生命科学関連特許情報

タイトル:特許公報(B2)_パルス信号の記録方法
出願番号:2000322359
年次:2011
IPC分類:G01N 21/64,G01D 9/00


特許情報キャッシュ

アルブレヒト・ガイスト フランク・クレム マンフレート・ロート JP 4656715 特許公報(B2) 20110107 2000322359 20001023 パルス信号の記録方法 カール・ツアイス・スティフツング 391035991 CARL ZEISS 山川 政樹 100064621 アルブレヒト・ガイスト フランク・クレム マンフレート・ロート DE 19951188.8 19991022 20110323 G01N 21/64 20060101AFI20110303BHJP G01D 9/00 20060101ALI20110303BHJP JPG01N21/64 EG01D9/00 Z G01N 21/00-21/958 JSTPlus/JST7580(JDreamII) 特開平06−201999(JP,A) 特開昭63−157300(JP,A) 特公昭63−021858(JP,B2) 特表平11−502608(JP,A) 特表2001−505997(JP,A) 9 2001194236 20010719 10 20070710 田中 洋介 【0001】【従来の技術】顕微鏡、特に例えば出願人のコンフォコールにより既知である蛍光相関分光法(FCS)では、個々の蛍光事象から生じ、かつ所謂単光子計数法により検出された時間的信号列の評価のために、自身で時間的に相関するか(自己相関)または第2入力チャネルの時間的信号列と時間的に相関する(相互相関)。相関評価は、例えばALVレーザー販売会社(ランゲン、ドイツ)により「5000マルチプル・タウ相関器」という名で売り出された特殊なハードウェアによる相関器を用いて行う。この種の相関器は所謂マルチプル・タウ法に従って操作され、この方法では入力信号はその都度ある相関段階時間について互いに乗ぜられ、その際生じた積は加えられ、段階的に相関段階時間が対数で延長される。この方法の長所は、比較的長い相関時間でも演算費用は比較的少なくて済むことにある。しかしながら入力信号を比較的高い相関段階へまとめることにより低域フィルタリングが起こるという短所がある。さらにオリジナルデータが失われることで、処理およびそれに続く新たなまたは別の評価が不可能になる。【0002】2進データである0と1が供給され、その際1はまれにしか現れない個々のパルス信号、つまり信号列を有する単独チャネルの相関評価に関しては、入力チャネルを固定周波数で走査し、個々のパルス間の時限のみ記録および記憶することが知られている。よって相関計算は、パルス列内に現れた全ての時間的パルス距離を決定することにより容易に行われる。しかしながらこの方法の、複数の入力チャネルの信号への適用はまだ知られていない。【0003】【発明が解決しようとする課題】本発明の目的は、情報を損失することなく情報を可能な限りコンパクトに記憶できるようにする、複数の入力チャネルのパルス信号の記録方法である。【0004】【課題を解決するための手段】この目的は、以下に述べる各実施態様により解決される。本発明の他の有利な態様も以下の説明により明らかにする。【0005】本発明の第1実施態様では、複数の入力チャネルが設定された固定周波数で現れるべき事象に向けて走査され、入力チャネルの1つの中の事象を検出した後またはカウンタのオーバーフロー後で両現象のどちらか先に起こった方の後で、記憶レジスタ内の全ての入力チャネルのその時の状態が、以前の記憶時からどの程度の時間間隔を有するものであるかを特徴づける大きさと共に記憶される。【0006】本発明の第2実施態様では、同様に複数の入力チャネルが設定された固定周波数で現れるべき事象に向けて走査される。そしてこの第2実施態様でも、入力チャネルの1つの中の事象を検出した後またはカウンタのオーバーフロー後で両現象のどちらか先に起こった方の後に記憶が実施される。しかしながらこの実施態様では入力チャネルの状態は、事象が起こる走査サイクルで、設定された走査サイクル数のために全入力チャネルの状態が、第1事象発生後からの経過時間間隔を表す大きさと共に記憶される。【0007】どちらの実施態様でも記憶されたデータ中に全ての入力チャネル内の信号列についての情報が完全に保持される。則ち、設定された時間間隔の符号化により、後の自己相関評価および/または相互相関評価を、入力チャネルの時間的パルス距離のヒストグラム評価を可能にする形式で、生データが取得される。記憶必要量は両ケースでは主に入力チャネル内に現れる事象の頻度に依存し、走査周波数には二次的に依存するだけである。【0008】第1実施態様では、各々記憶されるワード中、各入力チャネル用にはそれぞれ1ビットしか必要としない。則ち各ワードの残ったビットは最終記憶にかけた時間間隔を表すために使用される。2つの入力チャネルと16ビットワードとしての記憶の場合には、それゆえ14ビットが時間間隔を表すために生じる。この実施態様は、個々の走査サイクルの期間の点で比較して非常にわずかな事象しか示さない信号列での記憶場所を最適な効率で使用できるようにするので、ほとんどの場合記憶はカウンタのオーバーフローに基づいて行われる。しかしながら各走査サイクルで1つの事象が現れる、事象の豊富な信号列では、記憶すべきデータ率は非常に高くなる。【0009】第2実施態様では各々記憶されたワード中各入力チャネル用に、設定された走査サイクルの数に対応するビット数を必要とする。この走査サイクル上で、該当の走査サイクルでの状態用ビットと共にチャネル状態が記憶される。初めに生じる事象またはカウンタのオーバーフローに続く3つの走査サイクル各々についての記憶と、16ビットワードとしての記憶の2つの入力チャネルでは、それゆえ8ビットが入力チャネル状態の記憶に必要であるので、残りの8ビットのみ前述の最終記憶にかけた時間間隔の記憶に使用できる。事象が現れることが非常にまれでそれゆえ大抵の場合記憶はカウンタのオーバーフローにより引き起こされる信号列では、カウンタ用にはわずかなビット数しか使用できず、それに応じてしばしばカウンタがオーバーフローするという事態になることから、記憶は第1実施態様に対して非能率的である。しかしながらまれにしか事象が現れない信号列の場合には、必要な全ての記憶必要量はわずかであり、従って問題とはならないので、この短所はそれほど妨げとはならない。第1実施態様に対して第2実施態様では、頻繁に事象が現れる信号列で必要な記憶場所、およびそれにより必要な最大の記憶場所も明らかに減少する。そのようにして第2実施態様での上述の数の例と20MHzの走査率では、各走査サイクルに1つの事象が現れるときには10Mバイト/sの最大記憶率となり、事象が現れず従って記憶は常にカウンタのオーバーフローにより引き起こされるときには155kバイト/sの最小記憶必要量となることが判明する。これに反して第1実施態様での最大データ率は、同じ走査周波数で20Mバイト/sとなる。【0010】本発明に従って記録されたデータは、引き続き読み出しおよび/または処理される。さらに記録されたデータは相関評価をも受ける。その際各々個々の入力チャネルのデータは自身で相関されるか(自己相関)または2つの入力チャネルのデータが互いに相関される(相互相関)。記憶されたデータはその際すでに、相関関数が時間的パルス距離のヒストグラムから損失無く、則ち全く情報が失われること無く算出される線形相関アルゴリズムに適した形で存在する。【0011】しかしながら2つの異なる相関アルゴリズムを組み合わせて使用することが特に有利である。1つは短い相関時間用の線形アルゴリズムであり、もう1つは比較的長い相関時間用に使用されるマルチプル・タウ法である。両方法の境界、則ち両アルゴリズム間の境界を表す相関時間は、ユーザーのソフトウェア実行の際に選択可能である。線形アルゴリズムは損失無しで操作され、短い相関時間ではマルチプル・タウ法より少ない演算容量を必要とする。よってその場合に必要な演算容量は相関時間と共に直線的に増加する。マルチプル・タウ法で必要な演算容量はそれに反して限定され、相関時間にはほとんど依存しない。両方法の境界はそれゆえ、両アルゴリズムの必要な演算容量が互いに適合するような相関時間の場合に有効に定められる。【0012】本発明による方法は特に、微視的な小さな体積からの蛍光信号が記録され、相関計算により評価される蛍光相関分光法でのデータ記録に最適である。それに応じて本発明は共焦点顕微鏡との関連でも有利に使用される。【0013】【発明の実施の形態】本発明をより詳細に説述するために、添付の図面に従ってこれを説明する。【0014】図1では、複数の入力チャネルをチャネル1、チャネル2、...チャネルnで表す。入力される信号は、各々が「0」と「1」の列から成る2進のパルス信号であり、「1」は現れる事象を表す。入力信号がアナログ方式である場合は、それらはデータを記録する前に2進信号に変換される。【0015】クロック発振器(1)はユニット(2)内のデータ記録用の走査周波数を設定する。この走査周波数はその際、走査サイクル内、則ち発振器(1)のクロック時間内でせいぜい1つの単独事象が各入力チャネルに見込まれるように選択される。クロック発振器により設定されたクロックの数は、カウンタ(3)によりMビットデータ幅でカウントされる。ユニット(2)内の入力信号の走査が、カウンタ(3)のオーバーフローが起こる前にnチャネルの1つで1つの事象、則ち2進の「1」を確認した場合に、チャネル状態とカウンタ(3)のカウント値が記憶装置(4)に記憶される。同時にカウンタは再びゼロに戻される。これに対しカウンタ(3)がオーバーフローするまでに入力チャネルのいずれにおいても事象が確認されない場合には、同じく入力チャネルの状態とカウント値が記憶され、続いてカウンタ(3)はゼロに戻される。すなわち、事象が入力チャネルの1つに現れるかまたはカウンタがオーバーフローするかどちらかが最初に現れた後に、データ・レコードの記憶が行われる。【0016】記憶装置(4)は2つの部分領域(4a)と(4b)を有し、したがってこの記憶装置(4)内に記憶される各ワードもこれら2つの部分領域(4a)と(4b)に分離して記憶される。部分領域(4a)には、入力チャネルの状態が2進で記憶される。もう1つの部分領域(4b)には、カウンタ(3)の状態とそれによる前回の記憶時点からの経過時間に関する値が記憶される。両部分領域が合同で、全入力チャネルの状態および前回記憶以降の経過時間に関する情報を含む記憶ワードをその都度16進法で生み出す。したがって、記憶ワードの列にはクロック周波数により与えられた時間分解能を有する全入力チャネルの時間的信号列に関する完全な情報が含まれる。【0017】第1実施形態ではL=1であり、つまり各入力チャネルの状態を表すビット数は1である。したがって、残りのビットは前回記憶以降の時間間隔すなわち記憶を行う時点でのカウンタ(3)の状態記憶のために使用される。【0018】第2実施形態ではLは1より大きい。この場合各入力チャネルの状態を記憶するためのビット数はLである。したがって、各々の記憶の際、入力チャネルの状態はL走査サイクル毎に記録および記憶される。例えば、L=4の場合には、入力チャネルの状態は、第1検出事象が現れる走査サイクルbt1で、また3つのそれに直接続く走査サイクルbt2、bt3、bt4で記憶される。したがって、各入力チャネル用のLビットにより、各走査サイクルでの事象の有無およびどの走査サイクルで事象が起こるか分かる。2つの入力チャネルの場合の16ビットワードの割り振りは、例えば以下の様相を呈する。則ち、ビット1−7:最終記憶以降経過した走査サイクルビット8:事象がチャネル1内でサイクルbt1で起こった場合ビット8=1でそれ以外はビット8=0ビット9:事象がチャネル2内でサイクルbt1で起こった場合ビット9=1でそれ以外はビット9=0ビット10:事象がチャネル1内でサイクルbt2で起こった場合ビット10=1でそれ以外はビット10=0ビット11:事象がチャネル2内でサイクルbt2で起こった場合ビット11=1でそれ以外はビット11=0ビット12:事象がチャネル1内でサイクルbt3で起こった場合ビット12=1でそれ以外はビット12=0ビット13:事象がチャネル2内でサイクルbt3で起こった場合ビット13=1でそれ以外はビット13=0ビット14:事象がチャネル1内でサイクルbt4で起こった場合ビット14=1でそれ以外はビット14=0ビット15:事象がチャネル2内でサイクルbt4で起こった場合ビット15=1でそれ以外はビット15=0【0019】1つのワードの記憶は、第1事象が入力チャネルの1つに起こった後かまたはカウンタがそのオーバーフローに達した後に、その都度L−1走査サイクルで行われる。それゆえ16ビットワードでの記憶の場合には、以下の符号化が例えば行われる。その際下位バイトは前回記憶以降の経過時間を、上位バイトはチャネル状態を表す。則ち、ワード(16進法):信号列:197B 下位バイト:7B(16進法)=123(10進法);上位バイト:19(16進法)=00011001(2進法)走査サイクル124(bt1)と126(bt3)でチャネル1内に事象が、走査サイクル125(bt2)でチャネル2内に事象が検出された。00FF 下位バイト:FF(16進法)=255(10進法);上位バイト:00(16進法)=00000000(2進法)データ記憶はカウンタのオーバーフロー後、則ちカウンタがその最大値255に達した後に行われ、続く四つの走査サイクル256から259(bt1−bt4)では入力チャネルに事象は現れない。18FF 下位バイト:FF(16進法)=255(10進法);上位バイト:18(16進法)=00011000(2進法)データ記憶はカウンタのオーバーフロー後、則ちカウンタがその最大値255に達した後に行われ、走査サイクル257(bt2)ではチャネル1内に、走査サイクル258(bt3)ではチャネル2内に事象が現れる。117B 下位バイト:7B(16進法)=123(10進法);上位バイト:11(16進法)=00010001(2進法)走査サイクル124(bt1)と126(bt3)ではチャネル1内に事象が現れ、チャネル2内には事象が現れない。【0020】例として挙げた符号化は、第2実施形態ではカウンタのオーバーフローまでにいずれのチャネルにも事象が現れない場合であり、L走査サイクルについてカウンタ・オーバーフロー後に、完全な信号の記録が失われることなく、記憶が行われることを示している。このことは、チャネル状態を特徴づけるために備えられたビットが、事象が現れる走査サイクルについての情報をも含むことにより達せられる。【0021】符号化および記憶されたワードは大容量記憶装置(5)内に格納され、引き続きPCIインターフェイス(6)上で読み取られ、ついで処理(7)で必要に応じて修正される。このデータ修正の際には、ひき続く評価の際に誤った結果を導きかねない特徴的な欠陥位置、色素の退色により現れたバグが除去される。さらに、データ修正の際に使用すべき相関アルゴリズムのための境界相関時間が挙げられる。【0022】ひき続く入力チャネルの時間的相関関数の演算は、2つの異なるアルゴリズムに従って行われる。選択された境界相関時間より短い相関時間に対しては、記録(記憶)した信号列の時間的パルス距離のヒストグラムから相関関数を決定する線形アルゴリズムが使用される。【0023】自己相関、則ちチャネルの分離評価の場合には、考えられ得る全てのパルス距離が算出される。その際以下のように進行し得る。則ち、tkはk番目のパルスとk+1番目のパルスの間の時間間隔である。(k=1、2、...Nの場合)それゆえ時間的パルス距離のヒストグラムH(t)は次のようになる。則ち、H(t)=0t==t1の場合、H(t)=H++t==t1+t2の場合、H(t)=H++t==t1+t2+t3の場合、H(t)=H++t==t1+t2+t3+...の場合、H(t)=H++...t==t2の場合、H(t)=H++t==t2+t3の場合、H(t)=H++t==t2+t3+...の場合、H(t)=H++...t==tkの場合、H(t)=H++t==tk+t(k+1)の場合、H(t)=H++t==tk+t(k+1)+t(k+2)の場合、H(t)=H++t==tk+t(k+1)+t(k+2)+...の場合、H(t)=H++【0024】2進パルス列で、ある決められたパルスの後には次のパルスは続かず、各走査サイクルでは最大1パルスが現れるという前提のもとでは、自己相関関数A(t)はパルス距離のヒストグラムに等しくなる。すなわち、A(t)=H(t)である。【0025】相互相関の場合には2つのパルス列n,mが互いに相関される。klは、パルス列nのl番目のパルスに続く、パルス列mの第1パルスの番号であり、dilはパルス列mのl番目のパルスとl+1番目のパルスの間の時間的パルス距離であり、またdjlはパルス列nのl番目のパルスとl+1番目のパルスの間の時間的パルス距離であり、その際i,j=1、2、...Nで該当する時間間隔を表す場合には、個々のパルス列の時間的パルス距離に関するヒストグラムの定義に対応して、両パルス列n,mのパルス間の時間間隔に関するヒストグラムKが定義される。則ち、K(t)=0t==k1−i1の場合、K(t)=K++t==k1−i1+djk1の場合、K(t)=K++t==k1−i1+djk1+djk2の場合、K(t)=K++t==k1−i1+djk1+djk2+...の場合、K(t)=K++...t==k2−i2の場合、K(t)=K++t==k2−i2+djk2の場合、K(t)=K++t==k2−i2+djk2+djk3の場合、K(t)=K++t==k2−i2+djk2+djk3+...の場合、K(t)=K++...t==kl−ilの場合、K(t)=K++t==kl−il+djklの場合、K(t)=K++t==kl−il+djk(l+1)の場合、K(t)=K++t==kl−il+djkl+djk(l+1)+...の場合、K(t)=K++...【0026】2進のパルス列では両パルス列n,mの相互相関は上述の定義したヒストグラムに対応する。【0027】自己相関と相互相関がパルス距離のヒストグラムをもとに算出される前述の線形アルゴリズムは、入力された境界値以下の相関時間に関してのみ使用される。短い相関時間に対しては、演算処理を安価に行うことができる。比較的大きな相関時間に関しては、図1の処理8で自己相関および/または相互相関がマルチプル・タウ法に従って実施される。ここで使用するアルゴリズムに関しては、ALVレーザー有限販売会社(ランゲン、ドイツ)のALV−5000デジタル・マルチプル・タウ相関器についての製品情報、特にライナー、ペーターによる著作「マルチプル・タウ相関技術入門」を参照願いたい。両アルゴリズムの結果は続いて処理10で統合ダイアグラムにまとめられ表される。【0028】本発明による方法は、1つまたは複数のレーザー(11)から放射されたレーザー光が高開口数の顕微鏡対物レンズ(13)を通って試料(12)に集束される共焦点顕微鏡検査法で特に有効に使用される。その際試料(12)中の励起容積は数フェムトリットルにしかならない。試料(12)内で生じた蛍光は対物レンズ(13)により再び集められ、分色器(15)を用いて励起光から分けられ、続いて第2分色器(14)を用いて2つの分離検出チャネルへ導かれる。両検出チャネルの各々には共焦絞り(16、17)が備わり、これらは対物レンズ(13)の集束面へ共役する面内に配置される。共焦絞りを通過して伝送された後、各検出チャネル内に含まれる光信号は、個々の光子を検出するために備えられた高感度検出器により検出される。その際共焦絞りは、蛍光から検出される試料の体積もまたわずかな励起容積を有することを確定する。非常に小さい励起容積と検出容積をもとにして両検出チャネル内に、主に比較的長いパルス距離を有する個々のパルスから成るパルス信号が現れる。【図面の簡単な説明】【図1】本発明による方法のデータ記録手段のブロック図である。【図2】2チャネル蛍光検出を備える共焦点顕微鏡の主見取図である。【符号の説明】1 クロック発振器2 ユニット3 カウンタ4 記憶装置5 大容量記憶装置6 PCIインターフェイス7 処理11 レーザー12 試料13 対物レンズ14 第2分色器15 分色器16 共焦絞り17 共焦絞り 少なくとも2つの入力チャネルのパルス信号を記録および記憶する方法であって、前記少なくとも2つの入力チャネルのそれぞれの前記パルス信号は2つの異なる状態の間を時間とともに変化し、前記少なくとも2つの入力チャネルのそれぞれの前記パルス信号は毎回そのときの現在の状態を有し、前記少なくとも2つの入力チャネルのそれぞれにおける前記状態の変化により発生した事象を表し、前記方法は、 前記少なくとも2つの入力チャネルの前記パルス信号を、前記少なくとも2つの入力チャネルの少なくとも1つにおいて或る事象が発生したか否かを検知するため、所定の走査頻度を有する走査サイクル内で走査を行うステップと、 最後の記憶動作以降に経過した走査サイクルの回数をカウンタによりカウントするステップと、 a)前記少なくとも2つの入力チャネルの少なくとも1つで事象が検知されたとき、または、b)前記カウンタがオーバーフローした後に、前記少なくとも2つの入力チャネルの前記現在の状態を、前記最後の記憶動作以降に経過した走査サイクルの回数を表す大きさとともに記憶装置に記憶するステップと を含むことを特徴とする方法。 少なくとも2つの入力チャネルのパルス信号を記録および記憶する方法であって、前記少なくとも2つの入力チャネルのそれぞれの前記パルス信号は2つの異なる状態の間を時間とともに変化し、前記少なくとも2つの入力チャネルのそれぞれの前記パルス信号は毎回そのときの現在の状態を有し、前記少なくとも2つの入力チャネルのそれぞれにおける前記状態の変化により発生した事象を表し、前記方法は、 前記少なくとも2つの入力チャネルの前記パルス信号を、前記少なくとも2つの入力チャネルの少なくとも1つで或る事象が発生したか否かを検知するため、所定の走査頻度を有する走査サイクル内で走査を行うステップと、 最後の記憶動作以降に経過した走査サイクルの回数をカウンタによりカウントするステップと、 a)前記少なくとも2つの入力チャネルの少なくとも1つで事象が検知されたとき、または、b)前記カウンタがオーバーフローした後に、前記少なくとも2つの入力チャネルの前記現在の状態を、予め定めた走査サイクルの回数分としての前記最後の記憶動作以降に経過した走査サイクルの回数を表す大きさとともに記憶装置に記憶するステップと を含み、 前記予め定めた走査サイクルの回数分は、前記事象の発生が検知されたとき、或いは前記カウンタがオーバーフローしたときの前記走査サイクルと、予め定めた連続走査サイクルの回数を含むことを特徴とする方法。 入力チャネルのデータが2進である請求項1または2記載の方法。 少なくとも16ビットをもつワードとして記憶が行われ、2つの入力チャネルの場合の設定された走査サイクル数が少なくとも2である請求項2記載の方法。 記憶されたデータが相関評価を受ける請求項1または2記載の方法。 2つの入力チャネルのデータの相互相関が算出される請求項5記載の方法。 時間値を選択するステップと、前記選択した時間値より小さい相関時間を求めるため、検出された事象間の時間間隔のヒストグラムに基づき前記相互相関を演算するステップをさらに含むことを特徴とする請求項5または6に記載の方法。 クロック発振器(1)、複数の入力チャネルを走査する手段(2)、カウンタ(3)、記憶装置(4)を備え、第1事象が入力チャネルの1つに検出されるかまたはカウンタ(3)がオーバーフローするかいずれか最初に開始される現象の後で、全入力チャネル状態と当該事象開始の際の最終カウント値が記憶される請求項1ないし7のいずれか一項記載の方法による複数の入力チャネルのパルス信号記録手段。 2つの異なる波長の場合に光を分けて検出するための少なくとも2つの共焦点検出チャネルと、請求項8に記載のパルス信号記録手段を備える共焦点顕微鏡。


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