデータのような遺伝子をベースとした情報を提供しています。 | |
| Gene(Entrez Gene Mouse) | National Center for Biotechnology Information | NBDC | 77351 | 2022-11-15 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene | 生物種別の遺伝子単位でエントリーを構成しており、NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載しています。染色体上の位置、配列、発現、構造、機能、ホモロジーデータのような遺伝子をベースとした情報を提供しています。 | |
| GeneReviews | University of Washington, Seattle | NBDC | 847 | 2024-02-03 | > 文献 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1116/ | GeneReviews are expert-authored, peer-reviewed disease descriptions ("chapters") presented in a standardized format and focused on clinically relevant and medically actionable information on the diagnosis, management, and genetic counseling of patients and families with specific inherited conditions. | |
| GeneReviews 日本語版サイト | 信州大学医学部附属病院遺伝子診療部 | NBDC | 138 | 2016-02-10 | > 文献 | http://grj.umin.jp/ | GeneReviews JapanはGeneTestsの運営責任者であるDr. Roberta A Pagon (Professor, Department of Pediatrics, University of Washington, Children's Hospital Regional Medical Center, Seattle, Washington)の許可を得て，重要性の高いと思われる項目 を中心に日本語訳を進め，それを多くの方々に利用していただけるよう発信する遺伝 情報サイトです．このサイトは全国遺伝子医療部門連絡会議の支援を受け、事務局を 信州大学医学部附属病院遺伝子診療部において運営されています． | |
| Genetics Home Reference (Chromosomes) | National Library of Medicine | NBDC | 25 | 2016-02-10 | > 文献 | http://ghr.nlm.nih.gov/chromosomes | Genetics Home Reference provides consumer-friendly information about the effects of genetic variations on human health. This content shows Chromosomes, mitochondrial DNA, and associated health conditions. | |
| Genetics Home Reference (Glossary) | National Library of Medicine | NBDC | 1735 | 2016-02-10 | > 文献 | http://ghr.nlm.nih.gov/glossary | Genetics Home Reference provides consumer-friendly information about the effects of genetic variations on human health. This content shows medical and genetics definitions. | |
| Genetics Home Reference (Resources) | National Library of Medicine | NBDC | 15 | 2016-02-10 | > 文献 | http://ghr.nlm.nih.gov/Resources | Genetics Home Reference provides consumer-friendly information about the effects of genetic variations on human health. This content shows links to other genetics information and organizations. | |
| GenoBase ver.6[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 生体情報学講座 | NBDC | 56242 | 2013-02-26 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 |
http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/genobase-v6/desc.html | GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。大腸菌K-12(W3110)のORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録している。 | |
| Genome Network Platform | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 60334 | 2015-09-19 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://genomenetwork.nig.ac.jp/ | 「ゲノムネットワークプロジェクト」は転写制御を中心とした生体内のネットワークを網羅的に探査し、その全容を明らかにすることを目的としています。 | |
| Genome Project of Streptomyces avermitilis | 北里大学 北里生命科学研究所 | NBDC | 15 | 2021-08-18 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp/ | 抗寄生虫剤エバーメクチンを生産する放線菌Streptomyces avermitilisの全ゲノム配列と、さまざまなアノテーションが掲載されています。配列情報、物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、二次代謝産物、種特異的遺伝子、コドン使用頻度、16S rRNAによる系統樹などが表示されます。 | |
| Genomic Object Net Pathway Database | 山口大学 理学部 | NBDC | 28 | 2023-02-11 | > タンパク質 > 相互作用 > パスウェイ・相互作用・生体反応 |
http://ds0n.cc.yamaguchi-u.ac.jp/~mzemi/gon/public_html/path_menu.html | Genome Object Net (GON) は、生体パスウエイのモデリングやシミュレーションのためのソフトウェアプラットフォームで、hybrid functional Petri net (HFPN)とXML技術を基本としています。本サイトでは、HFPNのパスウエイモデルを詳細な説明情報とともに提供しています。 | |
| GlyGen | University of Georgia, George Washington University | NBDC | 30872 | 2024-03-08 | > 糖・脂質 | https://www.glygen.org/ | 糖質と糖鎖複合体のデータベースです。国際的な複数のデータベースから情報を取得し、情報源のデータベース、生物種、機能、アミノ酸配列、パスウェイ、アイソフォーム、オルソログ、関連疾患、変異、発現などの多くの情報を統合、組み合わせて提供します。糖鎖の構造、タンパク質の配列、糖タンパクの構造組み合わせによる詳細な検索が可能です。また、糖鎖、タンパク質、生物種、疾患に着目した簡易検索もできます。データセットについては研究対象、生物種、データファイルタイプなどによる絞り込みと各データセットのダウンロードが可能です。 | |
| GlyTouCan | GlyTouCan Project Team | NBDC | 226584 | 2024-02-02 | > 糖・脂質 | http://glytoucan.org/ | 糖鎖構造データを収録した国際糖鎖構造リポジトリです。単糖類組成からグリコシド結合形状などの明確な構造まで、構造に不一致がない限り世界的にユニークなアクセッション番号を付けて登録することができます。キーワード、モチーフ、糖鎖構造画像からの検索、モチーフや糖鎖のリストからのブラウズが可能です。 | |
| GlycoForum | 生化学工業株式会社 | JCGGDB | 803 | 2010 | 2010-03-17 | > 糖・脂質 | http://www.glycoforum.gr.jp/indexJ.html | 糖質科学に関する総合情報サイトです。国内外の複合糖質研究の最前線を網羅しています。 |
| GlycoPOD(GlycoScience Protocol Online Database) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | JCGGDB | 169 | 2012 | 2012-06-11 | > 文献 > タンパク質 > 機能・局在 > 糖・脂質 |
http://jcggdb.jp/GlycoPOD/ | 平成21年度に立命館大学糖鎖工学研究センターと産総研糖鎖医工学研究センターとの共同事業としてスタートした糖鎖科学実験マニュアルです。“書いてあるように進めて行けば必ず上手く行く”実験書を目指しています。 |
| GlycoProtDB[アーカイブデータ] | 独立行政法人 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター グライコプロテオーム解析チーム | NBDC | 7680 | 2015-04-09 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/glycoprotdb/desc.html | 質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質のデータベース。由来の生物種、試料組織、同定されたタンパク質の アミノ酸配列上の糖鎖付加位置、当該部位を含む糖ペプチドと親和性を示すレクチンの種類、の他、アミノ酸配列上の構造モチーフ(シグナル配列や膜貫通領域 の予測データ)、および同定された糖タンパク質の類縁分子についての外部データベースへのリンク、を含む。興味あるタンパク質に糖鎖が結合しているか、結合している場合はその位置と、その部位に結合している糖鎖と親和性を示したレクチン名を知ることができる。 ただし、結合していないことを確定することはできない。糖鎖付加位置情報は膜タンパク質の配向を推定するために有効であり、また配向の予測プログラムを開 発する際の学習セットとして利用できる。またマウスタンパク質については、発現している組織の情報を得られる。 | |
| Glycoepitope Antibody | 立命館大学 | NBDC | 856 | 2012 | 2024-04-12 | > 糖・脂質 | https://www.glycoepitope.jp/ | 抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。 |
| Glycoepitope General | 立命館大学 | JCGGDB | 136 | 2012 | 2010-03-17 | > 糖・脂質 | http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope/ | 抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。 |
| Glycoepitope GlycoLipid | 立命館大学 | JCGGDB | 136 | 2012 | 2010-03-17 | > 糖・脂質 | http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope/ | 抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。 |
| Glycoepitope GlycoProtein | 立命館大学 | JCGGDB | 136 | 2012 | 2010-03-17 | > 糖・脂質 | http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope/ | 抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。 |
| Gray’s Anatomy of the Human Body | Bartleby.com, Inc. | 1527 | 2024-02-28 | > 用語解説 > 医療・薬 > 解剖 |
http://www.bartleby.com/107/ | Gray’s Anatomy of the Human Bodyは人体解剖学に関する1247点の版画や、Antrum of Highmore（ハイモア洞）からZonule of Zinn（毛様小帯）に至る13,000項目の記事を掲載している1918年に出版されたHenry Grayの著書です。Bartleby.comのサイトより電子テキストを無料で閲覧できます。 | ||
| H-ANGEL(The Human Anatomical Gene Expression Library) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 28359 | 2012 | 2012-03-28 | > 遺伝子発現・転写制御 > SAGE, CAGE, ATAC-PCR, iAFLP等 | http://www.h-invitational.jp/hinv/h-angel/wge_top.cgi | ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示し,遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。 |
| H-DBAS(Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 26505 | 2022-09-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://h-invitational.jp/h-dbas/simple_search.jsp | H-InvDBの配列データに基づく選択的スプライシング（alternative splicing, AS）のデータベースです。 | |
| H-InvDB(H-Invitational Database) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 249012 | 2014-11-28 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.h-invitational.jp/ | H-InvDBはヒトのすべての転写産物を対象とした統合データベースです。ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアント、機能性RNA、タンパク質としての機能、機能ドメイン、細胞内局在、代謝経路、立体構造、疾病との関連、遺伝子多型（SNP、マイクロサテライト等）、 遺伝子発現プロファイル、分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用(PPI)、遺伝子ファミリー などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。 | |
| HACCP関連情報データベース | 財団法人食品産業センター | NBDC | 292 | 2024-04-14 | > 食品・栄養 | https://haccp.shokusan.or.jp/ | 食品の安全性の確保や品質管理の徹底に関する要請はより一層高まっており、消 費者に安全で高品質な食品を提供するため、食品の製造過程におけるＨＡＣＣＰ手法の導入が要請されています。しかしながら、その導入のためには一定施設の整備と共に、専門的知見の入手が必要なことから、中小企業が多数を占める食品製造業者にとって困難をともなう面があります。そこで、中小の食品製造業者によるＨＡＣＣＰのさらなる導入推進にむけて、必要となる技術情報に係るデータベースを構築し、環境整備を促進することを目的としています。 | |
| HATODAS2 | 独立行政法人理化学研究所 | NBDC | 434 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 機能・局在 | http://hatodas.harima.riken.go.jp/hatodas_v2/query/queryheavy.jsp | 重原子化によるタンパク質の耐熱化データベース | |
| HATODAS[アーカイブデータ] | 独立行政法人理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター | NBDC | 3270 | 2018-01-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/hatodas/desc.html | タンパク質のＸ線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース。タンパク質の配列や結晶化条件から重原子化実験に使う重原子化合物や実験条件を検討するために役立つ。 （ただしアーカイブにはインタフェイスは含まれていない。 インタフェイスはhttp://hatodas.harima.riken.jp/ で利用可能である。） | |
| HGPD(Human Gene and Protein Database) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 21338 | 2011-03 | 2014-02-27 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 > タンパク質 > 発現 |
http://hgpd.lifesciencedb.jp/cgi/ | 「タンパク質機能解析プロジェクト」及び「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」において、約2万2千個のヒト遺伝子の約70％にあたる約15,000種に対応する世界最大のヒトGatewayRエントリークローンを作製し、世界最大規模のタンパク質発現リソースを構築しました。 |
| HHDB[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 量子科学技術研究開発機構 量子ビーム科学研究部門 | NBDC | 75457 | 2018-06-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/hhdb/desc.html | 水素及び水和水を含むタンパク質や核酸の立体構造データ（中性子回折法や高分解能Ｘ線回折法による）に含まれる水素結合のデータベース。各種グラフを用いた統計情報閲覧機能、3次元表示を用いた分子構造閲覧機能を持つ。（オリジナルサイトは休止中。またこれらの機能はアーカイブには含まれていない。） | |
| HINTdb(Homologous Interactions Database) | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 176983 | 2015-09-12 | > タンパク質 > 相互作用 | http://hintdb.hgc.jp/hint/ | 実験的に決定したタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。配列相同性を元にグループ化されています。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち87,026件の相互作用にはホモログが存在します。 | |
| HPO: Human Phenotype Ontology | The Jackson Laboratory | NBDC | 18484 | 2024-03-03 | > 医療・薬 > 医学 | https://hpo.jax.org/ | The Human Phenotype Ontology (HPO) はヒトの疾患に関連する形質の標準化された語彙を提供しています。医学論文、Orphanet、DECIPHER,やOMIMを基に開発されており、疾患と関連する形質の語彙や、疾患に関連する遺伝子情報が収載されています。疾患名、形質、遺伝子名で検索することができます。 | |
| Hepatitis Virus Database (Analysis results of hepatitis virus gene, lineage) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 5 | 2015-09-19 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 |
http://s2as02.genes.nig.ac.jp/ | 肝炎ウィルス (B型、C型、E型）の各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、全遺伝子配列を対象にした系統樹、アライメント、距離行列を掲載しています。ユーザ登録が必要なアカウントモードと、フリーで閲覧できる（データに制限あり）非アカウントモードに分かれています。 | |
| Het-PDB Navi(A navigator of small molecules in Protein Data Bank which is called heterogen atoms or in short hetatoms) | 長浜バイオ大学 | NBDC | 259340 | 2024-04-23 | > タンパク質 > 相互作用 | http://hetpdbnavi.nagahama-i-bio.ac.jp/index.php?mode=0 | タンパク質の立体構造がどのような低分子（ヘテロ原子）との共結晶で決定されているかを知ることを目的に、Protein Data Bank (PDB)にエントリーされているタンパク質と低分子の相互作用を収集したデータベースです。PDBに最も多く含まれている低分子は、カルシウム、亜鉛、マグネシウムなどの金属イオンであり、その次に糖分子やヌクレオチドが多く含まれています。これらの低分子は酵素の補因子として働いたり、タンパク質の構造安定化に寄与しています。 | |
| Heterozygosity of the Microsatellite Markers in the Japanese Population[アーカイブデータ] | 九州大学 生体防御医学研究所付属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 | NBDC | 5037 | 2013-02-27 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/heterozygosity-jp/desc.html | 日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度のデータベース。日本人集団を対象とした連鎖解析や相関解析に有用なマーカー選択の基盤を整備した。日本人におけるマイクロサテライトマーカーのヘテロ接合度を示すと同時に，連鎖解析に有用なマーカーセット検索，ならびに相関解析に有用な遺伝子領域に位置するマイクロサテライトマーカーの検索が可能な点に特長がある。 | |
| HitPredict (A database of high confidence protein-protein interactions) | 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター | NBDC | 154539 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 相互作用 | http://hintdb.hgc.jp/htp/htp.html | ハイスループットデータから予測した高信頼性のタンパク質-タンパク質相互作用を収録したデータベースです。IntAct、BIOGRID、HPRDのタンパク質相互作用情報を集結させ、アノテーションと信頼度スコアを付与しました。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち116,118件が信頼性の高い予測結果です。 | |
| IDMPD-BJ | 骨系統疾患コンソーシウム | NBDC | 42 | 2024-02-10 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www.riken.jp/lab-www/OA-team/JSDC/dia-support/list2.html | 骨、関節の単一遺伝病の遺伝子診断を行なうために不可欠な、疾患遺伝子の遺伝子変異と遺伝子多型のデータ、表現型との対応データを収集したデータベースです。骨系統疾患コンソーシウムが大規模に行なってきた解析研究により収集されたデータで、300人余の疾患データ （病歴、約500枚のレントゲンフィルム他） と遺伝子変異データ、50余の疾患遺伝子のデータ、遺伝子変異データ、遺伝子多型データ （遺伝子多型の位置と日本人集団での頻度） を含んでいます。症例と臨床像のデータを見るには登録が必要です。プライマーや遺伝子多型のリストは登録なしで見ることができます。登録によりID、パスワードが発行された後に臨床所見、画像情報を送付すると、コンソーシウムメンバーによる診断も行われます。 | |
| INE(INtegrated Rice Genome Explorer: NIAS DNA Bank イネのデータベース) | 独立行政法人農業生物資源研究所 | NBDC | 3635 | 2010-03-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html | イネの染色体の連鎖地図、物理地図、EST Mapを掲載。現在はWhoGA (http://rgp.dna.affrc.go.jp/whoga/index.html.ja)から提供されている。 | |
| INOH[アーカイブデータ] | 東京大学大学院新領域創成科学研究科 | NBDC | 13199 | 2013-02-27 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/inoh/desc.html | 専門家が科学文献中に記述されている生体内分子機序に関する知識を抽出し、計算機による様々な処理ができるような形式で電子化したデータベース。オントロジーによる詳細なアノテーションが付与されたシグナル伝達パスウェイデータベース。専門家が論文からデータ抽出を行い、パスウェイの要素にオントロジーをアノテーションしている。キュレーションツールであるINOH client は、フリーで公開している。オントロジーのWeb検索ツール（Ontology Viewer）により、興味あるオントロジータームがアノテーションされたパスウェイデータをダウンロードすることができる。高度なパスウェイ推論検索システム（Similarity Search）は、オントロジーの階層、複合体の階層、イベント間のつながり、分子間の相互作用などから類似パスウェイを検索することができる。パスウェイデータは、BioPAX Level2,evel3フォーマットで公開している。 | |
| INSDC: International Nucleotide Sequence Database Collaboration | European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター, National Center for Biotechnology Information (NCBI) | NBDC | 28 | 2024-03-02 | > 用語解説 > 細胞・組織 |
http://www.insdc.org/ | 本サイトは、３大DNAデータベースであるDDBJ、ENA(European Nucleotide Archive)、 NCBIの協力で運営されるINSDC(International Nucleotide Sequence Database Collaboration)のポータルサイトです。INSDCは連携して塩基配列のアクセションIDの共通化やデータ形式の統一(INSD-XML)などに取り組みながら、個々の拠点におけるWebサービスの開発が行われています。INSDCが連携して構築・運営しているデータベースは国際塩基配列データベース (International Nucleotide Sequence Databases, INSD) と呼ばれます。 | |
| INstruct | Cornell University | NBDC | 4640 | 2022-07-07 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://instruct.yulab.org/ | 構造解析データを基にしたタンパク質間相互作用のデータベースです。PDBに収録されている既知の共結晶データから得たドメイン間相互作用情報を基に、タンパク質間相互作用を推論しています。レコード内で各タンパク質間相互作用はそのドメイン間相互作用として示され、クエリと同じドメインペアをもつタンパク質のサジェッションも行われます。 | |
| Index to Chromosome numbers in Asteraceae[アーカイブデータ] | NBDC | 219009 | 2023-03-27 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/asteraceae-chr-index/desc.html | このデータベースの名称がキク科植物の情報に限定しているような印象をあたえるが、キク目に含まれる13科（多くの科が研究者になじみが薄いため、代表的なキク科をdatabase名に使用）全部の分類・系統・進化の解明に必要な情報を集めたものです：ウリノキ科 (Alangiaceae)、アルセウオスミア科 (Alseuosmiaceae)、アルゴフィラ科 (Argophyllaceae)、キク科 (Asteraceae) 、カリケラ科 (Calyceraceae)、キキョウ科 (Campanulaceae)、カルポデタ科 (Carpodetaceae)、クサトベラ科 (Goodeniaceae)、ミツガシワ科 (Menyanthaceae)、ペンタフラグマタ科（Pentaphragmataceae)、フェリネ科(Phellinaceae)、ローセア科 (Rousseaceae)、スチリダ科 (Stylidiaceae) の植物名(学名、ラテン語)、科以下の分類ランク名 (亜科、連、亜連、属、種、亜種、変種)、染色体数、DNA量、核及び葉緑体DNAの塩基配列（genBank access番号)、 調査個体数、材料産地、繫殖方法、発表論文著者名、発表年、論文名、掲載誌名、巻号、ページを収録したデータベースです。■ キク科植物は、被子植物(花の咲く植物)最大の科で、24,000～30,000種が知られており、被子植物全体の1/8～1/10を占める。地球の歴史の中で最も新しい植物群と考えられており、現在も活発に種分化(新しい種が誕生すること)がおきており、主要な穀物(小麦、イネ、トウモロコシ)に次ぐ多数の研究者が集中して研究している。 染色体数の情報は、生物の系統と進化を明らかにする上で極めて重要である。 報告されたデータは、膨大な量になっているので、必要な情報を速やかに検索・利用できるsystemが必要になってきている。■ 調査がすんだ全ての植物の科の染色体数のIndexは、Darlington & Wylie (1945, 1955), Fedrov (1969, 1974), Moore (1967-1971, 1973, 1974), Goldblatt et al. (1975-2003)等により、科名、属名、種名、染色体数、発表論文著者名、文献が記載され、2～3年に1度、印刷され販売されてきた。 そのため、以前の情報は、継続的にこれらの文献を購入している機関(日本では、神戸大学と国立科学博物館だけが保有)を除き、かなり入手しにくくなっている。 そこで全国の関係者から問い合わせが私(渡邊) にあり、その度に過去のIndexをくって情報を提供してきた。■ 継続的にこれらの文献を購入していない発展途上国や後進国では、新しく調査して得られたdataが、すでに他の研究者により発表されていたり、以前に発表されたdataと食い違いがあるのにもかかわらず、何の検討もされず報告されるケースが増えてきた。 さらに、新しい分子系統学が発展したのに伴い、キク科の分類、系統関係の解明が著しくすすみ、亜科(Subfamily)、連(Tribe),属(Genus)、種(Species)、の改訂、修正、記入漏れ等が多くなり、過去のdataの見直し、再整理が必要になってきた。■ このdatabaseにより、この研究分野の情報整理と問題点、絶滅前に早急に調査が必要な分類群や地域等を明確にして、集中的な研究の取り組みが可能になる。このdatabaseを公開することで、世界中の研究機関、大学、個人が、無料で情報の利用が可能になる。 | ||
| Integbioデータベースカタログ | 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC | 1642 | 2018-02-01 | > 統合DBプロジェクト | http://integbio.jp/dbcatalog | 国内外の生命科学系データベースのカタログです。各データベースの所在情報と、データベースについての説明や生物種などのさまざまな属性情報 (メタデータ)をまとめたリストを作成し、提供しています。2011年12月にベータ版を公開し、2012年10月には正規公開版サイトを公開しました。本カタログでは以下の既存のデータベースカタログのエントリーを照合し、記載内容の統合を行ったものをレコードとして収録しています。さらに各省で情報収集を進め国内の生命科学系データベース情報の網羅を目指しています。●文部科学省 バイオサイエンスデータベースセンター「生命科学系データベースカタログ」、「WINGpro」●経済産業省 MEDALS「データベース便覧」●農林水産省 AgriTOGO「データベース便覧」●厚生労働省 医薬基盤研究所のホームページから公開されているデータベースリンク集 | |
| J-CHECK: Japan chemical collaborative knowledge database | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 | NBDC | 59487 | 2018-07-24 | > 用語解説 | http://www.safe.nite.go.jp/jcheck/top.action?request_locale=ja | J-CHECKは、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」にかかわる厚生労働省、経済産業省及び環境省が、化学物質の安全性情報の発信基盤の充実・強化を目指して化学物質の安全性情報を広く国民に発信するため作成するものです。化審法対象物質リストの他、公示物質や既存化学物質、届出不要物質のリスト、国が保有する化学物質の有害性情報等を収録しています。CAS番号、化学物質名称、法規制分類などによる検索が可能です。 | |
| J-STAGE | 独立行政法人 科学技術振興機構 | 201944 | 2023-05-26 | > 文献 | https://www.jstage.jst.go.jp/ | 「科学技術情報発信・流通総合システム」J-STAGE（ジェイ・ステージ）は、独立行政法人科学技術振興機構（JST）が運営する電子ジャーナルの公開システムです。 | ||
| J-amir: Japanese aquatic macroinvertebrate reference | 大阪府立大学 | NBDC | 912 | 2024-02-22 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.b.s.osakafu-u.ac.jp/~mkato/J-amir_home.htm | 日本産水生生物類デジタルデータ集です。大阪府立大学 河川メタゲノム研究グループが採集・収集した日本産水生生物類の生体試料について個体全体および種判別に特徴的な形態部分の写真と種判別マーカーとなるDNA情報を収録しています。種判別マーカーとしては、18S rRNA、ヒストンH3、ミトコンドリアCOI の遺伝子部分配列を解析しています。生物目、科でまとめたリストからの絞り込みが可能です。 | |
| JACLiD | 公益社団法人東洋療法学校協会 | NBDC | 22867 | 2016-11-15 | > 文献 > 医療・薬 > 医学 |
http://acupuncture.jp/ | 鍼灸医療に関わる学術研究論文の書誌情報 （タイトル、著者名、掲載雑誌名、年・巻・号・ページ等）を提供するデータベースです。著作権上問題のない一部の論文は全文の閲覧が可能です。医療に関わる臨床家、研究者、教育関係者にかぎらず、東洋医学に関心をもつ全ての人を対象としています。 | |
| JASPAR | University of Copenhagen | NBDC | 5278 | 2024-02-10 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://jaspar.genereg.net/ | JASPAR COREデータベースは、実験で明らかにされ文献で報告された真核生物の転写結合サイトのデータをキュレートし、冗長を省いた転写結合プロファイルを収容しています。TRANSFAC等の同様のデータベースとの違いは、オープンアクセス、非冗長性、質の点で異なります。 | |
| JCRB Cell Bank(Japanese Collection of Research Bioresources Cell Bank) | 独立行政法人医薬基盤研究所 | 1192 | 2012 | 2012-02-29 | > 細胞・組織 | http://cellbank.nibio.go.jp/cellbank.html | JCRBが保有する培養細胞を分譲するデータベース。キーワード検索と分譲の注文に関する情報。また、細胞の培養、保存に関する啓蒙情報を提供。 | |
| JCRB Gene Bank | 独立行政法人医薬基盤研究所 | 179750 | 2012 | 2012-02-29 | > 細胞・組織 | http://genebank.nibio.go.jp/ | ヒト：約6千、チンパンジー：約1.5万、カニクイザル：約15万、マウス：約8万の完全長cDNA クローンを作製・収集し、分譲すると同時に、それらの配列情報も解読して公開しています。さらに疾患の原因解明に必要な糖尿病などの患者集団や健常人集団のDNAサンプルも提供しています。 | |
| JDD(Japan Drosophila Database) | 京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター | NBDC | 27 | 2010-03-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.dgrc.kit.ac.jp/~jdd/ | ショウジョウバエ遺伝学のデータベースです。遺伝子一覧表示、唾液染色体のバンドの地図、体の部位の名称、ショウジョウバエ科の生物の紹介、系統分類に重要な文献の検索、2次元電気泳動によるプロテオーム解析結果が収録されています。ショウジョウバエ各部の形態的特徴とその名称の調査、検索システムは特に優れています。 | |
| JEDI System/OCEANS DB[アーカイブデータ] | 東京海洋大学 | NBDC | 1916165 | 2023-08-24 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/jedisystem-oceansdb/desc.html | 伊豆大島・波浮港(北緯34度40分58.5秒，東経139度26分39.7秒, 水深約20m)に設置したJEDI (Joint Environmental Data Integration) Systemの一部である沿岸海洋観測システムOCEANS (Oshima Coastal Environmental data Acquisition Network System)によって2014年8月12日から2018年8月10日までに得られた物理，化学，生物，工学系の各種計測データです。詳細はwww2.kaiyodai.ac.jp/~hide/JEDI/をご覧ください。さらなる技術的な詳細についてはhideat_markkaiyodai.ac.jpまで連絡してください。 | |
| JSNP(Japanese Single Nucleotide Polymorphisms) | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 205022 | 2015-06-30 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/index.html | 日本人の持つ約19万7000の一塩基多型（SNPs）データにアノテーション（遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等）を付加して公開しているデータベースです。 | |
| JSNP[アーカイブデータ] | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 1421414 | 2016-04-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/jsnp/desc.html | 日本人の持つ約19万7000の多型データにアノテーション（遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等）を付加して公開しているデータベース。日本人集団における遺伝子多型頻度の取得が可能。 | |
| JaLTER Metacat サービス | 国立研究開発法人国立環境研究所 | NBDC | 892 | 2024-02-03 | > 農学・環境 > 環境 | http://db.cger.nies.go.jp/JaLTER/ | 長期生態学研究の促進を目的とした、生態系観測データの検索サービスです。データセットごとにデータのメタデータ、データセットの所有者連絡先や地理情報、サンプリング等の方法、データセット利用条件が提供されています。プロジェクト名、生態系タイプ（森林、海等）、測定項目（気象, 水文, 水質, フラックス等）、日本各地のJaLTERサイトの名称による絞り込みが可能です。 | |
| Japanese Ant Image Database (日本産アリ類画像データベース) | 宮城教育大学 | NBDC | 1151 | 2024-02-03 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://ant.edb.miyakyo-u.ac.jp/J/index.html | 本データベースは、アリ類分類に関する最新の知識を主として学術研究および教育普及に役立てるために、アリ類データベース作成グループにより編纂された高品質画像を中心としたデータベースで、インターネットおよびCD-ROMで利用することができます。「アリ学入門」、「用語の解説」、「日本産アリ類の最新の分類体系」、「日本産アリ類の名前索引」、「日本のアリのタイプ標本」、「世界のアリ」などアリに関する豊富なメニューがあり、アリの専門知識がなくても使用できる幾通りもの検索方法を用意することで、一般の人にも閲覧しやすいシステムとなっています。 | |
| Jatropha Genome Database | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 57437 | 2024-02-28 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.kazusa.or.jp/jatropha/ | ヤトロファのゲノムデータベースです。アセンブルにより得られた全ゲノム配列、スキャフォールド、アミノ酸配列、InterProによるモチーフ予測結果などを公開しています。キーワード検索やBLASTによる相同性検索、データのダウンロードが可能です。 | |
| KAIKOGAAS | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 116021 | 2024-02-24 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://kaikogaas.dna.affrc.go.jp | カイコゲノム配列を元にタンパク質をコードする遺伝子構造を自動予測するシステムです。予測処理では複数の解析ツール(GeneScan、FGENESH、HMMER等)の解析結果を統合して行なっています。カイコゲノム配列に対する本システムの予測結果が参照できます。またお手持ちの塩基配列に対しての予測処理もできます。 | |
| KAIKOcDNA | 国立研究開発法人農業生物資源研究所 | NIAS | 784730 | 2004-2011 | 2014-03-04 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://sgp.dna.affrc.go.jp/EST/ | イコゲノム研究プログラム(SGP)で蓄積されているcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。キーワード等の検索により、ESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。 |
| KAIKOcDNA[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 845562 | 2014-11-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kaiko-cdna/desc.html | カイコゲノム研究プログラム(SGP)で蓄積されているcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。DDBJのような公的機関に登録し、公開されたカイコの部分的cDNA配列に簡単なアノテーションを付けたデータベースです。このデータベースは、クローン名、BLAST検索スコア、GO（Gene Ontology）ターム、キーワードなどで検索することができ、検索結果からはESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。「cDNA libraries」には、cDNAライブラリの特性情報、カイコの種類、組織、発育段階などが記載されています。 | |
| KAKEN | 国立情報学研究所 | NBDC | 771759 | 2021-01-27 | > 文献 | https://kaken.nii.ac.jp/index/ | 科学研究費助成事業データベースは、文部科学省および日本学術振興会が交付する科学研究費助成事業により行われた研究の当初採択時のデータ（採択課題）、研究成果の概要（研究実施状況報告書、研究実績報告書、研究成果報告書概要）、研究成果報告書及び自己評価報告書を収録したデータベースです。 | |
| KAOS | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 916 | 2024-02-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.kazusa.or.jp/kaos/ | the Arabidopsis Genome Initiatives (AGI))によるシロイヌナズナのゲノム塩基配列決定国際協調プロジェクトにおいて、かずさDNA研究所で決定したシロイナズナゲノムの配列データを公開しています。分担プロジェクトに参加している各国の研究グループの決定した配列も収集し、かずさDNA研究所で解析を加えた結果をArabidopsis Genome Displayerで公開しています。染色体からの検索、BLAST検索、キーワード検索により、データにアクセスできます。 | |
| KATANA(Kazusa Arabidopsis thaliana Annotation Abstract) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 86856 | 2024-02-08 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.kazusa.or.jp/katana | シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー（GO）ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法（MPSS）の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。代謝経路とGOタームを用いた高度な検索も行うことができます。 | |
| KEGG BRITE(Functional hierarchies and binary relationships of biological entities) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 154 | 2024-02-09 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://www.genome.jp/kegg/brite.html | 生命システムを様々な観点から機能分類し、階層的に表現したデータベースで、文献等から手作業で作成されています。「パスウエイ・オントロジー」、「遺伝子・タンパク質」、「病気・医薬品」、「化合物・化学反応」、「生物種・細胞」について、階層的な分類が表示されます。 | |
| KEGG COMPOUND (Metabolome informatics resource integrating genomics and chemistry) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 19270 | 2024-01-07 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://www.genome.jp/kegg/compound/ | KEGG COMPOUNDは、小分子、生体高分子、および生体関連化学物質のデータベースです。 各エントリーはC番号とよばれるアクセッション番号で識別され、化学構造や関連する生体反応、パスウエイ、他のデータベースとのリンク情報が含まれています。 | |
| KEGG DISEASE (Diseases viewed as perturbed states of the molecular system) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | 2641 | 2023-05-26 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.genome.jp/kegg/disease/ | KEGG DISEASEは、遺伝要因が既知の疾患（単一遺伝子疾患及び多因子性疾患）と病原体ゲノムが既知の感染症疾患に関する情報を、計算処理が可能な形に集約したデータベースです。各疾患エントリは H番号とよばれるアクセッション番号で識別され、関連するパスウエイ、病因遺伝子のリスト、ならびに環境要因、診断マーカー、治療薬などの分子のリストで表現されています。 | ||
| KEGG DRUG (Drugs viewed as perturbants to the molecular system) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 12329 | 2024-02-10 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.genome.jp/kegg/drug/ | KEGG DRUG は、日本、米国、欧州の医薬品情報を、化学構造と成分の観点から一元的に集約・管理したデータベースです。とくに日本の医薬品は医療用（処方薬）だけでなく一般用（大衆薬、OTC薬）もすべて網羅し、個々の製品情報（添付文書情報）へのリンクがつけられています。また化学薬品だけでなく、生薬・漢方方剤もデータベース化されています。 | |
| KEGG EXPRESSION Database | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 744 | 2024-02-09 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ | http://www.genome.jp/kegg/expression/ | ラン藻Synechocystis PCC6803、枯草菌、大腸菌W3110 株、窒素固定ラン藻アナベナ PCC7120、その他、日本の研究コミュニティが寄与した生物種の遺伝子発現プロファイルデータのレポジトリです。 | |
| KEGG GENES Database (Molecular building blocks of life in the genomic space) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 532898 | 2021-07-05 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.genome.jp/kegg/genes.html | KEGG GENESは、全ゲノム配列が決定されたすべての生物種について、その遺伝子セットをRefSeq その他の公共データベースから自動生成し、KEGG 独自のアノテーション（KO アノテーション）を行っているデータベースです。 | |
| KEGG GENOME (Organisms and ecosystems with genome sequence information) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 18108 | 2024-01-07 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.genome.jp/kegg/genome.html | KEGG GENOMEは、全ゲノム配列が決定されたすべての生物種の情報を収集しています。RefSeq 等の公共データベースより作成しています。 | |
| KEGG GLYCAN (Glycome informatics resource integrating genomics and chemistry) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | 11222 | 2023-11-29 | > 糖・脂質 | http://www.genome.jp/kegg/glycan/ | 文献で報告されている糖鎖構造と関連するパスウェイを収集したデータベースです。KEGG Pathwayとのリンクにより、糖鎖の生合成および分解反応や関連酵素の情報も得られます。 | ||
| KEGG MEDICUS | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 32681 | 2009 | 2021-02-02 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.kegg.jp/kegg/medicus/ | 本DBは、疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合し、研究者コミュニティには研究成果を創薬・医療等の応用分野で活用するためのリソースを、一般社会には医薬品添付文書等から病気や薬に関する科学的理解を深めるためのリソースを提供しています。KEGG MEDICUSの一部はゲノムネット医薬品データベースを引き継いだものです。ミラーサイトのURLは下記です。http://www.genome.jp/kegg/medicus/ |
| KEGG MEDICUS[アーカイブデータ] | 京都大学化学研究所金久研究室 | NBDC | 19595 | 2022-10-13 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kegg-medicus/desc.html | KEGG MEDICUS は疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したリソースです。日本と米国の医薬品添付文書が KEGG DRUG や KEGG DISEASE と統合されており、研究者コミュニティはゲノム関連研究の成果を医療や創薬で活用するために、医療従事者や一般の人々は添付文書を入口として病気や薬に対する科学的知識を得ることができます。（アーカイブ版では医薬品添付文書情報は含まれません。） | |
| KEGG MODULE | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 559 | 2024-02-17 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.genome.jp/kegg/module.html | KEGG MODULEは、シークエンスが明らかにされたゲノムのアノテーションおよび生物学的意味解釈に使用される機能ユニット (KEGGモジュール) のデータベースです。KEGGモジュールは手動で定義され、M番号によって識別されています。KEGG MODULEには4種類のモジュールが含まれています; 1) パスウェイモジュール KEGG代謝パスウェイマップにおいて強く機能付られたユニット 2) 構造的複合体 分子の物理的性質により形成されるユニット 3) その他のエッセンシャルな機能セット 4) 目印となる表現型マーカーのモジュール | |
| KEGG NETWORK Database | 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 1523 | 2024-02-11 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://www.kegg.jp/kegg/network.html | 病気を分子ネットワークがゆらいだ状態とみなし、疾患に関連したヒトゲノム・遺伝子のバリエーションを、シグナル伝達をはじめとした様々なネットワークのバリエーションとして知識集約したデータベースです。分子ネットワークの構成要素を「ネットワークエレメント」と呼び、エレメントのパスウェイ行程、関連する遺伝子、疾患、変異、代謝物、文献などの情報を収録しています。各情報はKEGG PATHWAY、DISEASE、GENESなどへリンクしています。 | |
| KEGG OGENES | 京大 | NBDC | 97671 | 2011-01-21 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.genome.ad.jp/dbget/ | KEGG Complete mitochondrial genomes, Complete plastid genomes, Complete nucleomorph genomes | |
| KEGG ORTHOLOGY (Linking genomes to pathways by ortholog annotation) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 26590 | 2024-02-25 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://www.genome.jp/kegg/ko.html | KEGG ORTHOLOGYは、KEGGパスウェイの各ノードまたはBRITE機能階層の最下層ノードに対応したオーソロググループを手作業で定義したものです。ゲノム中の各遺伝子にKO識別子（K番号）を付与することで、KEGGパスウェイやBRITE機能階層へのマッピング（エンリッチメント）が可能となります。KOシステムは、ゲノムの情報からパスウェイ等高次生命システム情報を解読するための架け橋となります。 | |
| KEGG PATHWAY Database (Wiring diagrams of molecular interactions, reactions, and relations) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 569 | 2024-01-20 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://www.genome.jp/kegg/pathway.html | 代謝、様々な細胞プロセス、ヒト疾患などに関する分子ネットワークの知識を表現したパスウェイマップを収録しています。マップは文献等から手作業で作成しています。 | |
| KEGG RCLASS | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 3194 | 2024-02-18 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?br08204.keg | KEGG RCLASSは、KEGG RPAIRのメインペアを化学構造変化パターンで定義した化学反応クラスです。RC番号を識別子としています。 | |
| KEGG REACTION (Knowledge base for predicting biodegradation and biosynthesis) | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | 11971 | 2023-11-29 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://www.genome.jp/kegg/reaction/ | KEGG REACTIONは、KEGG ENZYMEに格納されているすべての反応と、KEGG PATHWAYの代謝パスウエイの反応を蓄積したデータベースです。 各反応はR番号によって識別され、 反応の構造式や関連する酵素のオーソロググループが収集されており、ゲノム(酵素遺伝子)情報と化学(化合物のペア)情報の統合解析を可能としています。 | ||
| KMDB/MutationView (Keio Mutation Databases) | 慶應義塾大学 | 52 | 2023-12-22 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 > 医療・薬 > 医学 |
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/MutationView/jsp/index.jsp | ヒト疾患に関連する遺伝子変異をOMIM、GDB、文献より収集し、人体・臓器の模式図上への疾患遺伝子/発症疾患名のマッピング表示や、染色体上への疾患遺伝子のマッピング表示を行っています。変異による遺伝子構造の変化(アミノ酸変化、スプライシング変化など）も掲載されています。 | ||
| KNApSAcK (A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database) | 奈良先端科学技術大学院大学 | NBDC | 100033 | 2012 | 2014-11-06 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/ | 生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステム KNApSAcKを開発し、無償で公開しています。 KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果から の化合物検索や、生物系統からの情報検索等がおこなえます。 |
| KNApSAcK Bicycle[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 96641 | 2014-06-03 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-bicycle/desc.html | 藻類のタンパク質と二次代謝反応の情報を集めたデータベースです。94種類の藻類に存在する96,641個のタンパク質の情報と、これらのタンパク質が関与する化学反応 (614反応)の情報が調べられます。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity)[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 6677 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-metaboliteactivity/desc.html | Biological Activity (Metabolite Activity) は、代謝物における生物活性情報を得ることを目的としたデータベースです。個々の代謝物が生物へ与える影響を整理し、代謝物質名、生物活性 (機能)、標的となる生物種および参考文献の情報を収録しています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK Biological Activity (Natural Activity)[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 33706 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-naturalactivity/desc.html | Natural Activityデータベースは食用/薬用植物と活性との関係を整理したデータベースです。食用/薬用植物には健胃薬などヒトの健康に貢献する作用ならび抗菌作用などの多様な生物活性が報告され、食用/薬用としての人類の知恵を把握することが植物の機能性研究において必要とされます。このデータベースでは生物種と健康・薬用・効能の情報とが関連づけられており、33,703対の生薬（1,399）- 生物活性（2,418）を収録しています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースの１つ。メタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK Core[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 121358 | 2019-09-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-core/desc.html | KNApSAcK Coreは二次代謝物と生物種の関係を蓄積したデータベースである。 50,048種の代謝物と101,500対の生物種とその生物において報告された代謝物の関係を収録している。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースの１つ。メタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築された。 | |
| KNApSAcK DietDish[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 3940 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-dietdish/desc.html | DietDishは、食材間の食べ合わせ情報を整理したデータベースです。栄養学、薬膳、医薬学に関わる文献より抜粋した、食材間の食べ合わせの正または負の効果の有無が調べられます。食べ合わせによる効能についての情報もあります。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK DietNavi[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 711 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-dietnavi/desc.html | DietNaviは食材と生活習慣病関係性のデータベースです。生活習慣病の観点から食材を選ぶことを目的として、食品や二次代謝物と 健康との繋がりを整理しました。 肥満、高血圧、高脂血症などの生活習慣病を防ぐにはどのような食材や 成分が有効であるかを文献情報とともに提供しており、 329種の食材と、382種の食材に含まれる代謝物が収録 されています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK Family DietNavi | 奈良先端科学技術大学院大学 | NBDC | 53 | 2013 | 2013-01-30 | > 食品・栄養 | http://kanaya.naist.jp/DietNavi/top.jsp | 二次代謝産物データベースKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されている。タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMine、ジャムデータベース、漢方薬のデータベース等とも連携している。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されている。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。 |
| KNApSAcK FoodProcessor[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 6823 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-foodprocessor/desc.html | FoodProcessorはレトルト・カレーと配合食材の関係をもとに構築された、加工食品の成分に関するデータベースです。加工食品（レトルトカレー）に使用された食材について、食材名、オントロジー、学名などを収録しています。製造者名や生産されている場所についての情報もあります。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK JAMU (IndonesiaHerb)[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 6443 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-jamu/desc.html | JAMU (IndonesiaHerb) はインドネシア薬用植物のデータベースです。1,133種の植物と5,310種のジャム（インドネシア伝統薬）配合処方、効能を整理し、収録しています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK KAMPO[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 1859 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-kampo/desc.html | 278種の生薬と1,581種の漢方処方の関係効能を整理・収録した漢方生薬データベースです。複数の生薬からなる配合生薬を漢方処方といいます。漢方薬はもともとは中医学の知識をもとにつくられましたが、江戸時代の鎖国により中国の生薬が使えなくなり、当時の漢方医の努力で日本の薬草に置き換えられ、さらに単純なシステムに改良が加えられました。つまり、漢方薬は日本の独自の文化です。漢方処方名から配合生薬、配合生薬から、それが含まれる漢方処方名を検索することを目的にKAMPOデータベースを構築しました。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築された。 | |
| KNApSAcK Lunch Box & Tea Pot[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 1080 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-lunchbox/desc.html | 食用植物、健康促進や薬用効果のある植物についてのデータベースです。収録されている情報は文献情報に基づいており、食用や健康促進/薬用に関する情報についてまとめられています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちLunch Box とTea Potのデータをまとめたもの。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築された。 | |
| KNApSAcK MetalMine[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 487 | 2014-10-02 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-metalmine/desc.html | MetalMineは金属イオン結合タンパク質のデータベースです。最近MetallomeやMetallomicsのような言葉が出てきたことに示されるように、生命システムにおける金属イオンの重要性はますます注目を集めています。しかし我々の知る限り、公に利用できる金属結合タンパク質の完全なリストはありませんでした。そこで私たちは、タンパク質の機能的な金属結合部位を整理するためにこのデータベースを作成しました。PDB databaseから金属結合部位を自動抽出すると、生物的機能のない多くの金属結合部位を含んでしまいます。このような結果は、結晶化を促進するために加える塩のような、実験条件に由来する典型的なものです。それは区別することが難しいことがしばしばですが、私たちはマニュアルでキュレーションを行うことによって、人工的な配位を除外することを試みました。 食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK Motorcycle[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 6397 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-motorcycle/desc.html | Motorcycle DBは、薬用植物の有効成分の生合成過程を理解する為に作成された二次代謝反応データベースです。関連する酵素と反応の情報、反応の各酵素に関する遺伝子情報を格納しています。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAcK WorldMap[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 48256 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack-worldmap/desc.html | World Mapは世界の48,256対の薬用生物と使用国（217カ国）の関係を整理し、収録したデータベースです。薬用/食用植物を使用している国々、あるいは、ある国で使用されている薬用/食用植物を調べることができます。食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。 | |
| KNApSAck Family | 奈良先端科学技術大学院大学 | NBDC | 9946 | 2012 | 2012-03-28 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/ | 二次代謝産物データベースKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されている。タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMine、ジャムデータベース、漢方薬のデータベース等とも連携している。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されている。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。 |
| KOME(Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia) | 国立研究開発法人農業生物資源研究所 | NIAS | 328745 | 2003-2010 | 2015-10-28 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/ | 「イネ完全長cDNAプロジェクト」において、日本晴イネ由来の各種組織、ストレス処理等をおこなった組織より、完全長cDNAライブラリーを構築し、機能解析を行った約28,000種類のイネ完全長cDNAの情報を公開しています。 核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれます。 |
| KOMUGI | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 1291402 | 2021-04-30 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/komugi/ | コムギの統合データベースです。1996年にコムギ（Triticumと関連種Aegilops）の遺伝資源に関心の高い研究者らにより作成され、現在は系統情報に加えてゲノム関連情報として遺伝子記号のカタログ情報、ESTクローンおよび遺伝子配列情報、さらに各系統の染色体構成や表現型（画像データを含む）などを収録しています。現在、本データベースは2002年に発足した文部科学省：ナショナルバイオリソースプロジェクトにおけるコムギ委員会によって管理されています。 | |
| KOP | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 17462 | 2016-06-02 | > タンパク質 > 機能・局在 | http://www.kazusa.or.jp/kop/ | ヒト蛋白質発現クローン（Flexi ORF clones）データベースです。ORF配列やアミノ酸配列、InterProScanの結果、transmembrane regionの予測結果、OMIM databaseの疾病遺伝子に対するホモロジー検索の結果が登録されています。遺伝子名検索やキーワード検索、ホモロジー検索が可能です。機能別に分類された一覧も用意されています。 | |
| KTmAbDB | 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 発生ゲノミクス研究チーム | NBDC | 16 | 2010-03-17 | > タンパク質 > 発現 | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/ktmabdb/desc.html | 線虫C. elegans胚の特異的な細胞型・組織・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションのデータベース。線虫C. elegans胚の特異的な細胞種・組織・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションの胚発生過程各時期の免疫染色顕微鏡画像が閲覧可能。 この抗体コレクションは竹田和正博士によって1980年代に作成され、2003年に理研CDB発生ゲノミクス研究チーム（杉本亜砂子チームリーダー）で引 き継いで解析が行われた。 掲載されているモノクローナル抗体のうちストックが残っているものはリクエストにより分与可能 （連絡方法： http://www.cdb.riken.jp/dge/KTmAbDB/firstpage/frame.html ）。 また、Developmental Studies Hybridoma Bank (University of Iowa)にも寄託されている（http://dshb.biology.uiowa.edu/)。 | |
| KU-MACC | 神戸大学 | NBDC | 1117 | 2024-02-24 | > 細胞・組織 | http://www.research.kobe-u.ac.jp/rcis-ku-macc/ | KU-MACCでは海藻類培養株の分譲と寄託の受け入れを行っています。本サイトでは、保存株のリストを画像付きで公開しています。その他、培地/培養法や寄託方法、分譲方法、寄託/分譲関連書類が掲載されています。 | |
| KaFTom | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 13227 | 2024-02-18 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://www.pgb.kazusa.or.jp/kaftom/ | 矮性トマト品種マイクロトムの完全長cDNAに由来するESTおよび完全長配列のデータベースです。 | |
| KaPPA-View 4(Kazusa Plant Pathway Viewer) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 406454 | 2009-10 | 2024-03-13 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ | 遺伝子の発現データと代謝産物の蓄積データを、代謝経路マップ上で同時に表示することができるビューワーです。ユーザー自身のDNAマイクロアレイデータや代謝産物分析データを、インターネットブラウザを介してKaPPA-View4にアップロードすると、KaPPA-View4は、代謝経路マップ上に各遺伝子や化合物のデータを当てはめて表示します。デフォルトでは、シロイヌナズナ、イネ、ミヤコグサ、トマトに対応する約150枚の代謝マップが準備されています。ユーザーが作成した代謝マップを利用することもできます。 |
| KaTomicsDB(Tomato Functional SNP DataBase) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 13 | 2024-02-24 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://plant1.kazusa.or.jp/tomato/ | ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション（機能性マーカー）、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開しています。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開しています。 | |
| KaTomicsDB(Tomato Marker) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 27561 | 2024-02-26 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://marker.kazusa.or.jp/tomato/ | ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション（機能性マーカー）、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開しています。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開しています。 | |
| KaTomicsDB(Tomato SBM DataBase) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 78533 | 2024-03-13 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.kazusa.or.jp/tomato/ | ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション（機能性マーカー）、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開しています。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開しています。 | |
| KampoDB | 富山大学 和漢医薬学総合研究所 | NBDC | 66386 | 2024-03-06 | > 医療・薬 > 薬学 | https://wakanmoview.inm.u-toyama.ac.jp/kampo/ | 漢方など天然薬の作用機序や科学的データを統合するデータベースです。漢方処方（日本語名、伝統薬データベースへのリンク）、生薬情報、構成する天然化合物、標的となるタンパク質や遺伝子の科学的リソース情報を収録しています。ローマ字入力による検索が必要です。 | |
| Kinase Pathway Database | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 0 | 2012-05-17 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://kinasedb.ontology.hgc.jp:8081/ | ゲノム配列が決定された主要な真核生物（ヒト、マウス、ラット、酵母、線虫、ショウジョウバエ）のプロテインキナーゼについて、クラス分類、機能的保存、生物種間のオルソログ関係、タンパク間相互作用、ドメイン、構造、パスウエイ情報を収録している統合データベースです。タンパク間相互作用は、文献の抄録から自然言語処理(NLP)により抽出しています。生物種間のパスウエイの比較も容易にできます。 | |
| Knowledge-based Oryza Molecular biological Encyclopedia[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 13396582 | 2015-03-26 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kome/desc.html | 「イネ完全長ｃDNAプロジェクト」において収集、全長塩基配列が決定されたイネ（品種：日本晴）由来の完全長cDNAクローン（約38,000)の情報が公開されている。完全長cDNAクローンは環境ストレス処理を施した様々な植物の組織から調製されている。核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれる。完全長cDNAライブラリーは、ランダムにピックアップされている17万クローンから、ストレス処理等をおこなったジャポニカ種イネの組織20種類を使用して構築されている。3 '端シングルパス配列の配列情報により、クローンは独立した約28,000種類にグループ化される。すべての代表的なクローンは、完全に配列決定されている。 | |
| KomicMarket | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 300 | 2024-02-17 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://webs2.kazusa.or.jp/komics/index.php | KomicMarket (Kazusa Omics Data Market)は、代謝物を含むシステムバイオロジーやマルチオミックス解析に強く興味を持つ研究者により開発、運用されています。KomicMarketは、LC-FT-ICR-MS法（液体クロマトグラム-フーリエ変換-イオンサイクロトン質量分析）で検出された代謝物のピークのアノテーション（精密質量に基づく組成式や化合物名候補など）を主に格納しています。 | |
| Kyushu University Rice Database | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 6450 | 2024-02-25 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/rice-kyushu/htdocs/main.html | 九州大学大学院農学研究院附属遺伝子資源開発研究センター植物遺伝子開発分野が収集および保存しているイネ品種・系統のデータベース。国内外の品種系統(HO系統、1,398 系統)、FAO国際共同研究供試品種(IBP系統、276 系統)、国内外の陸稲品種(UP系統、342系統)を含んでいます。 | |
| LIPS | 東京大学 | NBDC | 10170 | 2024-03-09 | > 細胞・組織 | http://hasezawa.ib.k.u-tokyo.ac.jp/lips/index.html | 植物の孔辺細胞中に存在するオルガネラや細胞内構造の研究促進を目的に構築されたデータベースです。23,000枚以上の孔辺細胞の光学切片像を収録、公開しています。顕微鏡画像は、各種オルガネラのマーカー蛍光タンパク質を発現するシロイヌナズナ形質転換体を作出、収集し、孔辺細胞の画像を網羅的に取得したものです。各画像につき、ターゲット構造、マーカータンパク、プロモーター、文献等の情報が掲載されています。 | |
| LRG: Locus Reference Genomic | European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), National Center for Biotechnology Information (NCBI) | NBDC | 1325 | 2022-12-01 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.lrg-sequence.org/ | ゲノム、転写産物、タンパク質のリファレンス配列のデータベースです。臨床に関連する変異配列を報告するためのリファレンス配列を、 NCBI（RefSeq）とEMBL-EBI（Ensembl / GENCODE）の協力により情報統合しています。 各レコードには、ゲノム、転写産物、タンパク質の配列、アノテーション、ゲノムアセンブリに関するマップなどが含まれています。LRG番号、HGNC遺伝子名、NCBIやEnsemblのID番号（遺伝子、転写産物）、遺伝子の同義語、公開非公開の別による絞り込みが可能です。また、Ensembl、NCBI、UCSCのゲノムブラウザが利用可能です。 | |
| Legenda[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 臨海副都心センター | NBDC | 659545 | 2016-10-18 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/legenda/desc.html | Legenda は文献から抽出した疾患-遺伝子-物質との関係を納めた疾患情報テキストマイニングデータベースです。PubMed 全体の文献のアブストラクトを用いて、遺伝子名、疾患名、などを識別し、用語の共起関係に基づく遺伝子と疾患の関係についての網羅的な解析を行いました。Legendaではコンセプトのペアが持つ関連度を、2種の指標（MIMとMMIM）で計算し、DBに格納しています。MIM（Mutual Information Measure）は、２つの確率変数の直接的な相互依存の尺度を表す為に利用しています。また、MMIMは、間接的な依存の尺度を表しています。更に、独自の3種（遺伝子辞書、遺伝子機能辞書、疾患・物質名辞書）の辞書を格納しています。 | |
| LfDB(Lectin Frontier Database) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | JCGGDB | 271 | -- | 2010-03-17 | > タンパク質 > 機能・局在 > 糖・脂質 |
http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb/LectinSearch | レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、レクチンの詳細情報と、各構造を持つ糖鎖との相互作用データを収集、公開しているデータベースです。レクチンと糖鎖（ピリジルアミノ化糖鎖）の相互作用データは、自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステムを用いて取得した定量的データです。 |
| LipidBank | 日本脂質生化学会 (JCBL) | NBDC | 10486 | 2013-02-21 | > 糖・脂質 | http://lipidbank.jp/ | 6,000以上の天然生理活性脂質（脂肪酸、グリセロ脂質、スフィンゴ脂質、ステロイド、ビタミン類）について、その構造、物理的・化学的特性、スペクトルデータ、代謝系、脂肪酸組成、参考文献を収集したデータベースです。構造はChemDraw、およびMDLMOL形式で提供されます。データベースに登録されている全ての情報は手作業でキュレートを行い、専門家によって承認されたものです。 | |
| Lotus japonicus EST index[アーカイブデータ] | かずさDNA 研究所 植物ゲノム研究部 | NBDC | 104433 | 2014-02-04 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kazusa-lotus-est-index/desc.html | かずさDNA研究所で決定したミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果 | |
| MAGEST[アーカイブデータ] | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 11096 | 2014-02-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/magest/desc.html | 脊索動物尾索類マボヤの遺伝子発現とESTのデータベース。なおβ版であり、アーカイブにはESTデータ部分を収録した。尾索類のモデル生物であるマボヤHalocynthia roretziの遺伝子配列データベース。初期胚のESTデータを主に蓄積している。 | |
| MAK type database(Makino Herbarium Type Specimen Image Database) | 首都大学東京 | NBDC | 743 | 2012-06-20 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://ameba.i.hosei.ac.jp/BIDP/MakinoCD/makino/html_j/index.html | 日本の植物分類学の草分けともいえる故牧野富太郎博士（1862?1957）が収集した植物標本約40万点が東京都立大学（現：首都大学東京）に寄贈され、当大学理学部に「牧野標本館」を設置し、整理と保管に当たってきました。この標本は、牧野博士が”新種”として発表した植物の基準標本（タイプ標本）の一部を含み、日本のほぼ全域をカバーする標本で、明治時代の東京都内の植生の証拠としても貴重な標本です。標本館所蔵標本をデジタル化・データベース化して公開する計画の第一段階として、基準標本（タイプ標本）の画像データを含むデータベースを作成しました。 | |
| MAboya ( the ascidian, Halocynthia roretzi ) Gene Expression patterns and Sequence Tags | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 8639 | 2014-03-06 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://magest.hgc.jp/ | ホヤ卵に存在する母性mRNAのESTと各クローンの発現パターンに関するデータを提供しています。 | |
| MBGD(Microbial Genome Database for Comparative Analysis) | 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 | NBDC | 7128671 | 2022-11-10 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://mbgd.genome.ad.jp/ | 微生物の比較ゲノム解析結果を収録したデータベースです。約 600の生物種、約200万の遺伝子に加え、数十億件におよぶそれら遺伝子間のホモロジーデータが登録されています。 | |
| MCG CNV Database | 東京医科歯科大学 | NBDC | 1215 | 2023-06-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www.cghtmd.jp/CNVDatabase/top!changeJaLocale | 日本人の健常者集団を対象として独自に開発したBACアレイ（ MCGアレイ ）ならびにSNPアレイ (illumina, HumanOmniExpress Beadchip)を用いた解析を行い、 検出された CNVと LOHを収録したデータベースです。日本人健常者集団におけるCNVやLOHの出現頻度を示し、 ゲノム解析において検出されるゲノム変化が病態と関連するかどうかを判断するための基盤情報となります。 | |
| MCPA2 | 獨協医科大学 | NBDC | 299 | 2024-02-24 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | https://dept.dokkyomed.ac.jp/dep-m/macro/mammal/jp/mammal.html | 1997年より高解像度デジタルカメラで撮影された10,956件の哺乳類頭蓋の画像集です。6方向（前面・後面・左側面・右側面・上面・下面）からの撮影は、原則として、耳眼平面[眼窩の下縁と外耳孔の上縁によって形成される平面]が水平になるように頭蓋を固定して行い、下面のみ上顎の歯列が形成する平面[骨口蓋の部分]を水平になるようにして撮影しました。頭蓋画像は(1)系統分類一覧、(2)日本語名、(3)英語名、(4)学名 から検索することができます。各標本につき、左右前後上下方向の6つの写真（測径器付き）と、系統分類名、性別、年齢が表示されます。いくつかの種については生態写真を確認することができます。霊長類の標本には下顎骨の画像が付いています。画像および標本情報と計測値データはダウンロードが可能です。 | |
| MDeR[アーカイブデータ] | 独立行政法人 科学技術振興機構 | NBDC | 1283 | 2011-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/mder/desc.html | ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト。 国際標準およびライフサイエンス分野のデータベースのメタデータ要素の定義や内容さらにデータ記述法を収録し、データベース構築時のデータのメタデータの標準化や既存のデータベースのデータ相互の関連付けを支援するサイト。メタデータ（要素）レポジトリとはメタデータ（要素）の登録簿であり、データそのものではなく、データが付随してもつそのデータ自身のデータ、つまりメタデータが収録されるものです。 メタデータレポジトリには、異なる標準のメタデータが登録されます。 メタデータレポジトリは、統一的なデータの概念、表現、定義を提供しますので、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用が可能となります。 メタデータ要素はISO/IEC 11179 Part 3 (Registry metamodel and basic attributes) (ISO/IEC JTC1 SC32ホームページ、2008-03-03参照)に準拠した形で収録しています。 | |
| MEDALS(METI database portal for life science) | 独立行政法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター | NBDC | 990 | 2008-2019 | 2023-02-03 | > 統合DBプロジェクト | http://medals.jp/ | このポータルサイトでは、これまで経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトについて、1989年以降の成果物（データベース、ツール等）の情報を整理・提供しています。現在の成果物数: 159 (Database:80, Analysis tool:79) 現在のプロジェクト数: 54 今後もこれらの成果物が効果的に利用されることを目的に、内容を更新・追加していきます。 |
| MEDLEY医療辞典 | MEDLEY | NBDC | 5911 | 2020-12-01 | > 医療・薬 > 医学 | https://medley.life/ | MEDLEYは791名の医師とともに医療事典を作成するプロジェクトです。 | |
| MMDBJ(Mouse Microsatellite Data Base of Japan) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | 1387 | 2024-04-13 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www.shigen.nig.ac.jp/mouse/mmdbj/top.jsp | マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けています。日本産野生マウス（Mus musculus molossinus)に注目し、マウス系統間の単純配列長多型(SSLP)の相違を示す実験結果を、PCR条件とともに提供しています。 | ||
| MONDO: Mondo Disease Ontology | MONDO: Mondo Disease Ontology | NBDC | 9 | 2024-03-02 | > 医療・薬 > 医学 | https://mondo.monarchinitiative.org/ | 疾病の定義を統合して構築したオントロジーです。疾病を定義しデータモデルを収録している多くのデータベース（HPO、OMIM、SNOMED CT、ICD、PhenoDB、MedDRA、MedGen、ORDO、DO、GARDなど）から情報を収集しています。開発当初は半自動で構築されていましたが、広範囲に渡り手動でキュレーションされるようになってきています。疾病の個々の症状、特徴の説明はHPOに準拠しており、疾病は階層構造で表示できます。OWL形式を利用したmondo-with-equivalent、obo、jsonの３つのフォーマットで利用可能です。 | |
| MS-MS Fragment Viewer | かずさディー・エヌ・エー研究所 | 115 | 2023-11-10 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://webs2.kazusa.or.jp/msmsfragmentviewer/ | LC-FT/ICR-MS解析で得たフラグメントイオンの構造を予測したFT-MS、IT-MS/MS、FT-MS/MSのスペクトルデータを格納したメタボロミクスデータベースです。 | ||
| MacroArray Analysis Page of Bradyrhizobium japonicum | 大阪大学 大学院理学研究科 | NBDC | 21 | 2024-02-03 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ | http://orca10.bio.sci.osaka-u.ac.jp/array02/ | 根粒菌Bradyrhizobium japonicumのゲノムワイドな発現比較およびCGH解析データをまとめています。１）芳香族化合物の分解過程における遺伝子発現解析結果、２）ダイズ種子抽出物と大豆由来フラボノイドGenisteinで誘導された遺伝子発現解析結果、３）バクテロイドと自由生活細胞の遺伝子発現比較結果、４）Bradyrhizobium japonicum株間におけるCGH比較結果が掲載されています。 | |
| Malaria Full-Length cDNA Database (Plasmodium falciparum) | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 1589 | 2024-02-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://fullmal.hgc.jp/index_ajax.html | ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)の完全長cDNAデータベースです。発現遺伝子の5'端塩基配列をゲノム配列上にマップしています。TBLASTXを用いて、P.falciparumゲノムをテンプレートとするマラリア原虫間のタンパク配列相同性を解析した結果も登録されています。 | |
| Marmoset Gene Atlas | 理化学研究所 脳神経科学研究センター | NBDC | 1873 | 2024-02-25 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | https://gene-atlas.brainminds.riken.jp/ | コモンマーモセット（Callithrix jacchus）脳における高解像度の遺伝子発現アトラスを提供するデータベースです。in situ hybridization (ISH) 法によって得られた各発育段階における遺伝子発現データを画像やグラフで提供しています。遺伝子名、疾患名から発現データを検索することができます。Brain/MINDS プロジェクトの一部です。 | |
| MassBank | 慶應義塾大学 | NBDC | 117732 | 2014-01-30 | 2024-03-09 | > タンパク質 > 発現 > パスウェイ・相互作用・生体反応 |
http://www.massbank.jp/Index | 代謝物質（基礎代謝、植物二次代謝標準物質）を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。国内外12機関のデータをまとめて検索、閲覧が可能であり、マニュアルが充実しています。 |
| MassBank[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 45260 | 2016-05-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/massbank/desc.html | 特徴１：分散型データベース 特徴２：基礎代謝、植物二次代謝標準物質の高精度精密質量スペクトル 特徴３：精密質量に基づくマススペクトル検索エンジン、ブラウザ 特徴４：統合スペクトルによる検索 特徴５：生物科学や環境科学における基礎研究だけでなく創薬、新薬開発、医用質量分析などの応用研究にとって必須の質量分析データベースとして世界標準として認められている。 | |
| MassBase (A comprehensive mass spectral tags archive for plant metabolomics) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 76 | 2009-10 | 2010-04-23 | > タンパク質 > 発現 | http://webs2.kazusa.or.jp/massbase/index.php/ | MassBaseは生体サンプル（主に植物）から得られたmass spectrum tags（MST）のアーカイブです。 |
| MassBase[アーカイブデータ] | かずさDNA研究所 | NBDC | 43659 | 2015-12-17 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/massbase/desc.html | 質量分析装置による代謝産物の分析データについて、分析データそのもの（生データ）を、生データに近い形で蓄積・公開するためのデータベースです。分析機器から出力された直後の生データを、必要最低限なサンプル情報とともに公開しています。様々な生物種の質量分析装置による分析生データを取得し、in silicoスクリーニングなどの解析を行うことができる。また、KOMICS（http://www.kazusa.or.jp/komics/）で配布している解析ツールを用いることで、代謝物アノテーションや比較解析などを行うことができる。 | |
| MeKO | 特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター | NBDC | 150 | 2020-02-25 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://prime.psc.riken.jp/meko/ | シロイヌナズナ変異体の代謝に関するデータベースです。野生種に近い表現形を持つ変異体50種類について変異遺伝子の情報、表現形、ガスクロマトグラフィー／マススペクトロメトリー（GC-MS）による代謝プロファイルを収録しています。変異遺伝子名のリストによるブラウズが可能です。クロマトグラム、マススペクトラム、形質、実験メタデータなどが一括してダウンロードできます。 | |
| MedGen | National Center for Biotechnology Information (NCBI) | NBDC | 132658 | 2024-03-14 | > 医療・薬 > 医学 | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen/ | 遺伝医学に関連する症状や表現型に関する情報を集約したポータルデータベースです。NIHのGTR、UMLS、HPO、Orphanet、ClinVar、その他のソースから得られた用語を概念に集約し、一意の識別子（CUI）と優先名を割り当てます。 各エントリーには、名称、他のデータベースで使用される識別子、遺伝様式、臨床的特徴、疾患に影響を与える遺伝子座の地図上の位置が含まれます。 | |
| Medaka EST Database[アーカイブデータ] | 東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 動物科学大講座 動物発生学研究室 | NBDC | 47016 | 2014-02-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/medaka-est-db/desc.html | メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、オリゴチップmedaka microarray 8Kのデータ。すべてのクローンはNBRP Medaka（http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/top/top.jsp）を通じて提供可能である。 | |
| Medaka Full-length cDNA Database[アーカイブデータ] | 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 320405 | 2018-05-08 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/medaka-full-length-cdna-db/desc.html | メダカ近交系Hd-rRⅡ1の完全長cDNAライブラリー11種に由来するcDNA配列のデータベース。掲載されているクローンについてはNBRP Medakaを通じてリソースの提供が可能である。レファレンスゲノムDNA配列を決定した系統に由来する完全長cDNAクローンである。 | |
| MedlinePlus (Drugs&Supplements) | National Library of Medicine | NBDC | 1789 | 2024-02-03 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ | 米国NLMで評価された信頼できる健康・医療関連の情報源を提供し、世界中で消費者健康情報源として利用されています。コンテンツは毎日更新されています。 | |
| MedlinePlus (Genes) | National Library of Medicine | NBDC | 1336 | 2024-02-10 | > 文献 | https://medlineplus.gov/genetics/gene/ | Genetics Home Reference provides consumer-friendly information about the effects of genetic variations on human health. This content shows more than 1,200 genes, health effects of genetic differences, and gene families. | |
| MedlinePlus (Genetic Conditions) | National Library of Medicine | NBDC | 1296 | 2024-02-11 | > 文献 | https://medlineplus.gov/genetics/condition/ | Genetics Home Reference provides consumer-friendly information about the effects of genetic variations on human health. This content shows the genetics of more than 1,000 health conditions, diseases, and syndromes. | |
| MedlinePlus (Health Topics) | National Library of Medicine | NBDC | 1023 | 2024-04-06 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ | 米国NLMで評価された信頼できる健康・医療関連の情報源を提供し、世界中で消費者健康情報源として利用されています。コンテンツは毎日更新されています。 | |
| MedlinePlus (Help me Understand Genetics: Handbooks) | National Library of Medicine | NBDC | 107 | 2024-02-03 | > 文献 | https://medlineplus.gov/genetics/understanding/ | Genetics Home Reference provides consumer-friendly information about the effects of genetic variations on human health. This content shows mutations, inheritance, genetic counseling, genetic testing, genomic research, and more. | |
| MedlinePlus (Medical Encyclopedia) | National Library of Medicine | NBDC | 3565 | 2024-02-17 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ | 米国NLMで評価された信頼できる健康・医療関連の情報源を提供し、世界中で消費者健康情報源として利用されています。コンテンツは毎日更新されています。 | |
| Metabolonote | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 51 | 2015-04-09 | > 文献 | http://webs2.kazusa.or.jp/metabolonote/index.php/Main_Page_ja | ダイズの全ゲノム配列 (Glyma1.0モデル)から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在のところ61ファミリーに分類される転写因子モデル5,035件をエンコードする遺伝子座4,342件が収録されています。検索機能が優れており、転写因子ファミリーの名称やキーワード、遺伝子ID、GOターム、cis-モチーフなどで検索できます。BLASTによるホモロジー検索やゲノムブラウザによる表示、データのダウンロードも可能です。 | |
| Metabolonote[アーカイブデータ] | かずさDNA研究所 | NBDC | 627 | 2016-07-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/metabolonote/desc.html | メタボロミクス研究で取得された実験データに対する詳細な実験手法の情報（メタデータ）を専門に管理するデータベースです。メタデータの記録を極力簡単にすることで、メタボロミクスデータの公開と利用を促進することを目的に開発されました。※アーカイブに収録したデータは、2016/5/18にオリジナルサイトからダウンロードしたデータです。【コンセプト的な特徴】 実験データを管理する他の複数のデータベース間でメタデータを共有できるため、メタボロミクス実験の複雑なメタデータをユーザーが一元管理できる。サンプルの画像や実験方法の動画、関連データへのハイパーリンクなどを、登録者が自由に掲載可能なため、公開データに付加価値を付け、研究成果をアピールすることができる。論文のサプリメントとして参照することも可能。登録ユーザーの利便性を向上することで、メタボロミクスデータの公開を加速する。 【システム的な特徴】 Wikiシステムなので記入がしやすい。階層的なメタデータ構造を管理できる。一意のID（URI）でどの階層のメタデータにもアクセスできる。外部システムからデータにアクセスしたり意味的検索をしたいるするためのAPIが提供されている。 | |
| MiBASE (Micro-Tom Database) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 68999 | 2014-03-06 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://www.pgb.kazusa.or.jp/mibase/ | トマト品種Micro-Tomの果実由来のESTと葉由来のEST(合計125,883 EST)を公開しています。 | |
| MiFuP | 国立研究開発法人製品評価技術基盤機構 | NBDC | 448 | 2024-02-03 | > 用語解説 | http://www.bio.nite.go.jp/mifup/ | MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報（機能を発揮するメカニズム、実用化例等）を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。 | |
| MiFuP Safety | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 | NBDC | 257 | 2018-07-24 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.bio.nite.go.jp/mifup_safety/ | 微生物のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、微生物の有害性を推定するデータベースです。 微生物ゲノムの塩基配列又はアミノ酸配列を入力し検索すると、その配列中に有害性（毒素生産や薬剤耐性等）に関わる遺伝子領域が含まれていないか検出し、対象の微生物が有害性機能を有するかどうかを推定できます。 | |
| MiGD: Mikan Genome Database | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 2696 | 2024-03-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | https://mikan.dna.affrc.go.jp/ | ミカンゲノムデータベース（Mikan Genome Database: MiGD）はカンキツ育種のためのDNAマーカー開発支援を目的としたゲノムデータベースです。ゲノムブラウザTASUKEを用いて、9種のカンキツのDNA多型情報を比較して見ることができます。MiGDチームにより解読されたウンシュウミカン（C. unshiu）およびカラタチ（P. trifoliata）の全ゲノム配列と遺伝子アノテーション情報はゲノムブラウザJBrowseで閲覧できる他、ダウンロードも可能です。CAPSマーカーデータベースには約2,700種類のCAPSマーカーのプライマー配列やC. unshiuおよびP. trifoliataのゲノム上の位置情報などが収録されています。また、4種のカンキツゲノムに対してのBLAST検索も可能です。 | |
| Micro-Tom BAC End Sequence Database[アーカイブデータ] | 筑波大学大学院生命環境科学研究科遺伝子実験センター | NBDC | 49175 | 2014-02-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/microtom-bac-end-sequence/desc.html | トマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース。Tomato SBM & Marker DatabaseではこのデータベースをBLASTの対象となる配列データセットとして利用している。データベースにある各クローンはNBRPトマトのサブ機関であるかずさDNA研究所の以下のウェブサイトから供給可能である。http://www.kazusa.or.jp/clonereq/ | |
| MicrobeDB.jp | 東京工業大学 | 936403 | 2021-02-08 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://microbedb.jp/MDBdemo | 本DBは，微生物に関する多種多様な情報を遺伝子・系統・環境の3つの軸に沿って整理統合し，セマンティックWeb技術を利用して単一の検索ウィンドウからそれらの情報を検索可能な統合DBです。 | ||
| Molecule of the Month | 大阪大学 蛋白質研究所 | NBDC | 584 | 2024-04-14 | > 用語解説 | http://pdb101.rcsb.org/motm/254 | このサイトはRCSBの David S. Goodsell博士による「Molecule of the Month」を日本語に訳したものです。社会で話題となっている内容に関わる分子を蛋白質構造データバンク（PDB）から選び、機能と構造に関して解説しています。 | |
| Morimotoラボ | Northwestern University | NBDC | 186 | 2011-01-11 | > 文献 | http://groups.molbiosci.northwestern.edu/morimoto/research/protocols.html | Northwestern大学のMorimoto Lab提供の実験プロトコール集 | |
| Motorcycle | 奈良先端科学技術大学院大学 | NBDC | 1556 | 2012-07-26 | 2012-09-26 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://kanaya.naist.jp/motorcycle/top2.html | 薬用植物の有効性分の生合成過程を理解する為に、植物の酵素間の反応パスウェイを格納したデータベースである。例えば、Flavonoid, Alkaloid, Terpenenoid, P450に関する酵素の情報が含まれている。 |
| Mouse B6N BAC Clone Database[アーカイブデータ] | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 128007 | 2014-02-18 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/mouse-b6n-bac-clone-db/desc.html | マウス (C57BL/6N系統)のBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース。データベースにある各クローンは理研バイオリソースセンターDNA BANKから供給可能である。 | |
| Mouse Basement Membrane Bodymap | 大阪大学 蛋白質研究所 | NBDC | 41 | 2014-03-06 | > タンパク質 > 機能・局在 > 発生 |
http://www.matrixome.com/bm/Home/home/home.asp | マウス胎仔における基底膜蛋白質42種（既知の基底膜蛋白質の約90％）の発現部位を免疫組織化学的手法を用いて網羅的に解析し、得られた染色標本のデジタル画像を収録した画像データベースです。各基底膜蛋白質に対する抗体で染色した胎生16.5日のマウス胎仔の全身標本のデジタル画像（高解像度顕微鏡写真より合成された約4GBの画像）210枚が登録されており、タンパク質ごと、組織ごとに閲覧できます。Google Earthと同じ感覚で、標本の任意の部位を全身レベルから１個１個の細胞レベルまで任意の倍率で観察できます。 | |
| Mouse Basement Membrane Bodymap[アーカイブデータ] | 科学技術振興機構 | NBDC | 246 | 2018-04-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/mouse-basement-membrane-bodymap/desc.html | 発生中のマウス胚における基底膜タンパク質の局在性を示す画像のデータベースです。数百枚のギガピクセル単位の高解像度バーチャルスライドを収録しています。これらの画像では、マウス全身の矢状断切片及び前頭断切片を免疫組織化学的に染色し、隣接する切片をヘマトキシリン/エオシンで染色しています。さまざまな基底膜蛋白質の発現・局在を同一プラットフォームで染色してあり、臓器ごとに基底膜組成の比較が可能です。染色像は拡大・移動が自由にできるので、ユーザの興味のある部位での発現パターンが容易に観察できます。また、隣接切片のヘマトキシリン/エオシン染色像と連動させることができ、臓器の細胞形態を参照しながら観察可能です。 | |
| Mouse DNA Microarray | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 5 | 2014-03-13 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ | http://www.kazusa.or.jp/DNA_Microarray/mouse/2003-B6vs129/ | 129X1/SvJとC57BL/6Jマウスの系統間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓における遺伝子発現の差をマイクロアレイで調べた結果を掲載しているデータベースです。 | |
| Mouse Genetic Resources | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 系統生物研究センター・哺乳動物遺伝研究室 | NBDC | 117 | 2024-02-24 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/mouse/nig/locale/change?lang=ja | 国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室において維持されているマウス系統に関する情報、及びそれらのマウス系統を用いた遺伝解析に必要な基礎情報を提供しています。 | |
| Mutant Panel[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 356666 | 2023-10-13 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rice-tos17-insertion/desc.html | イネ(日本晴)の内在性レトロトランスポゾンTos17を転移させて作製したTos17挿入変異系統(ミュータントパネル)のデータベースです。各系統のTos17の挿入部位と表現型が整理されています。挿入により破壊された遺伝子と表現型の関係を調べることができます。 | |
| Mycoplasma penetrans Genome | 厚生労働省 国立感染症研究所 | NBDC | 1328 | 2014-02-18 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.nih.go.jp/Mypet/ | マイコプラズマ (M. penetrans、M. pneumoniae) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されています。M. penetransについては、完全長ゲノム配列、アミノ酸配列、アノテーションテーブルを取得できます。 | |
| NBDCヒトデータベース | 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC | 298 | 2024-03-03 | > 統合DBプロジェクト | http://humandbs.biosciencedbc.jp/ | 本サイトはヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォームです。次世代シークエンサーをはじめとした解析技術の発達に伴い産生されつつある膨大な量のヒト関連データを整理・格納し、個人情報の保護に配慮しつつデータの共有や利用を推進するためのルールや仕組みを備えています。科学技術振興機構 (JST) バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)により設立され、国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan (DDBJ)との協力によりデータの公開を進めています。本サイトを通じてヒトに関するデータの利用及びヒトに関するデータの提供を行なうことができます。 | |
| NBRC Culture Catalogue Search | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 | NBDC | 8 | 2009-10 | 2010-03-17 | > 細胞・組織 | http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCDispSearchServlet?lang=en | NBRC (NITE Biological Resource Center)は、微生物資源を研究、教育、産業に利用するための基盤整備を推進しています。生物遺伝資源センターとして、古細菌・放線菌を含む細菌、酵母、糸状菌、微細藻類、ファージ、DNAリソースなど、潜在能力のある生物遺伝資源を収集・保存・提供しています。本サイトではこれら資源の検索と詳細情報を確認することができます。 |
| NBRP Chrysanthemum | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 74 | 2024-02-24 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/chrysanthemum/ | 広義キク属の分与、保存を目的としています。属種別の画像が掲載されており、その種類はこのサイトで定義されているAccessionNumberで管理されています。 | |
| NBRP E.coli Strain (The Cloning Vecter Collection) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 11007 | 2024-02-24 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/top/top.jsp | 大腸菌や大腸菌組み換えDNA操作ベクター、ラムダファージのコレクションの検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。各生物資源に関する情報や、資源利用した時に得られた成果発表に関する情報を提供しています。 | |
| NBRP Nenkin | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 13411 | 2024-03-16 | > 細胞・組織 | http://nenkin.lab.nig.ac.jp/?locale=ja | 細胞性粘菌は単細胞と多細胞の状態を行き来するユニークな生活環をもち、基礎と応用の両面から注目されているモデル生物です。筑波大学は第2期ナショナルバイオリソースプロジェクトの中核機関として細胞性粘菌の株と遺伝子リソースを整備し、リクエストに応じてそれらを国内外に提供します。 | |
| NBRP-Rat | 京都大学 大学院医学研究科 附属動物実験施設 | NBDC | 825 | 2024-02-25 | > 細胞・組織 | http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/nbr/Default.aspx | ラットの系統、特性、研究対象分野の検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。ラット資源の保存情報、世代数、特性や繁殖方法、参考文献などの情報が提供されています。 | |
| NEDO database(New Energy and Industrial Technology Development Organization Database) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 420 | 2014-03-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.kazusa.or.jp/NEDO/ | かずさDNA研究所のヒト脾臓cDNAライブラリー由来のcDNAクローンの配列データを収集したデータベースです（NEDOヒトcDNA配列決定プロジェクト）。cDNAの全てが完全長ではなく、平均サイズは4.5kbです。本プロジェクトで得られたcDNAクローンはFLJから始まるIDが付与されており、かずさcDNA配列決定プロジェクトで得られたクローンはKIAAから始まるIDが付与されています。 | |
| NEXTDB | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 124522 | 2015-02-04 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://nematode.lab.nig.ac.jp/ | 線虫（Caenorhabditis elegans）の発現パターンマップをEST解析およびWISH（組織や個体全体に対する ISH）により構築し、公開しています。他に、発生各期におけるISH画像やcDNAクローンの塩基配列、ホモロジー検索の結果が利用可能です。 | |
| NIAH 病理アトラス | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構動物衛生研究所 | NIAS | 117 | 2011 | 2016-02-01 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 | http://www.naro.affrc.go.jp/niah/niah_atlas/ | 都道府県の家畜保健衛生所職員の方を対象に、病理診断に役立てていただくための病理画像を提供しています。現在は、1)牛病、2)豚病、3)鶏病、4)その他 の各疾病の病理画像と参考情報を提供しています。 |
| NIMG-PF | ニューロイメージング・プラットフォーム委員会||国立研究開発法人理化学研究所 脳科学総合研究センター 神経情報基盤センター | NBDC | 627 | 2022-07-29 | > 文献 | https://nimg.neuroinf.jp/?ml_lang=ja | 脳イメージングに関する様々なデータの共有を可能にするために構築されたデータベースシステムです。XooNIpsモードから、文献情報、成果発表資料、データ、ツール情報等を容易に閲覧、活用することが可能です。ユーザ登録が必要です。登録していないユーザは公開領域に登録されているアイテムのみの閲覧や、ゲストユーザの利用が許可されているアイテムのダウンロード操作ができます。 | |
| NITE NBRC Yeast Image Collection[アーカイブデータ] | 独立行政法人 製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター | NBDC | 2684 | 2016-11-01 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/nite-nbrc-yeast-image/desc.html | 電子顕微鏡を利用した酵母画像データを収録したデータベースです。このデータベースは、2,684件の酵母画像を収録しており、3種の形状（細胞、菌糸、胞子）画像と、撮影時の培地条件に関するデータを利用することができます。 | |
| NITE-CHRIP: NITE Chemical Risk Information Platform | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 | NBDC | 88 | 2018-07-24 | > 用語解説 | http://www.nite.go.jp/chem/chrip/chrip_search/systemTop | 化学物質の番号や名称等から、国内外の法規制情報及び国内外の機関による有害性情報、リスク評価情報等を検索することができるシステムです。 | |
| NLDB: Natural Ligand DataBase | 東北大学 大学院情報科学研究科 | NBDC | 3774 | 2024-02-25 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://nldb.hgc.jp/ | タンパク質とリガンドの３次元相互作用データベースです。KEGG代謝パスウェイ上の酵素反応について、自動的に収集及び予測したタンパク質とリガンドの3D複合体構造が収録されています。以下の3つのカテゴリーから成っています。Natural Complex：実験的に検証されPDBに登録のある複合体 Analog complex：標的リガンドに類似したリガンドとタンパク質の複合体、PDB構造から予測 Ab initio Complex：ドッキング・シミュレーションから予測した構造データ 様々なキーワードによってデータを検索できる他、ヒトゲノムの多型のタンパク質構造へのマッピング、および、KEGGの化合物IDsを介したエンリッチメント解析の機能も備えています。 | |
| NPEdia (Natural Products Encyclopedia) 化合物検索 | 国立研究開発法人理化学研究所 | NBDC | 80 | 2024-01-20 | > 用語解説 | http://www.npd.riken.jp/npedia/ | 理化学研究所の天然化合物バンク (RIKEN NPdepo) に登録されている化合物を検索するデータベースです。化合物の名称、CAS番号、分子量、構造、InChI情報等を収録しています。生理活性やスペクトル情報の項目もあります。化合物ID、化合物名、InChIKeyや部分構造を指定した検索が可能です。 | |
| NPOTDB | 独立行政法人水産総合研究センター | NBDC | 116 | 2024-02-17 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://fsf.fra.affrc.go.jp/seika/jiseki/jisekiindex.htm | 本データベースは、西部北太平洋に分布している主要な魚類116種の耳石の形態を詳細に記述したものです。これを用いることにより、採集の過程で外形が壊れた魚類や、鯨類等の大型捕食者の胃内容として出現する消化が進んだ魚類を、種レベルで同定することが可能になります。 | |
| NanbyoData | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 2774 | 2024-03-02 | > 医療・薬 > 医学 | https://nanbyodata.jp/ | NanbyoDataは難病オントロジー（Nanbyo Disease Ontology, NANDO）を介して国内外の難病関連情報を集積したサイトです。日本の難病関連制度である指定難病・小児慢性特定疾病の対象疾患に関して詳細な分類までを網羅し、その概要（日英）とOMIM、Orphanet、MedGen、Monarch Initiative、KEGG Diseaseへのリンク情報を提供しています。NANDOはサイトからダウンロードして利用できる他、語彙一覧 (http://nanbyodata.jp/ontology/nando) と階層構造 (http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NANDO/?p=classes&conceptid=root) がweb上から参照できます。 | |
| National BioResource Project Bacillus subtilis | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 7723 | 2015-06-04 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/bsub/index.jsp | 枯草菌の遺伝子破壊株の情報、寄託、分譲に関する申し込みを受け付けているサイトです。分譲の受付から発送状況まで進捗を適宜確認できるページも用意されています。 | |
| National BioResource Project Human embryonic stem cells | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 5 | 2024-03-23 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/escell/human/ | ヒトES細胞の分与に関する規定や申請についての情報を提供しています。リソースの特性により、倫理に関する情報、その使用法の政府指針等へのリンクが提供されています。 | |
| National BioResource Project Zebrafish | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | 2280 | 2024-04-07 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/zebra/ | ゼブラフィッシュの分与可能な系統に関する情報を掲載しており、分与、寄託などの情報に関しても掲載されています。トランスジェニック、変異体、野生由来のゼブラフィッシュが自然科学研究機構、国立遺伝学研究所、理化学研究所の協力により分与体制ができています。 | ||
| Neuraminidase Structure DB | 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 1603 | 2015-10-08 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://protein.gsc.riken.jp/jp/Research/index_na.html | 抗インフルエンザウイルス薬開発において第1の標的タンパク質とされる、ノイラミニダーゼの立体構造予測モデル情報を格納しています。構造予測は、ホモロジーモデリング法に基づく立体構造予測のソフトウエアFAMS（ファムス）を用いました。インフルエンザウイルスの増殖にはウイルス由来のノイラミニダーゼと呼ばれるタンパク質が必須であり、特に全世界での新型インフルエンザの流行の可能性という緊急性から、その情報を全て公開することにしました。ノイラミニダーゼは9種類（N1～N9）の亜型に分類されますが、データベースには全種類含まれており、立体構造モデル数は1603件です。 | |
| New Natural Compounds purified in Antibiotics Lab, RIKEN | 独立行政法人理化学研究所 | NBDC | 41 | 2024-03-23 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.cbrg.riken.jp/csrs/ja/compounds.html | 理化学研究所長田抗生物質研究室で精製された新規天然化合物一覧です。化合物名、生物活性、産生生物、参考文献、化学構造が収録されています。 | |
| Nocardia farcinica Genome Project Page | 厚生労働省 国立感染症研究所 | NBDC | 5697 | 2024-04-19 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://nocardia.nih.go.jp | 病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）と、アノテーションを掲載しています。リピート配列、薬剤耐性遺伝子、毒性遺伝子、リボソームタンパク遺伝子、リボソームRNA遺伝子、tRNA遺伝子などを閲覧できます。 | |
| OGRDB: Open Germline Receptor Database | Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College | NBDC | 2910 | 2024-03-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | https://ogrdb.airr-community.org/ | ヒトの生殖細胞系列変異のデータベースです。世界の研究者から提出された配列データを国際がん研究機関（IARC）が検証し、信頼性が認められた変異について、IMGTの定めた配列名、全体の配列、コーディング領域の配列、機能性の有無、IARCによる検証履歴などが収録されており、IMGT（the international ImMunoGeneTics information system）へのリンクから、変異のレパートリーを確認できます。また、収録データは一括ダウンロードが可能です。検証履歴を見ることで、各データの信頼性の根拠がすぐにわかることが特徴です。 | |
| OLIGAMI(Oligomer Architecture and Molecular Interface) | 創価大学 | NBDC | 103223 | 2015-09-19 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://protein.t.soka.ac.jp/oligami/ | 生体高分子のオリゴマー構造をインタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることができます。Protein Data Bank (PDB)中の全ての立体構造について4次構造のキュレーションを行っており、SCOPの階層構造に従ってまとめられています。 | |
| OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man) | National Center for Biotechnology Information | NBDC | 25625 | 2020-11-30 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim | Johns Hopkins大学のVictor A. McKusick 博士が中心となって記述、編集を行っている、ヒトの遺伝子変異と遺伝病のデータベースです。全ての既知のメンデル型遺伝病と12,000以上の遺伝子に関して、テキスト形式の情報やリファレンスが示されます。MEDLINEやEntrezのリンクも含まれます。 | |
| Open TG-GATEs 病理写真データベース[アーカイブデータ] | 独立行政法人 医薬基盤研究所 創薬基盤研究部 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト | NBDC | 52879 | 2014-05-08 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/open-tggates-pathological-images/desc.html | 当病理写真データベースでは、Open TG-GATEsに登録されている160化合物について、それらの化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本（約53,000 枚）の高解像度デジタル病理画像を公開しています。従って、Open TG-GATEsに登録されている病理所見の確認などを行うことができます。データベースOpen TG-GATEsについては、こちらのアーカイブをご覧ください。病理写真はデジタルスライドとして表示・拡大・縮小などが可能です。 | |
| Open TG-GATEs[アーカイブデータ] | 独立行政法人 医薬基盤研究所 創薬基盤研究部 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト | NBDC | 269042 | 2014-05-08 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/open-tggates/desc.html | トキシコゲノミクスプロジェクト（Toxicogenomics Project、TGP ）は、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業（15社）が参画した官民共同プロジェクトであり、平成14年度から平成18年度までの5年間をかけて、150の化合物（医薬品等）をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現情報および毒性情報を取得し、大規模かつ良質なトキシコゲノミクスデータベースを構築しました。さらに当データベースに解析および毒性予測システムの機能を付加したTG-GATEs（Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation system）の開発も達成しています。TGP2（Toxicogenomics Informatics Project、トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト）は、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および企業13社が参画したTGPの後継プロジェクトであり、平成19年度から平成23年度までの5年間をかけ、TG-GATEsを活用して30種以上の安全性バイオマーカーの開発を達成しました。バイオマーカーの検証あるいは機序解析等を目的にTGP2で取得された追加データもTG-GATEsに収載されています。Open TG-GATEsは、TGPおよびTGP2の研究成果を幅広い研究者に活用して頂くために開発した一般公開用のトキシコゲノミクスデータベースであり、TG-GATEsに格納されているデータの中から170化合物に係るデータを公開しています。データの絞り込みにおいては、化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます。また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCEL(*)ファイルとしてダウンロードすることが可能です。 (*)CELは、Affymetrix GeneChip®で取得された遺伝子発現データ（生データ）を表現する一つのファイル形式です。化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます。また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCELファイルとしてダウンロードすることが可能です。 | |
| OpenPML[アーカイブデータ] | 一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム (JBIC) | NBDC | 14 | 2015-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/openpml/desc.html | 遺伝型－表現型データ記述形式の標準化規格PML について記述したものです。あわせてPaGE-OMの説明、スキーマやサンプルスクリプトなどを公開しています。ゲノムの多様性と表現型の多様性の関係についての研究には、大規模且つ多様なデータを多くの協力者や研究者の間で共有することが不可欠です。そのためには各々の研究者がデータの互換性を担保した統一のとれた方法でデータを記述することが重要となります。 PaGE-OM (Phenotype and Genotype-Object Model)とはデータ記述のためのデータモデルです。遺伝型－表現型データベースを作成するときに、国際標準規格に基づいた形式で記述することができます。ゲノム多型と表現型のデータベースを開発する際に、国際標準形式で作成することができます。また、PMLで作成されたデータは再利用しやすいことになります。 | |
| Orphanet | フランス国立保健医学研究所 | 9046 | 2015-02-27 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.orpha.net/consor/cgi-bin/Disease_Search_List.php?lng=EN | Orphanetは希少疾患患者の診断と治療の向上を図ることを目的とした、希少疾患や希少疾患用医薬品について様々な情報を参照可能にしたデータベースです。疾患や薬に関する一般的な情報をはじめとして、臨床試験情報、関連する論文や、有病率、発症歴、症状、地域情報などを検索可能です。 | ||
| PACDB(Pathogen Adherence to Carbohydrate Database) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | JCGGDB | 129 | 2012 | 2012-06-11 | > 糖・脂質 | http://jcggdb.jp/search/PACDB.cgi | 病原体が宿主（ヒトやマウスなど）由来の糖鎖と結合する実験情報を論文から集めデータベース化したものです。 |
| PADS Arsenal: Prokaryotic Antiviral Defense System Arsenal | National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences | NBDC | 846573 | 2022-01-26 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://bigd.big.ac.cn/padsarsenal/ | 原核生物の18種類の抗ウイルス防御機構に関係する遺伝子のデータベースです。30000種以上の原核生物の系統ごとに、Assembly accession、各防御機構に関係する遺伝子の数、それらのGene symbol、位置情報、転写産物のProduct accessionなどが収録されています。データは生物種名・防御機構名・Assembly accession・遺伝子名から検索可能で、その結果や、各防御機構に関係する遺伝子の情報・配列データはダウンロード可能です。また、BLAST検索や、防御機構に関係する遺伝子について、パンゲノム解析を行うこともできます。 | |
| PCDDB: Protein Circular Dichroism Data Base | Birkbeck College, University of London, Queen Mary University of London | NBDC | 557 | 2024-03-02 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://pcddb.cryst.bbk.ac.uk/ | タンパク質の円偏光二色性 （CD） スペクトルのデータベースです。タンパク質のCDスペクトルと放射光CDスペクトル、関連する実験の詳細、validationなどを収録しています。タンパク質名や生物種で検索できる他、一覧表示も可能です。収録されているデータはpcd形式およびgen形式ファイルでダウンロードできます。利用方法の解説動画もあります | |
| PCDq(Protein Complex Database with complex quality index) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 5692 | 2013-09 | 2014-02-27 | > タンパク質 > 相互作用 | http://www.h-invitational.jp/hinv/pcdq/ | 予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体、それらの相互作用、さらにヒト蛋白質間相互作用情報のデータベースです。6つの既存の蛋白質間相互作用 （PPI）データベース (BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2H)を整理統合し、それらのPPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体を予測しました。さらに、それらを文献をもとに既知の複合体情報と照合し情報の付加や修正などの人手によるアノテーション (注釈づけ)を行いました。アノテーションの際には独自の蛋白質複合体の信頼性指標として品質管理指数 （complex quality index: CQI）を各複合体に付与しています。また複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapを提供しています。 |
| PCDq[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター | NBDC | 39033 | 2015-04-09 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/pcdq/desc.html | PCDq は、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの６つの蛋白質間相互作用（PPI）データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数（complex quality index: CQI）を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。＊慣行に従い、PCDqを研究等で利用する場合は、「論文等」に記載されている論文を引用してください。 | |
| PCIDB | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 50409 | 2024-03-05 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | https://www.genome.jp/db/pcidb | 植物代謝産物とそれに相互作用するヒトタンパク質情報やヒトに対する効能情報を統合したデータベースです。KNApSAcKの植物とそれに由来する代謝産物の情報、ChEMBLの化合物とタンパク質の相互作用情報にOMIMやKEGG DISEASEからヒト疾患に関する情報を関連づけた情報、CTDのヒトタンパク質と相互作用する物質や病気との関係などの情報を統合しています。KNApSAcKの化合物ID、代謝物名、生物種名等から検索できる他、代謝物の階層分類等からデータを参照することも可能です。 | |
| PDBSTR | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 441627 | 2020-08-11 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?pdbstr | タンパク質立体構造データベースPDBを、京都大学科学研究所で配列解析用に編成しなおしたデータベースです。PDBの１つのエントリーには複数のポリペプチド鎖がふくまれるので、これを別々のエントリーにし、同時に付加情報をつけています。 | |
| PDBWiki | Max-Planck-Institute | NBDC | 75016 | 2015-09-19 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://pdbwiki.org/wiki/Main_Page | データベース中のPDBIDを抽出し、そのままエントリに付与。抽出したPDBIDをiProClassからダウンロードしたIDMapping表に照合し、UniProtID、PIRSF ID、PFAM ID、UniRef50を取得し、付与。 | |
| PDBePISA | European Bioinformatics Institute | NBDC | 89243 | 2015-09-19 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pqs/ | PDBePISAは分子間接触面に関するインタラクティブツールです。立体構造をアップロードして分子表面や接触面を解析して、４次構造やその性質を推定できる他、PDBの既存構造に対する種々の事前計算結果を検索・ダウンロードして、接触面の生物学的役割を評価したり、RasmolやRastop、Jmolで可視化したりできます。 | |
| PDBj(Protein Data Bank Japan) | 大阪大学 蛋白質研究所 | NBDC | 218853 | 2024-04-24 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.pdbj.org/ | 日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および欧州バイオインフォマティクス研究所(PDBe)と協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。 | |
| PDQ日本語版（専門家向け） | （財）先端医療振興財団 | 396 | 2022-11-22 | > 医療・薬 > 医学 | https://cancerinfo.tri-kobe.org/ | PDQ日本語版は、米国国立がん研究所（NCI）が配信する包括的がん情報、PDQ(Physician Data Query) を日本語訳したものです。 | ||
| PEC(Profiling of E. coli Chromosome) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | 8512 | 2024-03-13 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/pec/index.jsp | 大腸菌ゲノムの全体像を明らかにするために、染色体上の全遺伝子について、特に実験的な機能解析に重要な情報を集積させる目的で構築したデータベースです。 | ||
| PGDBj - オルソログデータベース[アーカイブデータ] | かずさDNA研究所 | NBDC | 5341937 | 2017-06-01 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/pgdbj-ortholog-db/desc.html | 「オルソログ」とは、共通の祖先遺伝子から種分岐に伴って派生した遺伝子間の対応関係、もしくは、そのような対応関係にある遺伝子群を指し、生物種間のシンテニーに基づいたゲノム進化や遺伝子機能を推定する上で重要な手掛かりとなります。PGDBjオルソログDBは、異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベースです。現在、緑色植物20種とラン藻111種のオルソログ情報が含まれています。PGDBjオルソログDBは、生物種間の進化系統を反映させた階層的なデータベースであり、生物種間の「ハブ」として国内外の様々な植物ゲノムデータベースが連結されています。これにより、利用者が本DBに対して入力したキーワードやアミノ酸配列に基づいて、生物種や系統群を超えたデータの検索が可能であり、モデル植物から作物を含む多様な生物種における遺伝子の機能や特性に関する情報を一度に取得することができます。 | |
| PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法[アーカイブデータ] | かずさDNA研究所 | NBDC | 377451 | 2018-01-11 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/pgdbj-dna-marker-linkage-map/desc.html | DNAマーカーと遺伝地図は、遺伝解析による有用遺伝子の同定やゲノム構造比較の他、マーカー選抜育種やDNA鑑定などの応用研究にも利用されます。本データベースでは、モデル植物と作物を含む２９植物種について、DNAマーカーと、重要な農業形質に関わるQTLおよび地図情報を文献や外部データベースから収集・整理し、公開しました。また、５５植物種について、基本情報、ゲノム解析手法、関連ウェブサイトのリンク情報を収集・整理し、公開しました。本データベースでは、病害抵抗性、環境ストレス耐性、収量などの形質に着目した情報整備を行っています。このため、これらをキーワードとしたDNAマーカーやQTLの検索が可能です。また、DNAマーカーを用いたタイピングの実験条件に関する情報収集と整備も行っており、利用者が有する材料で実験する際の条件検索も可能です。 | |
| PGE[アーカイブデータ] | 独立行政法人 科学技術振興機構 | NBDC | 23155 | 2014-02-18 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/pge/desc.html | マウスの初期発生で発現している約25000個のcDNAの塩基配列（部分）を決定し、胚の体軸形成に関与すると考えられる遺伝子や約4000の新規遺伝子を見い出した。その際、得られたEST配列と初期発生段階である未受精卵、受精卵、２細胞期、４細胞期、8細胞期、16細胞期、32および64細胞期（blastocyst）の発現をデータベースとしている。マウス胚の遺伝子発現パターンを発生段階を追って参照することができる。 | |
| PHDB(PHML Model Database) | physiome.jp | NBDC | 240 | 2018-02-06 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://www.physiome.jp/phdb/index.html | PHDBは、ヒトの生体機能とシステム生物学研究に関する統合データベースです。生物学的、生体的機能に関するモジュールを収録したPHMLモデルデータベース、生体組織の形態計測モデルを収録した形態データベース、生理的および数学的実験から得られた動的なデータを収録した時系列データベースで構成されています。PHMLのモデルと関係するデータは自由にダウンロードでき、非営利の科学的目的において再利用できます。 | |
| PHDB(morphologydb) | physiome.jp | NBDC | 10 | 2018-02-06 | > 医療・薬 > 解剖 | http://www.physiome.jp/phdb/index.html | PHDBは、ヒトの生体機能とシステム生物学研究に関する統合データベースです。生物学的、生体的機能に関するモジュールを収録したPHMLモデルデータベース、生体組織の形態計測モデルを収録した形態データベース、生理的および数学的実験から得られた動的なデータを収録した時系列データベースで構成されています。PHMLのモデルと関係するデータは自由にダウンロードでき、非営利の科学的目的において再利用できます。 | |
| PHDB(timeseriesdb) | physiome.jp | NBDC | 5 | 2018-02-06 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://www.physiome.jp/phdb/index.html | PHDBは、ヒトの生体機能とシステム生物学研究に関する統合データベースです。生物学的、生体的機能に関するモジュールを収録したPHMLモデルデータベース、生体組織の形態計測モデルを収録した形態データベース、生理的および数学的実験から得られた動的なデータを収録した時系列データベースで構成されています。PHMLのモデルと関係するデータは自由にダウンロードでき、非営利の科学的目的において再利用できます。 | |
| PHYSCObase | 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 | NBDC | 55 | 2014-03-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 > 遺伝子発現・転写制御 > EST |
http://moss.nibb.ac.jp/ | 無処理、オーキシン処理、サイトカイニン処理の原糸体由来のヒメツリガネゴケ完全長cDNAライブラリーから得られた８万以上のEST配列や相同性検索結果、実験プロトコルを公開しています。ヒメツリガネゴケのmRNA、contigの配列、同一クローン由来の5'ESTと3'ESTを連結させてペア化した塩基配列のダウンロードファイルや、ヒメツリガネゴケ全配列に対するBLAST検索機能も提供しています。 | |
| PLACE(A Database of Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements) | 国立研究開発法人農業生物資源研究所 | NBDC | 471 | 1997-2007 | 2023-12-20 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/ | 高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、PubMedへのリンク、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加したデータベースです。ユーザ自身の配列からモチーフを検索するシグナルスキャン検索や相同性検索、キーワードによる検索が可能です。 |
| PMD(Protein Mutant Database) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 45239 | 2015-09-24 | > タンパク質 > 機能・局在 | http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/~pmd/pmd-j.html | タンパク質工学への貢献を目的として作られた文献データベースです。対象は、自然変異、人工変異、ランダム変異、部位指定変異などの全ての変異体を含み、グロビン属と免疫グロブリン属以外の全てのタンパク質としています。各エントリ（文献）には、変異の位置、導入したアミノ酸種などが簡潔に表現され、変異の結果、生じた機能や安定性の変化が記述されています。また、SwissprotやPIRなどのタンパク質配列データベースのリンクが掲載されています。 | |
| PODB3(Plant Organelles Database 3) | 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 | NBDC | 449 | 2024-02-08 | > 細胞・組織 | http://podb3.nibb.ac.jp/Organellome/index.php | 蛍光タンパク質などで可視化された植物オルガネラの動画や静止画像、オルガネラ研究の解析方法や関連リンク集を収集したデータベースです。 | |
| PPDB(PlantPromoterDB) | 岐阜大学 | NBDC | 584 | 2022-09-10 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp | シロイヌナズナの高密度転写開始点情報や、イネなどのプロモーター情報を提供しているデータベースです。CT-MPSS 法を用いて、シロイヌナズナの完全長cDNA 5'末端タグ配列を解析し、ゲノム上にマップすることで転写開始点を決定しています。 | |
| PPI view(Protein-Protein Interaction viewer) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 141608 | 2012 | 2012-03-28 | > タンパク質 > 相互作用 | http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/index.html | PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用情報の表示を行います。H-Invitationalプロジェクトで構築されたヒトの転写物データから予測されるタンパク質について、タンパク質間相互作用情報の割り当てを行いました。 |
| PREIMS | 大阪大学 蛋白質研究所 | NBDC | 406 | 2021-05-20 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | https://preims.tanpaku.org/preims/index.jsp | 蛋白質実験情報マネージメント・システム（PREIMS: PRotein Experimental Information Management System）は、ターゲット・タンパク研究で開発された実験プロトコルを整理したデータベースです。ターゲット・タンパク研究のプロジェクトの研究者によって実験プロトコル情報を登録していただき、登録時に指定されたアクセス権限に基づいて、検索・閲覧がなされます。この実験プロトコル情報は、テキストのみによる記載も可能ですが、オントロジー・エディター「法造」によって作成されるオントロジーでも記載されます。 | |
| PSCDB[アーカイブデータ] | 名古屋大学情報科学研究科 | NBDC | 1923 | 2016-12-01 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/pscdb/desc.html | タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータベースです。タンパク質の立体構造変化を運動の種類とリガンド結合部位との位置関係によって７つのクラスに分類しています。 | |
| PepBase | 慶應義塾大学 | 2597 | 2023-07-02 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://pepbase.iab.keio.ac.jp/phospho/msb/ | シロイヌナズナの蛋白質修飾部位データベースです。高精度質量分析計を用いたショットガンプロテオーム解析で取得したペプチド配列やスペクトル、修飾部位などの同定情報が収録されています。ペプチド配列、アクセッション番号、蛋白質機能などで検索できます。 | ||
| PepcDB | Protein Structure Initiative | NBDC | 564 | 2010-12-27 | > 文献 | http://pepcdb.pdb.org/ | タンパク質の発現と結晶化に関する実験の標準化データベース | |
| PhaSePro | Department of Biochemistry, Eötvös Loránd University | NBDC | 121 | 2024-03-18 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | https://phasepro.elte.hu/ | 生きた細胞内で液-液相分離を引き起こすタンパク質のデータベースです。タンパク質ごとにコードする遺伝子名、由来生物種名、形成する「膜のないオルガネラ (Membraneless organelles)」の種類、液-液相分離と関連のある分子相互作用の種類、実験により液-液相分離への影響が確認された遺伝子変異、根拠となる文献情報などが収録されています。検索は遺伝子名、タンパク質名、UniProt IDにより行うことができ、検索結果や全データはダウンロード可能です。ユーザーは、データベースに新たなデータを提供することも可能です。 | |
| PhaSepDB | Peking University | NBDC | 1020 | 2024-02-22 | > 細胞・組織 | http://db.phasep.pro/ | 細胞内に液液相分離（LLPS）によって形成された機能的区画やmembraneless organellesに関連するphase separation associated proteinsのデータベースです。データは人の手で文献や公共データべースから収集され、タンパク質名、UniprotEntry、コードする遺伝子のGene symbol、生物名、細胞内位置、関連する疾患・変異、根拠となる文献のPubMed ID、文献内で用いられた実験手法などが収録されています。また、ヒトタンパク質の相分離関連タンパク質の同定を容易にする可能性のあるUniprot ID/遺伝子IDのリストも提供しています。タンパク質の検索はGene symbol、Uniprot ID、細胞内位置から行うことができ、収録データはすべてダウンロード可能です。 | |
| PharmGKB(Pharmacogenomics Knowledge Base) | Stanford University | NBDC | 34320 | 2024-04-12 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 > 医療・薬 > 薬学 |
http://www.pharmgkb.org/ | 薬物応答におけるヒトの遺伝的変異の影響に関する知識を蓄積しているデータベースです。文献より、医薬品や低分子、ジェノタイプ、フェノタイプ、PK/PD、臨床情報、パスウエイの情報を抽出し、重要なファーマコゲノミクス(PGx)遺伝子や薬物パスウエイのデータを集約しています。 | |
| Phos-tag SDS-PAGE データ集 | 広島大学 薬学部 | NBDC | 81 | 2024-03-02 | > タンパク質 > 相互作用 | http://phostag.hiroshima-u.ac.jp/ | Phos-tag SDS-PAGE によるタンパク質リン酸化解析データを収集したデータベースです。広島大学医薬分子機能科学研究室が開発したリン酸化アニオン認識分子Phos-tagを用いるSDS-PAGEによるリン酸化タンパク質の泳動画像（Mn2+–Phos-tag SDS-PAGE、ウェスタン解析などを含む）、記載文献、ゲルの条件、検出方法を収録しています。タンパク質名による検索とアルファベット順一覧によるブラウズが可能です。 | |
| Physcomitrella patens Full-Length cDNA Clone Database Search | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 149238 | 2023-03-07 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/p_patens.html | 基礎生物学研究所より寄託を受けたヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、DDBJ accession number、clone name (NIBB)を指定することが可能です。 | |
| PiSITE - 蛋白質の相互作用部位データベース | 東京大学 医科学研究所 | NBDC | 109940 | 2015-10-08 | > タンパク質 > 相互作用 | http://pisite.hgc.jp/ | タンパク質立体構造データベースPDBを利用して、タンパク質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベースです。相互作用部位を集める際に、異なる複数のタンパク質と相互作用出来るタンパク質の相互作用部位を同時に考慮している点が特徴です。また副産物として、多くの異なるタンパク質と一時的な相互作用することが出来るSociable proteinのリストも提供しています。 | |
| Plabrain DB[アーカイブデータ] | 京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座 | NBDC | 24 | 2014-04-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/plabrain-db/desc.html | プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の、単一細胞ごとの遺伝子発現情報、Whole-mount in situ hybridizationによる発現解析、および組織免疫染色による解析データを収録したデータベース。 特に、FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)を用いた半定量的single-cell PCR (FBSC-PCR)手法による、単一細胞レベルの発現解析結果の初めての公開となる。半定量的single-cell RT-PCRとFACSを組み合わせた独自の手法により、プラナリアの単一ニューロンごとの遺伝子の発現パターンを解析し公開した点が特長である。ScholarpediaのPlanaria nervous systemを本データベースと併せて参照されたい。またin situ hybridizationデータについては、JT生命誌研究館のサイトから公開されている「Oh!脳」でも、関連するいくつかの遺 伝子の情報を閲覧できる。 | |
| Place[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 1369 | 2014-08-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/place/desc.html | 高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、PubMedへのリンク、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加したデータベース。背景・ねらい 植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域（シスエレメント）中の塩基配列モチーフのデータベースと適切なホモロジー解析ツールがあれば、植物から単離された遺伝子の塩基配列から、その遺伝子の発現している組織、ホルモンやストレスによる誘導の有無などを推定し、実験を組み立てるのに役に立つと期待される。既存のシスエレメントモチーフのデータベースでは、高等植物のシスエレメントは非常に数少ない。そこで高等植物遺伝子の発現制御に関わるシスエレメント塩基配列モチーフを収集し、PLACE (PLAnt Cis-Element) データベースを構築することにした。特徴・活用方法 文献を調査してモチーフ塩基配列、特徴などを含めた解説、文献等を入力し集積した。別の遺伝子や別の植物等でその後に報告されたバリエーションも独立したモチーフとして含めた。それぞれのモチーフに関するドキュメントは、ブラウザでキーワード検索して読むことができる。 塩基配列の解析ツールとして導入したWWW Signal Scan によって、質問配列をコピーアンドペーストして検索を実行すると、結果が表示される。表示の仕方は、存在するモチーフ名のアルファベット順にリスト、質問配列上にマップ表示、質問配列の5'側からの順にリスト、の３通りから選択できる。ドキュメントの中にはアメリカNCBI/NIHの文献要旨データベースPubMed のIDナンバー及びGenBank のアクセッションナンバーが表示されている。これをクリックすることによりそれぞれのデータベースに飛んで、文献の要旨を読んだり、関連塩基配列に関するデータを入手したりできる。有用性 各モチーフの実験的証拠は、RC (Reference Criteria) 欄に記載されている。ここにまとめたモチーフは、必ずしも厳密に調べたものではない。そのためこのデータベースの結果を使用する前には、それぞれのモチーフのオリジナルの文献を読むべきである。 | |
| Plant GARDEN: Plant Genome And Resource Database ENtry | 公益財団法人 かずさDNA研究所 | NBDC | 592 | 2024-03-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | https://plantgarden.jp/ | さまざまな植物のゲノムやマーカー情報を集めたポータルサイトです。ゲノム配列、マーカー（SSR, CAPS, SCARなど）、Bio Sample、アノテーション（gff/gff3）、遺伝子（cds/gene）、転写物（cDNA/mRNA）、タンパク質配列（pep/aa）などの情報を収録しています。植物種、形質、配列からの検索や、SNPやIn/Delを検出する解析パイプラインを使った解析が可能です。また、全リストからはアッセンブルされた配列やSRA配列の情報が絞り込めます。 | |
| PoSSuM | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 | NBDC | 194 | 2016-07-12 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://possum.cbrc.jp/PoSSuM/ | タンパク質の類似リガンド結合部位データベースです。 | |
| PoSSuM[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 人工知能研究センター | NBDC | 249640 | 2019-09-17 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://possum.cbrc.jp/PoSSuM/index.html | PoSSuMは、タンパク質上の低分子結合サイトを推定するためのデータベースです。このデータベースにはDrug Search機能もあります。Drug SearchではChEMBLから194の創薬に適した化合物を抽出して、それらの化合物との結合する既知のポケットと、それらのポケットと相同性のあるポケットを推定しています。 | |
| Polymorphism of Microsatellite Markers | 九州大学 生体防御医学研究所 | NBDC | 23 | 2020-02-21 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www002.upp.so-net.ne.jp/kyama-Q/MS.html | 日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度の情報（4868マーカー）をデータベース化したものです。日本人集団を対象とした連鎖解析や相関解析に有用なマーカー選択の基盤を整備しました。 | |
| Poplar Full-Length Clone Database Search | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 22498 | 2023-03-06 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | https://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/poplarclone.html | 森林総合研究所から寄託を受けたポプラ完全長cDNAクローンのキーワード検索が可能です。キーワードには、リソース番号、NCBI Accession Number、clone nameを指定することが可能です。 | |
| Porphyra yezoensis (susabinori) EST dataset | かずさディー・エヌ・エー研究所 | 20779 | 2023-07-10 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://est.kazusa.or.jp/en/plant/porphyra/EST/index.html | かずさDNA研究所で決定したスサビノリのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。 | ||
| ProMode(A database of normal mode analyses on protein molecules with a full-atom model) | 早稲田大学 | NBDC | 103529 | 2015-09-19 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://promode.socs.waseda.ac.jp/pages/jsp/index.jsp | 基準振動解析によって得られたタンパク質立体構造の動的構造に関するデータを集めたデータベースです。タンパク質分子が基準振動モードでゆらぐ様子を、無料のプラグインChimeを使うことによって、アニメーションで観察するすることができます。Chimeのコマンドを利用して、分子の色を変えたり、表示方法を変えたりすることも可能です。基準振動解析の結果から定義された動的なドメインと、それら相互の運動をらせん運動として解析した結果も Chimeで表示されます。 | |
| ProNIT(Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions) | 九州工業大学 | NBDC | 12221 | 2018-03-27 | > タンパク質 > 相互作用 | http://www.abren.net/pronit/ | 実験的に決定されたタンパク質-核酸間の熱力学的相互作用データを収録したデータベースです。タンパク質情報、核酸情報、文献情報、実験条件、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が含まれています。 | |
| ProNuc(Protein-Nucleic Acid Complex Database) | 九州工業大学 | NBDC | 565 | 2010-03-17 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 > タンパク質 > 相互作用 |
http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/pronuc/pronuc.html | 蛋白質と核酸の複合体構造を集めたデータベースで、認識モチーフやDNAの形状にしたがって分類されています。PDBのIDやタンパク名、モチーフの種類、DNAのタイプ、認識エレメント等の条件で検索できます。 | |
| ProSeg(A database of local structures of protein segments) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 7 | 2009-10 | 2010-04-23 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://riodb.ibase.aist.go.jp/proseg/cgi-bin/proseg.cgi | タンパク質分子の部分構造を網羅的に分類、整理したデータベースです。7万以上のセグメントが主鎖の立体構造類似性にしたがって数千個程度のクラスタに分類されています。 |
| ProTherm(Thermodynamic Database for Protein and Mutants) | 九州工業大学 | NBDC | 25823 | 2018-03-02 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.abren.net/protherm/ | タンパク質の立体構造安定化の理解に重要となる、実験的に作成した変異タンパク質と野生型の熱力学データ（ギブスの自由エネルギー変化、エンタルピー変化、変性温度、水中での変性温度等）を文献から抽出し、収録したデータベースです。二次構造や野生型残基へのアクセシビリティ、実験条件（pH、温度、バッファー、イオン、タンパク質濃度）、測定方法、活性情報（Km、Kcat）、文献情報等も含まれています。 | |
| Proteopedia | Weizmann Institute of Science | NBDC | 20297 | 2024-04-23 | > 用語解説 | http://www.proteopedia.org/ | タンパク質、リボ核酸、DNA、および他の分子の3D百科事典です。フリーユーザーアカウントで誰でも記事を編集できます。 | |
| Pt_spiderBASE | 株式会社 生命誌研究館 | NBDC | 1 | 2024-03-02 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.spider-brh.jp/pt_spiderbase/ | モデル節足動物であるオオヒメグモ (Parasteatoda tepidariorum) のESTのデータベースです。ESTシーケンスの情報閲覧、BLAST検索ができます。他生物の配列に対するEST配列のBLASTX結果も閲覧でき、Clone IDやタンパク質名等で検索できます。 | |
| Q-TARO(QTL Annotation Rice Online database) | 国立研究開発法人農業生物資源研究所 | NIAS | 1051 | 2009-2010 | 2013-07-02 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://qtaro.abr.affrc.go.jp/ | 種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、染色体上の同一カ所に検出された複数年次および統計上検出された遺伝的（環境）相互作用のQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一し、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています（2008年3月31日現在）。これらの代表的QTL情報はSQL言語を用いて構造化され、表およびゲノムブラウザから関連情報を得ることができるQ-TARO (QTL Annotation Rice Online)データベースとして整理されました。2012年現在、新たなQTL情報の追加は行っていません。 |
| Q-TARO[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 1051 | 2014-01-14 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/qtaro/desc.html | 文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています（2008年3月31日現在）。これらの代表的QTL情報はSQL言語を用いて構造化され、表およびゲノムブラウザから関連情報を得ることができるQ-TARO (QTL Annotation Rice Online)データベースとして整理されました。2012年現在、新たなQTL情報の追加は行っていません。イネの表現型については、農業形質に関わる重要な形質を中心に、その変異を遺伝的に明らかにする研究が多く行われてきました。その代表的な研究手法がQTL解析ですが、現在までQTL解析で得られた多くのQTL情報が整理されていないことから、QTLの関係（冗長性）やその染色体上の位置などの情報が明らかになっていませんでした。そこで、我々の研究グループでは、過去20年間のQTLに関する研究論文を1214件収集し、QTL情報を収集し位置情報を得るためのDNAマーカー情報とあわせて整理を行いました。その結果、全体で5096件のQTL情報から、冗長性を極力除いた1051件の代表的QTL情報のデータベースを作成し、ゲノム上に可視化しました。このデータベース(Q-TARO;QTL Annotation Rice Online)を利用することで目的とする染色体上のQTLの位置や情報だけでなく、関連するマーカー情報を得られることが期待されます。 | |
| RA target genes in the Ciona embryo[アーカイブデータ] | 高知大学 理学部 応用理学科 細胞分子工学研究室 | NBDC | 9299 | 2014-02-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/ra-target-gene/desc.html | カタユウレイボヤ EST 解析に用いた卵割期・尾芽胚・幼生のライブラリーから、重複のない 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを作製した。このアレイを用いて、 ホヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子のスクリーニングを行い多くの新規遺伝子を含む標的遺伝子候補を同定し、 それらについて in situ による発現解析を行った。 本データベースはこれらの結果をまとめたデータベースである。このデータベース中の in situ ハイブリダイゼーションのデータは、 ANISEED データベース （http://crfb.univ-mrs.fr/aniseed/） の中にも含まれており，他の論文等で報告されているさまざまな遺伝子発現パターンとともに閲覧できるようになっている。 また、マイクロアレイに用いた cDNA クローンは提供可能である。 | |
| RAD: Rice Annotation Database | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 4663 | 2012-05-12 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/ | イネゲノム研究プログラム(RGP)で蓄積されたイネゲノム(1,3,4&10番染色体)のアノテーション情報及び包括的なゲノム解析情報を提供しています。ゲノム上の予測遺伝子や完全長cDNAのアノテーション情報をグラフィカルに参照できます。 | |
| RAFL cDNAs | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | 318935 | 2024-03-23 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | https://epd.brc.riken.jp/en/pdna/rafl_clones | シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベース。シロイヌナズナ完全長cDNAの解析を行い、機能注釈を付ける作業を進めた成果を公開しています。155,144の完全長 cDNAsの3'末端ESTsを、14,668の非冗長のcDNAグループのクラスタに分類し、また、14,034種のシロイヌナズナ遺伝子について、5'末端の配列データを得、制御領域（プロモーター）データベースを構築したものです。 | ||
| RAP-DB(Rice Annotation Project DataBase) | 国立研究開発法人農業生物資源研究所 | NIAS | 241651 | 2005-2012 | 2012-03-01 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ | イネアノテーションプロジェクト (RAP)によるイネゲノムの高精度注釈 (アノテーション)情報を収録したデータベースです。 2種類のアノテーションビューア (GBrowse、G-integra)があり、アノテーション情報をグラフィカルに参照できます。 また、ユーザー自身の配列とイネゲノム配列の類似性検索 (BLAST, BLAT)を行うことができます。 |
| RAPID | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | 139 | 2015-03-10 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://rarge.psc.riken.jp/cdna/cdna.pl | シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベース。シロイヌナズナ完全長cDNAの解析を行い、機能注釈を付ける作業を進めた成果を公開しています。155,144の完全長 cDNAsの3'末端ESTsを、14,668の非冗長のcDNAグループのクラスタに分類し、また、14,034種のシロイヌナズナ遺伝子について、5'末端の配列データを得、制御領域（プロモーター）データベースを構築したものです。 | ||
| RARTF | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 1991 | 2015-03-10 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://rarge.psc.riken.jp/rartf/ | PSI-BLAST検索により検出されたシロイヌナズナの全転写因子1,978件と転写因子ファミリーの情報を扱うデータベースです。完全長cDNA配列、Ds-tagged 変異体、ファミリー間のマルチプルシークエンスアライメント、系統樹、機能モチーフなどが収録されています。 | |
| RAvariome(Rheumatoid Arthritis variome) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 166 | 2014-01 | 2014-02-27 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www.h-invitational.jp/hinv/rav/ | 自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供するとともに、これらの信頼できる遺伝子多型の情報を基にして関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールも提供しています。 |
| RDF Portal | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 39 | 2024-03-02 | > 統合DBプロジェクト | https://rdfportal.org/ | 生命科学分野のデータベースをRDF形式で一箇所に集約したポータルサイトです。JSTバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) と情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)で共同開発しています。DBCLSによって策定された質の高いRDFデータ作成のためのガイドライン (http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline) に準拠し、一定以上の質を保った信頼性の高いRDFを公開しています。利用者は、NBDC RDF Portalに収められた様々な研究機関が作成したデータベースについて、データの説明を閲覧し、データのダウンロードやSPARQL (RDF形式データの標準問い合わせ言語) による検索を行うことができます。 | |
| RED II INAHO[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 6332817 | 2016-02-04 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/redii-inaho/desc.html | The Rice Expression Database II INAHO（RED II INAHO）は、イネのアブシジン酸とジベレリンの応答性遺伝子の転写プロファイリングを調べるために、60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベースです。edii_inaho_experimentテーブルから実験データを取得できます。また、redii_inaho_probeテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。 文献 Yazaki J, Kishimoto N, Nagata Y, Ishikawa M, Fujii F, Hashimoto A, Shimbo K, Shimatani Z, Kojima K, Suzuki K, Yamamoto M, Honda S, Endo A, Yoshida Y, Sato Y, Takeuchi K, Toyoshima K, Miyamoto C, Wu J, Sasaki T, Sakata K, Yamamoto K, Iba K, Oda T, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S. Genomics approach to abscisic acid- and gibberellin-responsive genes in rice. DNA Res. 2003 Dec 31;10(6):249-61. PMID: 15029956 Yazaki J, Shimatani Z, Hashimoto A, Nagata Y, Fujii F, Kojima K, Suzuki K, Taya T, Tonouchi M, Nelson C, Nakagawa A, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S. Transcriptional profiling of genes responsive to abscisic acid and gibberellin in rice: phenotyping and comparative analysis between rice and Arabidopsis. Physiol Genomics. 2004 Apr 13;17(2):87-100. PMID: 14982972 | |
| REFOLDdb | 国立遺伝学研究所 | NBDC | 1869 | 2023-12-08 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://pford.info/refolddb/search.cgi?lang=JP | REFOLDdbは、論文等で公開された組み換えタンパクのリフォールディング手法を収集したデータベースです。文献、タンパク質情報、実験情報を組み合わせ、文献に基づくリフォールドの最適な条件を探すことができます。各種統計情報からのデータの閲覧、Blast検索、データの一括ダウンロードもできます。Monash Universityが2006年から公開していたREFOLD database（http ://refold.med.monash.edu.au）のデータもMonash Universityの研究チームと協議の上、このデータベースで利用できるようにしています。 | |
| REPAIRtoire | International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw | NBDC | 4273 | 2024-01-28 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://repairtoire.genesilico.pl | DNAの損傷と修復機構に関わる因子のデータベースです。タンパク質、損傷原因因子、DNA修復タンパク質の異常に起因する疾患、ホモログ情報、損傷修復パスウェイ、キーワード、論文の各カテゴリごとに情報がまとめられています。DNAやDNA-タンパク質複合体の模式図を作成するオンラインツールも公開しています。ログインをすればユーザが情報を登録することができます。 | |
| RESOPS | お茶の水女子大学 大学院人間文化創成科学研究科 | NBDC | 165 | 2024-01-27 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://cib.cf.ocha.ac.jp/RNAEDITING/ | 陸上植物のオルガネラ（ミトコンドリアと葉緑体）のRNA編集部位とタンパク質構造に関するデータベースです。RNA編集により生成されるタンパク質のRNA編集部位や置換パターン、アミノ酸の種類に関する情報を収録しており、またその立体構造の視覚化も可能です。 | |
| RGP : A YAC-Based Rice Transcript Map Containing 6591 EST Sites[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 6760 | 2015-04-09 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rgp-estmap2001/desc.html | このデータベースは、「Wu et al, Plant Cell 14, 2002」に掲載したYACベースのイネ転写産物地図に関する情報を提供しています。イネ転写産物地図作成に使用された6,591個のEST部位情報が含まれています。表や図（ダウンロード用のMicrosoft ExcelフォーマットおよびPDFフォーマットあり）の形式で、YACベースのイネ転写産物地図の詳細を提供します。表には、クローン特異的なESTプライマーを用いた、PCR法によるYACスクリーニングの詳細な結果が含まれています。 図には、割り当てられたEST部位でのイネの遺伝地図、および、YAC物理地図が含まれています。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。 | |
| RGP : RICE GENETIC MAP IN NATURE GENETICS[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 1381 | 2014-11-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rgp-gmap/desc.html | 「RICE GENETIC MAP IN NATURE GENETICS」は、イネ連鎖地図作成に使用された1,381個のDNAマーカのデータベースです。イネ連鎖地図は「Nature Genetics volume 8, 365-372, December 1994」に掲載されています。イネ連鎖地図は、Nipponbare (japonica) と Kasalath (indica) のF2交雑でマッピングされた1,381個のRFLPマーカー情報 (1993年版) から構成されています。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。 | |
| RGP(The Rice Genome Research Program) | 国立研究開発法人農業生物資源研究所 | NIAS | 136 | 1994-2003 | 2015-10-07 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://rgp.dna.affrc.go.jp/index.html | イネゲノムの高密度分子遺伝地図、酵母人工染色体（YAC）の整列化地図、65000個のEST塩基配列情報及びこれらESTをYAC整列化地図状に位置づけた発現遺伝子地図が公開されている。 |
| RGP: 332 PCR-based genetic markers on rice chromosomes[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 527 | 2015-06-04 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rgp-caps/desc.html | 我々は161個のsequence tagged site(STS)マーカーと171個のcleaved amplified polymorphic sequence (CAPS)マーカーを含む、332個のPCR法による遺伝マーカーを開発しました。このページではこれらマーカー情報を提供します。STSマーカーやCAPSマーカーについての染色体上の位置、プライマー配列、増幅断片（日本晴）の大きさ、制限酵素といったあらゆる情報を表にまとめました。これらのマーカーは、日本晴（ジャポニカ種）とKasalath（インディカ種）間の多型検出のために開発されました。これらのマーカーによる多型検出は、品種または系統の組合せに依存しますが、他の組合せでの分析に利用することができます。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。 | |
| RGP: A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 5753 | 2015-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rgp-gmap98/desc.html | 「Genetics」（1998年1月）に掲載された高密度RFLP連鎖地図より、印刷物として掲載できなかった大量のデータをここで提供します。イネ連鎖地図は、Nipponbare (japonica) と Kasalath (indica) のF2交雑でマッピングされた2,275個のRFLPマーカー情報から構成されています。データはアイソザイム遺伝子座、各プローブの塩基配列および親サザン画像に対応した表、関連するクローン情報のデータを含んでいます。表にはマッピングされたクローンの類似検索の結果も含みます。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。 | |
| RGP: The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 6534 | 2015-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rgp-gmap2000/desc.html | このデータベースでは、1998年の高密度RFLP連鎖地図公開以降に生成された1000近いRFLPマーカーを含む、3267個のRFLPマーカー情報で構成される連鎖地図（2000年版）を提供します。連鎖地図データは12の染色体毎に表で表示され、各染色体毎に短腕のテロメア末端からの地図上の位置（遺伝的距離をcMで表示）、マーカー名、RFLP分析でプローブとして使用した挿入断片である5'末端と3'末端配列のDDBJ accession番号（入手可能な場合のみ）が含まれます。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。 | |
| RIKEN Arabidopsis Full-Length Clone Database Search | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | 246605 | 2023-01-24 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/cdnaclone.html | 理研ゲノム科学総合研究センター(GSC)より寄託を受けたシロイヌナズナ完全長cDNAクローン(RAFL clone)のキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号、NCBI Accesion Number、AGI code、cDNA clone nameの指定が可能です。 | ||
| RIKEN BRC Arabidopsis activation (T-DNA)-tagged lines | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 25 | 2014-07-31 | > 細胞・組織 | http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/actic.shtml | シロイヌナズナのアクティベーションタグラインは、理研バイオリソースセンター（BRC）または理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異探索研究チームにおいて、Dr. Waldenらが作成したT-DNA ベクター、pPCVICEn4HPTをAgrobacteriumの系を用いて野生株（Col-0）に導入することにより作成されました。本ラインの特徴は、T-DNAの挿入による遺伝子破壊とともにT-DNA中に存在するエンハンサーの効果により近傍遺伝子の過剰発現効果が期待できることにあります。本ラインはスクリーニングに供することを前提として種子プールの形で提供されます。 | |
| RIKEN BRC CELL BANK | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 11876 | 2024-04-19 | > 細胞・組織 | http://www.jcm.riken.go.jp/JCM/JCM_Home_J.shtml | 理研・微生物材料開発室は、 Japan Collection of Microorganisms（JCM）として発足し、1981年より微生物株の収集・保存・提供を行う微生物系統保存事業を実施してきました。2004年のRIKEN BRCへの統合後、独自のバイオリソース事業を展開することにより、微生物に関連する研究の支援とその発展に貢献することをめざしています。2010年9月現在、約19,900株を保有し、このうち細菌（放線菌を含む）約7,400株、アーキア（古細菌）約300株、真菌（酵母と糸状菌）約4,100株、総計約12,000株を提供対象としています。 | |
| RIKEN BRC Japan Collection of Microorganisms | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | 32210 | 2024-03-27 | > 細胞・組織 | http://www.jcm.riken.go.jp/JCM/JCM_Home_J.shtml | 理研・微生物材料開発室は、 Japan Collection of Microorganisms（JCM）として発足し、1981年より微生物株の収集・保存・提供を行う微生物系統保存事業を実施してきました。2004年のRIKEN BRCへの統合後、独自のバイオリソース事業を展開することにより、微生物に関連する研究の支援とその発展に貢献することをめざしています。2010年9月現在、約19,900株を保有し、このうち細菌（放線菌を含む）約7,400株、アーキア（古細菌）約300株、真菌（酵母と糸状菌）約4,100株、総計約12,000株を提供対象としています。 | ||
| RIKEN SSBC[アーカイブデータ] | 独立行政法人 理化学研究所 生命分子システム基盤研究領域 | NBDC | 2338 | 2013-03-07 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/riken-ssbc/desc.html | 高等動植物等タンパク質の立体構造解析実験データベース。タンパク3000プロジェクトにおいてRSGIにより取得された、Ｘ線回折画像データ、結晶化スクリーニング観察画像データと、発現・精製など一連の付随実験情報を含む。ヒトとマウスの48種のタンパク質のデータを公開している。Ｘ線回折画像や結晶観察画像の巨大なデータセットを多数含み、解析方法の検証などに用いることができる。またタンパク質毎に、発現・精製から結晶化・回折実験までの一連の実験過程を追うことができる。 | |
| RIKEN Systems and Structural Biology Center | 独立行政法人理化学研究所 | NBDC | 202 | 2024-02-17 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://database.riken.jp/sw/links/ja/cria87s4i/ | 高等動植物等タンパク質の立体構造解析実験データベース。タンパク3000プロジェクトにおいてRSGIにより取得された、Ｘ線回折画像データ、結晶化スクリーニング観察画像データと、発現・精製など一連の付随実験情報を含みます。ヒトとマウスの48種のタンパク質のデータを公開しています。 | |
| RIKEN-CIAT Cassava Full-Length Clone Database Search | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | 19450 | 2024-02-25 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://www.brc.riken.go.jp/lab/epd/catalog/cassavaclone.html | 理化学研究所は国際熱帯農業センター（コロンビア共和国）と協力して、キャッサバ（タピオカ）完全長cDNA10,577種を同定しました。この中には、4,621種の新規キャッサバ配列と、植物のタンパク質配列と相同性のない新規配列1,521種が含まれることが明らかとなりました。本データベースには8,494件のストレス応答性に関与する遺伝子の転写産物や、キャッサバ研究の様々な分野で重要とされる遺伝子が含まれています。 | ||
| RMG[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 151 | 2013-09-03 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rmg/desc.html | イネのミトコンドリアゲノム情報についてのデータベースです。ミトコンドリアゲノムの配列や解析結果の情報を参照できます。トウモロコシ、小麦などの主要穀物および単子葉植物のミトコンドリアゲノム情報のスタンダードとして、今後の解析に利用できます。 | |
| RMOS[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 66893 | 2015-11-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rmos/desc.html | イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 このマイクロアレイプロジェクトは、近年ゲノム的視点に立った遺伝子発現の網羅的解析技術として着目されているマイクロアレイ技術（詳細は技術的背景のページへ）を用いて、植物が低温、乾燥、有害な土壌、害虫や病気等の環境から種々の影響を受けた際に示す応答に関与する遺伝子やその耐性機構に関与すると思われる遺伝子をいち早く単離すること、また特定の組織や器官でのみ発現している遺伝子を単離することを目標として開始されました。一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや我々が作成したマイクロアレイに関する研究データ等の情報を参照できます。 | |
| ROUGE(A Database of Rodent Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa Mouse cDNA Project) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 2169 | 2014-03-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.kazusa.or.jp/rouge/index.html | かずさDNA研究所が同定したヒト長鎖遺伝子(KIAA cDNAs)のマウスホモログ(mKIAA cDNAs)の情報公開と遺伝子の配布を行っています。各エントリーにつき、クローン情報、cDNA配列、制限酵素マップ、シグナル配列、アミノ酸配列、InterProScanやSOSUIによるモチーフ探索結果が掲載されています。 | |
| RPD[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 19388 | 2016-04-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rpd/desc.html | イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。イネのさまざまな生育時期の各種器官あるいは精製細胞内小器官から抽出したタンパク質を2次元電気泳動し、23種類の2次元電気泳動画像に基づいてそれぞれのタンパク質を精製し、気相プロティンシーケンサーあるいは質量分析計でアミノ酸配列を決定しました。2次元電気泳動マップ上で分離された14,724種類のタンパク質のうち、6,011種類について分子量・等電点・発現量等の情報、およびアミノ酸配列情報、さらにそれら相同検索結果情報等をカタログ化してイネプロテオームデータベースに収録しました。このデータベースは、タンパク質名等のキーワードやアクセッション番号、等電点と分子量、アミノ酸配列を入力することによって、あるいは二次元電気泳動マップ上タンパク質のスポットをクリックすることによって検索することができます。さらに、公開されている各種データベース、イネ解析ツール等とリンクしています。 | |
| RPG(Ribosomal Protein Gene Database) | 宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター | NBDC | 4803 | 2022-09-24 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 > タンパク質 > 機能・局在 |
http://ribosome.miyazaki-med.ac.jp | 24種の真核生物、4種の古細菌、4種の真正細菌のリボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、フグ、ショウジョウバエ、線虫については、ミトコンドリアリボソームタンパク質遺伝子も収録されています。各遺伝子について、核酸配列、アミノ酸配列、遺伝子構造、オルソログ、オルソロググループの遺伝子構造とマルチプルアラインメントが掲載されています。 | |
| RPSD[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 358 | 2014-11-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rpsd/desc.html | イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造を決定し、その成果と関連情報をまとめました。Protein Data Bankを情報源としたタンパク質の基本情報、構造決定に用いた実験手法、文献情報、配列、立体構造の画像等を掲載しています。本研究では、イネ植物機能の総合的な解明と有用遺伝子の効率的な利用方策の開発に向けて、イネゲノムプロジェクトによって得られた遺伝子情報や完全長cDNA等を活用し、学術上または農業・産業上の重要性が想定される遺伝子について、「タンパク質の立体構造と機能/表現型」の相関と機能発現機構を原子レベルの分解能で解明することを目的としています。このサイトでは、タンパク質の立体構造を、植物ごとに一覧して検索できます。 | |
| RaDaP | 独立行政法人放射線医学総合研究所 | NBDC | 3755 | 2024-03-03 | > 用語解説 | http://www.nirs.go.jp/research/division/mic/db2/ | 文献で報告されたPET分子プローブの標識合成法やPET核種で標識された化合物の情報をまとめたデータベースです。化合物の分類や著者名などのリストから化合物の構造式や詳細情報を容易に検索できます。文部科学省分子イメージング研究プログラムの一環として放射線医学総合研究所と理化学研究所が共同で開発したデータベースです。 | |
| Rat Brain Sections: Super-fine images | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 37 | 2009-10 | 2010-03-17 | > 細胞・組織 | http://riodb.ibase.aist.go.jp/rio-archive/frame.cgi?JDB055 | ラットの脳断面画像を7枚ほど見る事が出来ます。ズームイン、ズームアウト操作により脳の特定の部位に自分が入り込んで行くかのように感じる事ができます。 |
| ReSpect | 特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター | NBDC | 8944 | 2024-01-27 | > パスウェイ・相互作用・生体反応 | http://spectra.psc.riken.jp/ | 植物代謝物質のデータベースです。文献や独自の研究から収集したMS/MSデータの代謝物名、スペクトラム、文献情報、分子情報、植物種名などを記載しています。フラグメントのm/s値やスペクトラムの相同性、キーワードによる検索が可能です。また代謝物質インデックスからの絞り込みも可能です。 | |
| RefDIC | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 2028 | 2024-02-17 | > 細胞・組織 | http://refdic.rcai.riken.jp/welcome.cgi | 代表的な免疫関連細胞の標準的な状態（無刺激、もしくはごく一般的な刺激後）のmRNAプロファイル、タンパク質定量プロファイルデータを閲覧、ダウンロード、解析できるデータベースです。測定プラットフォームは、Affymetrix GeneChip、Luminex、二次元電気泳動です。 | |
| RefSeq(Reference Sequence) | National Center for Biotechnology Information | 513540 | 2023-09-02 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq | 異なる生物種由来の冗長性を排除したDNA, RNA, タンパク配列を収録したデータベースです。プラスミド、オルガネラ、ウイルス、古細菌、真正細菌、真核生物のアノテーション付けされた配列が含まれています。生物種ごとに、標準となる配列の包括的データセットを提供することを目的としています。配列の情報源はGenBank由来ですが、それらの中から情報を統合して標準となる配列を提供しています。 | ||
| Repbase Reports | Genetic Information Research Institute | NBDC | 59849 | 2024-03-06 | > 文献 | http://www.girinst.org/repbase/reports/index.html | Repbase Reports (RR) is an electronic journal (ISSN# 1534-830X) established in 2001 by Genetic Information Research Institute (GIRI). It will be published monthly. RR will publishes consensus sequences of Transposable Elements and other repetitive DNA, unreported anywhere else. They must be properly classified. A brief description is welcome. All data published in RR will remain permanently archived and can be quoted like any other article published in the scientific journal. In addition, the sequence data and the accompanying commentaries will be automatically reprinted in Repbase Update (RU) and distributed worldwide. | |
| RhizoBase(Genome database for Rhizobia with annotation) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 115535 | 2016-05-20 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://genome.kazusa.or.jp/rhizobase/ | 財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したミヤコグサ根粒菌Mesorhizobium loti MAFF303099を含む、19種の根粒菌の全ゲノム配列情報を収録しています。種毎に、ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。 | |
| Rice Expression Database[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 7164819 | 2016-01-14 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/red/desc.html | The Rice Expression Database（RED）は、イネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析さ れた遺伝子発現データを集約したデータベースです。REDは、イネマイクロアレイプロジェクトと他の研究グループによる実験で得られた発現プロファイルか らの生データと正規化されたデータを保持しています。特定の研究テーマに興味がある場合、red_subject_infoテーブルから適切な「Research ID」を見つけることができます。その後、選択した研究のための実験データを取得します。また、red_estテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。 | |
| Rice Genome Mapping and Sequencing Data from RGP, STAFF/NIAR, Japan[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 2136 | 2015-08-04 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/rgp-physicalmap/desc.html | RGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを示します。RGPのイネYACライブラリーは、日本晴（Oryza sativa L. cv. Nipponbare）の培養細胞から構築され、平均挿入長350kbのクローンを6934個含んでいます。GPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを染色体ごとに図や表で参照することができます。表では、染色体ごとにRGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンを、DNAマーカー、遺伝的距離とともにまとめています。図では、染色体での区分領域ごとにYAC物理地図を示します。このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。 | |
| Rice Proteome Database | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 14452 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 発現 | http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/ | イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。 | |
| Riken Transcription Factor Database | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 6 | 2021-02-15 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://genome.gsc.riken.jp/TFdb/ | 本データベースはマウスの転写因子遺伝子とその関連遺伝子を収録したデータベースです。マウスゲノムの非冗長な転写因子遺伝子セットが提供されます。遺伝子名、Gene Ontology、InterPro、RefSeqと、cDNA clonesの情報やリンクが表示されます。 | |
| RnR(Regulatory-network Research in Arabidopsis T87 cultured cells) | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 5 | 2009/10/1 | 2010-04-23 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ | http://webs2.kazusa.or.jp/kagiana/rnr/ | RnRはT87培養細胞における遺伝子転写や蓄積する代謝産物の予測データベースです。このデータベースは214のDNAマイクロアレイと222のGC-MS、202のUPLC-MSアッセイをベースにしています。 |
| Rubber Genome & Transcriptome Database | 特定国立研究開発法人理化学研究所 | NBDC | 66514 | 2024-02-28 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://matsui-lab.riken.jp/rubber/home.html | パラゴムノキの遺伝子・転写関連データベースです。決定したドラフトゲノム配列や天然ゴム高生産株・病害抵抗株の遺伝子発現情報、世界の関連研究成果をまとめて掲載しています。各レコードには遺伝子名、遺伝子位置、塩基配列、他のデータベースによるアノテーション情報、遺伝子予測、共発現をする遺伝子などの情報が収録されています。キーワードによる検索の他、生合成、転写因子、耐病性による絞り込み、RAN-seqによる発現検索、生合成マップからの検索、BLAST検索も可能です。 | |
| S. cerevisiae OriDB | OriDB.org | NBDC | 829 | 2024-02-24 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://cerevisiae.oridb.org/ | 出芽酵母 (Saccharomyces cerevisiae) の複製起点 (ori) に関して確定および予測されたマッピング情報を公開しているサイトです。各複製起点の染色体上の位置、塩基配列、複製時間、配列保全性などが収録されています。OriDB (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00606) の後継サイトの１つです。 | |
| S. pombe OriDB | OriDB.org | NBDC | 741 | 2024-02-24 | > 遺伝子発現・転写制御 > 転写モチーフ | http://pombe.oridb.org/ | パン酵母 (Schizosaccharomyces pombe) の複製起点 (ori) に関して確定および予測されたマッピング情報を公開しているサイトです。各複製起点の染色体上の位置、塩基配列、複製時間などが収録されています。OriDB (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00606) の後継サイトの１つです。 | |
| SAHG[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター | NBDC | 42581 | 2016-05-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/sahg/desc.html | ヒトゲノム由来の全タンパク質配列約24,900個に、配列から立体構造を予測し分子機能を類推する「構造・機能アノテーションシステム」を適用して、42,577個の構造モデルを予測し、結果をデータベースにまとめた。SAHGのタンパク質立体構造モデルは、高等生物由来のタンパク質に適した高精度の立体構造予測手法で生成された。またタンパク質の立体構造変化をモーフィングにより動画表示し、相互作用部位予測やリガンド結合予測結果と併せて表示することで、構造・運動・機能の実現を分りやすく可視化している。併せて、リガンド結合、複合体構造、膜貫通領域、酵素活性部位、天然変性領域等の予測情報も、視覚的に表示した。 | |
| SARS-Cov2NMR Protein DB | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 | NBDC | 43 | 2024-03-02 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://cov2nmr.aist.go.jp/ | SARS-CoV-2タンパク質の構造ドメインの2D NMRスペクトルのデータベースです。産総研細胞分子生物工学研究所が無細胞発現タンパク質発現系を利用して発現および精製に成功したSARS-CoV-2タンパク質の27の構造ドメインとORF3bやORF9bなどの非定型タンパク質について2D NMRスペクトルを収録しています。 | |
| SASSC Quick search | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 1207 | 2020-10-28 | > 細胞・組織 | http://sassc.epd.brc.riken.jp/sassc/create_search_panel2.php?mode=general | 仙台シロイヌナズナ種子保存センター（SASSC）より寄託されたシロイヌナズナ野生株・近縁種等の種子に関わるデータベースです。各エントリーには葉の表現系や開花情報、写真が掲載されています。 | |
| SBM Database(Systems Biology and Medicine Database) | 東京大学 先端科学技術研究センター | NBDC | 5 | 2014-03-06 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ | http://www.lsbm.org/database/index.html | SBM DBは包括的な遺伝子発現データベースです。 ヒトの正常組織や、様々な、組織や細胞、疾患状態や薬剤による遺伝子発現プロファイルを oligo-nuculeotide DNAマイクロアレイ「GeneChip(R)」により解析したものです。 当データベースの遺伝子発現データは、LSBM（Laboratory for Systems Biology and Medicine）、 およびその共同研究者により提供されています。 | |
| SCMD(Saccharomyces cerevisiae Morphological Database) | 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 | NBDC | 7807 | 2024-01-28 | > 細胞・組織 | http://yeast.gi.k.u-tokyo.ac.jp/datamine/ | 出芽酵母遺伝子破壊株の形態（出芽の状態）の顕微鏡写真を収集し、形態の様々な特徴をパラメータ化しているデータベースです。細胞の大きさ、細長さ、芽の位置など細胞形態情報を定量的データとして取得する画像処理ソフトウェアを開発し、形態の特徴抽出や類似性による分類を自動的に行います。 | |
| SEVENS database | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 243 | 2009-10 | 2010-04-23 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://sevens.cbrc.jp | Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収録しています。56種の真核生物ゲノムからバイオインフォマティクスツール（遺伝子検索ツール、配列アライメントツール、モチーフ・ドメイン同定ツール、膜貫通へリックス予測ツール）を用いて高精度に同定しています。 |
| SEVENS[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター | NBDC | 2774278 | 2015-03-26 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/sevens/desc.html | 7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。56の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法（GPCR遺伝子発見パイプライン）で、遺伝子を高精度に同定しています。遺伝子探索ツール、配列アラインメントツール、モチーフ・ドメイン同定ツール、transmembrane helix(TMH)予測ツールで構成されたGPCR遺伝子発見パイプラインを利用して、２つのステージで同定処理を行いました。１）遺伝子探索ステージ NCBやUCSC、Ensembl、Broad Institute、Baylor College of Medicine、dictyBase、IRGSPのftpサイトから得たデータを利用して、GPCR遺伝子候補数を抽出しました。２）GPCR遺伝子スクリーニングステージ BLASTPによる配列検索、Pfamを用いたドメインの決定、PROSITEによるモチーフの決定、TMwindowsやSOSUIを用いたTMH予測の結果を利用して、前ステージのGPCR候補遺伝子を４レベル（A~D）に分類しました。 | |
| SGD(Sugi Genome Database) | 国立研究開発法人森林総合研究所 | NIAS | 12675 | 2006-2012 | 2012-03-01 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.ffpri.affrc.go.jp/labs/cjgenome/indexj.html | 本データベースは、スギ（Cryptomeria japonica ）とヒノキ（Chamaecyparis obtusa ）の遺伝子の部分塩基配列（EST）、DNAマーカー、遺伝連鎖地図、遺伝的多様性などに関する情報を提供しています。 |
| SHOGoin | 京都大学 iPS細胞研究所 | 6390 | 2015-03-10 | > タンパク質 > 発現 > 細胞・組織 |
http://cellpedia.cbrc.jp/cgi-bin/index.cgi?page=1 | ヒト正常細胞に関する情報を統合的に整備したデータベースです。ヒト成人細胞、幹細胞と成熟前の先駆細胞約2300種類について、独自に開発したノイズ画像に強い細胞形態測定ツールを用いて測定した染色画像データ等による形態情報、物理的位置や機能、遺伝子発現、細胞オントロジー等、細胞に関する情報を網羅的に集めて、細胞情報の系統的検索や可視化が可能な辞書を作成しました。将来的には、細胞分化や再生医療等の細胞医療をサポートする情報を提供することを目的としています。 | ||
| SKIP 幹細胞情報データベース | 慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター 幹細胞情報室 | 700 | 2020-02-28 | > 細胞・組織 | https://www.skip.med.keio.ac.jp/SKIPSearch/search | ヒト由来のiPS細胞や疾患iPS細胞、ES細胞などの幹細胞を中心に、細胞の基本情報を収録したデータベースです。由来組織、ベクター、PubMed、キーワード等、様々な項目から検索でき、誰もが簡単に目的とする幹細胞情報にアクセスすることができます。また、研究者が樹立した細胞情報を自身で登録し、研究者（研究室）独自のデータベースを構築して利用することも可能です。登録した幹細胞情報を研究者間で共有したり、一般に公開することも可能です。 | ||
| SKIP幹細胞情報データベース[アーカイブデータ] | 慶應義塾大学医学部臨床遺伝学センター/幹細胞情報室 | NBDC | 1064 | 2017-09-21 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/skip/desc.html | SKIP（Stemcell Knowledge & Information Portal）は幹細胞に関する情報を集約したポータルサイトです。 幹細胞を用いた研究や医療の最新情報への入り口を提供するサイトです。社会と協調した幹細胞研究・再生医療研究の活性化を目指し、様々な情報やサービスをご提供しています。世界中の幹細胞情報を簡単検索 理研BRC、医薬基盤研、Coriell、ATCCなどに登録されている細胞情報や大学の研究室で作製された細胞情報をOne Stop検索できます。 | |
| SPAD(Signaling Pathway Database) | 九州大学 大学院生物資源環境科学府 | NBDC | 182 | 2010-03-17 | > タンパク質 > 相互作用 > パスウェイ・相互作用・生体反応 |
http://www.grt.kyushu-u.ac.jp/spad/ | 遺伝子発現や細胞増殖を制御する膨大なシグナル伝達パスウェイ情報を整理し、可視化したデータベースです。SPADでは、細胞内シグナルパスウエイの引き金となる細胞外シグナル分子に基づき、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスの4つのカテゴリーにパスウエイを分類しています。DNAやタンパク質の配列情報の他、タンパク質-タンパク質相互作用、タンパク質-DNA相互作用の情報も蓄積しています。 | |
| SPD[アーカイブデータ] | 農研機構 | NBDC | 77711 | 2019-12-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/spd/desc.html | oybean Proteome Databaseは、ゲル使用および不使用のプロテオミクス技術により得られたデータを収録しています。当データベースの目的は、機能解析のためのプロテオミクス情報を提供することにあります。データの多くはダイズからのものですが、これはダイズが植物油脂とタンパク質を提供する重要な作物でありながら、一方で非生物的ストレスに対して非常に敏感であるためです。当データベースは元々ポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動によって抽出されたタンパク質のデータ（2D-PAGE、ゲル由来タンパク質データベース）から構成されていました。2015年には、質量分析装置を使って取得したゲル不使用のタンパク質データ（ゲルなしタンパク質データベース）が追加されました。当データベースは、さらに複数のオミックスデータを統合しています。データベース全体として複数のオミックスの手法で統合されていますので、浸水ストレス下にあるタンパク質を時間の経過によって同定することができます。 | |
| SSBD[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 理化学研究所 | NBDC | 525 | 2016-07-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/ssbd/desc.html | 顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベースです。さまざまな生物の分子や細胞、個体の動態の定量データを収集・公開しており、格納されているデータはブラウザ上で 多次元表示することができます。定量データとそのメタ情報はBiological Dynamics Markup Language（BDML）形式のファイルとしてダウンロードできます。RESTful APIを介してSSBDの定量データを解析するクライアントアプリケーションを、プログラミング言語やプラットフォームに制限されることなく 開発できます。さらには、定量データを可視化・解析するためのソフトウェアや、定量データの元となる動画像もダウンロードできます。 | |
| Schizosaccharomyces pombe Postgenome Database | 独立行政法人理化学研究所 | NBDC | 4954 | 2015-04-09 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.riken.jp/SPD/index.html | 理研吉田化学遺伝学研究室で得られた分裂酵母Schizosaccharomyces pombe全遺伝子のクローニングに関する情報と、全タンパク質の細胞内局在情報、画像などが閲覧できます。現在、Sanger研究所のGeneDBにもリンクしています。また、分裂酵母の発現ベクターや株の提供を行っています。 | |
| SigmaAldrich実験プロトコール | Sigma-Aldrich | NBDC | 108 | 2024-03-16 | > 文献 | http://www.sigmaaldrich.com/japan/ordering/technical-service.html | シグマアルドリッチが提供している抗体、組織染色、細胞培養に関する実験プロトコール集。 | |
| SilkBase (EST analysis of silkworm gene expression) | 東京大学 | NBDC | 498392 | 2020-08-17 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://silkbase.ab.a.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/index.cgi | 家蚕であるカイコ及び野蚕の一種であるエリサンはわが国独自のモデル生物であり、鱗翅目（絹糸昆虫および農業害虫の多くがここへ入る）の代表として世界の昆虫研究をリードする研究対象となっています。「SilkBase」は、これらカイコとエリサン(将来的に野蚕のクワコを追加)のゲノム情報を使って構築したデータベースで、ショウジョウバエや蚊類のゲノムデータベースなどでは得られない鱗翅目昆虫に特異的な遺伝子情報が大量に登録されています。 | |
| Silkworm Base (Silkworm Genetic Resource Database) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 907 | 2024-02-24 | > 細胞・組織 | http://www.shigen.nig.ac.jp/silkwormbase/index.jsp | カイコリソースの総合データベースです。系統、変異体遺伝子情報のほか、文献情報等が掲載されており、目的に応じて各種バイオリソースの提供を受けることができます。 | |
| Silver Project: Ape Genome Sequencing | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 163 | 2013-10-17 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://sayer.lab.nig.ac.jp/~silver/index-j.html | チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。 | |
| Soybean Marker Database | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 7020 | 2024-02-25 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www.kazusa.or.jp/soymarker/ | ダイズのマーカー情報のデータベースです。各マーカーにつきEST-SSRの情報としてプライマー配列や対応するEST配列へのリンク情報などが収録されています。連鎖地図から簡単にマーカー情報を取得できます。またキーワードによるサイト内検索も可能です。 | |
| Strawberry GARDEN | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 1453559 | 2023-11-21 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://strawberry-garden.kazusa.or.jp/ | 食用イチゴのゲノムに関するデータベースです。栽培品種であるFragaria x ananassaのゲノムを近縁野生種４種と比較し、公開されている１品種のゲノム上にマップして得られた遺伝子の、シーケンスやアノテーション情報を収録しています。データはキーワードやBLASTによる検索が可能です。マーカーリストのデータベースも含んでいます。 | |
| Streptococcus pyogenes | 東京工業大学 | NBDC | 1861 | 2014-02-26 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://genome.bio.titech.ac.jp/bacteria/spyo/index.html | 化膿レンサ球菌のゲノム情報データベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。 | |
| SuperSweet | Charité - Universitätsmedizin Berlin | NBDC | 21 | 2024-03-09 | > 糖・脂質 | http://bioinformatics.charite.de/sweet/ | 人工、天然の甘味料化合物のデータベースです。甘味を感じさせる炭水化物および類似化合物の情報と、ヒト甘味受容体構造モデルについての記述を収録しています。化合物の情報は分子構造、ショ糖を1とした甘さ、代謝やカロリー等の情報が含まれています。谷本係数を基にした甘味料の類似構造検索が可能です。 | |
| Swine Marker Viewer | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 1170 | 2024-03-16 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://agp.gene.staff.or.jp/agp/db/marker/marker.html | ブタのDNAマーカー情報です。プライマー情報、連鎖地図、RH地図を提供しています。 | |
| TAB project(Transcription Analysis of BY-2) | 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所 | NBDC | 6 | 2014-03-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://mrg.psc.riken.go.jp/strc/index.htm | 植物のモデル細胞として最も広く用いられているタバコ培養細胞株BY-2について、cDNAライブラリを構築し、EST解析を行いました。各ESTの配列や相同性検索結果を公開しています。 | |
| TADB 2.0 | Shanghai Jiao Tong University | NBDC | 165777 | 2024-03-29 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/TADB2/index.php | バクテリアおよび古細菌のtoxin-antitoxin （TA）遺伝子データベースです。菌を殺す毒素 (Toxin)遺伝子とその作用を相殺する抗毒素 (Antitoxin)遺伝子についての情報をペアで掲載しています。塩基配列、アミノ酸配列、ゲノム上の位置情報、Replicon情報があります。生物種名、TA family、遺伝子やタンパク質名による検索の他、WU-BLAST2を用いた検索ができます。ゲノム配列上のTA lociを予測するツールも提供しています。 | |
| TEC database | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター | NBDC | 2433200 | 2024-02-07 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム > パスウェイ・相互作用・生体反応 |
https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/tec/ | 大腸菌の全シグマ因子・転写因子とその制御標的遺伝子セットを格納したデータベースです。新規に開発したGonomic SELEX法により、全シグマ因子・転写因子の認識配列を同定しています。転写因子を指定しての制御標的遺伝子リスト、ゲノム上の結合部位と強度を示すSELEXパターンやヒートマップ、複数の転写因子の結合部位パターンの同一画面上での表示など、多様な検索が可能です。Cytoscapeを利用して遺伝子制御ネットワークを生成することもできます。SELEX実験データのダウンロードも可能です。 | |
| TFGD: Tomato Functional Genomics Database | Cornell University | NBDC | 274 | 2024-03-16 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://ted.bti.cornell.edu/ | トマトのファンクショナルゲノミクスのデータベースです。RNA-seqやマイクロアレイを用いた発現データ、代謝物データ、small RNAやmiRNAの情報が収められています。またトマトのESTおよびBACリソースの配布を行っています。 | |
| TMBETA-GENOME | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 400 | 2012-07-26 | 2012-09-26 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://tmbeta-genome.cbrc.jp/annotation/ | TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ?バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う\"TMBETA-DISC\"や\"TMBETA-SVM\"などのツールも提供されています。 |
| TMBETA-GENOME[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター | NBDC | 904416 | 2015-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmbeta-genome/desc.html | TMBETA-GENOMEはゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計的手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。ゲノムの各配列についてβ-バレル型膜タンパク質と判定された配列をFASTAフォーマットで取得することができ、さらなる解析に用いることができます。また"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などの予測ツールを提供しており（アーカイブ版には含まれません）、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行うことができます。 | |
| TMFunction[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 臨海副都心センター | NBDC | 2907 | 2017-02-02 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmfunction/desc.html | TMFunctionは、α-ヘリックス及びβ-バレル型膜タンパク質に含まれる機能的残基のデータベースです。各タンパク質の名称と由来はUniProtで同定していますが、PDBとも関連づけられるものは、そのIDを示しています。このデータベースには様々な実験手法やパラメータ（例えば、"affinity", "dissociation constant", "IC50", "activity"など）が含まれています。また、タンパク質中の各残基（またはその変異）には、計算または実験によって得られた数値が付与されています。このデータベースで用いた実験データは、ジャーナルの調査及びPubMedのキーワード検索によって得られた文献から収集したものです。さらに完全な参照情報（ジャーナルの引用とPubMed ID）も、このデータベースには含まれています。TMFuoctionは、配列データベース(UniProt)、立体構造データベース(PDB)、文献データベース(PubMed)を橋渡ししています。 | |
| TMIG-2DPAGE Proteome Database | 地方国立研究開発法人東京都健康長寿医療センター | NBDC | 525 | 2015-10-08 | > タンパク質 > 機能・局在 | http://proteome.tmig.or.jp/2D/J_index.html | ヒト由来培養細胞4種類と、病理解剖組織1種類の二次元電気泳動画像と同定されたタンパクの情報を公開しています。 | |
| TMPDB[アーカイブデータ] | 弘前大学大学院 理工学研究科 電子情報工学科 | NBDC | 302 | 2015-09-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmpdb/desc.html | 収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS- PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築した。TMPDBは膜貫通トポロジー予測法開発や、既存の予測法の改良のためのトレーニングあるいはテストデータセットとして有用である。 | |
| TOHO rSNP DB | 東邦大学 理学部 生物分子科学科 | NBDC | 2 | 2024-03-16 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www.drkazu.com/TOHOrSNPdb.htm | 核内ホルモン受容体スーパーファミリーで転写因子として働く retinoid X receptor (RXR) のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs) の情報を提供するサイトです。改良型Y1H法を用いて同定された結合部位および、RXR応答性に影響を及ぼすと実験的に検証されたrSNPsの全データを公開しています。 | |
| TOHO rSNP DB2 | 東邦大学 理学部 生物分子科学科 | NBDC | 2 | 2024-03-16 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www.drkazu.com/TOHOrSNPdb2.html | 核内受容体constitutive androstane receptor（CAR）のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs) の情報を提供するサイトです。改良型Y1H法を用いて同定された結合部位および、CAR応答性に影響を及ぼすと実験的に検証されたrSNPsの全データを公開しています。 | |
| TOMATO (National BioResource Project) | 筑波大学 遺伝子実験センター | NBDC | 2016 | 2024-02-10 | > 細胞・組織 | http://tomato.nbrp.jp/indexJa.html | トマトの野生種に加え、ガンマ線照射、EMS(Ethyl Methanesulfonate)処理による変異体の情報を検索することができ、そのまま分与申し込みが可能です。表現系もまとめられており、変異体の形状にあてはめられています。Plant Ontology情報も付加されています。 | |
| TOMATOMA (Tomato Mutants Archive) | 筑波大学 遺伝子実験センター | 2018 | 2023-03-18 | > 細胞・組織 | http://tomatoma.nbrp.jp/index.jsp | 筑波大学 遺伝子実験センターではNBRPトマトの中核機関として、多数のトマト栽培種や近縁野生種の種子を保有しています。また、矮性トマト品種マイクロトムのEMSおよびガンマ線変異誘発系統を大規模に作出しています。TOMATOMAでは、国内外のトマト研究の推進を目的として栽培種、近縁野生種、マイクロトム変異体の種子のリソース提供（有料）を行なっています。系統からの検索、形質からの検索が可能です。NBRP TOMATO (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00716) の各種ページからもリンクされています。 | ||
| TOXICO(Open TG-GATEs) | 独立行政法人医薬基盤研究所 | NBDC | 293 | 2008-2012 | 2012-02-29 | > 医療・薬 > 薬学 | http://toxico.nibio.go.jp/ | 131化合物（医薬品等）のin vivo（ラットの肝臓と腎臓）およびin vitro（ヒトとラットの肝細胞） 暴露データ（遺伝子発現データ、毒性学データ）を集積したデータベースです。遺伝子発現データと毒性学データを関連づけして閲覧することができるとともに、絞り込んだ遺伝子発現データをファイルとしてダウンロードすることも可能です。131の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現情報および毒性情報を公開。 |
| TP Atlas[アーカイブデータ] | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 884 | 2013-11-07 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tpatlas/desc.html | TP Atlasは、ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとして、 そこに登場するターゲットタンパク質やその構造などの詳細情報や論文情報を引き出せる「ターゲットタンパク研究成果データベース」です。シグナル伝達ネッ トワーク、酵素反応経路、化合物代謝など多様な生命現象を対象とする、基本的生命、医薬、食品環境3分野の35課題を網羅しています。（Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。）タンパク質間の相互関係、シグナル伝達経路などが研究テーマごとに模式的に示されており、ネットワーク図はダウンロードすることもできます。各タンパク質について、タンパク質の詳細情報（配列、構造）、遺伝子情報、文献情報へとリンクされています。ターゲットタンパク研究の各課題について、その背景、ハイライト、概要が簡潔にまとめられています。 | |
| TPプレスリリース（研究）一覧 | ターゲットタンパク研究プログラム | NBDC | 82 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://www.tanpaku.org/news_release/ | 文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題の成果について報告されたプレスリリースや論文情報をまとめたサイトです。成果ごとに、各研究機関のサイトから公開されたプレスリリースや論文のフルテキスト及びアブストラクトを閲覧できるサイトへのリンクを成果内容のまとめとともに提供しています。また報道の記録やPDBjに登録された蛋白質の構造情報へのリンクもあります。 | |
| TP構造ギャラリー | ターゲットタンパク研究プログラム | NBDC | 462 | 2024-04-07 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.tanpaku.org/tp_gallery/ | 文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題で解析された蛋白質の立体構造の画像と分子情報のデータベースです。キーワードで検索する他に「生物種」や「X線解像度」などのカテゴリごとに一覧を絞り込むこともできます。各エントリーからはPDBjの該当エントリーがリンクされています。 | |
| TRIP Database | Department of Physiology, Seoul National University College of Medicine & Department of Computer Engineering, College of Engineering, Myongji University | NBDC | 28 | 2023-07-15 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://www.trpchannel.org | 哺乳類のTransient receptor potential （TRP） channel protein およびTRPチャンネルタンパク質と相互作用するタンパク質のデータベースです。データは論文から手作業でキュレートされ、配列等といったタンパク質の基本情報に加え、タンパク質相互作用について、スクリーニング、検証、特性、機能的意義の４つのカテゴリーに分けて掲載しています。タンパク質間相互作用は分かりやすいグラフィックで表示されます。関連疾患についてもOMIMへのリンクで示されています。 | |
| TargetMine | 独立行政法人医薬基盤研究所 | 51367 | 2010-2012 | 2012-02-29 | > 医療・薬 > 薬学 | http://targetmine.nibio.go.jp | 創薬支援のための統合データウェアハウスです。 | |
| Targeted Proteins Atlas | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 35 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://www.tanpaku.org/tpatlas/ | 文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題の成果を、Cell Illustratorを使用したネットワーク図をベースにしてとりまとめたデータベースです。「基本的生命」、「医薬・薬学」及び「食品・環境」の3分野35課題が収録されており、シグナル伝達ネットワーク、酵素反応経路、化合物代謝などに関わるターゲットタンパク質についての詳細情報や論文情報を閲覧できます。また、各エントリーのサマリー情報やCSMLフォーマットのネットワーク図のファイルをダウンロードすることも可能です。 | |
| ThYme | Iowa State University | NBDC | 1382 | 2023-07-16 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://www.enzyme.cbirc.iastate.edu/ | チオエステルを含む基質に作用する酵素のデータベースです。酵素の種類毎に分類されており、生物種、配列情報（GenBank ID、RefSeq、Uniprot）、立体構造が明らかなものについてはPDBへのリンクを収録しています。運営者にコンタクトを取れば全情報をダウンロードすることも可能です。 | |
| The Global Biodiversity Information Facility in Japan | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 374 | 2024-03-22 | > 農学・環境 > 環境 | http://www.gbif.jp/index.html | GBIF(Global Biodiversity Information Facility)は、生物多様性に関するデータを各国・各機関で分散的に収集し、ネットワークを通じて全世界的に利用することを目的とする国際協力による科学プロジェクトです。その活動により、動物、植物、微生物、菌類等広範な生物種、生物標本データ、遺伝子配列情報、タンパク質データ、生態系データ等の相互運用、利用が可能になることが期待されています。 | |
| The NAISTrap database[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物遺伝子機能学講座 | NBDC | 585 | 2014-02-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/naistrap-db/desc.html | マウスES細胞中の遺伝子（あるいはその候補）をレトロウイルス型ベクターによってランダムにトラップ（破壊＋マーキング）して得たES細胞クローンの データベース。 どのような遺伝子（あるいはその候補）がトラップされており、ベクターの挿入によってどの程度の欠失が作り出されているか、検索できるようになっている。 また、ジーントラップによって回収された遺伝子断片の実際の塩基配列を見ることもできる。外部の研究者が「NAISTrap データベース」中に興味深い遺伝子を見出し、その遺伝子がトラップされたES細胞クローンをリクエストすることができる。 | |
| The New England Journal of Medicine（NEJM）日本国内版 | The New England Journal of Medicine（NEJM | NBDC | 4176 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.nejm.jp/ | The New England Journal of Medicine（NEJM）は，200年以上にわたる歴史を有し，世界でもっとも権威ある週刊総合医学雑誌の一つです．医学界のトップジャーナルとして，また情報提供の優れた媒体として，国内外の医師・研究者から高い評価を受けています。NEJMには，現在アメリカ，日本，国際版があり，毎週木曜日に世界同時発売されています。NEJM日本国内版は，必要な論文に簡単にアクセスできるよう「主要論文アブストラクト」「目次」「This Week at NEJM.org」を，日本語訳にて提供しています． | ||
| The Plant Organelles Database 2 Organelles Movie Database | 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 | NBDC | 85 | 2021-02-08 | > 細胞・組織 | http://podb.nibb.ac.jp/Organellome/bin/findMovie.php?status= | 植物の細胞小器官の動画を提供しているサイトです。系統、小器官名、Accession番号、その他キーワードで検索することが可能です。 | |
| The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 7 | 2014-02-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/agritogo-rice-phenome/desc.html | イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できるシステムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベース。突然変異体や組み換え体を用いることで、遺伝子の表現型を全生活史に渡ってもれなく記録・観察している。 | |
| Tobacco EST clones from BY-2 cells Database Search | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 22183 | 2023-02-27 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/n_tabacum.html | 理研植物科学研究センター(PSC)より寄託を受けたタバコBY-2培養細胞ESTクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、BY-2 EST clone name、DDBJ accession numberを指定することが可能です。 | |
| TodoFirGene | 東京大学, 国立研究開発法人 森林研究・整備機構, 地方独立行政法人 北海道立総合研究機構, 明治大学 | NBDC | 0 | 2022-01-11 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://plantomics.mind.meiji.ac.jp/todomatsu/ | トドマツのトランスクリプトームデータベースです。網羅的に収集された、トドマツの主要な器官（雄花、雌花、新葉、内樹皮）で働く遺伝子の発現と塩基配列情報およびアノテーションを提供しています。キーワード検索の他、BLAST検索、各器官における遺伝子発現量の比較検索を行うことができます。また、モデル植物のオルソログ情報も含まれています。データの一括ダウンロードも可能です。 | |
| Togo Picture Gallery | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 1714 | 2023-07-02 | > 統合DBプロジェクト | http://g86.dbcls.jp/~togoriv/ | ライフサイエンス分野のイラストをだれでも自由に利用できるよう無料で公開しています。研究発表のスライドなどで使用することが可能です。 | ||
| Togo Picture Gallery[アーカイブデータ] | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 5391 | 2019-04-16 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/togo-pic/desc.html | 生命科学分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できるように無料で公開しています。 研究発表のスライド作成や資料作成等にお使いください。カテゴリーとして、モデル生物、実験器具、実験装置、模式図、次世代シーケンサー、細胞、顕微鏡があり、幅広い資料にお使いいただけます。Creative Commons 表示 4.0 国際 (CC BY 4.0) の下でライセンスされていますので、クレジットを記載していただければ、どのように利用していただいても構いません。 | |
| Tohoku Univ. Brassica Seed Bank (Brassica 近縁種保存系統) | 東北大学 大学院農学研究科 | NBDC | 91 | 2024-01-13 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.agri.tohoku.ac.jp/pbreed/Seed_Stock_DB/SeedStock-top.html | 東北大学大学院農学研究科植物遺伝育種学研究室が保存するアブラナ科植物（キャベツ、ハクサイ、ナタネを含むBrassica属と近縁種）の遺伝資源バンクです。2012年12月現在、地中海沿岸で独自採集されたもの、および海外の研究機関等から集めたもの58属177種758系統が登録されています。学術目的の研究者には無償で分譲種子を提供しています。毎年、種子を更新し、系統保存と特性評価を行うと同時に、種の類縁関係の解析を行っています。 | |
| Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli | 奈良先端科学技術大学院大学 | NBDC | 622 | 2014-03-06 | > 遺伝子発現・転写制御 > マイクロアレイ | http://ecoli.aist-nara.ac.jp/xp_analysis/2_components/ | 大腸菌2成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データを公開しています。2成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の解析が可能です。 | |
| Transposon insertion site database - germline[アーカイブデータ] | 大阪大学大学院 医学系研究科 環境・生体機能学 | NBDC | 259 | 2014-02-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/germline-sb-transposon/desc.html | Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスに関するデータベース。 トランスポゾンの挿入部位と近傍遺伝子を、UCSC等のゲノムデータベースとリンクを貼って示している。変異マウスを供給。 | |
| Transposon tag line Database Search | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 20840 | 2023-03-20 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/transposon.html | 理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異開発研究チームより寄託を受けたトランスポゾンタグライン（第１および第５染色体上に存在するDs因子の転移により挿入変異が生じたライン）の検索ページです。本カタログにはTail PCRにより得られた配列情報についてblast searchを行い、上位２番目までの挿入位置の候補について、近傍にあるMIPSのAGI code numberにより表示を行っています。多くの場合は１番目に記載された位置が正しいと予想されます。検索はGSCのカタログに掲載されているライン番号、ないしはAGI code numberで行ってください。 | |
| Trifolium pratense EST Index[アーカイブデータ] | かずさDNA 研究所 植物ゲノム研究部 | NBDC | 38100 | 2014-02-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kazusa-trifo-est-index/desc.html | かずさDNA研究所が決定したムラサキツメクサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索の結果 | |
| Trypanosomes Database[アーカイブデータ] | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 17 | 2014-03-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://www.tanpaku.org/tdb/ | このトリパノソーマデータベースは、トリパノソーマ症に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について、包括的な情報を提供するデータベースです。トリパノソーマはさまざまなホストに感染する、トリパノソーマ属の寄生性原生動物です。さまざまな病気（アフリカ睡眠病、南アメリカシャーガス病といったトリパノソーマ症）を引き起こし、毎年10万人以上の人々がトリパノソーマ症に苦しんでいます。それは家畜にも感染し、年間10万頭以上の畜牛が死んでいます。 現在までに、トリパノソーマ症をコントロールできる薬剤開発に効果的なターゲットが見出されてきました。そのようなターゲットの１つがトリパノソーマのDNA/RNA生合成系を調節する酵素群であり、もう1つのターゲットがトリパノソーマの酸化還元系を調節する酵素群です。実際にトリパノソーマの場合、これらの酵素は両方の反応系に関わっており、トリパノソーマの生死に大きく影響します。このトリパノソーマデータベースは、キーワード検索やmRNA、タンパク質の配列による検索、モチーフ検索のようないろいろな検索機能を提供しています。また、タンパク質構造やタンパク質機能などの予測ツールも提供しています。 このように、トリパノソーマデータベースはトリパノソーマ症に対する薬剤開発において効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について、包括的な情報を提供しています。 | |
| TuMaRDB(Tumor Markers Reference Databse) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | JCGGDB | 82 | 2012 | 2012-06-11 | > 糖・脂質 | http://jcggdb.jp/search/TuMaRdb.cgi | 腫瘍マーカー分子と呼ばれている糖鎖・糖タンパク質・タンパク質の情報や適応度を論文から収集しデータベース化したものです。 |
| Two-Dimensional Electrophoresis Database of HSG cells proteins | 岩手医科大学 歯学部 | NBDC | 802 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 発現 > 医療・薬 > 歯学 |
http://hitech-d.iwate-med.ac.jp/biochem/biochem/kamo/index.html | HSG (Human salivary intercalated duct cell line, ヒト唾液腺に放射線照射して確立した細胞株) 中のタンパク質を2次元ゲル電気泳動で展開した結果を掲載しています。各スポットは、MALDI-TOFもしくはシーケンサーで解析し、ペプチドを同定しています。 | |
| Type Collection Database | 東京大学 総合研究博物館 | NBDC | 3861 | 2024-03-10 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://umdb.um.u-tokyo.ac.jp/DShokubu/herbarium/en_ver2/index.php | 東京大学 総合研究博物館で保存している植物タイプ標本のデータベースです。種および種以下で分類されたタイプ標本について、学名、タイプの種別、写真、採取場所、関連文献のデータが整理されています。収録データは、総合研究博物館の資料レポート (1981-2002年)、およびタイプ標本のカタログに基づいています。 | |
| UMIN-CTR | 大学病院医療情報ネットワーク | NBDC | 100 | 2024-02-24 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.umin.ac.jp/ctr/index-j.htm | 臨床試験情報のデータベースです。臨床試験名、対象疾患名、試験の評価、試験実施機関などが登録、閲覧できます。閲覧にアクセス制限はありませんが、登録にはIDとパスワードが必要です。このサイトは医学雑誌編集者国際委員会 (ICMJE:International Committee of Medical Jounal Editors) の基準を満たす登録サイトとして正式に認められています。 | |
| UR-DBMS | 琉球大学大学院 | 8418 | 2015-02-27 | > 医療・薬 > 医学 | http://becomerich.lab.u-ryukyu.ac.jp/top.html | 琉球大学医学部医科遺伝学（遺伝医学）により作成された奇形症候群を中心とする遺伝性疾患の総合データベースです。「UR-DBMS」は、奇形症候群や染色体異常を中心とし、遺伝性疾患全般を含む遺伝性疾患総合データベースです。各疾患について、症状（写真入り）や責任遺伝子、診断、発生機序、文献情報等がテキストベースで詳細にまとめられています。「Syndrome Finder」はUR-DBMSの症状データから診断候補を検索するソフトウェアです。こちらは医師専用で、利用の際にはユーザ登録が必要です。 | ||
| UniProt(The Universal Protein Resource) | UniProt Consortium | NBDC | 571282 | 2024-04-22 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://www.uniprot.org/ | アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の3種類のデータベースから構成されています。 | |
| V. parahaemolyticus Genome Information | 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 | NBDC | 4832 | 2014-02-26 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://genome.bio.titech.ac.jp/bacteria/vpara/ | 腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。データ全体の一括ダウンロードも可能です。 | |
| VARIOUS MARINE INVERTEBRATES | 公益財団法人水産無脊椎動物研究所 | 20 | 2024-03-22 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.rimi.or.jp/index.html | 最近では、深海探査その他により、未知の無脊椎動物が相次いで発見されており、分類の新しい動物門を増やしています。無脊椎動物図鑑は古典的な分類に最近の知見を加味したものです。 | ||
| VIPERdb | The Scripps Research Institute | NBDC | 1076 | 2024-04-01 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://viperdb.org/ | Protein Data Bank (PDB)から収集した正二十面体ウイルスキャプシド構造のデータベースです。289種類のウイルス由来の全てのキャプシドは単一の二十面体配向性をもち、異なる構造間での比較を容易にしています。 | |
| VISDB: Viral Integration Site DataBase | University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth) | NBDC | 11727 | 2024-03-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | https://bioinfo.uth.edu/VISDB/index.php | ヒトゲノムに組み込まれたウィルスの統合位置と関連情報のデータベースです。 5 つの DNA 腫瘍ウィルス (HBV、HPV、EBV、MCV、AAV2) と 4 つの RNA レトロウィルス (HIV、MLV、HTLV、XMRV) を含む、9 つの主要なウィルスをカバーしています。 データは文献からキュレートしており、各エントリには、融合ウィルスとホスト、検証の有無、検出方法、サンプルタイプ (腫瘍、非腫瘍)、疾患、ウィルス配列、宿主配列、標的遺伝子を制御するための miRNA、上流および下流の配列 などを収録しています。 | |
| VaDE | 東海大学医学部 | NBDC | 27401 | 2015-12-08 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://bmi-tokai.jp/VaDE/ | VarySysDB Disease Edition (VaDE)は学術文献より抽出した遺伝的形質のゲノム情報データベースです。疾患、体質、薬剤応答性に関わるゲノム多型情報を提供しています。 | |
| VarySysDB | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 7 | 2009-10 | 2010-04-23 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://www.h-invitational.jp/varygene/home.htm | H-Inv転写産物のアノテーションに基づいたヒト多型情報を提供しています。転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型(SNPs)、挿入欠失多型(DIPs)、縦列型反復配列(STRs)、単一アミノ酸反復配列(SARs)、構造多型(コピー数多型、CNV)について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて公開しています。多型のタイプごと、転写産物ごとに情報を検索したり、検索結果をダウンロードすることが可能です。 |
| VegMarks(a DNA marker database for vegitables) | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構野菜茶業研究所 | NBDC | 2575 | 2008-2012 | 2024-03-27 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 > 農学・環境 > 農業・食料 |
http://vegmarks.nivot.affrc.go.jp/VegMarks/jsp/index.jsp | 各種園芸作物のDNAマーカーや連鎖地図情報を蓄積し公開しているデータベースです。 品目ごとに、連鎖地図、DNAマーカーの塩基配列、検出条件、品種系統間多型データ、論文情報などがご利用いただけます。 現在登録されている作物は、ハクサイ、ネギ、キュウリ、ナス、メロン、トマトです。 |
| VirtualTaste | Charite University of Medicine Institute of Physiology | NBDC | 270 | 2024-02-02 | > 食品・栄養 | https://insilico-cyp.charite.de/VirtualTaste/ | この研究では、化合物の3つの異なる味覚（苦味、甘味、酸味）を予測するために、24種類の機械学習モデル（8種類のサンプリング手法を使用）を構築した。 | |
| Virus-Host DB | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター | NBDC | 33476 | 2024-03-18 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://www.genome.jp/virushostdb | ウィルスとその宿主をNCBI taxonomy IDのペアとして整理したデータベースです。NCBI/RefSeq、またはアクセッション番号がEBI GenomesにリストされたGenBankに完全長ゲノム配列が置かれているウイルスを対象にしています。宿主情報としてはRefSeq、GenBank, UniProt、ViralZoneなどのデータベースからの情報に、文献からのマニュアルキュレーションによる情報を加えています。タキソノミー、RefSeq番号、文献情報、KEGG BRITE、ICTV、ViralZone、Plant Viruses Onlineなどのデータベースへのリンクが収録されています。ウィルス名、ウィルス系統、宿主名、宿主系統が一覧で表示され、それぞれの項目で検索できます。 | |
| Visual database of Primatology (サル学画像データベース) | 京都大学 霊長類研究所 | NBDC | 114 | 2024-02-10 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www2.ehub.kyoto-u.ac.jp/databases/gazodb/honemenu.html | 霊長類の頭蓋骨の写真を集めたページです。前、後、上、下、右、左の方向を決定すると、写真の一覧が表示されます。 | |
| WINGpro | 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC | 1751 | 2010-03-17 | > 統合DBプロジェクト | http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/メインページ | ライフサイエンス分野のデータベースについての情報が収集、整理、分類されており、現在のところ約417件の記事が存在します。ディレクトリからは、データベースの構築法による分類と生物種および対象による分類でデータベースを一覧できます。 | |
| Web API for Biology | 国立遺伝学研究所 | NBDC | 11 | 2024-03-29 | > 用語解説 | https://www.ddbj.nig.ac.jp/services/wabi.html | バイオロジーに関するワークフローやWebAPIに関する解説など様々なWebサービスを提供している | |
| Webリソースポータルサイト[アーカイブデータ] | 独立行政法人 科学技術振興機構 | NBDC | 481 | 2013-02-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/web-resource-portal/desc.html | バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたサイト。解析ツールやワークフローが処理要素、分野、文献により階層分類されており、目的のツールやワークフローを探し出すことができる。 | |
| Wikiproject（MCB） | ウィキメディア財団 | NBDC | 31906 | 2024-03-17 | > 用語解説 | http://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:WikiProject_Molecular_and_Cellular_Biology | Wikipediaにて分子細胞生物学関連の主要なテーマに関する記事を作成し完成させることを目的としたプロジェクトです。Gene Wiki (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00834) などいくつかの関連するウィキペディアプロジェクトとも連携しています。 | |
| WorTS[アーカイブデータ] | 大阪大学 微生物病研究所 細胞機能分野 | NBDC | 150 | 2014-02-19 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/worts/desc.html | 表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース。 変異株毎に、遺伝子名等の一般的な情報、及び変異情報、表現型の情報等を格納している。エントリー数150。 | |
| WormBase | Ontario Institute For Cancer Research | NBDC | 10000 | 2024-03-17 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://www.wormbase.org/ | 線虫ゲノム研究の統合サイトです。ゲノム情報の他に、遺伝子、多型、遺伝マーカー、変異株等の情報を提供しています。データの登録も可能です。 | |
| XDB | 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 | NBDC | 76392 | 2024-02-10 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | http://xenopus.nibb.ac.jp/ | アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されています。アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされています。WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されています。 | |
| XenoBiores: ナショナルバイオリソースプロジェクト 「ネッタイツメガエルの近交化・標準系統の樹立・提供」のWEBサイト | 広島大学 大学院理学研究科附属両生類研究施設 | 16 | 2023-09-22 | > 細胞・組織 | http://home.hiroshima-u.ac.jp/amphibia/xenobiores/iweb/XenoBiores_Top.html | NBRPネッタイツメガエルのプロジェクトは平成24年3月に終了し、同6月に新規事業として再スタートしました。過去に収集されたネッタイツメガエルの近交化、標準系統の樹立、および、その保存と提供を行います。現在は、安田系統、Ivory Coast 系統を提供し、旧NBRP として東京大学で維持してきたNigerian、Golden、および浅島の各系統は、産業技術総合研究所 幹細胞工学研究センター 器官発生研究チームから提供されています。 | ||
| YAKUZEN[アーカイブデータ] | 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 | NBDC | 1539 | 2018-03-13 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/yakuzen/desc.html | 食材が持つ効能 (性味,帰経など) と薬膳レシピのデータベースです。KNApSAcK Familyの1つです。 | |
| Yeast Interacting Proteins Database[アーカイブデータ] | 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 | NBDC | 841 | 2014-02-26 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/yeast-y2h/desc.html | 出芽酵母タンパク質に対する網羅的酵母２ハイブリッド解析によって得られた相互作用およびそれに関する付随する情報。出芽酵母の網羅的酵母２ハイブリッド解析によって得られたタンパク質間相互作用データを、 信頼性の推定に有用な情報とともに検索できる。 | |
| Yorodumi 万見 | 大阪大学 蛋白質研究所 | NBDC | 218147 | 2024-04-25 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://pdbj.org/emnavi/doc.php?lang=ja | 万見は、生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページです。Protein Data Bank (PDB) と EM Data Bank (EMDB) のデータを利用しています。分子構造ビューアアプレットとして「Jmol」と「jV (PDBj Viewer)」を利用しています。 | |
| ZFIN:The Zebrafish Model Organism Database | University of Oregon/Zebrafish Information Network | NBDC | 4018 | 2024-03-16 | > 遺伝子発現・転写制御 > EST | http://zfin.org/ | 実験情報から研究コミュニティーの情報まで、ゼブラフィッシュに関するすべての知識と情報を入手することができます。研究リソースの配布も行っています。 | |
| biosharing.org | BioSharing | NBDC | 823 | 2017-04-06 | > 用語解説 | https://biosharing.org | 生命科学、環境科学、バイオメディカル分野のデータ共有のためのレジストリサイトです。Standards, Databases, Policies, Collectionsの４種の情報をカタログ型に整理し、提供しています。Standardsはオントロジーなどを、Databasesはデータベースに関する情報を、Policiesはデータ共有やメタデータに関するポリシーを、Collectionsは関連する組織等の情報をまとめています。 | |
| dbCFC | 熊本大学 大学院医学教育部 | NBDC | 755 | 2012-06-06 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://cytokine.medic.kumamoto-u.ac.jp | NCBI GenBankに登録されているヒトサイトカインのEST配列を収集したデータベースです。EST配列は、サイトカインファミリーごと、遺伝子ごとに整理されており、遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報として、各種公開データベースのリンクが記載されています。 | |
| dbDNV: Duplicated-gene Nucleotide Variants | Academia Sinica | NBDC | 140823 | 2024-01-31 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://goods.ibms.sinica.edu.tw/DNVs/index.html | dbDNVは重複遺伝子の塩基配列の多様性 (duplicated-gene nucleotide variants:DNVs) を収録したデータベースです。近傍に存在する重複遺伝子の中にある単塩基の違いはSNPと間違えられることがあり、これを防ぐためreference genome内のDNVsを解析しデータベースにまとめています。NCBIのアクセッションナンバーをキーにして重複遺伝子の遺伝子座を見つけたり、染色体番号や絶対位置をキーにしてDNVsを見つける他、既にSNPとして報告されているDNVs関連SNPsをrs番号をキーにして検索することができます。 | |
| dbQSNP(SNPs in the transcriptional promoter regions in human) | 九州大学 生体防御医学研究所 | NBDC | 24745 | 2017-06-29 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp/ | 遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0K上流および0.2K下流まで）に存在するSNPについて、配列情報やアレル頻度情報を掲載しています。SNPのタイピングと定量化は、独自に開発した定量SSCP解析によるものです。 | |
| dbQSNP[アーカイブデータ] | 九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 | NBDC | 27351 | 2017-02-23 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dbqsnp/desc.html | ヒトゲノム上のSNPを検索し，そのアレル頻度を種々のプールDNAのSSCP解析により決定した結果を表示する。主に転写開始点周辺に分布するSNPを探索し、その種々のヒト集団でのアレル頻度をプールDNA-SSCP解析によって高精度で決定しており、様々な表現型を支配する遺伝的背景の解析に役立つ。 | |
| e-免疫.com | e免疫.com運営事務局 | NBDC | 36 | 2019-03-05 | > 医療・薬 > 医学 | http://emeneki.com/knowledge/ | 原発性免疫不全症 (primary immunodeficiency: PID)には300種類以上の疾患があり、一部の疾患について疾患概要をご覧いただけます。 | |
| eDDASs[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業環境技術研究所 農業環境インベントリーセンター | NBDC | 10118 | 2019-11-25 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/eddass/desc.html | eDDASs（イーダス）は，eDNA Database for Agricultural Soilsの略称です。全国各地の農耕地で収集された土壌物理・化学性、作物栽培様式、 およびその畑土壌由来のeDNA（environmental DNA）解析情報を収納した「国内初の農耕地eDNAバンク」であり、 独立行政法人農業環境技術研究所で運営されています。高品質な作物生産を行う上で、安定した地力の確保、連作障害等の病害の克服が重要であ り、それを実現するためには、 土壌の物理性、化学性、生物性を適切に把握する必要があります。物理性、化学性については、これまで多くの知見が得られ、 土壌診断の項目にも取り入れられていますが、生物性の評価法は確立されていません。 土壌病害の発生や有機質肥料からの養分供給には微生物が関与しており、土壌診断には、生物性の評価が不可欠です。 eDDASsは，近年著しく発展しているDNA解析技術を用いて、土壌中に生息する膨大な微生物の一端を解析し、 その情報を解析者のみならず、土壌微生物研究等に関わる多くの方々に提供することを目的としています。 eDDASsの大きな特徴は、「細菌」・「糸状菌」・「線虫」を同時に比較できることです。 このように微生物を網羅したデータベースは国内では初めてです。eDDASsの特徴は、各地で収集された農耕地eDNA情報を相互に比較できる点にあります。 eDDASsでは、近年広く世界中で普及しているDGGE（濃度勾配変性ゲル電気泳動）法というDNA解析手法を用いて、 全国各地の農耕地からeDNAを取り出しその中の生物の多様性を解析した結果を提供します。 しかし、DGGE解析にも問題点はあります。 それは、(1)用いるプライマーが異なると得られる結果が異なること、 (2)ゲルが異なると同一DNAサンプルを用いた場合でもDNAパターンが異なることです。 この問題を克服するために、(1)では同一のプライマーを用いる、 (2)では全てのゲルに同一マーカー（マーカーDNA）を付けることによって、 データを相互に比較できるようにしました（標準化）。 eDDASsで用いる標準法は、「土壌eDNA解析マニュアル（細菌・糸状菌相・線虫相）」にまとめられています。 | |
| eF-site(electrostatic surface of Functional-site) | 大阪大学 蛋白質研究所 | NBDC | 190235 | 2024-04-22 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | https://pdbj.org/eF-site/ | タンパク質の分子表面に関するデータベースで、分子認識機構の分析に有用な情報を提供しています。Protein Data Bankの構造について、静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノリー表面と合わせて表示しています。 | |
| eSOL(Solubility database of all E.coli proteins) | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | NBDC | 4132 | 2015-09-19 | > タンパク質 > 発現 | http://www.tanpaku.org/tp-esol/ | 再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量を収録したデータベースです。遺伝子名またはクローンID(JW ID)から各タンパク質の実験結果を検索することができます。全データのダウンロードも可能です。 | |
| eSOL[アーカイブデータ] | 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム | NBDC | 4132 | 2014-02-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/esol/desc.html | 再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベース。788個の凝集性タンパク質に対しては、2012年5月に分子シャペロンの凝集抑制効果データが追加されている。大腸菌K-12株の全遺伝子のライブラリーであるASKAライブラリー（Kitagawa et al. 2005）のプラスミドから、PCR反応によって各遺伝子断片を増幅し、試験管内タンパク質合成系PURE systemを用いてタンパク質を合成して、遠心分離前後のSDS-PAGEとオートラジオグラフィーで可溶率を求めている。凝集性タンパク質（シャペロンなし可溶率が30%以下のものとして定義）に対しては、タンパク質合成時に大腸菌の主要なシャペロンであるTrigger Factor (TF), DnaK/DnaJ/GrpE (KJE), GroEL/ES (GroE) をそれぞれ個別に加え、各シャペロンによる可溶率の変化を調べている。PURE systemは再構築型でありシャペロンの混入が全くないため、合成されたタンパク質自体の可溶率やシャペロンの効果を正確に測ることができる。データはタンパク質のフォールディングの研究の基礎になるともに、タンパク質の発現を用いる様々な研究・産業の計画・効率化に役立つと考えられる。 | |
| e－フォラム・ストック | 東北大学総合学術博物館 | NBDC | 86 | 2024-01-20 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://webdb2.museum.tohoku.ac.jp/e-foram/indexj.html | 浮遊性有孔虫電子標本のデータベースです。東北大学総合学術博物館が所有する浮遊性有孔虫の電子標本について実標本（r-specimen）の詳細な情報と3次元コンピュータ・グラフィックスでの標本観察が利用できます。種、学名によるブラウズが可能です。なお仮想標本の観察には 3次元ビューワ 「Molcer」のダウンロードが必要です。 | |
| fRNAdb(Functional RNA Database) | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 59978 | 2009-10 | 2010-04-23 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 機能RNA | http://www.ncrna.org/frnadb/ | 経済産業省「機能性RNAプロジェクト」の成果であるデータベース群のホストサイトです。RNAの二次構造予測、ncRNAのデータベース、RNAの二次構造データを追加したUCSC Genome Browser、RNAsの関連文献を集めたデータベース、RNA解析の各種ツールを提供しています。 |
| fRNAdb[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 臨海副都心センター | NBDC | 510055 | 2016-04-12 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/frnadb/desc.html | 機能性RNAデータベースは、文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。RNA情報は文献および既存データベース（H-inv、NONCODE、RNAdb）からの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。機能性RNAデータベースではBLAST検索、様々なゲノムの文脈(進化的保存度や遺伝子座の特徴など)からの検索、文献からの検索と、ユーザ側の様々な基準に合致するRNAを検索するための強力な検索サービスを提供している。 | |
| iProClass (An Integrated Protein Knowledgebase) | Georgetown University Medical Center | NBDC | 495353 | 2022-12-15 | > タンパク質 > 配列・ファミリー・タンパク質総合 | http://pir.georgetown.edu/iproclass/ | UniProtKBおよびUniParc登録タンパク質に対し、タンパクファミリー、機能、パスウェイ、相互作用、構造、構造分類、遺伝子、ゲノム、オントロジー、文献、生物種などを含む90種類以上の生物学データベースのリンク付けを行っているデータベースです。データウエアハウスとハイパーテキストナビゲーション手法を組み合わせて、多数のデータベースのリンク情報を統合したデータを提供しています。 | |
| jPOSTデータベース[アーカイブデータ] | jPOSTチーム | NBDC | 0 | 2021-11-16 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://globe.jpostdb.org/ | jPOSTdatabase (Japan ProteOme STandard DataBase)は、jPOSTrepositoryのプロテオームデータに対して統一された基準で再解析した結果を収録したデータベースです。検出された翻訳後修飾の頻度、ペプチド上のリン酸化部位の共起、プロテオーム間のペプチドの共有などをビューアで見ることができます。 | |
| jPOSTリポジトリメタデータ[アーカイブデータ] | jPOSTチーム | NBDC | 31968 | 2020-01-15 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/jpost/desc.html | jPOST(Japan ProteOme STandard Repository/Database)は、ユーザによる質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリです。ProtemoeXchange (PX) Consortiumに加盟しており、登録ユーザが論文投稿する際に必要となるPX IDを発行することもできます。本アーカイブでは、そのメタデータを収録しています。 | |
| jove | Journal of Visualized Experiments | NBDC | 1721 | 2006/11-2012/06 | 2021-07-06 | > 文献 | http://www.jove.com/ | 実験プロトコルや実験の結果を扱ったビデオジャーナル。 |
| metabolomics.jp | 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 | NBDC | 28935 | 2024-02-26 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://metabolomics.jp/wiki/Main_Page | 本DBは、メタボロミクスを中心とした有田研究室の活動全般を対象としたポータルサイトです。フラボノイド、基礎代謝物、生薬、植物系統分類データベースのほか、ファイトレメディエーションを含めた放射線情報、講義資料も掲載しています。 | |
| miyakogusa.jp | かずさディー・エヌ・エー研究所 | NBDC | 7 | 2024-03-23 | > ゲノム・遺伝子・RNA > ゲノム | http://www.kazusa.or.jp/lotus/index.html | 財団法人かずさDNA研究所は、マメ科植物では世界初となるミヤコグサ（Lotus japonicus）のゲノムの解読に成功しました。「miyakogusa.jp」では、得られた成果や情報を公開しており、ミヤコグサのゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ等が掲載されています。 | |
| non-B DB | National Cancer Institute at Frederick | NBDC | 12 | 2024-03-06 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | https://nonb-abcc.ncifcrf.gov/apps/site/default | non-B DBは、ワトソン・クリックの右巻き二重らせん構造（B-DNA構造）を取らないnon-B DNAの情報を集めたデータベースです。このDBでは、ゲノム上でnon-B DNA構造をとる可能性がある領域を予測し、non-B DNA構造のタイプ、ゲノム上の位置、配列などの情報を提供しています。non-B DNA構造としては、Z-DNAモチーフ、四重鎖形成モチーフ、逆位反復配列、mirror repeats、direct repeats、cruciform（十字形）の関連サブセット、三重鎖、slipped structuresなどを扱っています。 | |
| researchmap | 国立研究開発法人科学技術振興機構 | NBDC | 705170 | 2023-08-03 | > 用語解説 | https://researchmap.jp/ | researchmap は、研究者による業績管理及び発信を支援するデータベース型研究者総覧です。国内の30 万人以上の研究者が登録しています。プロフィール、執筆論文等の研究業績情報の閲覧機能、研究者同士のコミュニケーションの促進、産学連携や共同研究の候補を見つけるためのコミュニティ機能等を提供し研究活動を総合的に支援します。 | |
| snoDB | Department of Biochemistry, University of Sherbrooke | NBDC | 2123 | 2024-03-02 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 > ゲノム・遺伝子・RNA > 機能RNA |
http://scottgroup.med.usherbrooke.ca/snoDB | ヒトsnoRNAのデータベースです。各snoRNAについてシノニム、Boxタイプ、位置、塩基配列、オルソログ、外部データベースへのIDリンク、ホスト遺伝子、相互作用や発現のデータを収録しています。一覧からの絞り込みや各項目による検索が可能です。 | |
| snoOPY(snoRNA Orthological Gene Database) | 宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター | NBDC | 17018 | 2022-09-03 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 機能RNA | http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp | snoRNA(核小体低分子RNA)のオーソログの情報を整備することを目的に、多生物種のsnoRNAの情報を網羅したデータベースを構築しています。現在は、35生物種15,619件のsnoRNAについて、配列やモチーフ、遺伝子座、ターゲットRNAの情報等を提供しています。 | |
| tRNADB-CE (tRNA gene database curated manually by experts) | 長浜バイオ大学 | NBDC | 458123 | 2020-02-25 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 機能RNA | http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/cgi-bin/trnadb/index.cgi | 3種類のtRNA遺伝子予測プログラム（tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder）を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結果を収録しています。プログラム間で予測結果が一致しない場合にはエキスパートが手作業で精査しています。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャーisoaccepting tRNAが解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNAが解読するコドン（不適合コドン）を調べることが出来ます。 | |
| tRNADB-CE[アーカイブデータ] | 長浜バイオ大学 | NBDC | 458123 | 2013-01-31 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/trnadb-ce/desc.html | エキスパートが精査を加えた、世界的に最も精度が高いtRNA遺伝子データベースで、 シニア世代研究者の専門知識の活用と次世代への知識継承の一つのモデルケースとして、 長浜バイオ大学で行っている取り組みの産物です。 具体的には、既存の複数のtRNA遺伝子検索プログラムを用いて、 塩基配列の解読された原核生物・真核生物・ウイルスのゲノムや環境由来DNA配列からtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、 プログラム間で相違のあるケースについては、エキスパートがマニュアルにより精査しています。バクテリアと古細菌の1625 の完全長ゲノムや2993 のドラフトゲノム、151 のウイルスの完全長ゲノム、121 の葉緑体の完全長ゲノム、12 の真核生物(植物と菌類)の完全長ゲノム、約2 億3000 万の環境由来DNA 配列を 対象に、tRNA 遺伝子の網羅的な探索を行って構築。tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、 予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行っている。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA 遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャー isoaccepting tRNA が解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNA が解読するコドン(不適合コドン) が調べられる。 | |
| wiki.jscpb.org - Who's Who | 日本比較生理生化学会 | NBDC | 468 | 2024-03-02 | > 用語解説 | http://wiki.jscpb.org/Who\'s_Who | "日本比較生理生化学会が提供する研究者データベースです。2012年11月現在テスト運用中です。研究者名および種名の50音検索やキーワードに加えて、「動物の分類から探す」を利用することで系統樹に従って研究者を探し出すことができます。各研究者のページでは所属や研究テーマなどのプロフィール、研究者からのコメントの掲載欄があります。また「動物の生きるしくみ事典」もあわせて公開中です。" | |
| 「健康食品」の安全性・有効性情報 ー 被害関連情報 | 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 | 1780 | 2016/05/26 | > 食品・栄養 | https://hfnet.nibiohn.go.jp/contents/index1.html | いわゆる「健康食品」を原因とする、国内外における過去ならびに最新の健康危害の事例を紹介します。成分名や製品名、注意喚起や勧告を出した機関名等を検索欄に入れ、関連情報を絞り込むことができます。 | ||
| 「健康食品」の安全性・有効性情報 素材情報データベース | 独立行政法人国立健康・栄養研究所 | 705 | 2022-11-06 | > 食品・栄養 | https://hfnet.nibiohn.go.jp/ | 健康食品に利用されている素材（成分）一覧から目的の素材名を選ぶと、素材の概要が表示されます。「すべての情報を表示」ボタンを押すと、構造式、分析法、有効性、安全性、総合評価、参考文献など詳細情報が得られます。 | ||
| おもしろい糸状菌[アーカイブデータ] | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 北海道農業研究センター | NBDC | 17 | 2014-08-05 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/marine-fungi/desc.html | 海洋性の糸状菌17種について、顕微鏡写真、学名、形態の説明をまとめています。カビはおもしろい形の胞子を作ったり、おもしろい形のキノコを作ったりします。 色々なカビの顕微鏡写真をご紹介しますので楽しんで下さい。 | |
| お茶の水女子大（データベース高度利用者養成） | お茶の水女子大 | NBDC | 69 | 2011-02-24 | > 文献 > 医療・薬 > 医学 |
http://togodb.sel.is.ocha.ac.jp/pukiwiki/ | データベースを積極的に活用した高度なライフサイエンス情報解析教育に関する資料ページです。本サイトはライフサイエンス統合データベースプロジェクトの人材育成活動の一部としてお茶の水女子大学が担当し、実施している。 | |
| お薬110番（ハイパー薬辞典） | 医薬品情報研究会 | 1750 | 2024-03-23 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.jah.ne.jp/~kako/ | ハイパー薬辞典、副作用リスト、禁忌薬 と 警告、薬価サーチなど、市販薬に関する様々な情報を調べることができます。 | ||
| お薬110番（副作用リスト） | 医薬品情報研究会 | NBDC | 64 | 2010-03-17 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.jah.ne.jp/~kako/ | ハイパー薬辞典、副作用リスト、禁忌薬 と 警告、薬価サーチなど、市販薬に関する様々な情報を調べることができます。 | |
| がんinfo. | 国際医学情報センター | NBDC | 40 | 2024-03-10 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.imic.or.jp/cancer/index.html | がんInfo. は、米国国立がん研究所（National Cancer Institute : NCI）のがん情報（PDQ）の患者向け情報を、NCI承認のもと国際医学情報センターの責任で翻訳し提供しております。93項目中、40項目がご覧になれます。 | |
| がん情報サイト (Cancer Information Japan) | 先端医療振興財団 | 362 | 2024-03-23 | > 医療・薬 > 医学 | https://cancerinfo.tri-kobe.org/ | がん情報サイトは日本で唯一米国国立がん研究所 (National Cancer Institute: NCI)とLicense契約している、がんの最新治療情報や治療成績、臨床研究の情報、がんに用いられる標準治療薬や支持療法薬といった、がんに関する最新かつ包括的な情報を配信するサイトです。 | ||
| がん研究データベース | 独立行政法人国立がん研究センター | NBDC | 1360 | 2024-03-16 | > 文献 | http://crdb.ncc.go.jp/search/ | がん研究開発費（正式名称は独立行政法人国立がん研究センター運営費交付金研究開発費，旧がん研究助成金）によって行われる研究をデータベース化したものです。研究の基本情報、研究者情報、報告書が閲覧できます。キーワードや研究区分、実施年度、報告書の有無、研究者などの検索条件を指定した検索が行えます。 | |
| ここカラダ お薬辞典 | 株式会社リクルートドクターズキャリア | 13748 | 2022-10-09 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.cocokarada.jp/medicine/index.html | 処方薬の主成分名、製薬会社、薬価、写真、主な作用、副作用、服用上の注意を調べることができます。 | ||
| ここカラダ 病気辞典 | 株式会社リクルートドクターズキャリア | NBDC | 2262 | 2022-11-13 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.cocokarada.jp/disease/index.html | 病気の詳細な情報を提供しています。キーワードや病気の種類、50音順から病気を検索できます。 | |
| じん肺データーベース | 独立行政法人労働者健康福祉機構 | NBDC | 9 | 2015-01-13 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.research12.jp/d_archive/jinpai/ | じん肺診療に携わる医療関係者の研究、診療等の参考となることを目的に作成されており、じん肺症例の分類、所見、レントゲンやCTなどの各種画像が閲覧できます。全国の労災病院からじん肺患者の診療情報を収集し、公開可能な症例を収載しています。 | |
| やさい・くだもの百科 | 農業経営情報研究会 | NBDC | 510 | 2015-11-20 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://riss.narc.affrc.go.jp/vegfru/ | 約60種の作物と、その品種約600種が納められているデータベースです。品種の名前、写真、簡単な説明がつけられています。 | |
| アサガオホームページ | 九州大学 大学院 | 1276 | 2024-02-02 | > 細胞・組織 | http://mg.biology.kyushu-u.ac.jp/ | アサガオ突然変異系統の収集・保存・提供を行っているページです。系統リスト、画像カタログ、交配系統カタログのほか、遺伝子リストや連鎖地図など、分かりやすい解説ページとして掲載されています。アサガオの栽培方法についても詳細に記されています。 | ||
| アサガオ類画像データベース (MORNING GLORIES DATABASE) | 法政大学 | NBDC | 447 | 2024-01-06 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://protist.i.hosei.ac.jp/Asagao/Yoneda_DB/J/menu.html | 日本の伝統的な園芸花で多数の遺伝子突然変異体をもつアサガオを中心に、近縁種およびアサガオとの種間雑種およびヒルガオ科の園芸植物の画像を集めたデータベースです。 | |
| イネ品種・特性データベース検索システム | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 10750 | 2010-2012 | 2016-01-27 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://ineweb.narcc.affrc.go.jp | イネの品種情報と特性を収録したデータベースです。各品種につき、育成地、系統番号、交配組合せ、登録年、作付面積と全国の順位、普及見込み地帯、来歴、形態的特性、生態的特性、配布種子量、栽培適地、栽培上の注意等が詳細に掲載されています。検索方法には、「品種名検索」、「特性情報検索」、「作付面積検索」、「登録特性検索」の4種類が用意されています。 |
| イネ遺伝解析材料の種類 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 3 | 2023-10-13 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://www.naro.affrc.go.jp/nics/webpage_contents/ine_idensi/index.html | 農研機構作物研究所から配布可能なイネ遺伝解析材料 （染色体断片導入系統群）の情報を収めたサイトです。コシヒカリ*5/O.rufipogon および いただき*5/O.glumaepatula によって作成された染色体断片導入系統群 （BC4F5） について、DNAマーカー (SSRもしくはInDel マーカー) により遺伝子型を調べた結果がダウンロードできます。種子の分譲は、研究機関での研究目的に限られています。 | |
| ウイルス図鑑 | 法政大学 | NBDC | 122 | 2010-03-17 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://protist.i.hosei.ac.jp/virus/top.html | ウイルスの感染と病気、粒子構造、遺伝子に関する解説と、電子顕微鏡（一部）の写真を提供しています。ウイルスの分類法は、国際ウイルス分類委員会（The International Comittee on Taxonomy of Viruses: ICTV）によって定められているので、このウイルス図鑑も、ICTVによる分類（7th Report of the ICTV: M. H. V. van Regenmortel, C. M. Fauquet, D. H. L. Bishop eds., Academic Press, 2000）に従って各項目を立てています。 | |
| ウェブ版血管炎病理アトラス | 難治性血管炎に関する調査研究班 | NBDC | 71 | 2024-02-09 | > 医療・薬 > 解剖 | http://www.vas-mhlw.org/html/pathology/index.html | 血管炎病理画像のデータベースです。各疾患ごとに病理画像と解説が収録されています。画像はダウンロードして使用することが可能です（使用許諾ルール：http://www.vas-mhlw.org/html/pathology/rule.html） | |
| カイコ参照トランスクリプトームデータ[アーカイブデータ] | NBDC | 525801 | 2019-11-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kaiko/desc.html | 本データ集はカイコの新規参照ゲノム配列(Kawamoto et al., 2019, Insect biochemistry and molecular biology )とカイコP50T系統における複数の器官由来のRNAseqデータから確立した参照トランスクリプトームデータとその関連データである。「参照トランスクリプトームメタデータ」は新規参照ゲノム配列上での各転写産物の位置情報を示している。「組織別発現データ」では先述のカイコから取り出した各器官毎の各転写産物のtpm値を示している。「トランスクリプトームアノテーション情報」は各転写産物をヒトとショウジョウバエのタンパク質のデータセットに対してBLAST検索し、アノテーションを付与したデータを含んでいる。参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸」は参照トランスクリプトームデータから予測されたアミノ酸配列のマルチfasta fileである。 | ||
| ゲノム解析ツールリンク集[アーカイブデータ] | 独立行政法人 科学技術振興機構 | NBDC | 837 | 2013-02-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/stga/desc.html | 分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集。論文やWebから解析ツールに関する情報を調査収集し、各ツールを用途によって階層的に分類している。また各ツールの簡易な説明も提供している。収集したゲノム解析ツールを解析の目的やその手法などによって3階層のカテゴリに分類している。カテゴリでの絞り込み検索や各ツールについての簡単な解説により、目的のツールを探すことができる。 | |
| サイエンティストライブラリー特別編 ～日本の生命研究を築いた科学者～ | 株式会社生命誌研究館 | NBDC | 97 | 2024-03-09 | > 用語解説 | http://www.brh.co.jp/s_library/j_site/scientistweb/ | JT生命誌研究館が発行する季刊生命誌に掲載のサイエンティストライブラリーをウェブ用に編集した記事のアーカイブです。20世紀、独自の研究によって日本の生命研究の基礎をつくった科学者が自らの研究と人生を語ります。豊富な写真と図版つきの記事を閲覧できます。記事の一覧は発生学、進化学などの分野ごとにセクションが分けられています。 | |
| サイバーデンタル | 株式会社Cyberデジタル | NBDC | 18 | 2022-09-10 | > 医療・薬 > 歯学 | http://www.cyber-dental.com/index.html | 歯科情報ポータルサイト。歯の基礎情報から治療情報まで分かりやすく説明しています。 | |
| サプリメントデータベース | 日本サプリメント協会 | NBDC | 240 | 2010-03-17 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.j-sup.com/database/ | 成分や機能性食品から掲載製品を検索できます。また、生活習慣病、身近な症状から、関連する成分や機能性食品、予防のためのアドバイスが得られます。 | |
| シロイヌナズナフェノームデータベース[アーカイブデータ] | 理化学研究所バイオリソースセンター | NBDC | 16877 | 2017-03-14 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/arabidopsis-phenome/desc.html | シロイヌナズナの表現型は、遺伝的・環境的・実験的要因に対する主要な実験植物の全ての応答性を内包しています。今日、膨大な文献情報が蓄積され、これらは基礎研究分野、応用研究分野のいずれにおいても植物オミックス研究の発展に不可欠なリソースになっています。研究実験の発展のためには、変異株のようなバイオリソース情報と表現型を結び付けることも重要です。しかしながら、文献情報における表記のゆらぎがその効果的な活用を妨げています。 私たちは、新たなシロイヌナズナフェノームデータベースを開発しました。このデータベースは、下記の2つのデータベースから構成されています。・理研シロイヌナズナ変異株フェノーム利用者が関心のある表現型を使って、理研で作成された変異株を検索できます。研究実験に有用な試料を探すことができます。・文献由来植物フェノーム公刊された文献から人手でキュレーションしたシロイヌナズナの表現型をまとめており、表現型からゲノム、ゲノムから表現型を連関させる研究の実現を容易にします。 | |
| シロイヌナズナ転写因子クローン（TF clone）データベース | 国立研究開発法人理化学研究所 | NBDC | 2395 | 2024-02-04 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 遺伝子・転写産物 | https://plant.rtc.riken.jp/resource/tfclone/tfclone_information.html | 産業技術総合研究所と理化学研究所環境資源科学研究センターより寄託されたTF clone（シロイヌナズナの転写因子のORF clone）の総合カタログです。公開済みの理研RARTF cloneのデータもここに含まれています。AGIコード、アノテーション、クローンID、クローンの入手先などの情報を、RARTFで定義された遺伝子ファミリーや、キーワードにより検索できます。クローンの配布についてはContactタブから情報へリンクされています。 | |
| タカラバイオプロトコール | タカラバイオ株式会社 | NBDC | 1901 | 2024-04-05 | > 用語解説 | http://www.takara-bio.co.jp/research.htm | タカラバイオ社が扱っている製品情報やプロトコールやQ&Aなどのテクニカルサポート集 | |
| タンパク質構造データベース（植物） | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 359 | 2015-09-19 | > タンパク質 > ドメイン・モチーフ・立体構造 | http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/plant/index.html | イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造を収集したデータベースです。Protein Data Bankを情報源とし、 タンパク質の基本情報、構造決定に用いた実験手法、文献情報、配列、立体構造の画像等を掲載しています。 | |
| トーゴーの日シンポジウム要旨 | 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC | 237 | 2011/10-2012/10 | 2014-12-25 | > 学会要旨 | http://events.biosciencedbc.jp/sympo | 科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）では、毎年10月5日を「トーゴーの日」とし、ライフサイエンス分野のデータベース統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるシンポジウムを、情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター、医薬基盤研究所、農業生物資源研究所、産業技術総合研究所と共同で開催しています。 |
| ナショナルバイオリソースプロジェクト ニワトリ-ウズラ | 名古屋大学 大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研究センター | NBDC | 57 | 2024-01-20 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.agr.nagoya-u.ac.jp/~nbrp/index.html | ニワトリ及びウズラリソースの保存と育成、および安定供給を行うNBRPのリソース拠点です。(1) リソースの収集、保存、育成、(2) 遺伝モニタリングによるリソースの高品質化(3) 遺伝子導入、遺伝子改変ニワトリ/ウズラの作出、(4) データベース構築、(5) 人材育成と学術交流会等の企画・開催を行っています。現時点では、ニワトリの野生原種である赤色野鶏、高度近交系、長期閉鎖系、疾患モデル系および育成系を含む20以上のニワトリ系統を維持、またニホンウズラは突然変異系統を含む長期閉鎖系7系統の保有と提供をしています。 | |
| ハイパー植物図鑑 | 近畿大学 生物理工学部 | NBDC | 475 | 2024-02-03 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.hoshi-lab.info/plant/plant.html | 日本でよく見られる500種類の園芸植物の画像と簡単な説明が収録されています。和名、科名、学名で検索できます。また、植物に持つイメージ（ex. 派手な、奇妙な、現代的な）のスコアを入力して検索することも可能です。大阪花の博覧会で参考出品された「マルチメディアによる未来の植物図鑑」を実験的にWWWに移植したサイトです。 | |
| プロジェクト公開資料 | DBCLS | NBDC | 376 | 2010-11-16 | > 統合DBプロジェクト | http://togodb.dbcls.jp/koukai/ | 統合データベースプロジェクト・委員会などの記録を情報公開しています。 | |
| メディカルバイオリソースデータベース | 独立行政法人医薬基盤研究所 | 656 | 2008-2012 | 2012-02-29 | > 細胞・組織 | http://mbrdb.nibio.go.jp/ | このデータベースは、ヒトやマウスなどの医療用バイオリソース情報を収録しています。また、独立行政法人医薬基盤研究所が提供する8つのデータベースを横断的に検索可能な医薬基盤研究所データベース横断検索システムを公開しています。 | |
| メルクマニュアル プロフェッショナル版 | MSD株式会社 | NBDC | 6868 | 2024-01-13 | > 医療・薬 > 医学 | http://merckmanual.jp/mmpej/index.html | メルクマニュアルは、医薬品の研究開発力で高い評価を得ているMerckが、非営利事業として提供しているもので、世界で最も信頼されている医学書の一つです。 | |
| メルクマニュアル 家庭版 | MSD株式会社 | 5914 | 2023-09-09 | > 医療・薬 > 医学 | http://merckmanual.jp/mmhe2j/index.html | メルクマニュアル家庭版は、世界で最も信頼されている医師向けの「メルクマニュアル」をベースに、わかりやすく書き下ろした家庭向け医学書で、300人近い医療の専門家によって執筆されています。 | ||
| メルク微生物プロトコール | メルク社 | NBDC | 4759 | 2021-05-06 | > 文献 | http://www2.merck.co.jp/microbiology/index_microbiology.html | メルク社提供の微生物実験用のプロトコール集 | |
| ユスリカ標本DNAデータベース | 国立研究開発法人国立環境研究所 | NBDC | 921 | 2022-11-19 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://www.nies.go.jp/yusurika/index.html | DNAバーコーディングを進める上で得られた、ユスリカのDNA塩基配列、種、採集地などの情報を収録したデータベースです。各詳細データには標本番号、種名、採集地、アクセッション番号 (DDBJ)、ハプロタイプおよび標本写真が含まれています。DNA情報を形態学的・生態学的な情報と併せることで種判別を行えます。GBIF（ http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00069 ）へデータを提供しています。 | |
| ライフサイエンス 新着論文レビュー[アーカイブデータ] | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 1229 | 2018-08-02 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/first-authors/desc.html | 日本人を著者とする生命科学分野の論文について、論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを公開するサービスです。・Nature、Science、Cellなどに代表されるトップジャーナルに掲載された生命科学分野の原著論文のうち、筆頭著者が日本人である論文をいち早くとりあげます。論文の出版から1か月以内の公開を目標とし、遅くとも2か月以内には公開します。2010年9月のサービス開始からこれまでに約1,000本のレビューを公開しています。・広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、専門の異なる読者にも論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果・結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯・バックグラウンド、将来の展望などもあわせて示すようにしています。・原稿そのままではなく、生命科学を専門とする編集者がきちんとした編集作業を行っています。・サイエンスコミュニティの共有物として、クレジットの明記を条件に、転載・改変・再利用（営利目的での二次利用も含め）を自由に行えます。高解像度の図をJPEGファイルとしてダウンロードでき、講義や講演、論文などの著作物に自由に利用することができます。 | |
| ライフサイエンス 領域融合レビュー[アーカイブデータ] | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 74 | 2018-08-02 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/leading-authors/desc.html | 生命科学分野における最新の研究成果について、第一線の研究者の執筆による日本語のレビューを公開するサービスです。・日本分子生物学会、日本蛋白質科学会、日本細胞生物学会、日本植物生理学会 との協力のもと、ある学問分野・領域を広く総合的にとりあげる比較的長いレビューを公開・出版するものです。執筆者・執筆テーマの選定は、それぞれの学会から推薦された編集委員により構成される編集委員会において行います。原稿は、編集委員会の指名した1名以上の査読者により査読をうけ、必要に応じ加筆あるいは改稿のうえ原稿受理とします。2012年9月のサービス開始からこれまでに約60本のレビューを公開しています。・広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、専門の異なる読者にも論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果・結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯・バックグラウンド、将来の展望などもあわせて示すようにしています。・原稿そのままではなく、生命科学を専門とする編集者がきちんとした編集作業を行っています。・サイエンスコミュニティの共有物として、クレジットの明記を条件に、転載・改変・再利用（営利目的での二次利用も含め）を自由に行えます。高解像度の図をJPEGファイルとしてダウンロードでき、講義や講演、論文などの著作物に自由に利用することができます。 | |
| ライフサイエンスQA | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 202 | 2023-06-16 | > 文献 | http://qa.lifesciencedb.jp/ | ライフサイエンス研究に関する質問や疑問、それに対する回答を共有するためのQAサイトです。質問及び回答は誰でも投稿可能ですが、対象ユーザーはライフサイエンス研究に携わっている人を想定しています。投票機能によりコメントや評価を残すことも可能です。 | ||
| ライフサイエンス新着論文レビュー (FIRST AUTHOR'S) | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 1279 | 2019-03-17 | > 統合DBプロジェクト > 文献 |
http://first.lifesciencedb.jp/ | トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について，論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを、だれでも自由に閲覧・利用できるよう、いち早く公開しています。 | |
| ライフサイエンス領域融合レビュー (LEADING AUTHOR'S) | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 77 | 2020-07-19 | > 統合DBプロジェクト > 文献 |
http://leading.lifesciencedb.jp/ | 生命科学において注目される分野/学問領域について、第一線の研究者の執筆による日本語レビューを公開するサービスです。 | |
| 中毒データベース検索システム | 大学病院医療情報ネットワーク | NBDC | 280 | 2014-05-13 | > 医療・薬 > 医学 | http://endai.umin.ac.jp/cgi-open-bin/hanyou/lookup/search.cgi?parm=POISON | 検索条件を入力する前にヘッダーの「中毒情報」や「中毒情報検索（商品分類一覧）」を参照し、原因商品の分類やタイトルを確認して検索すると効率がよい。医薬品に関する情報だけに留まらず、家庭用品に至るまで身近なものに対し広範囲に網羅しています。 | |
| 中毒情報データベース | 日本中毒情報センター | NBDC | 246 | 2015-10-08 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.j-poison-ic.or.jp/tebiki20121001.nsf/662d8f6e7779254e49256735000fc2db/0f4c0ec4feb966204925675b0003ad8e?OpenDocument | 家庭用品、自然毒による急性中毒に関する毒性や症状、処置などの情報が掲載されているデータベースです。保健師、薬剤師、看護師などの医療従事者が市民に対応することを想定し、作成されています。 | |
| 人工知能研究センター デジタルヒューマン研究チーム 公開データ | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 | NBDC | 10 | 2024-01-27 | > 文献 | https://www.airc.aist.go.jp/dhrt/dhdb.html | 産総研 デジタルヒューマン研究センター／デジタルヒューマン工学研究センター／人間情報研究部門 デジタルヒューマン研究グループにおいて作成、公開されていた「AIST人体寸法・形状データベース」のデータ公開サイトです。人の歩行、人体寸法・形状、成人男性骨格形状、頭部寸法、手の寸法など各種の計測データベースのほか、人体機械的特性に関する既出文献を見やすく整理した人体特性文献データベースや、乳幼児の人体寸法計測に関する調査報告、人体寸法項目ID (ICAM : Identification Code of Anthropometric Measurements) についての提案なども収録しています。ダウンロードデータを入手する場合は個別に問い合わせる必要があります。 | |
| 伝統医薬データベース | 富山大学 和漢医薬学総合研究所 | NBDC | 11984 | 2023-08-27 | > 医療・薬 > 薬学 | http://dentomed.u-toyama.ac.jp/ | 生薬や漢方薬、および生薬に含有される化合物についての各種情報をDataBaseとして公開しています。 本邦で用いられている生薬の学術情報や本草学的情報、漢方薬の構成生薬や適応疾患・古典の記載・学術文献、 疾患別頻用漢方薬の漢方医学的分類をみることが出来ます。 また、基礎実験による生薬や漢方薬・生薬含有化合物の化学分析結果と生物活性試験結果も公開しています。 | |
| 侵入生物データベース (Invasive Species of Japan) | 独立行政法人国立環境研究所 | 447 | 2023-04-09 | > 農学・環境 > 環境 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://www.nies.go.jp/biodiversity/invasive/index.html | 侵入生物の基本情報、侵入情報、法的扱い、移入元、影響、写真を提供するデータベースです。対象は、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、昆虫類、その他の無脊椎動物、維管束植物です。 | ||
| 保有糸状菌株リスト | 独立行政法人酒類総合研究所 | NBDC | 301 | 2024-01-06 | > 細胞・組織 | http://www.nrib.go.jp/data/asp/strain.html | 酒類総合研究所で維持管理されている麹菌株のリストです。シャーレで培養された状態の写真や、顕微鏡写真、菌の形質などの情報があり、学術目的の場合、遺伝子資源分与願を提出すれば分譲を受けることができます。 | |
| 健康食品の安全性・有効性情報の基礎知識 | 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 | 31 | 2016/05/26 | > 食品・栄養 | https://hfnet.nih.go.jp/contents/index2.html | 健康食品(一般に「健康の保持増進に資する食品として販売・利用されるもの」)に関する基礎知識をまとめています。 | ||
| 免疫組織データベースいむーの | 神戸大学 | NBDC | 385 | 2023-02-03 | > 細胞・組織 > 医療・薬 > 医学 |
http://immuno2.med.kobe-u.ac.jp/ | 「いむーの」は病理診断、各種染色法などのナレッジデータベースです。神戸大学病院病理部が中心になり、運営しています。 | |
| 内科診断検査アクセス | 北里大学 医学部 | NBDC | 341 | 2012-12-26 | > 医療・薬 > 医学 | http://bme.ahs.kitasato-u.ac.jp:8080/docs/qrs/imd/index.html | 本システムは電子教科書の将来像を探るため、「内科診断検査アクセス: 日本医事新報社(1989.5.20.)」を電子化したものです。症候編、疾患編、臨床検査編の3部構成です。 | |
| 写真で見る外来雑草 | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構動物衛生研究所 | NBDC | 192 | 2010-03-17 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://nilgs.naro.affrc.go.jp/db/weedlist/title.html | 全国の飼料畑等で外来雑草が増大しています。種類が多く、見分けが問題となります。本データベースは現在問題視されている種類にしぼって刊行された「写真で見る外来雑草」（畜産技術協会編）を元に作製しました。 | |
| 写真で見る家畜の有毒植物と中毒 | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構動物衛生研究所 | 56 | 2022-11-06 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://niah.naro.affrc.go.jp/disease/poisoning/plants/index.html | 家畜の有毒植物について、基本情報、写真、有毒成分、中毒症状、病理所見、文献情報を提供しています。 | ||
| 分子プローブライブラリー | 独立行政法人放射線医学総合研究所 | NBDC | 91 | 2015-03-10 | > 用語解説 > 医療・薬 > 医学 |
http://www.nirs.go.jp/research/division/mic/db/ | 放射線医学総合研究所において実際に製造、利用できるPETプローブのデータベースです。検索画面または一覧からプローブを探すことができます。 | |
| 副作用情報データベース-動物医薬品検査所 | 農林水産省 動物医薬品検査所 | 5266 | 2024-01-11 | > 医療・薬 > 薬学 > 農学・環境 > 獣医・畜産 |
http://www.nval.go.jp/asp/se_search.asp | 過去に報告された動物用医薬品副作用情報を収集したデータベースです。最新報告、報告年月日、品名、主成分名、生物学的製剤名で検索できます。 | ||
| 動物用医薬品データベース | 農林水産省 動物医薬品検査所 | NBDC | 11444 | 2020-02-20 | > 医療・薬 > 薬学 > 農学・環境 > 獣医・畜産 |
http://www.nval.go.jp/asp/asp_dbDR_idx.asp | 動物用医薬品の詳細情報を収集したデータベースです。商品名、販売社名、主成分、対象動物、薬効分類から検索できます。 | |
| 化学物質の有害性評価書 | 化学物質評価研究機構 | NBDC | 127 | 2015-01-13 | > 文献 | http://www.cerij.or.jp/evaluation_document/hazard_assessment_report.html | 本ページでは製品評価技術基盤機構 (NITE)で公開されている「化学物質有害性評価書」の要点のみを簡潔にまとめた「CERI有害性評価書」を公開しています。原版の簡素化によりすばやくその有害性を俯瞰し、化学物質のリスクを判断するおおよその手がかりを提供します。評価書は化学物質ごとに作成され、水生生物への影響やヒト健康への影響に関する報告が含まれます。CAS番号やPRTR番号、評価物質名称の分類から目的の化学物質の報告書を探すことができます。 | |
| 医学・薬学予稿集全文データベース | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 667641 | 2018-06-21 | > 統合DBプロジェクト > 文献 > 学会要旨 |
http://togodb.dbcls.jp/yokou/ | 科学技術振興機構(JST)のJDreamサービスの「医学・薬学予稿集全文データベース」に搭載されていた学会要旨集のうち、改めて利用許諾をいただいた学会の予稿集を無償で公開しています。 | |
| 医学・薬学予稿集全文データベース[アーカイブデータ] | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 892482 | 2024-03-13 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/yokou/desc.html | 医学・薬学関係の学会や研究会、医師会の年会・大会・集会の予稿集に掲載された記事の書誌情報とスキャン画像のデータベースです。オリジナルは科学技術振興機構(JST)のJDreamIIにおいて公開されていた「医学・薬学予稿集全文データベース」で、JSTでのサービス終了に伴って、公開に許諾をいただいた学会のデータをライフサイエンス統合データベースセンターが継承し、2011年より医学・薬学予稿集全文データベース検索サービス(http://togodb.dbcls.jp/yokou)として公開していたものです。ほとんどの予稿集は紙の冊子として学会の会員向けに限定数発行されるもので、閲覧できる図書館は非常に限られています。本データベースにより会員以外の方がインターネット閲覧することが可能になりました。タイトルや発表者名による検索の他、本文に関連するキーワードによる検索も可能です。 | |
| 医師法 | 総務省 | 8 | 2014-06-25 | > 用語解説 > 医療・薬 > 医学 |
http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S23/S23HO201.html | 医師全般の職務・資格などを規定する法律。 | ||
| 医用細胞資源センター | 東北大学 加齢医学研究所 | NBDC | 350 | 2024-03-02 | > 細胞・組織 > 医療・薬 > 医学 |
http://www2.idac.tohoku.ac.jp/dep/ccr/index.html | 東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センターは、国立大学の中で唯一の癌細胞バンクであり、国内外の研究者に多数の細胞株を供給しています。種々のヒト癌細胞、正常細胞、動物腫瘍細胞、正常機能保持細胞、単クローン抗体産生ハイブリドーマ細胞の新たな細胞株の樹立開発するとともに、貴重な細胞の収集に努め、細胞保存、供給、品質管理、データベース構築、インターネット公開を行っています。本ページでは、保有細胞のカタログが掲載されているほか、細胞供給依頼書や同意書などの書式も用意されています。 | |
| 医療情報サービスMINDS | 財団法人日本医療機能評価機構 | NBDC | 41746 | 2023-06-18 | > 医療・薬 > 医学 | http://minds.jcqhc.or.jp/ | 本医療情報サービスの目標は、医療者と患者が、充分に科学的合理性が高いと考えられる診療方法の選択肢について情報を共有し、患者の希望・信条や、医療者としての倫理性、社会的な制約条件等も考慮して、医療者と患者の合意の上で、最善の診療方法を選択できるように、情報面からの支援をするものです。 | |
| 医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律 | 総務省 | 17 | 2014-06-25 | > 用語解説 > 医療・薬 > 薬学 |
http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S35/S35HO145.html | 日本における医薬品、医薬部外品、化粧品及び医療機器に関する運用などを定めた法律。 | ||
| 医薬品情報データベース | 一般財団法人日本医薬情報センター ¶ | 24600 | 2014-06-25 | > 医療・薬 > 薬学 | http://database.japic.or.jp/ctrl/attDocsList | JAPICが提供する国内外の医薬品情報に関するデータベースです。 | ||
| 医薬品情報データベース臨床試験情報 | 一般財団法人日本医薬情報センター | 5203 | 2014-06-25 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.clinicaltrials.jp/user/cteSearch.jsp | 本データベースは臨床試験（治験および非治験）に関する情報公開を目的とし、医薬品（試験薬剤）等を用いた臨床試験（治験および非治験）を登録したデータベースです。 | ||
| 南半球の魚図鑑 | 独立行政法人水産総合研究センター | NBDC | 869 | 2024-03-03 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://jamarc.fra.affrc.go.jp/database/zukan/list/search.htm | （独）水産総合研究センター開発調査センターが発行した魚類図鑑のうち、絶版 (完売)となった３種の図鑑に掲載されている全869種をデジタル化し全文掲載（和英併記）しています。【1.パタゴニア海域の重要水族、2.スリナム･ギアナ沖の魚類、3.スリナム・ギアナ沖の甲殻類および軟体類】 | |
| 博物図譜データベース | 独立行政法人国立文化財機構 東京国立博物館 | NBDC | 33973 | 2024-02-13 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://webarchives.tnm.jp/infolib/meta_pub/G0000002070723ZF | 東京国立博物館が所蔵する本格的な博物図譜を電子化したデータベースです。江戸時代に編纂された岩崎灌園著「本草図譜」、「本草図説」、堀田正敦編「禽譜」、武蔵石壽編「目八譜」、馬場大助著「舶上画譜」をはじめ、東京国立博物館の前身である明治時代の博物局が編纂した「博物館図譜」と称する「博物館禽譜」、「博物館獣譜」、「博物館蟲譜」、「博物館介譜」や、植物を対象とした「植物集説」、「農作物・果樹類図」などのすべてのページが画像として納められています。これらの資料は、関根雲停・服部雪斎・中島仰山といった、個性あふれる画家たちによって描かれた緻密な動植物図を多数含んでおり、画像データに加えて、図の名称や、産地・方言・日付・画家などの注記も項目ごとにデータ化しています。 | |
| 原生生物情報サーバ | 調査中 | NBDC | 640 | 2022-09-03 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://protist.i.hosei.ac.jp/index-J.html | 原生生物とその他の微生物の画像（静止画 81037枚，内訳：総計 765属， 3203種， 15434サンプル，および，動画 2261 クリップ，淡水産が主）と関連情報を提供しています。 | |
| 国立がん研究センターがん情報サービス | 国立研究開発法人国立がん研究センター | NBDC | 57 | 2019-03-05 | > 医療・薬 > 医学 | https://ganjoho.jp/public/cancer/index.html | 各種がんの解説（基礎知識、検査、治療、療養）について、ご覧いただけます。 | |
| 国立健康・栄養研究所 産学連携提案テーマデータベース | 独立行政法人国立健康・栄養研究所 | NBDC | 7 | 2016-10-27 | > 文献 | http://www.nutritio.net/sangaku/list.htm | 国立健康・栄養研究所の最新の成果の概要と、それに基づく発展的な研究テーマについてのデータベースです。産学連携で研究成果の具体化や発展化に共同で取りくむことを考えている企業及び団体や、共同研究を希望する研究者に対して情報を提供することを目的としています。具体的には、特許、意匠登録、実用新案、商標登録、著作権などの実績に関する情報を提供しています。 | |
| 国立循環器病研究センター 研究 | 国立研究開発法人国立循環器病研究センター | NBDC | 65 | 2019-03-05 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.ncvc.go.jp/hospital/section/ | 国立循環器病研究センター病院において、対象としている疾患概要と治療法について、ご覧いただけます。 | |
| 国際化学物質安全性カード(ICSC) | 国立医薬品食品衛生研究所(NIHS) | 1636 | 2014-06-25 | > 用語解説 | http://www.nihs.go.jp/ICSC/ | ICSCは、化学物質を扱う労働者など化学や毒性の専門家でない人々を対象に化学物質の健康や安全に関する重要な情報を簡潔にまとめたものです。国際的に認められた専門家達が健康や安全性に関する情報を収集、検証し、詳細に検討しています。化学物質の名称、 ICSC番号、CAS登録番号で検索できます。また、50音順、ICSS番号順、アルファベット順のリストも掲載されています。 | ||
| 国際基準に基づく小奇形アトラス | 日本小児遺伝学会 | 21 | 2015-02-27 | > 医療・薬 > 医学 | https://plaza.umin.ac.jp/p-genet/atlas/ | 国際基準に基づく小奇形アトラスは、奇形徴候の記載法に関する国際的なコンセンサスに基づき、頭蓋顔面の形態異常と四肢の形態異常 （頭部・眼囲・外耳・鼻・口囲・手足） の用語と定義や写真が掲載された解説集です。このサイトでは、日本小児遺伝学会の有志により日本語に翻訳された内容が公開されています。 | ||
| 学会名鑑 | 独立行政法人科学技術振興機構 | NBDC | 430 | 2013-03-21 | > 用語解説 | http://gakkai.jst.go.jp/gakkai/control/toppage.jsp | 学会名鑑は日本学術会議の活動に協力する「協力学術研究団体」を中心に、国内の主要学術団体の各種データを収録しています。財団法人日本学術協力財団が冊子媒体で発行していた『学会名鑑2007～9年版』をもとに約2,100の学会に対して調査を行い、日本学術会議、独立行政法人科学技術振興機構（JST）及び財団法人日本学術協力財団が協力してその内容をデータベース化しました。本データベースでは、分野や50音別によるレコードの絞り込み、また詳細検索を利用したキーワード検索が可能です。 | |
| 学名（ラテン語）と他言語での種名の対応 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 97204 | 2024-03-29 | > 用語解説 | http://togodb.org/db/species_names_latin_vs_localname_v2 | ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)では生物種名や学術用語などの生物学関連の用語の整備を行っています。具体的には、個々の概念がそれぞれの出典においてどのような用語で記載されているのかを調査し用語を対応づけたメタ用語集の作成、メタ用語集をもとに日本語と英語やラテン語等の表現を対応づけた翻訳テーブル、さらに遺伝子名、解剖学用語及び施設名称のシソーラスやオントロジーの構築を進めています。本サイトでは構築された各用語集の説明や概要版の閲覧、及びファイルのダウンロードが可能です。" | ||
| 学術用語の日本語と英語の対応 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 150592 | 2024-01-27 | > 用語解説 | http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=dic | ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)では生物種名や学術用語などの生物学関連の用語の整備を行っています。具体的には、個々の概念がそれぞれの出典においてどのような用語で記載されているのかを調査し用語を対応づけたメタ用語集の作成、メタ用語集をもとに日本語と英語やラテン語等の表現を対応づけた翻訳テーブル、さらに遺伝子名、解剖学用語及び施設名称のシソーラスやオントロジーの構築を進めています。本サイトでは構築された各用語集の説明や概要版の閲覧、及びファイルのダウンロードが可能です。 | |
| 実験動物研究資源バンク | 独立行政法人医薬基盤研究所 | 219 | 2005-2012 | 2012-02-29 | > 細胞・組織 | http://animal.nibio.go.jp/ | ヒト疾患モデルマウス（ライソゾーム病モデル、生活習慣病モデル、ネフローゼモデル、心筋症モデルなど）を収集し、提供しています。25 疾患・評価系に関連する、144系統のマウスの情報があります。さらに、マウス凍結胚・凍結精子による保護預かりサービスなど、実験動物を利用する研究者のサポートも行っています。 | |
| 家畜の監視伝染病 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構動物衛生研究所 | NIAS | 99 | 2008 | 2012-03-01 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 | http://niah.naro.affrc.go.jp/disease/fact/kansi.html | 家畜伝染病と届出伝染病について、原因、疫学、臨床症状、病理学的変化、病原学的検査、抗体検査、予防・治療、発生情報、参考文献を調べることができます。 |
| 家畜疾病図鑑Web | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 44 | 2024-01-20 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 | http://www.naro.affrc.go.jp/org/niah/disease_dictionary/index.html | 家畜疾病の特徴と対策をまとめたデータベースです。ウシ、ウマ、めん羊、ヤギ、豚・イノシシ、家禽の疾病について、罹患動物の種類、特徴と対策が収録されています。法定伝染病や届出伝染病の区別も記載されています。家畜別、病因別 （ウィルス、プリオン、細菌など） などのリストから検索が可能です。 | |
| 富山大学薬学部附属薬用植物園 薬用植物データベース | 富山大学 薬学部 | NBDC | 2017 | 2020-01-07 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.u-toyama.plant-database.jp/search.phtml | 富山大学薬学部附属薬用植物園で栽培されている植物をはじめ、多方面から収集、蓄積された薬用植物に関連する情報を収録しています。各植物の写真と学名、和名、薬用部位等が閲覧できます。和名、学名、生薬名、薬用部位、キーワードでの検索が可能です。 | |
| 小児慢性特定疾病情報センター | 小児慢性特定疾病情報センター | NBDC | 816 | 2019-03-05 | > 医療・薬 > 医学 | https://www.shouman.jp/disease/search/group/ | 小児慢性特定疾病に関する診断の手引きと疾患概要がご覧いただけます。 | |
| 山階鳥類研究所標本データベース | 公益財団法人 山階鳥類研究所 | NBDC | 74741 | 2024-02-01 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://decochan.net/index.php?p=1 | 山階鳥類研究所標本データベースは、山階鳥類研究所所蔵の剥製・骨格・卵・巣・液浸など約6万9千点の鳥類標本およびそれに付けられているラベルの画像と情報を検索・閲覧できるデータベースです。キーワード検索の他、分類体系、地域から検索をすることも可能です。 | |
| 希少疾病用医薬品・希少疾病用医療機器 | 医薬基盤研究所 | 351 | 2012-11-14 | 2013-02-28 | > 医療・薬 > 医学 > 医療・薬 > 薬学 |
http://www.nibio.go.jp/orphan/index.html | 国内の患者数が５万人未満の重篤な疾病の治療に必要な医薬品や医療機器を一覧にして提供しています。 | |
| 広島大学デジタル自然史博物館（コケ植物用語集） | 広島大学 | NBDC | 2 | 2024-01-27 | > 用語解説 | http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/ | 広島大学が保有する植物、動物、化石、岩石、鉱物などの学術標本資料や、生物教材を閲覧できます。「植物」では、広島大学の植物学研究を特色づけたコケ植物に関する様々な情報や標本、文献データベースを提供しています。「動物」では、瀬戸内の海産プランクトンや魚、水生昆虫を紹介しています。また、広島大学が世界に誇るカエルの系統維持と研究成果を紹介しています。「化石、岩石、鉱物」では、岩石と鉱物の分類を、美しい画像と分かりやすい解説で紹介しています。日野化石コレクションも画像付きで提供しています。「生物教材」では、教育現場に直結した広島大学オリジナルの生物画像や映像を提供しています。 | |
| 広島大学デジタル自然史博物館（公開維持系統データベース） | 広島大学 | NBDC | 57 | 2019-12-03 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/ | 広島大学が保有する植物、動物、化石、岩石、鉱物などの学術標本資料や、生物教材を閲覧できます。「植物」では、広島大学の植物学研究を特色づけたコケ植物に関する様々な情報や標本、文献データベースを提供しています。「動物」では、瀬戸内の海産プランクトンや魚、水生昆虫を紹介しています。また、広島大学が世界に誇るカエルの系統維持と研究成果を紹介しています。「化石、岩石、鉱物」では、岩石と鉱物の分類を、美しい画像と分かりやすい解説で紹介しています。日野化石コレクションも画像付きで提供しています。「生物教材」では、教育現場に直結した広島大学オリジナルの生物画像や映像を提供しています。 | |
| 広島大学デジタル自然史博物館（広島大学所蔵コケ標本データベース） | 広島大学 | NBDC | 1163 | 2024-01-27 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/ | 広島大学が保有する植物、動物、化石、岩石、鉱物などの学術標本資料や、生物教材を閲覧できます。「植物」では、広島大学の植物学研究を特色づけたコケ植物に関する様々な情報や標本、文献データベースを提供しています。「動物」では、瀬戸内の海産プランクトンや魚、水生昆虫を紹介しています。また、広島大学が世界に誇るカエルの系統維持と研究成果を紹介しています。「化石、岩石、鉱物」では、岩石と鉱物の分類を、美しい画像と分かりやすい解説で紹介しています。日野化石コレクションも画像付きで提供しています。「生物教材」では、教育現場に直結した広島大学オリジナルの生物画像や映像を提供しています。 | |
| 府大キャンパス デジタル樹木図鑑 | 大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻 | NBDC | 198 | 2020-06-23 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www2.envi.osakafu-u.ac.jp/lconsenv/http/html_docs/database/main.html | 大阪府立大学のキャンパスに生育する200種以上の樹木を紹介しています。種名・科名・花やたねおよび風景の写真から樹木の検索ができます。 | |
| 循環器トライアルデータベース | ライフサイエンス出版株式会社 | NBDC | 1734 | 2023-02-03 | > 医療・薬 > 医学 | http://circ.ebm-library.jp/trial/index_top.html | 循環器疾患を対象とした、主要な大規模臨床試験，疫学研究を収録するデータベースです。主要ジャーナルに論文掲載されたトライアルに、循環器関連の主要学会において発表されたものを追加して、目的、期間、対象などを収録しています。トライアル名、疾患分類、薬効分類、薬剤名、治療法およびキーワードによる検索が可能です。 | |
| 循環器疾患データベース | 日本心臓財団 | NBDC | 225 | 2024-02-17 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.jhf.or.jp/ | 循環器疾患に関する統計データ （患者数、死亡率、医療施設数等）とそれらに関する概要や提言をまとめたデータベースです。 | |
| 微生物の迅速同定 | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター | NBDC | 24 | 2024-03-02 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | https://www.nite.go.jp/nbrc/industry/maldi/index.html | MALDI-TOF MS （マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析計）を用いた微生物の迅速同定（フィンガープリント法）において比較参照とするマススペクトルデータライブラリーのリスト、微生物情報、プロトコルをまとめています。NBRCが提供している微生物を中心に、環境汚染物質分解機能を有する菌群および食品産業に重要な菌群と、それらと区別しづらい日和見感染菌について収録しています。 | |
| 微生物有害情報リスト | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 | NBDC | 3 | 2024-02-20 | > 文献 | https://www.nite.go.jp/nbrc/list/risk/ | 微生物（細菌、真菌）の危険度／有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化したリストです。各微生物のバイオセーフティーレベル（BSL）分類や国内法規制の適用の有無などの情報を、学名（旧名、異名を含む）から検索することが可能です。Web版の他に、ダウンロード可能なExcel版が搭載されています。 | |
| 微生物系統保存施設 | 独立行政法人国立環境研究所 | NBDC | 2458 | 2024-02-25 | > 細胞・組織 | http://mcc.nies.go.jp/ | 独立行政法人国立環境研究所 微生物系統保存施設では、シアノバクテリア、真核微細藻類、原生動物、絶滅危惧藻類の系統保存と分譲を行っています。また環境問題やその他の研究に重要とされる培養株の寄託の受け入れも行っています。 保存株は各種キーワードや分類別リストから検索が可能で、詳細情報は画像付きで公開しています。目的の株および一部の培地をオンラインで注文することができます。その他、文献検索も可能です。 | |
| 感染症の情報 （疾患名で探す） | 国立感染症研究所 | 586 | 2014-06-25 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.nih.go.jp/niid/ja/diseases/ | 感染症の情報を疾患名から検索できるデータベースです。感染症の基本情報から、最新の疫学情報を世界保健機構（WTO）、 アメリカ合衆国・疾病対策センター（CDC）、国際獣疫事務局（OIE）などから邦訳も含めて得ることができます。 | ||
| 感染症の情報（感染源や特徴で探す） | 国立感染症研究所 | 613 | 2014-06-25 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.nih.go.jp/niid/ja/route.html | 感染症の情報を感染源や特徴から検索できるデータベースです。感染源や特徴から含まれる疾患を特定し、その疾患の臨床症状、検査と診断法やサーベイランスを調べることができます。 | ||
| 感染症流行予測調査 | 国立感染症研究所 | 717 | 2014-06-25 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.nih.go.jp/niid/ja/rubella-nesvpd.html | 感染症の流行予測の調査をまとめたサイトです。感染症ごとの集団の抗体保有状況や予防接種状況を調査結果や、各種の疫学資料と合わせて検討し予防接種事業の効果的な運用や疾病の流行を予測することを目的としています。報告は報告書やグラフの形式で得られます。予防接種に関する情報も、法やガイドラインから、Q&Aや予防接種スケジュールを閲覧することができます。 | ||
| 感染症発生動向調査 | 国立感染症研究所 | 1172 | 2014-06-25 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.nih.go.jp/niid/ja/idwr.html | 感染症法（平成11年施行）に規定された疾患の患者の発生動向を調査、集計したサイトです。最近の注目すべき感染症情報や病原体情報、海外感染症情報、個々の感染症の概要や週別、月別に過去10年間の比較グラフを閲覧することができます。 | ||
| 抗体医薬品データベース[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター | NBDC | 171 | 2017-06-13 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/antibody-drug/desc.html | バイオ医薬品として知られる抗体医薬品に着眼し、承認薬や臨床試験における第I相試験（フェーズ I）から第III相試験（フェーズ III）の3段階の治験段階の情報を表示し、データベースとしてまとめた。現在開発中の抗体医薬品を含め、主な適応疾患ターゲットタンパク質や適応疾患と関連するパスウェイ情報をまとめている。また抗体医薬品とDrugBankやPDBデータとのＩＤ連携を可能としている。 | |
| 抗菌薬インターネットブック | 株式会社ミップ | NBDC | 118 | 2024-01-06 | > 用語解説 | http://www.antibiotic-books.jp/ | 抗菌薬インターネットブックは、国内の主要な抗菌薬の情報を検索・閲覧できる、医療関係者向けのサイトです。抗細菌剤を中心に約１２０の薬剤を収載しており、「薬剤名検索」「薬剤特性検索」「菌名検索」を行うことが出来ます。約92属230種の細菌・真菌の情報も掲載しており、菌別に薬剤の感受性を確認することができます。データについては愛知県がんセンター、帝京大学溝口病院、埼玉医科大学の３名の先生による監修が行なわれています。 | |
| 担子菌類遺伝子資源データベース | 京都大学生存圏研究所 | NBDC | 135 | 2024-01-13 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://database.rish.kyoto-u.ac.jp/arch/basidio/ | 京都大学生存圏研究所が保有する木材腐朽性担子菌類の乾燥子実体標本および生体菌株のデータベースです。乾燥子実体標本については標本情報と書誌情報を、生体菌株については遺伝子情報に関するデータを収録しています。学名や和名による検索、一覧が利用できます。 | |
| 指定難病 | 厚生労働省 | 300 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000084783.html | 指定難病の概要、症状、治療法、診断基準等の情報を難病別に閲覧できます。臨床調査個人票のダウンロードもできます。 | |||
| 文科省「ゲノム特定領域」年次報告書 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 564 | 2010-10-01 | > 文献 | http://togodb.dbcls.jp/genome_sci_ryouiki1/ | 2005年-2009年に実施された文部科学省ゲノム特定領域の年次報告書及び最終報告書のPDFをダウンロードして閲覧できます。また2000年?2004年に実施された旧ゲノム特定領域の最終報告書のリストも同様に閲覧可能です。 | |
| 文科省「旧ゲノム特定領域」最終報告書 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 610 | 2010-03-17 | > 文献 | http://togodb.dbcls.jp/genome_sci_ryouiki1/ | 2005年?2009年に実施された文部科学省ゲノム特定領域の年次報告書及び最終報告書のPDFをダウンロードして閲覧できます。また2000年?2004年に実施された旧ゲノム特定領域の最終報告書のリストも同様に閲覧可能です。 | |
| 文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ 研究成果情報 | 文科省科研費ゲノム4領域特定領域「ゲノム」 | NBDC | 4520 | 2014-08-05 | > 文献 | https://www.genome-sci.jp/tokutei2005/modules/g4_paper2/ | 文部科学省は、5年単位プロジェクトの4代目として、2005年4月に「特定領域研究ゲノム」をスタートさせました。このプロジェクトの研究成果情報を、カテゴリ、期間、領域、受付番号、氏名、キーワードで検索することができます。 | |
| 新品種の紹介 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 25 | 2024-02-02 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://www.naro.affrc.go.jp/nics/webpage_contents/new_kind/index.html | 農研機構作物研究所が育成した作物新品種の一覧です。イネ、小麦、大麦、大豆、かんしょ、アマランサス、ごまの新品種について、品種名、品種登録年月、交配組み合わせと品種の特性が収録されています。また、それぞれの品種について食味、病害虫耐性、外観などの特長をまとめたパンフレットもご覧になれます。種子の入手先リストも公開されています。 | |
| 施設名辞書[アーカイブデータ] | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 1625 | 2011-03-10 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/lsdb-instdic/desc.html | 施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書 | |
| 既存化学物質毒性データベース (Japan Existing Chemical Data Base) | 厚生労働省 国立医薬品食品衛生研究所 | 1207 | 2023-10-15 | > 医療・薬 > 薬学 | http://dra4.nihs.go.jp/mhlw_data/jsp/SearchPage.jsp | 化学物質の毒性試験報告書を公開しています。化学物質名一覧やCAS番号、毒性試験の種類から検索することができます。 | ||
| 日化辞 InChI対応表[アーカイブデータ] | 独立行政法人 科学技術振興機構 | NBDC | 3229758 | 2015-09-03 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/nikkaji-inchi-mapping/desc.html | 日本最大級の化合物データベースである日本化学物質辞書（日化辞）の化合物IDのInChIおよびInChIKeyの対応データです。InChIやInChIKeyは、国際純正・応用化学連合(IUPAC)などがその標準化と普及を目指している誰でもフリーで使用できる化合物の記述方法。InChIやInChIKeyをキーとすることで、化合物データベースの化合物ID間のマッピングが容易になります。 | |
| 日本で維持されている可移植性腫瘍株一覧表 | 東北大学 加齢医学研究所 | NBDC | 92 | 2024-02-28 | > 細胞・組織 | http://www.idac.tohoku.ac.jp/dep/ccr/JAPAN-2/Ichiran.html | この一覧表は、全国の研究者にアンケートを送って移植腫瘍の情報を収集し、まとめたものです。1,002株の情報が収められています。 | |
| 日本の有藻性イシサンゴ類 | 国立研究開発法人国立環境研究所 | NBDC | 176 | 2024-03-09 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.nies.go.jp/tanegashima/sango_db/profile.cgi | 鹿児島県種子島を中心として記録された有藻性イシサンゴ類のデータベースです。学名、和名、生時・骨格についての写真や形態的特徴のほか、生息環境や国内での分布状況を収録しています。また、再検討が必要な分類学的問題点についての解説も記載しています。キーワード検索や属名での絞り込みが可能です。 | |
| 日本の生命科学データベース政策 | DBCLS | NBDC | 153 | 2013-01-31 | > 統合DBプロジェクト | http://lifesciencedb.jp/sciencepolicy/ | 日本の生命科学データベース政策の会議・報告等を時系列にまとめています。 | |
| 日本国特許(平成16年_2004年) | 特許庁 | NBDC | 10698 | 2004 | 2010-03-17 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成17年_2005年) | 特許庁 | NBDC | 21630 | 2005 | 2010-03-17 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成18年_2006年) | 特許庁 | NBDC | 30274 | 2006 | 2010-03-17 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成19年_2007年) | 特許庁 | NBDC | 35314 | 2007 | 2010-03-17 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成20年_2008年) | 特許庁 | NBDC | 37937 | 2008 | 2010-03-17 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成21年_2009年) | 特許庁 | NBDC | 45740 | 2009 | 2011-11-11 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成22年_2010年) | 特許庁 | NBDC | 41659 | 2010 | 2011-11-11 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成23年_2011年) | 特許庁 | NBDC | 43757 | 2011 | 2012-02-07 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成24年_2012年) | 特許庁 | NBDC | 45913 | 2012 | 2013-01-08 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成25年_2013年) | 特許庁 | NBDC | 48512 | 2013 | 2014-01-22 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成26年_2014年) | 特許庁 | NBDC | 46585 | 2014 | 2015-01-09 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本国特許(平成27年_2015年) | 特許庁 | NBDC | 42781 | 2015 | 2016-02-10 | > 特許関連文書 > 日本国特許 | http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdl | 特許電子図書館（IPDL：Industrial Property Digital Library ）の提供特許電子図書館では、明治以来発行されている約8,040万件の特許・実用新案・意匠・商標の公報類及び関連情報とその検索システムを提供しています。生命科学データベース横断検索システムではそのうち生命情報に関連する、以下のIPC分類に属するものを収録しています。A61K, A61P, C07C, C07D, C07H, C07K,C12, G01N |
| 日本核医学会学会誌 | 一般社団法人日本核医学会 | NBDC | 17474 | 2024-03-13 | > 文献 | http://www.jsnm.org/paper/overview | 日本核医学会の機関誌として、年4回発行している和文誌「核医学」と、年10回発行している英文誌「Annals of Nuclear Medicine」のサイトです。「核医学」のオンラインでの閲覧は会員専用サイトへのログインが必要です。「Annals of Nuclear Medicine」はログインなしでFull textが閲覧できます。 | |
| 日本植物病名データベース | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 12247 | 2024-02-10 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://www.gene.affrc.go.jp/databases-micro_pl_diseases.php | 日本植物病理学会編集の日本植物病名目録に記載された情報を、同学会の許可を得て転載したデータベースです。宿主の索引から検索することも可能です。 | |
| 日本生物物理学会大会発表要旨 | 日本生物物理学会 | NBDC | 9421 | 2000/09-2008/12 | 2024-03-29 | > 学会要旨 | https://endai.umin.ac.jp/cgi-open-bin/hanyou/lookup/search.cgi?parm=tougou&condtion=A00038&history=0 | 生命現象の解明は、自然科学における究極の目的の一つです。物理の手法と生物科学との融合により、この目標に対して新しい研究が爆発的に広がり、問題の解明に飛躍的な進歩をもたらそうとしています。この機運にこたえて、日本生物物理学会は、これに寄与しうるあらゆる分野の研究者の積極的協力体制を確立し、その知識、方法、技術を意識的に融合する場となり、新しい生命科学の育成発展を促進し、生命現象の基本的理解を目指す堅実な土壌を育てています。 |
| 日本産カミキリムシ画像データベース | 国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所 | NBDC | 117 | 2020-02-06 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://db.ffpri.affrc.go.jp/longicorn_jp/index.html | 国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所に保管されている日本産カミキリムシの標本を画像化したデータベースです。標本の写真と和名、学名、雌雄、採集地や採集日などの情報が収録されています。和名、属名、種小名や科名・亜科名、採集地による検索が可能です。 | |
| 日本産絶滅危惧植物のグローバルレッドリスト | 国立科学博物館 | NBDC | 173 | 2024-01-13 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://www.kahaku.go.jp/research/db/botany/redlist/index.html | 日本の絶滅危惧維管束植物（環境省 2012）について、周辺地域となる中国、韓国、台湾、ロシア東部における分布と状態（絶滅危惧あるいは非絶滅危惧）を、各国および各地域のレッドリストをもとに作成し公開しています。大分類（門）、科名一覧からレッドリストを見ることができます。 | |
| 日本農芸化学会大会要旨 | 日本農芸化学会 | NBDC | 63553 | 1997/04-2011/03 | 2024-03-13 | > 学会要旨 | http://www.jsbba.or.jp/ | 日本農芸化学会は、農芸化学の進歩を図り、それを通じて科学、技術、文化の発展に寄与することを目的として、1924年に設立された学術団体です。バイオサイエンス・バイオテクノロジーを中心とする多彩な領域の研究者、技術者、学生、団体等によって構成される本学会は、創立70周年を迎えた1994年を契機に、さらに一層の展開を図るべく、国際活動の推進、国際学術集会開催の積極的支援を実現し、実用性と応用性を基盤とする農芸化学の重要性を広く紹介しています。 |
| 昭和薬科大学 薬用植物園 四季の植物紹介 | 昭和薬科大学 | NBDC | 1 | 2024-03-09 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.shoyaku.ac.jp/garden/season/ | 昭和薬科大学薬用植物園で栽培している植物の紹介ページです。各植物について、和名や学名、生薬名、薬用の部位、毒性の有無、花や実、葉、全体の写真が掲載されています。日本薬局方収載生薬の基原植物または日本薬局方外生薬規格収載生薬の基原植物であるかどうかの情報もあります。検索機能はなく、写真のリストから詳細データを閲覧します。 | |
| 有孔虫研究会Database | 茨城工業高等専門学校 | NBDC | 1481 | 2016-04-12 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.foram.jp/ | 日本産有孔虫種の文献と模式標本画像のデータベースです。著者、表題、年代、地域、発表年によって検索できます。また、標本画像は種名、属名、著者、発表年によって検索できます。 | |
| 東アジア伝統医学エビデンスレポート | 日本ハンドサーチ・エレクトロニックサーチ研究会 | NBDC | 3 | 2024-02-03 | > 文献 > 医療・薬 > 医学 |
http://jhes.umin.ac.jp/team.html | 東アジアの伝統医学 （漢方治療、日本鍼灸、あんまマッサージ指圧、韓医学） について、論文を参考にしてエビレンスレポートを作成、まとめたデータベースです。 | |
| 東シナ海・黄海のさかな | 独立行政法人水産総合研究センター | NBDC | 320 | 2015-09-03 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://snf.fra.affrc.go.jp/sakana/index2.html | 西海区水産研究所で1986年に発行した図鑑「東シナ海・黄海のさかな」に掲載された330種のうち、代表的な72種を抜粋して、HP上で図鑑の記述（特徴、分布、成長、生殖、漁獲、利用、地方名など）、ならびに標本写真を閲覧できるようにしています。 | |
| 東京大学医学部生化学教室ラボマニュアル | 東京大学医生化学教室 | NBDC | 95 | 2010-12-27 | > 文献 | http://biochem2.umin.jp/contents/manualindex_j.html | 東京大学医学部生化学教室のラボマニュアル | |
| 東大演習(Ensembl ) | 東京大 | NBDC | 60 | 2007/07-2010/11 | 2011-02-24 | > 文献 | http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~nakatani/ensemblmirror/index.php | Ensembl データベースのミラーを作成する演習資料 |
| 染色体異常をみつけたら－説明 | 日本人類遺伝学会 臨床細胞遺伝学認定士制度委員ワーキンググループ | 93 | 2015-02-27 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.cytogen.jp/index/index.html | 山口大学名誉教授 梶井正医学博士により作成された，染色体異常の報告を受けた医師のための解説サイトです。染色体数の異常，出生前診断等項目別に詳しい解説を参照することが出来ます。 | ||
| 栄養塩・クロロフィルデータベース | 独立行政法人水産総合研究センター | NBDC | 28 | 2024-01-27 | > 農学・環境 > 環境 | http://nrifs.fra.affrc.go.jp/eiyo/index.html | （独）水産総合研究センターが水産研究所観測船を用いて実施した調査により得られた二酸化炭素吸収に関与する植物プランクトンに関連する調査データ（栄養塩、クロロフィル量、水温、塩分など）を収録しています。このデータベースは環境省予算により実施された「太平洋域の人為起源二酸化炭素の海洋吸収量解明に関する研究」により構築されました。 | |
| 核酸医薬品データベース | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 | NBDC | 1 | 2024-03-01 | > 医療・薬 > 薬学 | https://medals.jp/drugnainfo.html | バイオ医薬品として知られる核酸医薬品の臨床情報をまとめたデータベースです。承認薬や臨床試験における第I相試験（フェーズ I）から第III相試験（フェーズ III）の3段階の治験段階の情報を製薬会社や臨床情報サイト（https://clinicaltrials.gov/ 、https://www.clinicaltrialsregister.eu/ ）から収集し、ターゲット疾患や関連タンパク質情報などと合わせて提供しています。 | |
| 核酸医薬品データベース[アーカイブデータ] | 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター | NBDC | 36 | 2020-02-25 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/nucleic-acid-drug/desc.html | バイオ医薬品として知られる核酸医薬品に着眼し、承認薬や臨床試験における第I相試験（フェーズ I）から第III相試験（フェーズ III）の3段階の治験段階の情報を表示し、データベースとしてまとめた。核酸医薬品に関する臨床情報を製薬会社や臨床情報サイト（https://clinicaltrials.gov/, https://www.clinicaltrialsregister.eu/）より取得し、今後の実用化が検討されている核酸医薬品の情報提供（ターゲット疾患や関連タンパク質情報など）を行っている。 | |
| 植物培養細胞カタログ | 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所 | NBDC | 55 | 2023-05-27 | > 細胞・組織 | http://www.brc.riken.jp/lab/epd/plant/c101_search.php | 平成8年度より植物細胞開発銀行が提供をおこなっていた植物培養細胞のカタログです。植物細胞開発銀行の業務は2001年4月より理化学研究所バイオリソースセンターに移管しており、現在では実験植物開発室が行なっています。 | |
| 植物性自然毒データベース | 国立医薬品食品衛生研究所 | NBDC | 6 | 2022-07-07 | > 文献 | http://www.nihs.go.jp/dnfi/Mush.html | 自然毒を持つ有害植物および菌類（きのこ）についてのデータベースです。形態学的な判別が難しく、かつ食中毒事例が多いクサウラベニタケ近縁種やツキヨタケ、イヌサフラン、スイセン、バイケイソウ、チョウセンアサガオ、トリカブトの遺伝子検査法（PCR-RFLP法とReal-time PCR法）を開発し、厚生労働省「自然毒のリスクプロファイル」（https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01688 ）に含まれるデータと合わせて公開しています。中毒統計情報、毒構造とシーケンス、検査・同定法 (RFLP, Real-timePCR) などが収録されています。 | |
| 樹木実生図鑑 | 大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻 | NBDC | 68 | 2020-10-19 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www2.envi.osakafu-u.ac.jp/lconsenv/http/html_docs/Sd-dbase/main.html | 大阪府立大学キャンパスおよび森林、公園、緑化現場などで出現した樹木の実生画像約170種を紹介しています。 | |
| 歯チャンネル88 | 株式会社ファンクション・ティ | NBDC | 146 | 2022-09-10 | > 医療・薬 > 歯学 | http://www.ha-channel-88.com/ | 歯科医師が作った歯科総合情報サイトです。日本の歯科医療をより良くすることを目的としています。 | |
| 毒きのこデータベース | 滋賀大学 | NBDC | 30 | 2010-03-17 | > 食品・栄養 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://www.edu.shiga-u.ac.jp/db/kinoko/ | 日本の毒きのこと中毒の型を分類し、中毒症状の概略と毒成分、きのこの見分け方、治療法を記している。代表的な毒きのこについてはカラ?写真を掲載している。 | |
| 水生生物情報データーベース | 独立行政法人水産総合研究センター | NBDC | 7500 | 2019-03-03 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://aquadb.fra.affrc.go.jp/~aquadb/ | 水生生物各種の概要、NCBIの分類に基づいた分類情報、近縁種情報、文献情報、DNA情報、系統保存情報などが閲覧できます。 | |
| 水産食品の寄生虫検索データベース （D-PAF） | DPAF事務局 | NBDC | 162 | 2024-02-03 | > 生物図鑑・分類 > 分類 | http://fishparasite.fs.a.u-tokyo.ac.jp/ | 魚介類に寄生する寄生虫や異物、およびそれに関連する水産食品の異常について、蓄積された最新データを公開し、一般消費者から水産研究者までが利用可能な正確な専門的知識を提供するデータベースです。水生生物名、症状、寄生虫の種類から検索を行い、結果は写真とともに詳細情報が表示されます。 | |
| 水質浄化に利用可能な植物データベース | 大阪大学 大学院 | NBDC | 45 | 2024-03-09 | > 農学・環境 > 環境 | http://www.see.eng.osaka-u.ac.jp/wb/home/database/index_j.html | 水質浄化能力が研究されている植物の情報を収録したデータベースです。各植物につき、和名や英名、サイズ、バイオマスなどの基本項目、窒素除去速度、リン除去速度、増殖速度などの水質浄化項目、生存温度、適応可能温度などの生息環境項目が掲載されています。検索システムを提供しており、浄化対象水域の環境や浄化方法、植物の大きさや再利用法などの条件を指定した検索が可能です。また植物の和名、学名、英名一覧からの検索もできます。このデータベースにより、研究者と水質浄化施設の設計者、管理者間の情報交換の円滑化、また植物を用いた水質浄化を手軽に広く利用できるようになることが期待されます。 | |
| 浮遊性有孔虫データベース | 国立研究開発法人海洋研究開発機構 地球環境観測研究開発センター | NBDC | 34 | 2019-09-10 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.jamstec.go.jp/res/ress/kimopy/foraminifera/ | 世界の海洋に生息する単細胞の原生動物プランクトン「浮遊性有孔虫」のデータベースです。種の分類や殻、口孔、棘状突起などの形態的特徴の解説に加えて光学顕微鏡画像、電子顕微鏡（SEM）画像、飼育された生体の動画が収録されています。分類インデックスによるブラウズやキーワードによる検索が可能です。 | |
| 海棲哺乳類図鑑 | 国立科学博物館 | NBDC | 101 | 2024-02-24 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://svrsh2.kahaku.go.jp/pictorial_book/ | 海棲哺乳類の画像と、分類や特徴、大きさなどの情報を公開しています。日本国内のストランディング情報も掲載されています。 | |
| 瀬戸内海海藻類標本データベース | 神戸大学 | 228 | 2024-01-17 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.lib.kobe-u.ac.jp/products/algae/index.html | 神戸大学内海域環境教育研究センター（兵庫県津名郡淡路町）に保存されている海藻類標本をデータベース化しました。センターに保存された標本の中から、代表的な標本約529点（228種）の画像と採集情報を公開しています。 | ||
| 熱帯・亜熱帯沿岸生態系データベース: TroCEP | 国立研究開発法人国立環境研究所, 国際マングローブ生態系協会 | NBDC | 7 | 2024-03-16 | > 農学・環境 > 環境 | http://www.nies.go.jp/TroCEP/index.html | 世界のマングローブの分布図とマングローブを構成する植物種リスト、熱帯・亜熱帯沿岸生態系の基礎情報を集約したサイトです。マングローブを構成する植物種は国/地域や種によるソートが可能です。植物種のリスト（全植物種、各地域ごとの植物種）のダウンロードもできます。 | |
| 生命科学系データベースアーカイブメタデータ | 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC | 1323 | 2023-10-25 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/ | 生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管しています。データ説明（メタデータ）を統一して検索を容易にすると共に、 利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです。 | |
| 生命科学系主要プロジェクト一覧 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 91 | 2013-02-28 | > 統合DBプロジェクト | http://togodb.dbcls.jp/lsdb_project/ | 日本国内の主要プロジェクトに関する情報（体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等）を収集したカタログ型のデータです。 | |
| 生命誌ジャーナル | 株式会社生命誌研究館 | NBDC | 366 | 2008-10-22 | > 文献 | http://www.brh.co.jp/seimeishi/ | 生命誌ジャーナルは、JT生命誌研究館が年に4回発行する。カード季刊生命誌と連動した、WEBジャーナルです。内容はトーク、リサーチ、サイエンティスト・ライブラリーの３本立て。巻頭トークでは、中村桂子館長と各界の第一人者による対話を通して生命誌を掘り下げます。続くリサーチでは、生きもの研究から人間の文化までさまざまな分野の研究を通して、さらに創刊から続けているサイエンティスト・ライブラリーでは、人を通して、科学を表現します。3つの主軸から、生きることを大切 にする「知」を探ります。 | |
| 生活関連化合物の遺伝毒性データベース: the MUTANTS | 日本環境変異原学会 | NBDC | 91 | 2023-10-28 | > 用語解説 | http://www.j-ems.org/the-mutants/mo-ishidate/index.html | 天然物を含め、食品や食品添加物、医薬品や医療用品、農薬などのほか、それらの材料として使用されてきた既存の工業用化学物質に対して国内外で行われた変異原性試験の結果を収集したデータベースです。化合物の一般名、別名、主な用途、CAS番号、分子量、化学構造式と代表的な引用文献を収録しています。また、試験法の違い（in vitro 法 あるいは in vivo 法）に分け、結果を定性的並びに定量的に評価した結果の概略も記載しています。化合物名のアルファベット別リストからの検索が可能です。 | |
| 生物アイコン[アーカイブデータ] | バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC | 308 | 2013-04-01 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/taxonomy-icon/desc.html | 細菌から動植物まで200種以上の生物種の画像（アイコン）を収録したデータベースです。ダウンロードしたアイコンを自由に使用・改変することができます。研究のプレゼン資料やホームページのデザインに、また学名などの調べものの用途でも活用できます。 | |
| 生物名の学名と和名の対応 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 89275 | 2024-02-10 | > 用語解説 | http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=dic | ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)では生物種名や学術用語などの生物学関連の用語の整備を行っています。具体的には、個々の概念がそれぞれの出典においてどのような用語で記載されているのかを調査し用語を対応づけたメタ用語集の作成、メタ用語集をもとに日本語と英語やラテン語等の表現を対応づけた翻訳テーブル、さらに遺伝子名、解剖学用語及び施設名称のシソーラスやオントロジーの構築を進めています。本サイトでは構築された各用語集の説明や概要版の閲覧、及びファイルのダウンロードが可能です。 | |
| 生物学的製剤基準 | 国立感染症研究所 | 1 | 2014-06-25 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.nih.go.jp/niid/ja/mrbp.html | 厚生労働省告示に基づき国立感染症研究所検定検査品質保証室で作成した生物学的製剤基準をPDFファイルから閲覧出来ます。医薬品ごとに詳しい製法や試験、貯法などの情報を閲覧出来ます。 | ||
| 産業中毒文献検索 | 独立行政法人労働者健康福祉機構 | NBDC | 34951 | 2023-03-13 | > 文献 | http://www.research12.jp/d_archive/sanchu/ | 産業中毒の研究者向けに産業中毒の症例・論文・学会発表の情報を提供しています。産業中毒、災害医学、産業医学、産業衛生学などの分野の国内学術誌や学会抄録集から産業中毒を中心とするデータを収集しています。 キーワード、刊行形態、発表形式、対象、発表年、データ分野、中毒因子などの条件で検索が行えます。 | |
| 畜産環境文献データベース | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構畜産草地研究所 | NBDC | 12808 | 2022-09-03 | > 文献 > 農学・環境 > 獣医・畜産 |
http://nilgs.naro.affrc.go.jp/db/envr/c_index/index.htm | 畜産環境文献情報データベースは、畜産草地研究所畜産環境分野の研究員が興味を持った文献等を適宜入力してデータベース化し、全文検索（キーワード検索）および文献リストの形で利用できるようにしているものです。畜産環境技術研究所の畜産環境技術情報データベースとも連携しており、全文検索は双方のデータベースを対象に行われます。 | |
| 病原体検出マニュアル | 国立感染症研究所 | 18 | 2014-06-25 | > 文献 > 医療・薬 > 医学 |
http://www.nih.go.jp/niid/ja/labo-manual.html | 感染症法に基づいて感染症の報告がなされる際の検査の標準化のために、国立感染症研究所と全国地方衛生研究所の共同作業で作成された検出マニュアルです。感染症ごとに検出マニュアルをPDFファイルから閲覧出来ます。 | ||
| 病害虫図鑑 | 岡山県農林水産部農産課 | NBDC | 182 | 2024-01-27 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://www.nousou.jp/zukan/ | 作物につく病害虫のデータベースです。病害または病害虫の一般名称、学術名称、罹患作物名、被害と見分け方、予防方法および症状の写真を収録しています。作物名や病害虫の発生部位、キーワードによる検索が可能です。 | |
| 病害虫被害画像データベース | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 280 | 2024-03-21 | > 農学・環境 > 農業・食料 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
https://www.naro.affrc.go.jp/org/niaes/damage/#!index.md | 農作物の病害虫の被害画像を公開するデータベースです。農林水産省戦略的プロジェクト研究推進事業「AIを活用した病害虫診断技術の開発」において収集された、トマト、イチゴ、キュウリ、ナスの病害虫による被害画像や関連する害虫の写真、害虫名を、葉、花、果実、茎などの部位に分けて掲載しています。画像は、「クリエイティブコモンズ 表示 4.0 国際」のライセンスで提供されています。 | |
| 病気の解説 難病情報センター | 公益財団法人 難病医学研究財団 | 130 | 2014-08-04 | > 用語解説 > 医療・薬 > 医学 |
http://www.nanbyou.or.jp/entry/504 | 難病と呼ばれる疾患のうち，厚生労働省が難治性疾患克服研究事業（臨床調査研究分野）の対象としている疾患を中心に解説したページです。 | ||
| 病理コア画像 | 社団法人日本病理学会 | NBDC | 841 | 2024-03-16 | > 細胞・組織 > 医療・薬 > 解剖 |
http://pathology.or.jp/corepictures2010/index.html | 主に医学部学生の自主学習や教員の方の講義の教材として活用してもらうことを目的にしたヒトの病理画像データベースです。日本病理学会教育委員会が中心となって作成されました。２４の臓器等に分類された目次から目的の画像を閲覧することができ、さらに画像を自由にダウンロードすることも可能です (商用利用の際には申請が必要です）。現在は第２版改訂版を公開しています。以前は「病理各論コア画像 (Pathology Core Pictures)」として公開されていました。 | |
| 真菌・放射菌ギャラリー | 千葉大学 真菌医学研究センター | NBDC | 399 | 2024-03-09 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.pf.chiba-u.ac.jp/gallery.html | 本データベースは、ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）の一環として収集、保存、研究された病原性カビ、酵母、キノコおよび病原性放線菌の画像を公開しています。 | |
| 知のアーカイブ | 独立行政法人放射線医学総合研究所 | NBDC | 42 | 2024-01-13 | > 文献 | https://www.nirs.qst.go.jp/db/chi/list.html | 放射線医学総合研究所でこれまでに蓄積されてきた調査研究の成果から、日本社会が直面している環境中の放射能とそれによる健康影響の問題の理解に役立つと思われる内容のものを選びまとめたデータベースです。内容を項目別（線量、影響、リスクなど）に分類し、出来るだけ無加工な状態でデータを公開しています。 | |
| 科学技術用語形態素解析辞書[アーカイブデータ] | バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC | 226617 | 2019-09-09 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/mecab/desc.html | JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義語 (および、語中の全角英数記号を半角化したもの)を、形態素解析エンジンMeCab（http://taku910.github.io/mecab/）のユーザー辞書として使える形にしました。辞書項目はIPA辞書に基づいており、エンコードはUTF-8です。（参考文献の記述と異なり、オリジナルのIPA辞書に基づいています。）なお、辞書中には語の間の関係に関する情報は入っていませんので、この辞書をシソーラスとして利用することはできません。 | |
| 科学新聞記事 | The Science News | NBDC | 182 | 2010-03-17 | > 文献 | http://www.sci-news.co.jp/ | 科学新聞は科学・技術の進歩に寄与し豊かな社会発展に貢献する唯一の専門紙です。科学・技術者等に、常に進歩する科学の方向を示し、科学・技術の進歩に深い関係と関心を持つ人々に最新情報を提供しています。 | |
| 糖尿病トライアルデータベース | ライフサイエンス出版株式会社 | NBDC | 1314 | 2024-03-02 | > 医療・薬 > 医学 | https://www.ebm-library.jp/diabetes/trial/top.html | 糖尿病に関連する大規模臨床試験結果を整理、編集した医療従事者向けのデータベースです。米国医学図書館（NLM）のPubMedより「diabetesを主題とするもの、症例数が1群50例以上のもの、トゥルーエンドポイントを検討しているもの」を主に抽出し、編集委員が厳選したトライアルについて、トライアルの目的，デザイン，試験期間，対象患者，方法，結果，結論に整理して収録しています。該当論文のPubMedアブストラクトへのリンクもあります。トライアル名、使用薬剤（薬剤名・薬効分類）、トライアルの検討項目、フリーワードから検索できます。 | |
| 統合TV | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 2174 | 2024-04-07 | > 統合DBプロジェクト | https://togotv.dbcls.jp/ | 統合TVは、DBCLSが運用するサービスの一つで、生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの動画マニュアルや講演・講義動画、イラスト、講習資料などを紹介するポータルサイトです。 | |
| 統合がんゲノムデータベース | 公益財団法人 がん研究会 | NBDC | 23 | 2009-10 | 2010-04-23 | > ゲノム・遺伝子・RNA > 多型 | http://genomecenter.jfcr.or.jp/genomedb/ | 財団法人癌研究会ゲノムセンターでは、抗がん剤の治療感受性や副作用を規定する遺伝子の同定を効率的に行うための知的基盤を整備するため、 がん患者の一塩基多型（SNP）のジェノタイプ頻度と、薬剤応答性や副作用の情報を統合した「統合がんゲノムデータベース」 を公開しています。SNPのジェノタイプ頻度情報はダウンロード可能です。 |
| 統合医療情報発信サイト（eJIM） | 大阪大学 | NBDC | 200 | 2024-02-16 | > 医療・薬 > 医学 | https://www.ejim.ncgg.go.jp/public/index.html | 近代西洋医学と相補（補完）・代替療法や伝統医療等を組み合わせて行う「統合医療」に関する、エビデンス（根拠）に基づいた情報を発信するサイトです。各種療法についての安全性や有効性に関する情報を、科学的根拠に基づいて作成された海外の公的機関の情報や学術論文などをもとに、文献調査委員会にて評価し掲載しています。ページ上部のGoogleカスタム検索を用いて横断検索が可能です。 | |
| 統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル | 新潟大学 脳研究所 基礎神経科学部門 分子神経生物学分野 | NBDC | 7 | 2014-03-06 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.bri.niigata-u.ac.jp/~molecular/db_A.html | 高感度の放射活性を利用したDNAアレイを利用して、統合失調症の脳3領域における病態遺伝子プロファイルを取得し、約2?3000個の主要な既知遺伝子mRNAの発現変化率とその個人差を解析した結果を公開しています。 | |
| 絶滅危惧種サンプルデータベース | 国立研究開発法人国立環境研究所 | NBDC | 267 | 2023-11-02 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 | http://www.nies.go.jp/time_capsule/mcc_search.php | 国立環境研究所の微生物系統保存施設で保有している絶滅危惧藻類の保存株を検索できるシステムです。絶滅危惧種の紅藻および車軸藻について、和名、学名、分類群、RDBランク、採集地、採集年、保存株番号 と画像を収録しています。藻類の分類、種名、RDBランク、採集地、採集年による絞り込みが可能です。 | |
| 育成系統情報 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 36 | 2024-01-20 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://www.naro.affrc.go.jp/patent/experiment/cropsystem/laboratory/nics/index.html | 農研機構が作製、保管する育成系統 (品種登録前の品種候補） の一覧です。水稲、小麦、大麦、大豆について、系統名、系統育成年、主要特性や栽培適地の情報を収録しています。それぞれの品種について配布試験成績概要もご覧になれます。種子などは原則として試験研究あるいは交配目的などに提供可能です。（条件審査有り） | |
| 脳画像データベース | 独立行政法人産業技術総合研究所 | NBDC | 24 | 2009-10 | 2010-04-23 | > 細胞・組織 | http://riodb.ibase.aist.go.jp/brain/index.php | ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳のMRI画像の連続写真をデジタル化し、マウスのみの操作で簡便に参照可能なデータベースです。 |
| 脳科学辞典 | 日本神経科学学会 | NBDC | 806 | 2024-02-10 | > 用語解説 | http://bsd.neuroinf.jp/wiki/メインページ | 脳科学分野で使用される用語を解説したデータベースです。大きな領域である脳科学分野において、学生や研究者が自分の専門以外の分野を容易に理解でき、最近の研究動向についての知識もある程度得られるように記述されています。脳科学辞典の作成は、2015年2月より日本神経科学学会の事業として位置づけられています。 | |
| 腰痛データベース | 独立行政法人労働者健康福祉機構 | NBDC | 19 | 2015-01-13 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.research12.jp/d_archive/yotu/ | 腰痛についての大規模調査の成果から、各調査の概要とレポートを掲載しています。腰痛の大規模調査は、勤労者脊椎・腰痛センターを中心に全国の労災病院で実施されています。 | |
| 臨床研究情報ポータルサイト | 国立保健医療科学院 | NBDC | 70453 | 2016-10-27 | > 医療・薬 > 医学 | http://rctportal.niph.go.jp/ | 臨床研究情報ポータルサイトでは、国内の3つの臨床情報登録センター（大学病院医療情報ネットワーク研究センター〔UMIN-CTR〕、日本医薬情報センター〔JAPIC〕、日本医師会治験促進センター〔JMACCT〕）に登録された情報を横断的に検索できます。身体の部位、病名、薬名等のフリーワードで検索でき、国内の治験情報の他に、WHOのICTRPの臨床試験データ、国内・海外の治療薬についての情報が閲覧できます。 | |
| 自然毒のリスクプロファイル | 厚生労働省 | NBDC | 116 | 2024-03-02 | > 食品・栄養 | https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/shokuhin/syokuchu/poison/index.html | 自然毒（動植物が持つ毒成分）のデータベースです。毒を持つ生物種、有毒部位、食中毒発生状況、食中毒症状、毒成分などの情報を収録しています。魚類、二枚貝、巻貝、きのこ、および高等植物の名称一覧からデータを閲覧できます。 | |
| 船戸和弥のホームページ | 慶應義塾大学 医学部 | NBDC | 3488 | 2014-01-23 | > 用語解説 > 医療・薬 > 解剖 |
http://www.anatomy.med.keio.ac.jp/funatoka/ | 慶應義塾大学医学部解剖学教室にて船戸和弥博士を中心に作成された医学生教育のためのコンテンツです。解剖学用語、解剖学テキストや脳血管内治療に関するデバイス情報などを日本語で提供しています。 | |
| 薬剤の制ガン作用と関連する遺伝子発現変化・公開データベース | Screening Committee of Anticancer Drugs (SCADS) | NBDC | 15 | 2024-01-19 | > 遺伝子発現・転写制御 > SAGE, CAGE, ATAC-PCR, iAFLP等 | http://scads.jfcr.or.jp/%5C/db/cs/index_j.html | 化合物の制がん作用と関連する遺伝子発現変化の情報を提供するデータベースです。5種類のヒトがん細胞株（結腸がん HT-29，卵巣がん SKOV3，白血病 K562，肺がん H2228，肺がん PC-9）をさまざまな抗がん剤で6時間ないし16時間処理し、マイクロアレイによる網羅的遺伝子発現解析によって変動遺伝子群（シグニチャー）を抽出しています。シグニチャーのリストはダウンロード可能です。また、抗がん剤の入手先、溶媒、標的分子、用いた処理濃度等のリストもご覧になれます。 | |
| 薬剤分類情報閲覧システム | 厚生労働省保険局 | NBDC | 0 | 2012-10-01 | > 医療・薬 > 薬学 | http://www.iryohoken.go.jp/shinryohoshu/yakuzaiMenu/ | 新薬の薬価算定にかかる類似薬の選定を図る観点から、平成11年12月の中医協で了解された「薬価制度改革の基本方針」に基づき、効能・効果、薬理作用等に着目し既存品の分類を行ったものです。分類名と品目名から検索し、各薬品の効能効果、用法用量が表示されます。 | |
| 薬用植物データベース | 医薬基盤研究所 | 345 | 2010-2012 | 2012-02-29 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://wwwts9.nibio.go.jp/mpdb.html | 重要薬用植物約100種について、植物基本情報、生薬・処方関連の情報の公開。 | |
| 薬用植物園＆北方系生態観察園 | 北海道医療大学 薬学部 | NBDC | 54 | 2024-03-16 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.hoku-iryo-u.ac.jp/~yakusou/ | 北海道医療大学附属薬用植物園、およびそれに隣接する北方系生態観察園のサイトです。保有する全植物の詳細情報（和名、学名、分類情報、生薬名、成分、解説など）が写真とともに閲覧できます。検索機能はなく、写真または植物名リストから目的の植物を選択して閲覧できます。 | |
| 薬膳データベース | 奈良先端科学技術大学院大学 | NBDC | 1647 | 2024-01-27 | > 食品・栄養 | http://kanaya.naist.jp/YAKUZEN/top.jsp | 食材が持つ効能 (性味,帰経など) と薬膳レシピのデータベースです。食材の効能検索では、効能の他、含有成分、標準成分表、アミノ酸組成表が収録されています。また食材、効能、体質九分類から薬膳レシピが検索できます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。 | |
| 蛋白質核酸酵素 | 共立出版 | 2379 | 1985/01-2010/01 | 2015-04-15 | > 文献 | http://www.kyoritsu-pub.co.jp/pne/ | [蛋白質 核酸 酵素について] | |
| 蛋白質科学会アーカイブ | 蛋白質科学会アーカイブ編集委員会 | NBDC | 282 | 2008/06-2010/06 | 2015-01-15 | > 文献 | http://www.pssj.jp/archives/index.html | 蛋白質科学会アーカイブは日本蛋白質科学会に帰属し、運営されています。本アーカイブは学会に於ける活動成果を幅広くかつ有効に社会還元することを目的とし、蛋白質科学会内に蓄積された『知』をインターネットを利用して外部に発信しています。趣意：現代の生物学研究は機能遺伝子の同定が中心です。こうした研究の潮流がより微細なレベルへと向かうのは必然であり、蛋白質科学に基づく生命機能研究の重要性はますます増えて行くと思われます。また、脱石油社会へ向けた物質・エネルギー生産システムの構築には広汎な蛋白質利用が期待され、蛋白質科学に基づく工学領域の発展と開拓は今後の社会・経済の発展に欠かせません。しかし現実には様々な研究分野において、蛋白質科学の知識とそれを持つエキスパートが不足していることが大きな問題となりつつあります。 蛋白質科学会は蛋白質研究者を幅広く集めた本邦唯一の学会であり、上記の問題解決に寄与する使命を帯びています。これを受けて蛋白質科学会アーカイブは、「蛋白質科学会が中心となり、その知を広く使い易い形で外部に発信し、日本の社会発展に貢献しようとする」を目的として作成されています。 |
| 血液腫瘍画像データベース (Hematological malignancy image database) | 国立病院機構九州がんセンター | NBDC | 4202 | 2022-10-08 | > 医療・薬 > 医学 | http://www.midb.jp/blood_db/db.php?lang=jp | 多岐にわたる白血病・悪性リンパ腫の病型をWHO分類(2001)、FAB分類(1976)を基に整理し、匿名化された造血器腫瘍の症例について、骨髄、リンパ節、末梢血の顕微鏡像および病理所見・検査所見等をアーカイブ化しています。骨髄転移性腫瘍も提示症例として掲載しています。 | |
| 解剖学用語の和英ラテン対応辞書 Terminologia Anatomica Japonica 第13版準拠 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 7411 | 2024-01-06 | > 用語解説 | http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=dic | ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)では生物種名や学術用語などの生物学関連の用語の整備を行っています。具体的には、個々の概念がそれぞれの出典においてどのような用語で記載されているのかを調査し用語を対応づけたメタ用語集の作成、メタ用語集をもとに日本語と英語やラテン語等の表現を対応づけた翻訳テーブル、さらに遺伝子名、解剖学用語及び施設名称のシソーラスやオントロジーの構築を進めています。本サイトでは構築された各用語集の説明や概要版の閲覧、及びファイルのダウンロードが可能です。 | |
| 話題の食品・成分 | 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 | 311 | 2016/05/26 | > 食品・栄養 | https://hfnet.nih.go.jp/ | 話題の食品・食品成分」は、「特定保健用食品」「ビタミン」「ミネラル」等についての情報を提供しています。「特定保健用食品」では、特定の保健機能が国によって確認され、認可を受けた食品を認可項目別に見ることができます。各食品についての成分、その分析法、安全性や有効性に関する評価試験概要を閲覧できます。また、「ビタミン」「ミネラル」ではそれぞれについて総合的な知識を得ることができるよう、文章やイラスト、表などを用いて解説しています。URLでリンクされたページの下方「話題の食品・成分」の欄からご覧下さい。 | ||
| 貝類データベース | 調査中 | 10018 | 2023-12-22 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://bigai.world.coocan.jp/pic_book/index.html | 貝類のデータベースです。貝類の画像（主に貝殻）と和名、学名、採集地、分布範囲、参考文献などが収録されています。データは画像を使って形から、もしくは学名や和名から検索できます。 | ||
| 資源作物見本園 | 農業経営情報研究会 | NBDC | 90 | 2024-03-16 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://www.naro.affrc.go.jp/nics/mihonen/ | 農林水産省農業研究センターの資源作物見本園で栽培された61種類の作物の様々な写真とその作物についての簡単な解説を収めたデータベースです。 | |
| 農業生物資源ジーンバンク：動物画像データベース | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 1313 | 2020-02-20 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://www.gene.affrc.go.jp/databases-animal_images.php | 国内に多くの品種・系統が存在するニワトリとカイコについて、その特徴を画像とともに紹介しています。 | |
| 農業生物資源ジーンバンク：植物画像データベース | 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 | NBDC | 144 | 2023-11-18 | > 農学・環境 > 農業・食料 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://www.gene.affrc.go.jp/databases-plant_images.php | 稲類、麦類、豆類、野菜、花き・緑化植物、特用・飼料作物について、その特徴を画像とともに紹介しています。 | |
| 農研機構 品種 | 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 | NBDC | 640 | 2024-03-02 | > 農学・環境 > 農業・食料 | https://www.naro.go.jp/collab/breed/index.html | 農研機構で開発された品種のデータベースです。食用作物、工芸作物、野菜、果樹、飼料作物、花き・鑑賞作物、バイオマス作物について、品種の名称、形状や病害抵抗性などの主要特性、品種出願登録番号、公開日、交配組み合わせ、旧系統名の情報を収録しています。また品種の利用許諾、農研機構育成品種の種苗入手先リスト、DNA品種識別技術に関する情報へのリンクもあります。 | |
| 遺伝子名称シソーラス[アーカイブデータ] | ライフサイエンス統合データベースセンター | NBDC | 190598 | 2013-02-28 | > 統合DBプロジェクト > 生命科学系データベースアーカイブ > 収集データ | http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/lsdb-gene-thesaurus/desc.html | 9種類の生物(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。データベースではないが、遺伝子名のシソーラス辞書として、自然言語処理による文献解析や検索などに活用できる。 | |
| 野生動物遺伝資源データベース | 国立研究開発法人国立環境研究所, 京都大学野生動物研究センター | NBDC | 625 | 2024-04-09 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 | http://www.nies.go.jp/time_capsule/search.php | 国立環境研究所の環境試料タイムカプセル棟および京都大学野生動物研究センターで保存されている野生動物の細胞・組織・DNAサンプルについての情報検索システムです。サンプルの採取生物種、組織、サンプル保管場所などの情報が収録されています。生物種の分類、種名、生物種、組織部位などによる絞り込みが可能です。 | |
| 長浜MotDB | 長浜バイオ大学 | NBDC | 9 | 2011-02-28 | > 文献 | http://motdb.dbcls.jp/?MotDB/Nagahama-i-Bio | バイオインフォマティクス用の教材 | |
| 雑草図鑑 | 岡山県農林水産部農産課 | NBDC | 50 | 2024-01-27 | > 農学・環境 > 農業・食料 | http://www.nousou.jp/zassou/ | 水田や畑に生息する雑草のデータベースです。雑草の学名、俗称、発生場所や生息状況の説明および写真を収録しています。発生場所やキーワードによる検索が可能です。 | |
| 難病プラットフォーム | 難病プラットフォーム | NBDC | 155 | 2024-03-02 | > 医療・薬 > 医学 | https://www.raddarj.org/ | 日本医療研究開発機構（AMED）の「難治性疾患実用化研究事業」および厚生労働省が所管する「難治性疾患政策研究事業」で行われている難病を対象としたレジストリ研究の共通基盤を提供するサイトです。各研究班から提供された難病患者のゲノム情報と臨床情報を統合、管理し、また難病患者レジストリを構築・運用する際に必要な標準文書を提供しています。難病疾患のレジストリ研究について研究課題名、研究代表者名、レジストリ名、対象疾患の一覧があり、キーワードによる検索も可能です。二次利用が可能なデータもあります。 | |
| 難病研究資源バンク | 医薬基盤研究所 | 35 | 2013-01-30 | 2013-02-28 | > 細胞・組織 | http://raredis.nibio.go.jp/db.html | 厚生労働省の難治性疾患克服研究事業で収集された難病患者試料（DNA、細胞など）を集約・保管し、分譲を行うバンク事業のサイトです。試料データベースの利用には利用者登録が必要です。 | |
| 食品害虫サイト (貯穀害虫・天敵図鑑) | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構食品総合研究所 | NBDC | 60 | 2004 | 2021-11-16 | > 農学・環境 > 農業・食料 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://nfri.naro.affrc.go.jp/yakudachi/gaichu/zukan_00.html | 貯蔵食品中で生育する昆虫とその天敵情報を格納したデータベースです。 昆虫の形や名称、食品の種類から検索することができ、形態・加害食品・防除方法等の情報を参照できます。 |
| 食品機能成分データベース | 北海道医療大学 | NBDC | 11 | 2022-09-10 | > 食品・栄養 | http://www.hoku-iryo-u.ac.jp/~wadakg/database/dbindex.html | 五十音順食品素材一覧表で、学名、成分、機能性成分、機能性、科名、利用部位、使用上の注意などを一覧することができます。 | |
| 食品添加物ADI関連情報データベース | 厚生労働省 国立医薬品食品衛生研究所 | NBDC | 938 | 2014-11-12 | > 食品・栄養 | http://www.nihs.go.jp/hse/food-info/food_add/ | 食品添加物の一日許容摂取量（Acceptable Daily Intake；ADI）に関するデーターベースです。海外のデータはJECFA（Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives）の情報，国内のデータは食品衛生法による指定添加物についての情報を収載しています。用途別物質名一覧や物質名やCAS登録番号からの検索ができます。 | |
| 食品照射データベース | 独立行政法人日本原子力研究開発機構 | NBDC | 729 | 2024-02-02 | > 食品・栄養 | http://foodirra.jaea.go.jp/ | 電離放射線により処理された食品の安全性と利点は十分に証明されています。 食品照射に関して、人が一般に関心を持っている事柄について科学的に正確な情報を提供しています。 | |
| 飼料作物病害図鑑 (Illustrated Encyclopedia of Forage Crop Diseases) | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構動物衛生研究所 | NIAS | 372 | 2009-2012 | 2012-02-29 | > 農学・環境 > 獣医・畜産 > 生物図鑑・分類 > 図鑑 |
http://nilgs.naro.affrc.go.jp/db/diseases/dtitle.html | 日本で発生する飼料作物病害について、畜産草地研究所、およびその前身のひとつである草地試験場が長年にわたって調査・研究を行ってきた成果を広く活用いただくために、各病害の病徴や病原菌の写真を中心に図鑑の形にまとめました。 |
| 魚類写真資料データベース | 国立科学博物館 | NBDC | 108359 | 2024-02-10 | > 生物図鑑・分類 > 図鑑 | http://fishpix.kahaku.go.jp/fishimage/ | 本データベースは魚類の生態写真や標本写真から構成されています。本データベースは神奈川県立生命の星・地球博物館の魚類写真資料データベースに登録されている画像に基づいて構築されています。データの検索機能は同博物館と国立科学博物館との共同開発です。閲覧やダウンロードした画像の個人的な利用を除き、資料の利用に際しては神奈川県立生命の星・地球博物館および国立科学博物館の許可が必要です。個々の写真の著作権は撮影者に属します。 |